105 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_1098 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_1098  alkylated DNA repair protein  100 
 
 		 182 aa  382  1e-105  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0933  DNA-N1-methyladenine dioxygenase  90.66 
 
 		 219 aa  347  6e-95  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.521325  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0969  DNA-N1-methyladenine dioxygenase  87.36 
 
 		 219 aa  340  7e-93  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0395263  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0931  DNA-N1-methyladenine dioxygenase  86.26 
 
 		 219 aa  335  1.9999999999999998e-91  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.306169  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3371  Alkylated DNA repair protein-like protein  82.42 
 
 		 246 aa  329  1e-89  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.647547  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0919  2OG-Fe(II) oxygenase  81.32 
 
 		 246 aa  328  3e-89  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3443  2OG-Fe(II) oxygenase  81.32 
 
 		 244 aa  324  5e-88  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0935  2OG-Fe(II) oxygenase  82.42 
 
 		 204 aa  323  8.000000000000001e-88  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.301635  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3568  2OG-Fe(II) oxygenase  80.22 
 
 		 232 aa  321  4e-87  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3435  2OG-Fe(II) oxygenase  67.4 
 
 		 231 aa  270  1e-71  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3624  2OG-Fe(II) oxygenase  69.27 
 
 		 212 aa  264  5.999999999999999e-70  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.74743  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3106  2OG-Fe(II) oxygenase  64.09 
 
 		 235 aa  258  5.0000000000000005e-68  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2885  2OG-Fe(II) oxygenase  64.8 
 
 		 215 aa  250  6e-66  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0944  2OG-Fe(II) oxygenase  58.56 
 
 		 219 aa  227  6e-59  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0979  2OG-Fe(II) oxygenase  56.5 
 
 		 255 aa  208  3e-53  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.716727  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2547  2OG-Fe(II) oxygenase  46.67 
 
 		 206 aa  181  6e-45  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.754994 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_13141  alkylated DNA repair protein  42.86 
 
 		 201 aa  134  9e-31  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.249611 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0853  alkylated DNA repair protein  45.16 
 
 		 211 aa  133  9.999999999999999e-31  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.487927  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0803  2OG-Fe(II) oxygenase  44.67 
 
 		 217 aa  129  3e-29  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1802  DNA-N1-methyladenine dioxygenase  44.44 
 
 		 194 aa  128  4.0000000000000003e-29  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.431836  normal  0.363902 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0448  2OG-Fe(II) oxygenase  44.44 
 
 		 210 aa  127  1.0000000000000001e-28  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_07531  alkylated DNA repair protein  45.1 
 
 		 189 aa  127  1.0000000000000001e-28  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  0.0198174 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2055  DNA-N1-methyladenine dioxygenase  40.8 
 
 		 204 aa  126  2.0000000000000002e-28  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.577188  normal  0.607057 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1815  hypothetical protein  41.1 
 
 		 200 aa  124  8.000000000000001e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21250  hypothetical protein  40.49 
 
 		 200 aa  124  1e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0088  2OG-Fe(II) oxygenase  40.59 
 
 		 208 aa  122  3e-27  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06700  hypothetical protein  42.5 
 
 		 202 aa  122  4e-27  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1654  2OG-Fe(II) oxygenase  37.85 
 
 		 209 aa  120  9e-27  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03179  DNA repair system specific for alkylated DNA  41.11 
 
 		 202 aa  119  3e-26  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.204003  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0082  DNA-N1-methyladenine dioxygenase  37.65 
 
 		 205 aa  118  4.9999999999999996e-26  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1487  DNA-N1-methyladenine dioxygenase  38.79 
 
 		 199 aa  118  4.9999999999999996e-26  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.00541733  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30270  2OG-Fe(II) oxygenase superfamily protein  42.04 
 
 		 197 aa  118  4.9999999999999996e-26  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.685211  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000801  alkylated DNA repair protein  39.26 
 
 		 202 aa  117  7.999999999999999e-26  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000943917  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2665  2OG-Fe(II) oxygenase  39.75 
 
 		 201 aa  117  9.999999999999999e-26  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.453825  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0845  DNA-N1-methyladenine dioxygenase  40.41 
 
