195 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SeD_A4939 on replicon NC_011205
Organism: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010498  EcSMS35_4891  hypothetical protein  62.68 
 
 		 616 aa  829    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.412698  normal  0.98473 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4939  DNA helicase II  100 
 
 		 613 aa  1282    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.891198  normal  0.619317 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0807  hypothetical protein  48.95 
 
 		 616 aa  590  1e-167  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1772  DNA helicase II  42.77 
 
 		 619 aa  500  1e-140  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0076  DNA helicase II  40.81 
 
 		 632 aa  458  1e-127  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4619  hypothetical protein  39.42 
 
 		 615 aa  456  1e-127  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.502486 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1108  hypothetical protein  40.99 
 
 		 593 aa  455  1.0000000000000001e-126  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.290007  normal  0.36043 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3682  NERD domain-containing protein  39.74 
 
 		 601 aa  438  1e-121  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.023391  normal  0.021571 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4005  hypothetical protein  39.8 
 
 		 610 aa  437  1e-121  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.467683  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3974  hypothetical protein  39.27 
 
 		 607 aa  433  1e-120  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.335001 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5380  DNA helicase II  38.91 
 
 		 619 aa  412  1e-113  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02993  hypothetical protein  38.26 
 
 		 612 aa  401  9.999999999999999e-111  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.000145899  normal  0.116581 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39740  DNA helicase  33.23 
 
 		 615 aa  363  7.0000000000000005e-99  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0820371  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2959  NERD domain-containing protein  33.49 
 
 		 625 aa  358  9.999999999999999e-98  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4277  DNA helicase II  43.27 
 
 		 314 aa  234  3e-60  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.260274  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2302  superfamily I DNA/RNA helicase-like protein  27.06 
 
 		 607 aa  194  4e-48  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1299  NERD domain protein  28.34 
 
 		 593 aa  174  5.999999999999999e-42  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1094  hypothetical protein  26.05 
 
 		 588 aa  111  4.0000000000000004e-23  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2139  hypothetical protein  26 
 
 		 617 aa  91.3  5e-17  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_35190  DNA/RNA helicase, superfamily I  23.79 
 
 		 737 aa  90.1  1e-16  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5264  hypothetical protein  24.82 
 
 		 617 aa  90.1  1e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0359  hypothetical protein  23.33 
 
 		 827 aa  87.4  6e-16  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  unclonable  0.000526889  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4174  UvrD/REP helicase  27.65 
 
 		 716 aa  87.4  6e-16  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2943  superfamily I DNA/RNA helicase-like protein  27.24 
 
 		 696 aa  85.5  0.000000000000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1246  UvrD/REP helicase  25.75 
 
 		 662 aa  84  0.000000000000007  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.176029  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1406  UvrD/REP helicase  25.58 
 
 		 708 aa  83.6  0.000000000000009  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.450912  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0738  hypothetical protein  25.82 
 
 		 631 aa  83.6  0.000000000000009  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0064  putative DNA helicase  25.58 
 
 		 696 aa  82  0.00000000000003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1419  UvrD/REP helicase  28.23 
 
 		 706 aa  80.9  0.00000000000006  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3349  hypothetical protein  24.03 
 
 		 673 aa  79.7  0.0000000000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.038988  normal  0.770189 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2859  UvrD/REP helicase  26.97 
 
 		 690 aa  78.2  0.0000000000005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1680  NERD domain-containing protein  24.48 
 
 		 568 aa  77.4  0.0000000000007  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2424  NERD domain protein  22.37 
 
 		 559 aa  76.6  0.000000000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  decreased coverage  0.0000000438453  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0809  LexA repressor  25.86 
 
 		 815 aa  76.3  0.000000000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.642499  hitchhiker  0.0000861607 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4099  NERD domain-contain protein  22.24 
 
 		 606 aa  76.3  0.000000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4063  UvrD/REP helicase  30.04 
 
 		 697 aa  76.3  0.000000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.21557  normal  0.035765 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3368  NERD domain protein  27.67 
 
 		 734 aa  75.5  0.000000000003  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000355781 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1320  superfamily I DNA/RNA helicase  27.76 
 
 		 683 aa  74.7  0.000000000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.875169  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0810  UvrD/REP helicase  25.19 
 
 		 703 aa  74.7  0.000000000005  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0826  UvrD/REP helicase  25.19 
 
 		 703 aa  74.7  0.000000000005  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_6025  UvrD/REP helicase  30.12 
 
 		 737 aa  74.7  0.000000000005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3740  UvrD/REP helicase  25.19 
 
 		 752 aa  74.3  0.000000000006  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3085  UvrD/Rep helicase  27.45 
 
 		 717 aa  74.3  0.000000000006  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.173371  hitchhiker  0.00106438 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001515  hypothetical protein  25.53 
 
 		 634 aa  74.3  0.000000000007  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.431863  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0239  NERD domain-containing protein  23.41 
 
 		 579 aa  73.6  0.000000000009  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1080  AAA ATPase  23.56 
 
 		 1136 aa  72  0.00000000003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2728  UvrD/REP helicase  25.29 
 
 		 699 aa  68.9  0.0000000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.121618  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0847  hypothetical protein  22.18 
 
 		 549 aa  68.2  0.0000000004  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.20557  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0055  UvrD/REP helicase  24.44 
 
 		 671 aa  68.2  0.0000000005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0545819  normal  0.378623 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4504  UvrD/REP helicase  29.65 
 
 		 809 aa  67.8  0.0000000006  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0342  NERD domain protein  22.76 
 
