More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ndas_0467 on replicon NC_014210
Organism: Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007333  Tfu_2329  superfamily protein I DNA/RNA helicase  57.69 
 
 		 679 aa  659    Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0467  UvrD/REP helicase  100 
 
 		 603 aa  1201    Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.82885  normal  0.469599 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1406  UvrD/REP helicase  48.14 
 
 		 708 aa  400  9.999999999999999e-111  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.450912  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2728  UvrD/REP helicase  46.39 
 
 		 699 aa  400  9.999999999999999e-111  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.121618  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0810  UvrD/REP helicase  41.79 
 
 		 703 aa  365  1e-99  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0826  UvrD/REP helicase  41.79 
 
 		 703 aa  365  1e-99  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0064  putative DNA helicase  41.95 
 
 		 696 aa  351  2e-95  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2733  UvrD/REP helicase  41.02 
 
 		 705 aa  343  5e-93  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.627467 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8440  UvrD/REP helicase  43.47 
 
 		 685 aa  329  1.0000000000000001e-88  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3032  UvrD/REP family ATP-dependent DNA helicase  42.56 
 
 		 687 aa  309  8e-83  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.722257  normal  0.242361 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2326  putative DNA helicase  41.63 
 
 		 711 aa  290  5.0000000000000004e-77  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0110  putative DNA helicase  38.32 
 
 		 659 aa  281  2e-74  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.609607 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_35190  DNA/RNA helicase, superfamily I  37.1 
 
 		 737 aa  281  2e-74  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0355  UvrD/REP helicase  37.4 
 
 		 714 aa  265  2e-69  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1419  UvrD/REP helicase  35.26 
 
 		 706 aa  262  1e-68  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_6025  UvrD/REP helicase  36.14 
 
 		 737 aa  252  1e-65  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1352  UvrD/REP helicase  32.51 
 
 		 712 aa  249  1e-64  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.541991 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2943  superfamily I DNA/RNA helicase-like protein  35.27 
 
 		 696 aa  242  2e-62  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3882  UvrD/REP helicase  33.88 
 
 		 704 aa  241  2e-62  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.229228  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5811  ATP-dependent DNA helicase, UvrD/REP family  33.88 
 
 		 704 aa  242  2e-62  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.859027 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4831  ATP-dependent DNA helicase UvrD  33.68 
 
 		 704 aa  240  5e-62  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.366653  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3740  UvrD/REP helicase  34.28 
 
 		 752 aa  240  5.999999999999999e-62  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1246  UvrD/REP helicase  36.38 
 
 		 662 aa  239  1e-61  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.176029  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4897  UvrD/REP helicase  32.85 
 
 		 705 aa  237  4e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4174  UvrD/REP helicase  32.26 
 
 		 716 aa  234  3e-60  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2859  UvrD/REP helicase  32.92 
 
 		 690 aa  227  4e-58  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5423  UvrD/REP helicase  33.15 
 
 		 821 aa  223  7e-57  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0106532  normal  0.207547 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2325  hypothetical protein  34.72 
 
 		 759 aa  214  2.9999999999999995e-54  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0788129  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3085  UvrD/Rep helicase  35.77 
 
 		 717 aa  214  3.9999999999999995e-54  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.173371  hitchhiker  0.00106438 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3349  hypothetical protein  32.78 
 
 		 673 aa  206  1e-51  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.038988  normal  0.770189 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1320  superfamily I DNA/RNA helicase  31.37 
 
 		 683 aa  202  1.9999999999999998e-50  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.875169  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3368  NERD domain protein  33.81 
 
 		 734 aa  184  5.0000000000000004e-45  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000355781 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4504  UvrD/REP helicase  31.21 
 
 		 809 aa  159  1e-37  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1939  NERD domain-containing protein  30.94 
 
 		 700 aa  152  2e-35  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00843241 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0022  LexA repressor  23.18 
 
 		 819 aa  137  6.0000000000000005e-31  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.000018035  n/a   
 
 
-
 
NC_011880  Cyan7425_5351  UvrD/REP helicase  27.37 
 
 		 695 aa  136  9.999999999999999e-31  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.149775 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0743  plasmid stabilization system  29.94 
 
 		 712 aa  130  8.000000000000001e-29  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4063  UvrD/REP helicase  29.46 
 
 		 697 aa  126  1e-27  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.21557  normal  0.035765 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3757  UvrD/REP helicase  29.45 
 
 		 695 aa  124  3e-27  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  unclonable  0.0000385426  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0589  UvrD/REP helicase  28.82 
 
 		 663 aa  121  3.9999999999999996e-26  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2259  UvrD/REP helicase  27.53 
 
 		 710 aa  115  2.0000000000000002e-24  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0960519  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0809  LexA repressor  22.97 
 
 		 815 aa  115  2.0000000000000002e-24  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.642499  hitchhiker  0.0000861607 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4061  superfamily I DNA/RNA helicase-like protein  27.1 
 
 		 1107 aa  112  3e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2959  NERD domain-containing protein  29.48 
 
 		 625 aa  78.2  0.0000000000004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1108  hypothetical protein  26.42 
 
 		 593 aa  73.2  0.00000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.290007  normal  0.36043 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3121  UvrD/REP helicase  26.24 
 
 		 1033 aa  73.2  0.00000000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1772  DNA helicase II  27.73 
 
 		 619 aa  72.4  0.00000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0317  UvrD/REP helicase  29.57 
 
 		 1032 aa  71.6  0.00000000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.907606  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0055  UvrD/REP helicase  25.96 
 
 		 671 aa  70.9  0.00000000006  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0545819  normal  0.378623 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1549  hypothetical protein  30.35 
 