 		 203 aa  117  9.999999999999999e-26  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.893292 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03669  alkylated DNA repair protein  36.52 
 
 		 213 aa  115  3e-25  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0575  DNA repair system specific for alkylated DNA  40.24 
 
 		 194 aa  114  6.9999999999999995e-25  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0278  hypothetical protein  41.83 
 
 		 202 aa  113  1.0000000000000001e-24  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0624  alkylated DNA repair protein  38.33 
 
 		 194 aa  113  2.0000000000000002e-24  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.137834  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1572  2OG-Fe(II) oxygenase  38.26 
 
 		 202 aa  111  4.0000000000000004e-24  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1109  2OG-Fe(II) oxygenase family protein  42.34 
 
 		 141 aa  109  2.0000000000000002e-23  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1701  2OG-Fe(II) oxygenase  38.41 
 
 		 210 aa  108  3e-23  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.194502 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3800  DNA-N1-methyladenine dioxygenase  37.58 
 
 		 200 aa  108  5e-23  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.173754 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1374  2OG-Fe(II) oxygenase  34.27 
 
 		 201 aa  105  4e-22  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.883465  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0106  2OG-Fe(II) oxygenase  35.71 
 
 		 212 aa  104  6e-22  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00219711  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0977  2OG-Fe(II) oxygenase  33.9 
 
 		 202 aa  104  8e-22  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.177384  normal  0.387362 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1061  DNA-N1-methyladenine dioxygenase  38.03 
 
 		 214 aa  102  2e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0885098  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1341  2OG-Fe(II) oxygenase family oxidoreductase  39.57 
 
 		 208 aa  102  4e-21  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.80983  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2489  2OG-Fe(II) oxygenase superfamily protein  39.57 
 
 		 208 aa  102  4e-21  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1852  DNA-N1-methyladenine dioxygenase  38.85 
 
 		 203 aa  102  4e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0472783  normal  0.0270125 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0324  2OG-Fe(II) oxygenase family oxidoreductase  39.57 
 
 		 208 aa  102  4e-21  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0601  2OG-Fe(II) oxygenase family oxidoreductase  39.57 
 
 		 208 aa  102  4e-21  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0998792  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1300  2OG-Fe(II) oxygenase family oxidoreductase  39.57 
 
 		 208 aa  102  4e-21  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1228  2OG-Fe(II) oxygenase family oxidoreductase  39.57 
 
 		 208 aa  102  4e-21  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0967  2OG-Fe(II) oxygenase family oxidoreductase  39.57 
 
 		 208 aa  102  4e-21  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1031  2OG-Fe(II) oxygenase  34.67 
 
 		 202 aa  101  5e-21  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.952561  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5080  2OG-Fe(II) oxygenase  36.9 
 
 		 196 aa  100  8e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.368788  normal  0.341703 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1506  2OG-Fe(II) oxygenase family oxidoreductase  39.57 
 
 		 205 aa  100  1e-20  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.224685  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3651  2OG-Fe(II) oxygenase  37.06 
 
 		 212 aa  100  1e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4109  2OG-Fe(II) oxygenase  38.03 
 
 		 201 aa  100  1e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0556288 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4716  2OG-Fe(II) oxygenase  37.06 
 
 		 212 aa  100  1e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0853456 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5584  2OG-Fe(II) oxygenase  37.59 
 
 		 199 aa  100  1e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00113591 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4574  2OG-Fe(II) oxygenase  38.03 
 
 		 217 aa  100  1e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.649978  hitchhiker  0.00000945237 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_07515  hypothetical protein  37.5 
 
 		 201 aa  99.8  2e-20  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4807  2OG-Fe(II) oxygenase  39.72 
 
 		 203 aa  99.4  3e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0143026  hitchhiker  0.00100646 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2994  putative alkylated DNA repair protein  34.18 
 
 		 185 aa  98.6  4e-20  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.114405  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0153  hypothetical protein  32.42 
 
 		 208 aa  98.2  5e-20  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4217  2OG-Fe(II) oxygenase family oxidoreductase  35.48 
 
 		 191 aa  98.2  6e-20  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.812072  n/a   
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0326  DNA-N1-methyladenine dioxygenase  37.79 
 
