More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rcas_4063 on replicon NC_009767
Organism: Roseiflexus castenholzii DSM 13941



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009767  Rcas_4063  UvrD/REP helicase  100 
 
 		 697 aa  1414    Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.21557  normal  0.035765 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2259  UvrD/REP helicase  80.54 
 
 		 710 aa  1153    Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0960519  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3757  UvrD/REP helicase  46.12 
 
 		 695 aa  592  1e-167  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  unclonable  0.0000385426  normal  1 
 
 
-
 
NC_011880  Cyan7425_5351  UvrD/REP helicase  38.89 
 
 		 695 aa  408  1.0000000000000001e-112  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.149775 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0743  plasmid stabilization system  35.52 
 
 		 712 aa  350  5e-95  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0589  UvrD/REP helicase  35.43 
 
 		 663 aa  328  2.0000000000000001e-88  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0064  putative DNA helicase  32.29 
 
 		 696 aa  187  7e-46  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1406  UvrD/REP helicase  31.84 
 
 		 708 aa  186  1.0000000000000001e-45  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.450912  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0810  UvrD/REP helicase  30.54 
 
 		 703 aa  178  3e-43  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0826  UvrD/REP helicase  30.54 
 
 		 703 aa  178  3e-43  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2733  UvrD/REP helicase  31.12 
 
 		 705 aa  174  6.999999999999999e-42  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.627467 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2326  putative DNA helicase  31.54 
 
 		 711 aa  172  2e-41  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2943  superfamily I DNA/RNA helicase-like protein  29.67 
 
 		 696 aa  172  3e-41  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0022  LexA repressor  26.42 
 
 		 819 aa  165  3e-39  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.000018035  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2728  UvrD/REP helicase  29.27 
 
 		 699 aa  162  2e-38  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.121618  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2859  UvrD/REP helicase  29.92 
 
 		 690 aa  158  3e-37  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4897  UvrD/REP helicase  28.74 
 
 		 705 aa  157  5.0000000000000005e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4831  ATP-dependent DNA helicase UvrD  28.54 
 
 		 704 aa  155  2e-36  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.366653  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5811  ATP-dependent DNA helicase, UvrD/REP family  28.54 
 
 		 704 aa  154  4e-36  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.859027 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3882  UvrD/REP helicase  28.54 
 
 		 704 aa  154  4e-36  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.229228  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2329  superfamily protein I DNA/RNA helicase  31.56 
 
 		 679 aa  146  1e-33  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1419  UvrD/REP helicase  28.04 
 
 		 706 aa  145  2e-33  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0809  LexA repressor  24.51 
 
 		 815 aa  145  4e-33  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.642499  hitchhiker  0.0000861607 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1352  UvrD/REP helicase  27.1 
 
 		 712 aa  142  1.9999999999999998e-32  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.541991 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_35190  DNA/RNA helicase, superfamily I  28.43 
 
 		 737 aa  137  5e-31  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3032  UvrD/REP family ATP-dependent DNA helicase  28.69 
 
 		 687 aa  136  9.999999999999999e-31  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.722257  normal  0.242361 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4174  UvrD/REP helicase  27.62 
 
 		 716 aa  135  1.9999999999999998e-30  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4504  UvrD/REP helicase  28.21 
 
 		 809 aa  133  1.0000000000000001e-29  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3368  NERD domain protein  28.83 
 
 		 734 aa  131  4.0000000000000003e-29  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000355781 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2325  hypothetical protein  27.55 
 
 		 759 aa  130  8.000000000000001e-29  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0788129  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1939  NERD domain-containing protein  27.98 
 
 		 700 aa  127  7e-28  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00843241 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3349  hypothetical protein  27.91 
 
 		 673 aa  126  1e-27  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.038988  normal  0.770189 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0467  UvrD/REP helicase  29.46 
 
 		 603 aa  126  2e-27  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.82885  normal  0.469599 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5423  UvrD/REP helicase  29.08 
 
 		 821 aa  123  9.999999999999999e-27  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0106532  normal  0.207547 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8440  UvrD/REP helicase  28.83 
 
 		 685 aa  122  3e-26  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3740  UvrD/REP helicase  26.78 
 
 		 752 aa  117  6.9999999999999995e-25  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0110  putative DNA helicase  27.27 
 
 		 659 aa  117  8.999999999999998e-25  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.609607 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1246  UvrD/REP helicase  28.21 
 
 		 662 aa  112  2.0000000000000002e-23  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.176029  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_6025  UvrD/REP helicase  27.73 
 
 		 737 aa  109  1e-22  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1108  hypothetical protein  31.91 
 
 		 593 aa  109  2e-22  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.290007  normal  0.36043 
 
 
-
 
NC_003296  RS02993  hypothetical protein  33.59 
 
 		 612 aa  103  1e-20  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.000145899  normal  0.116581 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3085  UvrD/Rep helicase  27.01 
 
 		 717 aa  102  3e-20  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.173371  hitchhiker  0.00106438 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1320  superfamily I DNA/RNA helicase  24.42 
 
 		 683 aa  99  3e-19  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.875169  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3682  NERD domain-containing protein  31.87 
 
 		 601 aa  98.6  4e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.023391  normal  0.021571 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0055  UvrD/REP helicase  25.11 
 
 		 671 aa  98.6  4e-19  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0545819  normal  0.378623 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0355  UvrD/REP helicase  26.92 
 
 		 714 aa  97.8  6e-19  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4619  hypothetical protein  32.94 
 
 		 615 aa  94  8e-18  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.502486 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3974  hypothetical protein  32.41 
 
