102 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene EcolC_1438 on replicon NC_010468
Organism: Escherichia coli ATCC 8739



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010468  EcolC_1438  alkylated DNA repair protein AlkB  100 
 
 
216 aa  451  1.0000000000000001e-126  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.173238 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0728  alkylated DNA repair protein AlkB  100 
 
 
216 aa  451  1.0000000000000001e-126  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.451763  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3350  alkylated DNA repair protein AlkB  99.54 
 
 
216 aa  450  1.0000000000000001e-126  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0925721  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02139  oxidative demethylase of N1-methyladenine or N3-methylcytosine DNA lesions  98.61 
 
 
216 aa  447  1e-125  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.717739  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1446  alkylated DNA repair protein AlkB  99.07 
 
 
216 aa  448  1e-125  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.622793  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02098  hypothetical protein  98.61 
 
 
216 aa  447  1e-125  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.638508  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2351  alkylated DNA repair protein AlkB  98.15 
 
 
216 aa  444  1.0000000000000001e-124  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2511  alkylated DNA repair protein AlkB  98.15 
 
 
216 aa  445  1.0000000000000001e-124  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0516061  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2361  alkylated DNA repair protein AlkB  97.69 
 
 
216 aa  441  1e-123  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2490  alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase AlkB  80.56 
 
 
216 aa  367  1e-101  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2448  alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase AlkB  79.17 
 
 
216 aa  366  1e-100  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.177895 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2504  alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase AlkB  79.17 
 
 
216 aa  364  1e-100  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.538905  hitchhiker  0.000448771 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2400  alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase AlkB  79.63 
 
 
216 aa  365  1e-100  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.104047  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2607  alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase AlkB  78.7 
 
 
216 aa  363  1e-100  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.57435 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2792  DNA-N1-methyladenine dioxygenase  78.24 
 
 
216 aa  355  2.9999999999999997e-97  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0533  alkylated DNA repair protein AlkB  63.21 
 
 
212 aa  272  2.0000000000000002e-72  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.478593  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0463  alkylated DNA repair protein AlkB  64.65 
 
 
199 aa  269  2.9999999999999997e-71  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.721061  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3574  2OG-Fe(II) oxygenase  62.74 
 
 
212 aa  267  1e-70  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.691383  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2104  2OG-Fe(II) oxygenase  61.5 
 
 
216 aa  266  2e-70  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1690  2OG-Fe(II) oxygenase  58.96 
 
 
216 aa  265  5e-70  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5103  DNA-N1-methyladenine dioxygenase  63 
 
 
223 aa  261  4e-69  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0185091  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1028  2OG-Fe(II) oxygenase  57.87 
 
 
218 aa  259  3e-68  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2936  DNA-N1-methyladenine dioxygenase  58.96 
 
 
217 aa  258  6e-68  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.443338  normal  0.900156 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5268  N1-methyladenine/N3-methylcytosine demethylase  58.74 
 
 
223 aa  256  2e-67  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.534541 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1781  2OG-Fe(II) oxygenase  59 
 
 
232 aa  254  1.0000000000000001e-66  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.734996  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1922  2OG-Fe(II) oxygenase  58.96 
 
 
216 aa  254  1.0000000000000001e-66  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.121028  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0794  2OG-Fe(II) oxygenase  57.41 
 
 
218 aa  252  2.0000000000000002e-66  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.247111  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3253  2OG-Fe(II) oxygenase  62.15 
 
 
217 aa  251  8.000000000000001e-66  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.280139  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4097  2OG-Fe(II) oxygenase  59.2 
 
 
217 aa  248  4e-65  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.797242 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3988  DNA-N1-methyladenine dioxygenase  58 
 
 
224 aa  247  1e-64  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.365574  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1301  DNA-N1-methyladenine dioxygenase  61.14 
 
 
241 aa  245  4.9999999999999997e-64  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.290458  normal  0.0238638 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2937  DNA-N1-methyladenine dioxygenase  54.63 
 
 
220 aa  244  6.999999999999999e-64  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.885345  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4921  DNA-N1-methyladenine dioxygenase  61.39 
 
