More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_4504 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_4504  UvrD/REP helicase  100 
 
 		 809 aa  1616    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3368  NERD domain protein  41.98 
 
 		 734 aa  467  9.999999999999999e-131  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000355781 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1939  NERD domain-containing protein  38.43 
 
 		 700 aa  436  1e-121  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00843241 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1549  hypothetical protein  75.92 
 
 		 465 aa  298  2e-79  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.400172  normal  0.819759 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4897  UvrD/REP helicase  30.64 
 
 		 705 aa  201  6e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1419  UvrD/REP helicase  30.83 
 
 		 706 aa  196  2e-48  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1352  UvrD/REP helicase  31.46 
 
 		 712 aa  195  3e-48  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.541991 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4831  ATP-dependent DNA helicase UvrD  30.63 
 
 		 704 aa  192  2e-47  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.366653  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5811  ATP-dependent DNA helicase, UvrD/REP family  30.83 
 
 		 704 aa  192  2e-47  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.859027 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3882  UvrD/REP helicase  30.63 
 
 		 704 aa  192  2e-47  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.229228  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2733  UvrD/REP helicase  34 
 
 		 705 aa  182  2.9999999999999997e-44  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.627467 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0810  UvrD/REP helicase  30.58 
 
 		 703 aa  178  3e-43  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0826  UvrD/REP helicase  30.58 
 
 		 703 aa  178  3e-43  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0064  putative DNA helicase  32.27 
 
 		 696 aa  178  4e-43  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1320  superfamily I DNA/RNA helicase  32.02 
 
 		 683 aa  175  1.9999999999999998e-42  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.875169  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2728  UvrD/REP helicase  32.18 
 
 		 699 aa  175  2.9999999999999996e-42  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.121618  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1406  UvrD/REP helicase  30.23 
 
 		 708 aa  163  1e-38  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.450912  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4174  UvrD/REP helicase  30.13 
 
 		 716 aa  163  1e-38  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_6025  UvrD/REP helicase  29.69 
 
 		 737 aa  160  9e-38  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0467  UvrD/REP helicase  31.21 
 
 		 603 aa  159  2e-37  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.82885  normal  0.469599 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0110  putative DNA helicase  32.27 
 
 		 659 aa  155  2e-36  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.609607 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2859  UvrD/REP helicase  29.73 
 
 		 690 aa  150  8e-35  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3349  hypothetical protein  29.36 
 
 		 673 aa  150  1.0000000000000001e-34  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.038988  normal  0.770189 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2325  hypothetical protein  30.77 
 
 		 759 aa  148  3e-34  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0788129  n/a   
 
 
-
 
NC_011880  Cyan7425_5351  UvrD/REP helicase  29.39 
 
 		 695 aa  145  2e-33  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.149775 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2943  superfamily I DNA/RNA helicase-like protein  29.96 
 
 		 696 aa  145  3e-33  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1246  UvrD/REP helicase  30.74 
 
 		 662 aa  143  9.999999999999999e-33  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.176029  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0355  UvrD/REP helicase  30.26 
 
 		 714 aa  142  1.9999999999999998e-32  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3085  UvrD/Rep helicase  29.94 
 
 		 717 aa  142  3e-32  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.173371  hitchhiker  0.00106438 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_35190  DNA/RNA helicase, superfamily I  30.72 
 
 		 737 aa  141  4.999999999999999e-32  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2259  UvrD/REP helicase  28.34 
 
 		 710 aa  135  3e-30  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0960519  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4063  UvrD/REP helicase  28.21 
 
 		 697 aa  133  2.0000000000000002e-29  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.21557  normal  0.035765 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0743  plasmid stabilization system  28.84 
 
 		 712 aa  130  8.000000000000001e-29  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0589  UvrD/REP helicase  31.14 
 
 		 663 aa  128  4.0000000000000003e-28  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2326  putative DNA helicase  28.33 
 
