119 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_2936 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009485  BBta_2936  DNA-N1-methyladenine dioxygenase  100 
 
 
217 aa  439  9.999999999999999e-123  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.443338  normal  0.900156 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1690  2OG-Fe(II) oxygenase  70.05 
 
 
216 aa  315  5e-85  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1922  2OG-Fe(II) oxygenase  68.98 
 
 
216 aa  312  1.9999999999999998e-84  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.121028  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5268  N1-methyladenine/N3-methylcytosine demethylase  67.73 
 
 
223 aa  309  2e-83  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.534541 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5103  DNA-N1-methyladenine dioxygenase  68.47 
 
 
223 aa  308  4e-83  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0185091  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0533  alkylated DNA repair protein AlkB  63.38 
 
 
212 aa  287  7e-77  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.478593  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1701  2OG-Fe(II) oxygenase  68.06 
 
 
223 aa  287  8e-77  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.535517 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4016  2OG-Fe(II) oxygenase  65.57 
 
 
216 aa  284  5.999999999999999e-76  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4097  2OG-Fe(II) oxygenase  64.35 
 
 
217 aa  283  1.0000000000000001e-75  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.797242 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3595  2OG-Fe(II) oxygenase  66.82 
 
 
217 aa  282  2.0000000000000002e-75  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.363359  normal  0.818593 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0463  alkylated DNA repair protein AlkB  65.15 
 
 
199 aa  280  2e-74  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.721061  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3574  2OG-Fe(II) oxygenase  63.55 
 
 
212 aa  278  3e-74  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.691383  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4650  2OG-Fe(II) oxygenase  62.56 
 
 
220 aa  277  1e-73  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4875  DNA-N1-methyladenine dioxygenase  64.81 
 
 
217 aa  276  1e-73  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.810291 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1198  2OG-Fe(II) oxygenase  62.79 
 
 
225 aa  275  5e-73  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.869594 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0549  DNA-N1-methyladenine dioxygenase  62.91 
 
 
214 aa  271  5.000000000000001e-72  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2434  2OG-Fe(II) oxygenase  62.91 
 
 
218 aa  271  8.000000000000001e-72  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3161  2OG-Fe(II) oxygenase  57.41 
 
 
215 aa  265  5e-70  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2937  DNA-N1-methyladenine dioxygenase  59.35 
 
 
220 aa  264  7e-70  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.885345  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2104  2OG-Fe(II) oxygenase  61.11 
 
 
216 aa  263  2e-69  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2840  2OG-Fe(II) oxygenase  61.5 
 
 
218 aa  263  2e-69  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3751  DNA-N1-methyladenine dioxygenase  62.84 
 
 
234 aa  261  6e-69  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.945805  normal  0.289345 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3795  2OG-Fe(II) oxygenase  64.5 
 
 
219 aa  258  3e-68  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0190122  normal  0.423081 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1438  alkylated DNA repair protein AlkB  58.96 
 
 
216 aa  258  6e-68  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.173238 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0728  alkylated DNA repair protein AlkB  58.96 
 
 
216 aa  258  6e-68  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.451763  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3350  alkylated DNA repair protein AlkB  58.49 
 
 
216 aa  256  2e-67  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0925721  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1446  alkylated DNA repair protein AlkB  58.49 
 
 
216 aa  255  3e-67  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.622793  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2361  alkylated DNA repair protein AlkB  58.49 
 
 
216 aa  255  4e-67  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1301  DNA-N1-methyladenine dioxygenase  61.57 
 
 
241 aa  254  6e-67  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.290458  normal  0.0238638 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02139  oxidative demethylase of N1-methyladenine or N3-methylcytosine DNA lesions  57.55 
 
 
216 aa  253  1.0000000000000001e-66  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.717739  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2511  alkylated DNA repair protein AlkB  57.55 
 
 
216 aa  254  1.0000000000000001e-66  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0516061  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02098  hypothetical protein  57.55 
 
 
216 aa  253  1.0000000000000001e-66  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.638508  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2792  DNA-N1-methyladenine dioxygenase  58.02 
 
