100 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_2434 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012856  Rpic12D_2434  2OG-Fe(II) oxygenase  100 
 
 
218 aa  442  1e-123  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2840  2OG-Fe(II) oxygenase  96.33 
 
 
218 aa  425  1e-118  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2568  alkylated DNA repair protein  81.65 
 
 
218 aa  334  7e-91  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4650  2OG-Fe(II) oxygenase  68.78 
 
 
220 aa  304  6e-82  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3795  2OG-Fe(II) oxygenase  68.81 
 
 
219 aa  290  2e-77  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0190122  normal  0.423081 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3769  alkylated DNA repair protein alk  69.95 
 
 
194 aa  283  2.0000000000000002e-75  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4927  DNA-N1-methyladenine dioxygenase  69.15 
 
 
214 aa  273  1.0000000000000001e-72  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1690  2OG-Fe(II) oxygenase  63.55 
 
 
216 aa  273  2.0000000000000002e-72  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2936  DNA-N1-methyladenine dioxygenase  62.91 
 
 
217 aa  271  8.000000000000001e-72  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.443338  normal  0.900156 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2937  DNA-N1-methyladenine dioxygenase  60.09 
 
 
220 aa  270  1e-71  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.885345  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5103  DNA-N1-methyladenine dioxygenase  66.67 
 
 
223 aa  269  2.9999999999999997e-71  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0185091  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3118  DNA alkylation damage repair protein AlkB  59.26 
 
 
228 aa  262  3e-69  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0101889  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5268  N1-methyladenine/N3-methylcytosine demethylase  62.84 
 
 
223 aa  262  3e-69  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.534541 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4921  DNA-N1-methyladenine dioxygenase  66.18 
 
 
216 aa  261  6.999999999999999e-69  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4097  2OG-Fe(II) oxygenase  60.19 
 
 
217 aa  258  6e-68  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.797242 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4875  DNA-N1-methyladenine dioxygenase  63.26 
 
 
217 aa  258  6e-68  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.810291 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1028  2OG-Fe(II) oxygenase  58.8 
 
 
218 aa  257  8e-68  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1922  2OG-Fe(II) oxygenase  59.91 
 
 
216 aa  257  1e-67  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.121028  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3988  DNA-N1-methyladenine dioxygenase  62.1 
 
 
224 aa  256  2e-67  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.365574  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2985  2OG-Fe(II) oxygenase family protein  60.09 
 
 
228 aa  256  2e-67  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.477312 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0631  2OG-Fe(II) oxygenase  62.44 
 
 
220 aa  254  7e-67  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0652  DNA-N1-methyladenine dioxygenase  61.86 
 
 
220 aa  253  1.0000000000000001e-66  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0533  alkylated DNA repair protein AlkB  59.61 
 
 
212 aa  251  4.0000000000000004e-66  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.478593  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3253  2OG-Fe(II) oxygenase  58.88 
 
 
217 aa  251  6e-66  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.280139  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0463  alkylated DNA repair protein AlkB  60.61 
 
 
199 aa  250  1e-65  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.721061  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2504  alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase AlkB  60.56 
 
 
216 aa  250  1e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.538905  hitchhiker  0.000448771 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2607  alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase AlkB  60.09 
 
 
216 aa  250  1e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.57435 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2400  alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase AlkB  60.56 
 
 
216 aa  249  2e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.104047  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2448  alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase AlkB  60.09 
 
 
216 aa  249  3e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.177895 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2104  2OG-Fe(II) oxygenase  60.5 
 
 
216 aa  249  3e-65  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2490  alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase AlkB  60.09 
 
 
216 aa  248  4e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2549  2OG-Fe(II) oxygenase  63.32 
 
 
219 aa  248  7e-65  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0145041 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2792  DNA-N1-methyladenine dioxygenase  57.75 
 
 
216 aa  247  1e-64  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3751  DNA-N1-methyladenine dioxygenase  62.16 
 
 
234 aa  246  2e-64  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.945805  normal  0.289345 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4016  2OG-Fe(II) oxygenase  57.55 
 
 
216 aa  246  3e-64  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1701  2OG-Fe(II) oxygenase  63.18 
 