 
216 aa  244  9e-64  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3793  2OG-Fe(II) oxygenase  55.92 
 
 
218 aa  244  9e-64  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.529649  normal  0.0181991 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1006  DNA-N1-methyladenine dioxygenase  57.65 
 
 
214 aa  244  9.999999999999999e-64  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.301946  normal  0.0506876 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3118  DNA alkylation damage repair protein AlkB  58.33 
 
 
228 aa  243  1.9999999999999999e-63  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0101889  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1198  2OG-Fe(II) oxygenase  59.09 
 
 
225 aa  243  1.9999999999999999e-63  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.869594 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3795  2OG-Fe(II) oxygenase  59.62 
 
 
219 aa  241  5e-63  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0190122  normal  0.423081 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4927  DNA-N1-methyladenine dioxygenase  60.3 
 
 
214 aa  240  1e-62  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4650  2OG-Fe(II) oxygenase  54.59 
 
 
220 aa  240  1e-62  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3751  DNA-N1-methyladenine dioxygenase  56.42 
 
 
234 aa  238  4e-62  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.945805  normal  0.289345 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3182  2OG-Fe(II) oxygenase  60 
 
 
217 aa  238  5.999999999999999e-62  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.191143  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3595  2OG-Fe(II) oxygenase  58.62 
 
 
217 aa  237  8e-62  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.363359  normal  0.818593 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2568  alkylated DNA repair protein  59.81 
 
 
218 aa  237  1e-61  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4016  2OG-Fe(II) oxygenase  57.75 
 
 
216 aa  236  2e-61  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2434  2OG-Fe(II) oxygenase  56.54 
 
 
218 aa  236  2e-61  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2985  2OG-Fe(II) oxygenase family protein  57.87 
 
 
228 aa  233  2.0000000000000002e-60  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.477312 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1701  2OG-Fe(II) oxygenase  57.08 
 
 
223 aa  233  2.0000000000000002e-60  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.535517 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2840  2OG-Fe(II) oxygenase  55.61 
 
 
218 aa  231  4.0000000000000004e-60  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0549  DNA-N1-methyladenine dioxygenase  57.75 
 
 
214 aa  231  7.000000000000001e-60  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3161  2OG-Fe(II) oxygenase  53.05 
 
 
215 aa  231  8.000000000000001e-60  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0631  2OG-Fe(II) oxygenase  56.13 
 
 
220 aa  229  3e-59  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3769  alkylated DNA repair protein alk  55.96 
 
 
194 aa  228  4e-59  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0652  DNA-N1-methyladenine dioxygenase  56.13 
 
 
220 aa  228  4e-59  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4875  DNA-N1-methyladenine dioxygenase  58.08 
 
 
217 aa  226  2e-58  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.810291 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2476  2OG-Fe(II) oxygenase  53.77 
 
 
214 aa  222  4e-57  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.417935 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2363  2OG-Fe(II) oxygenase  53.3 
 
 
225 aa  218  6e-56  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3400  2OG-Fe(II) oxygenase  53.3 
 
 
215 aa  217  1e-55  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.801415 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2549  2OG-Fe(II) oxygenase  53.3 
 
 
219 aa  214  7e-55  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0145041 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3972  2OG-Fe(II) oxygenase  46.03 
 
 
205 aa  153  2e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3810  2OG-Fe(II) oxygenase  43.66 
 
 
216 aa  148  6e-35  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0523384 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3572  alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase alkB  43.08 
 
 
211 aa  145  7.0000000000000006e-34  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1751  2OG-Fe(II) oxygenase  40.09 
 
 
219 aa  144  9e-34  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00280539 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4299  2OG-Fe(II) oxygenase  42.86 
 
 
192 aa  144  1e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3256  2OG-Fe(II) oxygenase  42.16 
 
 
203 aa  142  4e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0451  2OG-Fe(II) oxygenase  46.9 
 
 
215 aa  138  4.999999999999999e-32  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.04408  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2016  2OG-Fe(II) oxygenase  50 
 
 
228 aa  136  2e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.140741  normal  0.18363 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0346  2OG-Fe(II) oxygenase  40.1 
 