 		 607 aa  93.2  1e-17  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.335001 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4061  superfamily I DNA/RNA helicase-like protein  26 
 
 		 1107 aa  83.6  0.00000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1772  DNA helicase II  30.89 
 
 		 619 aa  83.2  0.00000000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1546  UvrD/REP helicase  22.32 
 
 		 564 aa  83.2  0.00000000000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.924385  hitchhiker  0.000024327 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4005  hypothetical protein  30.4 
 
 		 610 aa  82.8  0.00000000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.467683  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0116  hypothetical protein  25.8 
 
 		 335 aa  80.5  0.00000000000009  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.756885 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1299  NERD domain protein  30.04 
 
 		 593 aa  76.6  0.000000000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4939  DNA helicase II  30.04 
 
 		 613 aa  76.3  0.000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.891198  normal  0.619317 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0222  UvrD/REP helicase  21.79 
 
 		 666 aa  76.3  0.000000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.00000045018  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2959  NERD domain-containing protein  28.17 
 
 		 625 aa  73.9  0.000000000009  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0254  UvrD/REP helicase  24.61 
 
 		 1232 aa  73.9  0.00000000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.764036  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2383  TPR repeat-containing protein  21.44 
 
 		 1421 aa  73.6  0.00000000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.823331 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2483  UvrD/REP helicase  28.62 
 
 		 1127 aa  72.8  0.00000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1758  UvrD/REP helicase  26.75 
 
 		 1244 aa  68.9  0.0000000003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5380  DNA helicase II  26.05 
 
 		 619 aa  68.6  0.0000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4891  hypothetical protein  30 
 
 		 616 aa  68.2  0.0000000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.412698  normal  0.98473 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1771  UvrD/REP helicase  25.27 
 
 		 508 aa  68.2  0.0000000005  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.734897  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4539  UvrD/REP helicase  36.64 
 
 		 1067 aa  67.8  0.0000000007  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2478  UvrD/REP helicase  26.71 
 
 		 917 aa  66.2  0.000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0982  UvrD/REP helicase  43.06 
 
 		 731 aa  66.2  0.000000002  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.158215  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0419  DNA-dependent helicase II  40.2 
 
 		 721 aa  66.2  0.000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.590239  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0285  ATP-dependent DNA helicase PcrA  22.04 
 
 		 741 aa  65.5  0.000000003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0453  DNA helicase II  24.38 
 
 		 735 aa  65.5  0.000000003  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.723252  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0080  DNA-dependent helicase II  42.86 
 
 		 724 aa  65.1  0.000000004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00351  DNA-dependent helicase II  44.57 
 
 		 724 aa  65.1  0.000000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0807  hypothetical protein  29.6 
 
 		 616 aa  65.1  0.000000004  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0008  UvrD/REP helicase  39.42 
 
 		 723 aa  65.1  0.000000004  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.680024  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0545  DNA-dependent helicase II  44.59 
 
 		 720 aa  64.7  0.000000005  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0748  UvrD/REP helicase  45 
 
 		 653 aa  65.1  0.000000005  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00311747  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4007  DNA-dependent helicase II  44.59 
 
 		 720 aa  65.1  0.000000005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.984144  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1306  ATP-dependent DNA helicase  25.24 
 
 		 702 aa  64.7  0.000000005  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0100895  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0209  DNA-dependent helicase II  44.59 
 
 		 720 aa  64.7  0.000000005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3397  DNA-dependent helicase II  38.71 
 
 		 727 aa  64.7  0.000000006  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2302  superfamily I DNA/RNA helicase-like protein  27.63 
 
 		 607 aa  64.7  0.000000006  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5352  DNA-dependent helicase II  42.17 
 
 		 728 aa  64.3  0.000000007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.138491 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5130  DNA-dependent helicase II  42.17 
 
 		 729 aa  64.3  0.000000007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.228367 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5260  DNA-dependent helicase II  42.17 
 
 		 728 aa  64.3  0.000000007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.658271 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5401  DNA-dependent helicase II  42.17 
 
 		 728 aa  64.3  0.000000007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0541595 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1911  UvrD/REP helicase  25.98 
 
 		 742 aa  63.9  0.000000008  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.306722  normal  0.156803 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0076  DNA helicase II  28.17 
 
 		 632 aa  63.9  0.000000009  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0080  DNA helicase II  43.68 
 
 		 721 aa  63.9  0.000000009  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0398  UvrD/REP helicase  46.15 
 
 		 768 aa  63.5  0.00000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3385  DNA-dependent helicase II  38.71 
 
 		 726 aa  63.5  0.00000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2878  DNA and RNA helicase  36.36 
 
 		 1050 aa  63.5  0.00000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.015904  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1094  hypothetical protein  26.16 
 
 		 588 aa  63.5  0.00000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_5049  UvrD/REP helicase  37.21 
 
 		 1062 aa  63.9  0.00000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0107382 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0484  DNA-dependent helicase II  37.25 
 
 		 722 aa  63.2  0.00000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0047  ATP-dependent DNA helicase Rep  33.86 
 
 		 849 aa  63.5  0.00000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.760315  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0468  DNA-dependent helicase II  37.25 
 
 		 721 aa  63.5  0.00000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000657213  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1110  hypothetical protein  22.67 
 
 		 702 aa  63.5  0.00000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.924141 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002086  ATP-dependent DNA helicase UvrD/PcrA  52.38 
 
 		 724 aa  63.9  0.00000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2571  DNA-dependent helicase II  52.38 
 
 		 723 aa  63.9  0.00000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2812  UvrD/REP helicase  26.11 
 
 		 719 aa  63.9  0.00000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>