 
223 aa  245  3e-64  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.535517 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2363  2OG-Fe(II) oxygenase  62.81 
 
 
225 aa  245  4e-64  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3400  2OG-Fe(II) oxygenase  62.81 
 
 
215 aa  245  4e-64  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.801415 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0794  2OG-Fe(II) oxygenase  60.19 
 
 
218 aa  244  4.9999999999999997e-64  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.247111  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1198  2OG-Fe(II) oxygenase  61.11 
 
 
225 aa  244  9.999999999999999e-64  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.869594 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3161  2OG-Fe(II) oxygenase  55.81 
 
 
215 aa  243  9.999999999999999e-64  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3595  2OG-Fe(II) oxygenase  60.83 
 
 
217 aa  242  3e-63  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.363359  normal  0.818593 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1006  DNA-N1-methyladenine dioxygenase  56.86 
 
 
214 aa  239  2e-62  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.301946  normal  0.0506876 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3574  2OG-Fe(II) oxygenase  60.82 
 
 
212 aa  239  2e-62  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.691383  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2361  alkylated DNA repair protein AlkB  57.01 
 
 
216 aa  238  4e-62  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3793  2OG-Fe(II) oxygenase  60.3 
 
 
218 aa  238  4e-62  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.529649  normal  0.0181991 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1301  DNA-N1-methyladenine dioxygenase  59.72 
 
 
241 aa  238  5.999999999999999e-62  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.290458  normal  0.0238638 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02098  hypothetical protein  57.01 
 
 
216 aa  238  6.999999999999999e-62  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.638508  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02139  oxidative demethylase of N1-methyladenine or N3-methylcytosine DNA lesions  57.01 
 
 
216 aa  238  6.999999999999999e-62  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.717739  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3350  alkylated DNA repair protein AlkB  56.54 
 
 
216 aa  237  1e-61  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0925721  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2511  alkylated DNA repair protein AlkB  56.54 
 
 
216 aa  236  2e-61  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0516061  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1446  alkylated DNA repair protein AlkB  56.54 
 
 
216 aa  236  2e-61  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.622793  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0728  alkylated DNA repair protein AlkB  56.54 
 
 
216 aa  236  2e-61  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.451763  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1438  alkylated DNA repair protein AlkB  56.54 
 
 
216 aa  236  2e-61  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.173238 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0549  DNA-N1-methyladenine dioxygenase  59.5 
 
 
214 aa  235  4e-61  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2351  alkylated DNA repair protein AlkB  56.54 
 
 
216 aa  234  5.0000000000000005e-61  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2476  2OG-Fe(II) oxygenase  58.79 
 
 
214 aa  234  9e-61  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.417935 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3182  2OG-Fe(II) oxygenase  57.67 
 
 
217 aa  228  5e-59  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.191143  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1781  2OG-Fe(II) oxygenase  55.77 
 
 
232 aa  225  4e-58  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.734996  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3810  2OG-Fe(II) oxygenase  41.55 
 
 
216 aa  140  9.999999999999999e-33  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0523384 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0451  2OG-Fe(II) oxygenase  46.39 
 
 
215 aa  139  4.999999999999999e-32  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.04408  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3972  2OG-Fe(II) oxygenase  43.72 
 
 
205 aa  137  1e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0213  DNA-N1-methyladenine dioxygenase  41.9 
 
 
216 aa  130  1.0000000000000001e-29  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2016  2OG-Fe(II) oxygenase  42.94 
 
 
228 aa  130  1.0000000000000001e-29  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.140741  normal  0.18363 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3500  2OG-Fe(II) oxygenase  40.96 
 
 
204 aa  129  4.0000000000000003e-29  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4299  2OG-Fe(II) oxygenase  41.53 
 
 
192 aa  129  4.0000000000000003e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0011  DNA-N1-methyladenine dioxygenase  40.53 
 
 
200 aa  128  5.0000000000000004e-29  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0179424  normal  0.392162 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3256  2OG-Fe(II) oxygenase  40.43 
 
 
203 aa  128  8.000000000000001e-29  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3572  alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase alkB  40.62 
 