 		 550 aa  67  0.0000000009  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0022  LexA repressor  25.59 
 
 		 819 aa  67  0.0000000009  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.000018035  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2326  putative DNA helicase  24.91 
 
 		 711 aa  67  0.000000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2440  pentapeptide repeat protein  25.25 
 
 		 830 aa  66.2  0.000000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8440  UvrD/REP helicase  23.94 
 
 		 685 aa  65.9  0.000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011880  Cyan7425_5351  UvrD/REP helicase  27.97 
 
 		 695 aa  66.2  0.000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.149775 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0355  UvrD/REP helicase  23.74 
 
 		 714 aa  66.2  0.000000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1146  hypothetical protein  23.01 
 
 		 551 aa  65.9  0.000000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2733  UvrD/REP helicase  25.19 
 
 		 705 aa  65.9  0.000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.627467 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0745  UvrD/REP helicase  29.31 
 
 		 655 aa  64.7  0.000000004  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3757  UvrD/REP helicase  26.92 
 
 		 695 aa  65.1  0.000000004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  unclonable  0.0000385426  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1706  NERD domain protein  24.52 
 
 		 541 aa  65.1  0.000000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.516506  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3032  UvrD/REP family ATP-dependent DNA helicase  27.21 
 
 		 687 aa  64.7  0.000000005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.722257  normal  0.242361 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0827  hypothetical protein  21.76 
 
 		 563 aa  64.3  0.000000007  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0844  hypothetical protein  21.76 
 
 		 563 aa  64.3  0.000000007  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1352  UvrD/REP helicase  24.91 
 
 		 712 aa  63.9  0.000000009  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.541991 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3670  pentapeptide repeat protein  24.62 
 
 		 830 aa  63.2  0.00000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.414516  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0729  hypothetical protein  27.88 
 
 		 574 aa  62.8  0.00000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2259  UvrD/REP helicase  27.88 
 
 		 710 aa  62.4  0.00000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0960519  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0351  hypothetical protein  24.51 
 
 		 388 aa  60.8  0.00000007  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0328547  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2325  hypothetical protein  28.36 
 
 		 759 aa  60.8  0.00000007  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0788129  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0589  UvrD/REP helicase  27.06 
 
 		 663 aa  60.5  0.00000008  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2572  UvrD/Rep helicase family protein  26.98 
 
 		 689 aa  60.5  0.00000009  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000433537  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0743  plasmid stabilization system  26.19 
 
 		 712 aa  59.7  0.0000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0467  UvrD/REP helicase  22.18 
 
 		 603 aa  60.1  0.0000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.82885  normal  0.469599 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4896  NERD domain protein  21.48 
 
 		 564 aa  60.1  0.0000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0805838 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2623  uvrD/Rep helicase family protein  27.38 
 
 		 689 aa  58.9  0.0000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.000508135  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2615  UvrD/Rep helicase family protein  27.17 
 
 		 691 aa  59.3  0.0000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.000204354  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2539  UvrD/Rep helicase family protein  27.38 
 
 		 689 aa  58.9  0.0000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.0000078955  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2814  uvrD/Rep helicase family protein  27.38 
 
 		 689 aa  58.9  0.0000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  unclonable  0.0000000183326  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0422  hypothetical protein  29.41 
 
 		 554 aa  59.7  0.0000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5176  hypothetical protein  22.91 
 
 		 551 aa  59.7  0.0000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.798305 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2861  uvrD/Rep helicase family protein  27.56 
 
 		 689 aa  59.3  0.0000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.000000106246  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0285  NERD domain protein  23.38 
 
 		 540 aa  58.9  0.0000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1939  NERD domain-containing protein  27.24 
 
 		 700 aa  59.7  0.0000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00843241 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4061  superfamily I DNA/RNA helicase-like protein  27.27 
 
 		 1107 aa  58.9  0.0000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2823  UvrD/Rep helicase family protein  26.59 
 
 		 691 aa  58.5  0.0000004  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.271387  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1546  UvrD/REP helicase  25.55 
 
 		 564 aa  58.5  0.0000004  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.924385  hitchhiker  0.000024327 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3742  UvrD/REP helicase  27.22 
 
 		 1142 aa  57.8  0.0000006  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.404574  normal  0.909717 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1013  hypothetical protein  22.09 
 
 		 726 aa  57.4  0.0000008  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2821  uvrD/Rep helicase family protein  26.98 
 
 		 689 aa  57  0.0000009  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00000000164243 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3351  NERD domain-containing protein  21.13 
 
 		 557 aa  56.6  0.000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.164276  hitchhiker  0.000169391 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2839  uvrD/Rep helicase family protein  26.51 
 
 		 689 aa  57  0.000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  unclonable  0.00000185117  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2469  UvrD/Rep helicase family protein  26.77 
 
 		 691 aa  56.6  0.000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.00119782  normal  0.334322 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0776  UvrD/REP helicase  28.48 
 
 		 1143 aa  56.2  0.000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.240899 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0089  ATP-dependent DNA helicase PcrA  29.21 
 
 		 742 aa  55.5  0.000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0413312  decreased coverage  0.000000100763 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0969  hypothetical protein  21.88 
 
 		 726 aa  55.5  0.000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0875  hypothetical protein  25.51 
 
 		 712 aa  54.3  0.000006  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1359  hypothetical protein  22.4 
 
 		 554 aa  54.3  0.000006  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1296  hypothetical protein  22.16 
 
 		 669 aa  53.9  0.000008  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0263973  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>