 		 711 aa  127  7e-28  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2329  superfamily protein I DNA/RNA helicase  30.08 
 
 		 679 aa  125  2e-27  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3740  UvrD/REP helicase  30.8 
 
 		 752 aa  125  3e-27  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3757  UvrD/REP helicase  29.09 
 
 		 695 aa  124  7e-27  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  unclonable  0.0000385426  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5423  UvrD/REP helicase  28.84 
 
 		 821 aa  120  9.999999999999999e-26  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0106532  normal  0.207547 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0022  LexA repressor  21.93 
 
 		 819 aa  120  9.999999999999999e-26  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.000018035  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8440  UvrD/REP helicase  27.86 
 
 		 685 aa  100  1e-19  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1546  UvrD/REP helicase  24.28 
 
 		 564 aa  95.9  3e-18  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.924385  hitchhiker  0.000024327 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0809  LexA repressor  23.37 
 
 		 815 aa  95.5  3e-18  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.642499  hitchhiker  0.0000861607 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0222  UvrD/REP helicase  23.81 
 
 		 666 aa  90.1  1e-16  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.00000045018  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2383  TPR repeat-containing protein  27.34 
 
 		 1421 aa  88.6  4e-16  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.823331 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3032  UvrD/REP family ATP-dependent DNA helicase  28.04 
 
 		 687 aa  86.3  0.000000000000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.722257  normal  0.242361 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4061  superfamily I DNA/RNA helicase-like protein  26.42 
 
 		 1107 aa  86.7  0.000000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_11400  DNA/RNA helicase, superfamily I  29.31 
 
 		 710 aa  86.7  0.000000000000002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0530  superfamily I DNA/RNA helicase  28.74 
 
 		 712 aa  85.1  0.000000000000005  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1108  hypothetical protein  30.04 
 
 		 593 aa  81.6  0.00000000000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.290007  normal  0.36043 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1219  UvrD/REP helicase  27.25 
 
 		 706 aa  80.5  0.0000000000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.868419  normal  0.377243 
 
 
-
 
NC_002936  DET1196  ATP-dependent DNA helicase PcrA  24.69 
 
 		 738 aa  80.1  0.0000000000002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1007  UvrD/REP helicase  24.44 
 
 		 738 aa  80.1  0.0000000000002  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_979  UvrD/REP helicase  24.69 
 
 		 738 aa  79.7  0.0000000000002  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_19150  DNA/RNA helicase, superfamily I  31.63 
 
 		 704 aa  78.2  0.0000000000006  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.0763962 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0445  UvrD/REP helicase  24.24 
 
 		 515 aa  77.4  0.000000000001  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00058157 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0670  ATP-dependent DNA helicase PcrA  25.12 
 
 		 833 aa  77  0.000000000001  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.117887 
 
 
-
 
NC_009359  OSTLU_917  predicted protein  25.45 
 
 		 657 aa  75.9  0.000000000003  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.770015  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5380  DNA helicase II  29.92 
 
 		 619 aa  74.7  0.000000000007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3807  UvrD/REP helicase  28.32 
 
 		 708 aa  73.6  0.00000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00612818 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0754  ATP-dependent DNA helicase Rep  24.5 
 
 		 587 aa  73.6  0.00000000001  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.643559  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3742  UvrD/REP helicase  31.98 
 
 		 1142 aa  73.6  0.00000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.404574  normal  0.909717 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3682  NERD domain-containing protein  29.67 
 
 		 601 aa  73.9  0.00000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.023391  normal  0.021571 
 
 
-
 
NC_006055  Mfl566  repair endonuclease ATP-dependent DNA helicase  22.89 
 
 		 723 aa  73.2  0.00000000002  Mesoplasma florum L1  Bacteria  hitchhiker  0.0000546872  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2701  UvrD/REP helicase  27.36 
 
 		 686 aa  72.4  0.00000000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.311884  normal  0.28531 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_02290  ATP-dependent DNA helicase PcrA  24.12 
 