 
211 aa  124  1e-27  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0002  2OG-Fe(II) oxygenase  44.58 
 
 
212 aa  123  2e-27  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.691503  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0346  2OG-Fe(II) oxygenase  40.66 
 
 
218 aa  120  1.9999999999999998e-26  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.824259 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1751  2OG-Fe(II) oxygenase  39.38 
 
 
219 aa  118  7.999999999999999e-26  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00280539 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0116  2OG-Fe(II) oxygenase  42.78 
 
 
215 aa  116  3e-25  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.844541  normal  0.456878 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_3002  DNA-N1-methyladenine dioxygenase  39.89 
 
 
212 aa  115  6.9999999999999995e-25  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3576  2OG-Fe(II) oxygenase  38.69 
 
 
221 aa  111  9e-24  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0466408  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_06510  DNA-N1-methyladenine dioxygenase  33.78 
 
 
223 aa  87.4  1e-16  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4443  alkylated DNA repair protein  38.18 
 
 
213 aa  82.8  0.000000000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.000774042  decreased coverage  0.000155018 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3551  2OG-Fe(II) oxygenase  39.1 
 
 
221 aa  82.8  0.000000000000004  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.686073  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0402  2OG-Fe(II) oxygenase  39.69 
 
 
231 aa  79.7  0.00000000000003  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.845062  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2539  2OG-Fe(II) oxygenase  35.53 
 
 
236 aa  79  0.00000000000005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.1234  normal  0.466167 
 
 
-
 
NC_011679  PHATR_46782  predicted protein  42.59 
 
 
352 aa  77.4  0.0000000000002  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.211133  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_21790  alkylated DNA repair protein  39.16 
 
 
228 aa  76.3  0.0000000000004  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  hitchhiker  0.00000653135  normal  0.245071 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3292  2OG-Fe(II) oxygenase  36.36 
 
 
213 aa  73.2  0.000000000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.483331 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1427  DNA-N1-methyladenine dioxygenase  41.76 
 
 
230 aa  73.2  0.000000000003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006682  CNM01450  conserved hypothetical protein  33.01 
 
 
425 aa  59.3  0.00000005  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1802  DNA-N1-methyladenine dioxygenase  36.62 
 
 
194 aa  53.1  0.000003  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.431836  normal  0.363902 
 
 
-
 
NC_009363  OSTLU_33669  predicted protein  32.76 
 
 
348 aa  51.6  0.00001  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.421608  normal  0.0171071 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0278  hypothetical protein  29.44 
 
 
202 aa  50.4  0.00002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03179  DNA repair system specific for alkylated DNA  36.17 
 
 
202 aa  49.7  0.00003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.204003  n/a   
 
 
-
 
NC_009374  OSTLU_9147  predicted protein  35 
 
 
134 aa  49.3  0.00005  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal  0.0742742 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0853  alkylated DNA repair protein  36.17 
 
 
211 aa  48.1  0.00009  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.487927  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2665  2OG-Fe(II) oxygenase  31.54 
 
 
201 aa  47  0.0002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.453825  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1109  2OG-Fe(II) oxygenase family protein  33.57 
 
 
141 aa  46.6  0.0003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2015  2OG-Fe(II) oxygenase  32.43 
 
 
192 aa  45.4  0.0006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0624  alkylated DNA repair protein  30.26 
 
 
194 aa  44.3  0.002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.137834  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0575  DNA repair system specific for alkylated DNA  29.14 
 
 
194 aa  43.9  0.002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
BN001302  ANIA_03958  oxidoreductase, 2OG-Fe(II) oxygenase family family (AFU_orthologue; AFUA_6G07990)  33.73 
 
 
359 aa  42.4  0.005  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.310797  normal  0.0264233 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0869  2OG-Fe(II) oxygenase  28.99 
 
 
202 aa  42  0.007  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1654  2OG-Fe(II) oxygenase  30.77 
 
 
209 aa  42  0.007  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
BN001304  ANIA_07782  DNA repair family protein (AFU_orthologue; AFUA_5G14250)  30.82 
 
 
335 aa  42  0.007  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.701179  normal  0.593563 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>