 
216 aa  253  2.0000000000000002e-66  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2351  alkylated DNA repair protein AlkB  57.55 
 
 
216 aa  252  3e-66  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1028  2OG-Fe(II) oxygenase  58.14 
 
 
218 aa  252  4.0000000000000004e-66  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3988  DNA-N1-methyladenine dioxygenase  60.75 
 
 
224 aa  251  5.000000000000001e-66  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.365574  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2504  alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase AlkB  57.55 
 
 
216 aa  250  1e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.538905  hitchhiker  0.000448771 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2607  alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase AlkB  57.08 
 
 
216 aa  250  1e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.57435 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2568  alkylated DNA repair protein  61.97 
 
 
218 aa  249  2e-65  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2400  alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase AlkB  57.55 
 
 
216 aa  249  2e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.104047  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3253  2OG-Fe(II) oxygenase  60.59 
 
 
217 aa  249  3e-65  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.280139  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2448  alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase AlkB  57.08 
 
 
216 aa  249  3e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.177895 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2490  alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase AlkB  57.55 
 
 
216 aa  249  3e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3793  2OG-Fe(II) oxygenase  61 
 
 
218 aa  247  1e-64  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.529649  normal  0.0181991 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3118  DNA alkylation damage repair protein AlkB  59.5 
 
 
228 aa  245  4e-64  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0101889  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1006  DNA-N1-methyladenine dioxygenase  60.2 
 
 
214 aa  245  4e-64  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.301946  normal  0.0506876 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1781  2OG-Fe(II) oxygenase  60 
 
 
232 aa  245  4e-64  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.734996  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3400  2OG-Fe(II) oxygenase  59.13 
 
 
215 aa  244  8e-64  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.801415 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2549  2OG-Fe(II) oxygenase  59.13 
 
 
219 aa  244  9e-64  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0145041 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2985  2OG-Fe(II) oxygenase family protein  57.75 
 
 
228 aa  243  1.9999999999999999e-63  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.477312 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2363  2OG-Fe(II) oxygenase  58.65 
 
 
225 aa  242  3e-63  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3769  alkylated DNA repair protein alk  57.51 
 
 
194 aa  240  1e-62  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4927  DNA-N1-methyladenine dioxygenase  60.31 
 
 
214 aa  238  4e-62  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0794  2OG-Fe(II) oxygenase  58.6 
 
 
218 aa  238  4e-62  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.247111  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4921  DNA-N1-methyladenine dioxygenase  59.41 
 
 
216 aa  238  5e-62  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2476  2OG-Fe(II) oxygenase  57.69 
 
 
214 aa  237  1e-61  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.417935 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0631  2OG-Fe(II) oxygenase  58.69 
 
 
220 aa  233  2.0000000000000002e-60  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0652  DNA-N1-methyladenine dioxygenase  58.69 
 
 
220 aa  232  3e-60  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3182  2OG-Fe(II) oxygenase  54.13 
 
 
217 aa  215  2.9999999999999998e-55  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.191143  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3810  2OG-Fe(II) oxygenase  46.58 
 
 
216 aa  164  9e-40  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0523384 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3972  2OG-Fe(II) oxygenase  46.8 
 
 
205 aa  164  1.0000000000000001e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0346  2OG-Fe(II) oxygenase  47.32 
 
 
218 aa  159  3e-38  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.824259 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3256  2OG-Fe(II) oxygenase  47.09 
 
 
203 aa  157  1e-37  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0213  DNA-N1-methyladenine dioxygenase  49.45 
 
 
216 aa  155  4e-37  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4299  2OG-Fe(II) oxygenase  42.65 
 
 
192 aa  150  1e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3500  2OG-Fe(II) oxygenase  44.61 
 
 
204 aa  147  9e-35  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1751  2OG-Fe(II) oxygenase  43.55 
 
 
219 aa  145  7.0000000000000006e-34  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00280539 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0451  2OG-Fe(II) oxygenase  42.4 
 
 
215 aa  142  4e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.04408  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0011  DNA-N1-methyladenine dioxygenase  43.59 
 