 		 715 aa  72  0.00000000004  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000712312  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1410  UvrD/REP helicase  21.9 
 
 		 676 aa  71.6  0.00000000005  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4005  hypothetical protein  28.86 
 
 		 610 aa  71.6  0.00000000005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.467683  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0548  UvrD/REP helicase  28.39 
 
 		 745 aa  71.6  0.00000000006  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.254513  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2355  UvrD/REP helicase  22.86 
 
 		 724 aa  71.2  0.00000000007  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  unclonable  0.0000000607129  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2813  UvrD/REP helicase  22.75 
 
 		 754 aa  71.2  0.00000000007  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006685  CNC06510  ATP-dependent DNA helicase pcra, putative  24.25 
 
 		 982 aa  70.9  0.00000000008  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0930  ATP-dependent DNA helicase PcrA  26.65 
 
 		 837 aa  70.9  0.00000000009  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3808  hypothetical protein  30.69 
 
 		 331 aa  70.9  0.00000000009  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011775  BCG9842_0092  helicase, UvrD/Rep family  20.27 
 
 		 666 aa  70.9  0.00000000009  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6025  UvrD/REP helicase  27.88 
 
 		 787 aa  70.5  0.0000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2965  UvrD/REP helicase  28.94 
 
 		 682 aa  70.5  0.0000000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.460273  normal  0.889017 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0258  UvrD/REP helicase  26.42 
 
 		 685 aa  70.9  0.0000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3362  UvrD family helicase  23.43 
 
 		 630 aa  70.5  0.0000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.753608  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1696  UvrD/REP helicase  24.23 
 
 		 793 aa  70.9  0.0000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.99054 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2580  ATP-dependent DNA helicase PcrA  27.48 
 
 		 754 aa  69.7  0.0000000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1719  UvrD/REP helicase  28.98 
 
 		 646 aa  70.1  0.0000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.571128  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3046  UvrD/REP helicase  27.04 
 
 		 697 aa  69.3  0.0000000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.672611  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0230  UvrD/REP helicase  27.46 
 
 		 686 aa  70.1  0.0000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0745  UvrD/REP helicase  24.87 
 
 		 655 aa  70.1  0.0000000002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1771  UvrD/REP helicase  28.48 
 
 		 508 aa  69.7  0.0000000002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.734897  normal  1 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0964  UvrD/REP helicase  21 
 
 		 735 aa  68.9  0.0000000003  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2539  ATP-dependent DNA helicase PcrA  25.61 
 
 		 858 aa  68.9  0.0000000003  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.676904  normal  0.762866 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4619  hypothetical protein  31.58 
 
 		 615 aa  68.9  0.0000000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.502486 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4600  UvrD/REP helicase  24.6 
 
 		 758 aa  68.6  0.0000000004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.000134986  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1590  UvrD/REP helicase  24.48 
 
 		 790 aa  68.6  0.0000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3101  DNA helicase II  26.98 
 
 		 709 aa  68.2  0.0000000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.546852  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2699  UvrD/REP helicase  26.98 
 
 		 709 aa  68.2  0.0000000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.506078  hitchhiker  0.00000113903 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10967  ATP-dependent DNA helicase II uvrD1  26.09 
 
 		 771 aa  68.6  0.0000000005  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.227085 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1443  ATP-dependent DNA helicase PcrA  22.56 
 
 		 729 aa  68.2  0.0000000006  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.520259  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4939  DNA helicase II  29.65 
 
 		 613 aa  67.8  0.0000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.891198  normal  0.619317 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1772  DNA helicase II  27.63 
 
 		 619 aa  67.8  0.0000000008  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2919  UvrD/REP helicase  22.19 
 
 		 621 aa  67.8  0.0000000008  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2743  UvrD/REP helicase  27.05 
 
 		 688 aa  67.8  0.0000000009  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1516  UvrD/REP helicase  25.86 
 
 		 688 aa  67.4  0.0000000009  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.200062  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>