108 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_0979 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007954  Sden_0979  2OG-Fe(II) oxygenase  100 
 
 		 255 aa  531  1e-150  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.716727  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2885  2OG-Fe(II) oxygenase  55.98 
 
 		 215 aa  228  9e-59  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3624  2OG-Fe(II) oxygenase  56.59 
 
 		 212 aa  227  1e-58  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.74743  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0944  2OG-Fe(II) oxygenase  56.83 
 
 		 219 aa  227  2e-58  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0969  DNA-N1-methyladenine dioxygenase  58.79 
 
 		 219 aa  226  3e-58  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0395263  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0933  DNA-N1-methyladenine dioxygenase  55.28 
 
 		 219 aa  226  3e-58  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.521325  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3106  2OG-Fe(II) oxygenase  47.56 
 
 		 235 aa  219  1.9999999999999999e-56  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0931  DNA-N1-methyladenine dioxygenase  53 
 
 		 219 aa  218  8.999999999999998e-56  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.306169  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0919  2OG-Fe(II) oxygenase  53.01 
 
 		 246 aa  217  1e-55  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0935  2OG-Fe(II) oxygenase  52.58 
 
 		 204 aa  217  1e-55  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.301635  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3568  2OG-Fe(II) oxygenase  53.01 
 
 		 232 aa  217  1e-55  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3443  2OG-Fe(II) oxygenase  53.01 
 
 		 244 aa  215  5.9999999999999996e-55  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3371  Alkylated DNA repair protein-like protein  53.01 
 
 		 246 aa  214  8e-55  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.647547  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3435  2OG-Fe(II) oxygenase  52.94 
 
 		 231 aa  213  2.9999999999999995e-54  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2547  2OG-Fe(II) oxygenase  53.23 
 
 		 206 aa  209  3e-53  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.754994 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1098  alkylated DNA repair protein  56.5 
 
 		 182 aa  208  5e-53  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1802  DNA-N1-methyladenine dioxygenase  49.02 
 
 		 194 aa  158  9e-38  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.431836  normal  0.363902 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21250  hypothetical protein  42.86 
 
 		 200 aa  154  9e-37  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1815  hypothetical protein  43.45 
 
 		 200 aa  153  2e-36  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30270  2OG-Fe(II) oxygenase superfamily protein  43.96 
 
 		 197 aa  153  2.9999999999999998e-36  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.685211  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0853  alkylated DNA repair protein  42.13 
 
 		 211 aa  150  3e-35  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.487927  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_13141  alkylated DNA repair protein  39.68 
 
 		 201 aa  148  7e-35  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.249611 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2055  DNA-N1-methyladenine dioxygenase  40 
 
 		 204 aa  142  5e-33  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.577188  normal  0.607057 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0803  2OG-Fe(II) oxygenase  40.8 
 
 		 217 aa  141  9e-33  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0448  2OG-Fe(II) oxygenase  42.05 
 
 		 210 aa  141  9.999999999999999e-33  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1109  2OG-Fe(II) oxygenase family protein  46.43 
 
 		 141 aa  139  4.999999999999999e-32  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0977  2OG-Fe(II) oxygenase  36.93 
 
 		 202 aa  135  5e-31  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.177384  normal  0.387362 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1654  2OG-Fe(II) oxygenase  38.89 
 
 		 209 aa  135  7.000000000000001e-31  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0575  DNA repair system specific for alkylated DNA  42.24 
 
 		 194 aa  133  1.9999999999999998e-30  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1487  DNA-N1-methyladenine dioxygenase  38.07 
 
 		 199 aa  133  3e-30  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.00541733  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0845  DNA-N1-methyladenine dioxygenase  35.64 
 
 		 203 aa  133  3e-30  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.893292 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0624  alkylated DNA repair protein  40.45 
 
 		 194 aa  132  7.999999999999999e-30  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.137834  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000801  alkylated DNA repair protein  38.51 
 
 		 202 aa  129  5.0000000000000004e-29  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000943917  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03669  alkylated DNA repair protein  36.22 
 
 		 213 aa  129  6e-29  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06700  hypothetical protein  41.4 
 