 
218 aa  136  3.0000000000000003e-31  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.824259 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3500  2OG-Fe(II) oxygenase  42.78 
 
 
204 aa  131  6.999999999999999e-30  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0002  2OG-Fe(II) oxygenase  44.38 
 
 
212 aa  129  2.0000000000000002e-29  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.691503  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0116  2OG-Fe(II) oxygenase  44.79 
 
 
215 aa  128  6e-29  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.844541  normal  0.456878 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0213  DNA-N1-methyladenine dioxygenase  35.75 
 
 
216 aa  126  3e-28  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0011  DNA-N1-methyladenine dioxygenase  37.97 
 
 
200 aa  121  7e-27  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0179424  normal  0.392162 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3576  2OG-Fe(II) oxygenase  37.82 
 
 
221 aa  120  9.999999999999999e-27  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0466408  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_3002  DNA-N1-methyladenine dioxygenase  38.54 
 
 
212 aa  114  7.999999999999999e-25  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3292  2OG-Fe(II) oxygenase  39.18 
 
 
213 aa  89.4  4e-17  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.483331 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2539  2OG-Fe(II) oxygenase  34.84 
 
 
236 aa  88.6  7e-17  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.1234  normal  0.466167 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4443  alkylated DNA repair protein  36.36 
 
 
213 aa  87  2e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.000774042  decreased coverage  0.000155018 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0402  2OG-Fe(II) oxygenase  34.68 
 
 
231 aa  85.5  6e-16  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.845062  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3551  2OG-Fe(II) oxygenase  37.57 
 
 
221 aa  85.5  6e-16  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.686073  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_06510  DNA-N1-methyladenine dioxygenase  36.69 
 
 
223 aa  80.1  0.00000000000003  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_21790  alkylated DNA repair protein  35.62 
 
 
228 aa  74.3  0.000000000001  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  hitchhiker  0.00000653135  normal  0.245071 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1427  DNA-N1-methyladenine dioxygenase  39.29 
 
 
230 aa  71.6  0.000000000009  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011679  PHATR_46782  predicted protein  35.56 
 
 
352 aa  70.9  0.00000000001  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.211133  n/a   
 
 
-
 
NC_006682  CNM01450  conserved hypothetical protein  28.39 
 
 
425 aa  61.2  0.00000001  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009363  OSTLU_33669  predicted protein  32.46 
 
 
348 aa  57  0.0000002  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.421608  normal  0.0171071 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2665  2OG-Fe(II) oxygenase  37.37 
 
 
201 aa  53.5  0.000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.453825  n/a   
 
 
-
 
BN001302  ANIA_03958  oxidoreductase, 2OG-Fe(II) oxygenase family family (AFU_orthologue; AFUA_6G07990)  27.82 
 
 
359 aa  51.6  0.00001  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.310797  normal  0.0264233 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1863  2OG-Fe(II) oxygenase  30.77 
 
 
192 aa  51.2  0.00001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1701  2OG-Fe(II) oxygenase  36.21 
 
 
210 aa  48.9  0.00006  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.194502 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0869  2OG-Fe(II) oxygenase  26.42 
 
 
202 aa  48.9  0.00006  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03179  DNA repair system specific for alkylated DNA  36 
 
 
202 aa  47.8  0.0001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.204003  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2015  2OG-Fe(II) oxygenase  29.68 
 
 
192 aa  47.4  0.0002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0082  DNA-N1-methyladenine dioxygenase  31.65 
 
 
205 aa  46.6  0.0003  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1948  2OG-Fe(II) oxygenase  30.77 
 
 
204 aa  45.8  0.0004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.185436  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1654  2OG-Fe(II) oxygenase  32.38 
 
 
209 aa  45.4  0.0006  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1374  2OG-Fe(II) oxygenase  32.04 
 
 
201 aa  45.4  0.0007  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.883465  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0106  2OG-Fe(II) oxygenase  29.48 
 
 
212 aa  44.7  0.001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00219711  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0088  2OG-Fe(II) oxygenase  33 
 
 
208 aa  42.7  0.004  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0575  DNA repair system specific for alkylated DNA  28.99 
 
 
194 aa  42  0.007  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>