 		 465 aa  70.9  0.00000000007  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.400172  normal  0.819759 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3362  UvrD family helicase  23.47 
 
 		 630 aa  69.3  0.0000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.753608  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1758  UvrD/REP helicase  25.17 
 
 		 1244 aa  67  0.0000000008  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2483  UvrD/REP helicase  27.12 
 
 		 1127 aa  67.4  0.0000000008  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1363  UvrD/REP helicase  24.62 
 
 		 787 aa  67  0.000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.485952 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0254  UvrD/REP helicase  27.02 
 
 		 1232 aa  67  0.000000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.764036  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1322  UvrD/REP helicase  24.62 
 
 		 840 aa  66.6  0.000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2668  superfamily I DNA and RNA helicase-like protein  25.2 
 
 		 629 aa  65.9  0.000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.111087  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1567  superfamily I DNA and RNA helicase-like protein  26.35 
 
 		 629 aa  66.2  0.000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1420  UvrD/REP helicase  24.54 
 
 		 787 aa  65.1  0.000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0732039  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1546  UvrD/REP helicase  21.76 
 
 		 564 aa  65.1  0.000000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.924385  hitchhiker  0.000024327 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4586  ATP-dependent DNA helicase UvrD  24.54 
 
 		 787 aa  65.5  0.000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.721141 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1442  UvrD/REP helicase  24.54 
 
 		 787 aa  65.1  0.000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5380  DNA helicase II  27.11 
 
 		 619 aa  64.7  0.000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1219  UvrD/REP helicase  24.76 
 
 		 706 aa  65.1  0.000000004  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.868419  normal  0.377243 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1900  Superfamily I DNA and RNA helicase-like protein  27.91 
 
 		 724 aa  64.7  0.000000005  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0960  UvrD/REP helicase  24.54 
 
 		 846 aa  64.7  0.000000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0813  ATP-dependent DNA helicase PcrA  26.35 
 
 		 830 aa  64.3  0.000000006  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  decreased coverage  0.00156939  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1474  DNA helicase IV  26.63 
 
 		 684 aa  64.3  0.000000006  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.575734  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1346  ATP-dependent DNA helicase UvrD  36.08 
 
 		 688 aa  63.2  0.00000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1873  UvrD/REP helicase  24.06 
 
 		 786 aa  63.5  0.00000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.340872  normal  0.0203553 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0992  UvrD/REP helicase  27.74 
 
 		 1156 aa  63.5  0.00000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.175331  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1146  ATP-dependent DNA helicase UvrD  36.08 
 
 		 688 aa  62.8  0.00000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.36032  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1127  ATP-dependent DNA helicase  36.08 
 
 		 688 aa  63.2  0.00000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.852694  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1307  ATP-dependent DNA helicase, UvrD/REP family  36.08 
 
 		 688 aa  63.2  0.00000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000490806 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1120  ATP-dependent DNA helicase  38.2 
 
 		 688 aa  62.4  0.00000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4063  ATP-dependent DNA helicase, UvrD/REP family  36.08 
 
 		 688 aa  62.8  0.00000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0141871  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1279  ATP-dependent DNA helicase, UvrD/REP family  36.08 
 
 		 688 aa  62.8  0.00000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.456815  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1239  ATP-dependent DNA helicase UvrD  36.08 
 
 		 657 aa  62.8  0.00000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1384  ATP-dependent DNA helicase, UvrD/REP family  36.08 
 
 		 688 aa  63.2  0.00000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00158737  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1133  UvrD/REP helicase  35.05 
 
 		 688 aa  62.4  0.00000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1110  hypothetical protein  24 
 
 		 702 aa  62.8  0.00000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.924141 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4619  hypothetical protein  26.77 
 
 		 615 aa  63.2  0.00000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.502486 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3682  NERD domain-containing protein  26.2 
 
 		 601 aa  62  0.00000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.023391  normal  0.021571 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0222  UvrD/REP helicase  22.76 
 
 		 666 aa  61.6  0.00000004  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.00000045018  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2353  DNA helicase IV  26.82 
 
 		 684 aa  61.2  0.00000005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.757014  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1590  UvrD/REP helicase  23.48 
 
 		 790 aa  60.8  0.00000006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2919  UvrD/REP helicase  23.84 
 
 		 621 aa  60.8  0.00000006  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00966  DNA helicase IV  28 
 
 		 684 aa  60.8  0.00000007  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0970992  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2681  UvrD/REP helicase  28 
 
 		 684 aa  60.8  0.00000007  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1126  DNA helicase IV  28 
 
 		 684 aa  60.8  0.00000007  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.440253  normal  0.367013 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0943  UvrD/REP helicase  37.08 
 
 		 684 aa  60.8  0.00000007  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00973  hypothetical protein  28 
 
 		 684 aa  60.8  0.00000007  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.132374  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1071  DNA helicase IV  28 
 
 		 684 aa  60.8  0.00000007  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000145038  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1080  AAA ATPase  27.24 
 
 		 1136 aa  60.5  0.00000008  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1693  UvrD/REP helicase  27.16 
 
 		 683 aa  60.5  0.00000009  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.508868  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1077  DNA helicase IV  28 
 
 		 684 aa  60.1  0.0000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000255278  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0776  UvrD/REP helicase  26.83 
 
 		 1143 aa  60.5  0.0000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.240899 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4939  DNA helicase II  22.18 
 
 		 613 aa  60.1  0.0000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.891198  normal  0.619317 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2134  DNA helicase IV  21.94 
 
 		 687 aa  59.7  0.0000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0277838  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2157  DNA helicase IV  28 
 
 		 684 aa  60.1  0.0000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00794949  normal  0.209046 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>