 		 202 aa  129  7.000000000000001e-29  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03179  DNA repair system specific for alkylated DNA  38.89 
 
 		 202 aa  128  1.0000000000000001e-28  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.204003  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1701  2OG-Fe(II) oxygenase  38.04 
 
 		 210 aa  126  3e-28  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.194502 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0088  2OG-Fe(II) oxygenase  35.76 
 
 		 208 aa  125  5e-28  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1572  2OG-Fe(II) oxygenase  36.91 
 
 		 202 aa  125  6e-28  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_07531  alkylated DNA repair protein  38.56 
 
 		 189 aa  125  7e-28  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  0.0198174 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1061  DNA-N1-methyladenine dioxygenase  40.28 
 
 		 214 aa  124  1e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0885098  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2665  2OG-Fe(II) oxygenase  37.58 
 
 		 201 aa  124  1e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.453825  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0278  hypothetical protein  37.36 
 
 		 202 aa  124  1e-27  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4109  2OG-Fe(II) oxygenase  35.29 
 
 		 201 aa  124  2e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0556288 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1341  2OG-Fe(II) oxygenase family oxidoreductase  41.55 
 
 		 208 aa  123  3e-27  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.80983  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2489  2OG-Fe(II) oxygenase superfamily protein  41.55 
 
 		 208 aa  123  3e-27  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0324  2OG-Fe(II) oxygenase family oxidoreductase  41.55 
 
 		 208 aa  123  3e-27  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0601  2OG-Fe(II) oxygenase family oxidoreductase  41.55 
 
 		 208 aa  123  3e-27  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0998792  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1300  2OG-Fe(II) oxygenase family oxidoreductase  41.55 
 
 		 208 aa  123  3e-27  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1228  2OG-Fe(II) oxygenase family oxidoreductase  41.55 
 
 		 208 aa  123  3e-27  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0967  2OG-Fe(II) oxygenase family oxidoreductase  41.55 
 
 		 208 aa  123  3e-27  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4574  2OG-Fe(II) oxygenase  35.29 
 
 		 217 aa  123  3e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.649978  hitchhiker  0.00000945237 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0082  DNA-N1-methyladenine dioxygenase  34.78 
 
 		 205 aa  122  6e-27  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0326  DNA-N1-methyladenine dioxygenase  39.66 
 
 		 199 aa  122  8e-27  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.00021613  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3651  2OG-Fe(II) oxygenase  40.14 
 
 		 212 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4716  2OG-Fe(II) oxygenase  40.14 
 
 		 212 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0853456 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3978  2OG-Fe(II) oxygenase  35.11 
 
 		 226 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0084294 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_07515  hypothetical protein  33.87 
 
 		 201 aa  121  9.999999999999999e-27  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1852  DNA-N1-methyladenine dioxygenase  38.89 
 
 		 203 aa  119  3.9999999999999996e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0472783  normal  0.0270125 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3800  DNA-N1-methyladenine dioxygenase  37.33 
 
 		 200 aa  119  3.9999999999999996e-26  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.173754 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5584  2OG-Fe(II) oxygenase  39.44 
 
 		 199 aa  119  3.9999999999999996e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00113591 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1031  2OG-Fe(II) oxygenase  35.33 
 
 		 202 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.952561  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1506  2OG-Fe(II) oxygenase family oxidoreductase  40.14 
 
 		 205 aa  116  3.9999999999999997e-25  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.224685  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1963  2OG-Fe(II) oxygenase  39.47 
 
 		 208 aa  114  2.0000000000000002e-24  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0550839  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5080  2OG-Fe(II) oxygenase  34.22 
 
 		 196 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.368788  normal  0.341703 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3770  alkylated DNA repair protein-like protein  37.25 
 
 		 206 aa  113  3e-24  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.51112  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0153  hypothetical protein  31.94 
 
 		 208 aa  113  3e-24  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4217  2OG-Fe(II) oxygenase family oxidoreductase  36.26 
 
 		 191 aa  112  6e-24  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.812072  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1374  2OG-Fe(II) oxygenase  35.53 
 