 
200 aa  141  6e-33  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0179424  normal  0.392162 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0116  2OG-Fe(II) oxygenase  44.29 
 
 
215 aa  141  7e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.844541  normal  0.456878 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0002  2OG-Fe(II) oxygenase  45.65 
 
 
212 aa  140  9.999999999999999e-33  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.691503  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3572  alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase alkB  44.1 
 
 
211 aa  140  1.9999999999999998e-32  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2016  2OG-Fe(II) oxygenase  41.86 
 
 
228 aa  139  3e-32  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.140741  normal  0.18363 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_3002  DNA-N1-methyladenine dioxygenase  43.15 
 
 
212 aa  136  2e-31  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3576  2OG-Fe(II) oxygenase  39.18 
 
 
221 aa  125  7e-28  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0466408  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0402  2OG-Fe(II) oxygenase  37.02 
 
 
231 aa  96.3  3e-19  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.845062  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4443  alkylated DNA repair protein  35.71 
 
 
213 aa  92.8  3e-18  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.000774042  decreased coverage  0.000155018 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3551  2OG-Fe(II) oxygenase  35.92 
 
 
221 aa  87.8  1e-16  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.686073  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3292  2OG-Fe(II) oxygenase  36.06 
 
 
213 aa  86.3  3e-16  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.483331 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_21790  alkylated DNA repair protein  38.25 
 
 
228 aa  85.5  5e-16  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  hitchhiker  0.00000653135  normal  0.245071 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2539  2OG-Fe(II) oxygenase  36.36 
 
 
236 aa  85.9  5e-16  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.1234  normal  0.466167 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_06510  DNA-N1-methyladenine dioxygenase  34.84 
 
 
223 aa  85.5  6e-16  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1427  DNA-N1-methyladenine dioxygenase  38.86 
 
 
230 aa  78.2  0.0000000000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011679  PHATR_46782  predicted protein  36.3 
 
 
352 aa  71.2  0.00000000001  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.211133  n/a   
 
 
-
 
NC_006682  CNM01450  conserved hypothetical protein  29.53 
 
 
425 aa  62  0.000000007  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009363  OSTLU_33669  predicted protein  31.53 
 
 
348 aa  55.8  0.0000005  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.421608  normal  0.0171071 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1654  2OG-Fe(II) oxygenase  25.52 
 
 
209 aa  49.7  0.00003  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
BN001302  ANIA_03958  oxidoreductase, 2OG-Fe(II) oxygenase family family (AFU_orthologue; AFUA_6G07990)  33.06 
 
 
359 aa  48.9  0.00005  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.310797  normal  0.0264233 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1341  2OG-Fe(II) oxygenase family oxidoreductase  38.41 
 
 
208 aa  48.9  0.00006  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.80983  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2489  2OG-Fe(II) oxygenase superfamily protein  38.41 
 
 
208 aa  48.9  0.00006  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0324  2OG-Fe(II) oxygenase family oxidoreductase  38.41 
 
 
208 aa  48.9  0.00006  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0601  2OG-Fe(II) oxygenase family oxidoreductase  38.41 
 
 
208 aa  48.9  0.00006  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0998792  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1300  2OG-Fe(II) oxygenase family oxidoreductase  38.41 
 
 
208 aa  48.9  0.00006  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1228  2OG-Fe(II) oxygenase family oxidoreductase  38.41 
 
 
208 aa  48.9  0.00006  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0967  2OG-Fe(II) oxygenase family oxidoreductase  38.41 
 
 
208 aa  48.9  0.00006  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0082  DNA-N1-methyladenine dioxygenase  31.25 
 
 
205 aa  47  0.0002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2665  2OG-Fe(II) oxygenase  28.16 
 
 
201 aa  47  0.0002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.453825  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3651  2OG-Fe(II) oxygenase  34.11 
 
 
212 aa  46.2  0.0003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4716  2OG-Fe(II) oxygenase  34.11 
 
 
212 aa  46.2  0.0003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.0853456 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0624  alkylated DNA repair protein  30.54 
 
 
194 aa  46.6  0.0003  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.137834  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>