 		 199 aa  97.8  8e-20  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.00021613  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3978  2OG-Fe(II) oxygenase  39.16 
 
 		 226 aa  97.1  1e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0084294 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0520  2OG-Fe(II) oxygenase  39.87 
 
 		 195 aa  94.7  6e-19  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.106876  normal  0.285035 
 
 
-
 
BN001304  ANIA_07782  DNA repair family protein (AFU_orthologue; AFUA_5G14250)  44.53 
 
 		 335 aa  93.6  1e-18  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.701179  normal  0.593563 
 
 
-
 
NC_009374  OSTLU_9147  predicted protein  38.97 
 
 		 134 aa  92.4  3e-18  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  0.0742742 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1963  2OG-Fe(II) oxygenase  33.55 
 
 		 208 aa  92.4  3e-18  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0550839  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3770  alkylated DNA repair protein-like protein  32.68 
 
 		 206 aa  86.3  2e-16  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.51112  n/a   
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0294  DNA-N1-methyladenine dioxygenase  30.07 
 
 		 182 aa  63.2  0.000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0644352  normal  0.158325 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5067  2OG-Fe(II) oxygenase  27.61 
 
 		 170 aa  62.8  0.000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0515657  normal  0.0349586 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5209  2OG-Fe(II) oxygenase  34.78 
 
 		 211 aa  62.4  0.000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.0000059446  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5351  putative alkylated DNA repair protein  34.38 
 
 		 195 aa  58.9  0.00000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.568532  normal  0.707533 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1259  DNA-N1-methyladenine dioxygenase  35.11 
 
 		 195 aa  57.4  0.0000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.802283  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4278  hypothetical protein  33.06 
 
 		 198 aa  57  0.0000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.114281  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4364  hypothetical protein  33.06 
 
 		 198 aa  57  0.0000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.0439299 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4812  hypothetical protein  30.06 
 
 		 202 aa  56.6  0.0000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0979353  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4657  DNA-N1-methyladenine dioxygenase  33.06 
 
 		 198 aa  56.6  0.0000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.929403  normal  1 
 
 
-
 
NC_011671  PHATR_44026  predicted protein  30.77 
 
 		 384 aa  55.5  0.0000004  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3958  putative alkylated DNA repair protein  28.11 
 
 		 210 aa  55.5  0.0000004  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.662565  normal  0.0938221 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1203  putative alkylated DNA repair protein  37.93 
 
 		 208 aa  55.5  0.0000004  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0397259  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0671  putative alkylated DNA repair protein  30.43 
 
 		 227 aa  55.1  0.0000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.22017  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11019  hypothetical protein  37.78 
 
 		 205 aa  54.3  0.0000008  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.156547  normal  0.479084 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4046  DNA-N1-methyladenine dioxygenase  30.43 
 
 		 230 aa  52.8  0.000003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0185  hypothetical protein  29.03 
 
 		 207 aa  52.4  0.000004  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1921  hypothetical protein  32.77 
 
 		 202 aa  52.4  0.000004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.557252 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0802  putative alkylated DNA repair protein  35.16 
 
 		 193 aa  52  0.000005  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1653  putative alkylated DNA repair protein  28.57 
 
 		 226 aa  48.5  0.00005  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3962  DNA-N1-methyladenine dioxygenase  32.28 
 
 		 204 aa  48.1  0.00006  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.257753  n/a   
 
 
-
 
BN001307  ANIA_02527  isochorismatase family protein family (AFU_orthologue; AFUA_3G14500)  34.25 
 
 		 817 aa  47  0.0002  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.674593  normal  0.39314 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2216  putative alkylated DNA repair protein  32.97 
 
 		 212 aa  46.6  0.0002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.68157  normal  0.0170627 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_11770  DNA-N1-methyladenine dioxygenase  32.18 
 
 		 210 aa  46.2  0.0002  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.109166  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2137  DNA-N1-methyladenine dioxygenase  32.95 
 
 		 211 aa  44.3  0.001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0179753  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3446  2OG-Fe(II) oxygenase  25.5 
 
 		 207 aa  43.1  0.002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.000291875  hitchhiker  0.00000000435584 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>