 		 201 aa  112  6e-24  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.883465  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0106  2OG-Fe(II) oxygenase  33.33 
 
 		 212 aa  112  9e-24  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00219711  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4807  2OG-Fe(II) oxygenase  32.26 
 
 		 203 aa  109  4.0000000000000004e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0143026  hitchhiker  0.00100646 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5209  2OG-Fe(II) oxygenase  34.59 
 
 		 211 aa  109  5e-23  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.0000059446  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2994  putative alkylated DNA repair protein  34.12 
 
 		 185 aa  107  2e-22  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.114405  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0520  2OG-Fe(II) oxygenase  40.49 
 
 		 195 aa  105  6e-22  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.106876  normal  0.285035 
 
 
-
 
BN001304  ANIA_07782  DNA repair family protein (AFU_orthologue; AFUA_5G14250)  41.84 
 
 		 335 aa  104  2e-21  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.701179  normal  0.593563 
 
 
-
 
NC_009374  OSTLU_9147  predicted protein  38.17 
 
 		 134 aa  99.4  5e-20  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  0.0742742 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0294  DNA-N1-methyladenine dioxygenase  31.51 
 
 		 182 aa  84  0.000000000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0644352  normal  0.158325 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11019  hypothetical protein  33.7 
 
 		 205 aa  84  0.000000000000002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.156547  normal  0.479084 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4812  hypothetical protein  30.4 
 
 		 202 aa  82.4  0.000000000000006  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0979353  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4278  hypothetical protein  29.83 
 
 		 198 aa  80.5  0.00000000000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.114281  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4364  hypothetical protein  29.83 
 
 		 198 aa  80.5  0.00000000000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.0439299 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4657  DNA-N1-methyladenine dioxygenase  29.28 
 
 		 198 aa  79.3  0.00000000000005  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.929403  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1921  hypothetical protein  32.08 
 
 		 202 aa  79.3  0.00000000000006  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.557252 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0185  hypothetical protein  30.26 
 
 		 207 aa  74.7  0.000000000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3962  DNA-N1-methyladenine dioxygenase  36.07 
 
 		 204 aa  73.6  0.000000000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.257753  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1203  putative alkylated DNA repair protein  37.7 
 
 		 208 aa  72  0.000000000008  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0397259  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5067  2OG-Fe(II) oxygenase  32.14 
 
 		 170 aa  70.9  0.00000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0515657  normal  0.0349586 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1259  DNA-N1-methyladenine dioxygenase  37.17 
 
 		 195 aa  70.1  0.00000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.802283  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2216  putative alkylated DNA repair protein  30.72 
 
 		 212 aa  70.1  0.00000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.68157  normal  0.0170627 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5351  putative alkylated DNA repair protein  36.52 
 
 		 195 aa  69.3  0.00000000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.568532  normal  0.707533 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3958  putative alkylated DNA repair protein  29.89 
 
 		 210 aa  67.8  0.0000000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.662565  normal  0.0938221 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0802  putative alkylated DNA repair protein  28.93 
 
 		 193 aa  65.1  0.000000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2137  DNA-N1-methyladenine dioxygenase  33.96 
 
 		 211 aa  63.5  0.000000003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0179753  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1653  putative alkylated DNA repair protein  31.25 
 
 		 226 aa  62  0.000000009  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0671  putative alkylated DNA repair protein  30.47 
 
 		 227 aa  61.6  0.00000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.22017  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_11770  DNA-N1-methyladenine dioxygenase  33.68 
 
 		 210 aa  61.6  0.00000001  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.109166  normal  1 
 
 
-
 
NC_011671  PHATR_44026  predicted protein  29.37 
 
 		 384 aa  60.5  0.00000002  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4046  DNA-N1-methyladenine dioxygenase  31.25 
 
 		 230 aa  57.8  0.0000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009364  OSTLU_26042  predicted protein  25.15 
 
 		 426 aa  56.6  0.0000003  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0723901  normal  1 
 
 
-
 
BN001307  ANIA_02527  isochorismatase family protein family (AFU_orthologue; AFUA_3G14500)  28.36 
 
 		 817 aa  56.2  0.0000005  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.674593  normal  0.39314 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>