More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ndas_2733 on replicon NC_014210
Organism: Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007333  Tfu_0064  putative DNA helicase  64.48 
 
 		 696 aa  902    Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0810  UvrD/REP helicase  58.18 
 
 		 703 aa  827    Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2733  UvrD/REP helicase  100 
 
 		 705 aa  1422    Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.627467 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2728  UvrD/REP helicase  53.82 
 
 		 699 aa  716    Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.121618  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0826  UvrD/REP helicase  58.18 
 
 		 703 aa  827    Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1406  UvrD/REP helicase  48.53 
 
 		 708 aa  575  1.0000000000000001e-163  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.450912  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8440  UvrD/REP helicase  41.99 
 
 		 685 aa  454  1.0000000000000001e-126  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2326  putative DNA helicase  38.38 
 
 		 711 aa  420  1e-116  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1352  UvrD/REP helicase  36.64 
 
 		 712 aa  408  1.0000000000000001e-112  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.541991 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3032  UvrD/REP family ATP-dependent DNA helicase  38.4 
 
 		 687 aa  398  1e-109  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.722257  normal  0.242361 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4831  ATP-dependent DNA helicase UvrD  36.76 
 
 		 704 aa  395  1e-108  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.366653  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_35190  DNA/RNA helicase, superfamily I  38.04 
 
 		 737 aa  394  1e-108  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5811  ATP-dependent DNA helicase, UvrD/REP family  36.76 
 
 		 704 aa  395  1e-108  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.859027 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3882  UvrD/REP helicase  36.76 
 
 		 704 aa  395  1e-108  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.229228  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4897  UvrD/REP helicase  35.77 
 
 		 705 aa  394  1e-108  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1419  UvrD/REP helicase  34.72 
 
 		 706 aa  377  1e-103  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0467  UvrD/REP helicase  41.02 
 
 		 603 aa  343  5.999999999999999e-93  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.82885  normal  0.469599 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1320  superfamily I DNA/RNA helicase  32.15 
 
 		 683 aa  338  1.9999999999999998e-91  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.875169  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0355  UvrD/REP helicase  35.1 
 
 		 714 aa  334  4e-90  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0110  putative DNA helicase  39.13 
 
 		 659 aa  333  6e-90  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.609607 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_6025  UvrD/REP helicase  34.05 
 
 		 737 aa  315  9.999999999999999e-85  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3740  UvrD/REP helicase  34.01 
 
 		 752 aa  304  3.0000000000000004e-81  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2329  superfamily protein I DNA/RNA helicase  40.98 
 
 		 679 aa  303  6.000000000000001e-81  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2325  hypothetical protein  32.93 
 
 		 759 aa  297  4e-79  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0788129  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4174  UvrD/REP helicase  33.8 
 
 		 716 aa  289  1e-76  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5423  UvrD/REP helicase  31.52 
 
 		 821 aa  283  9e-75  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0106532  normal  0.207547 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2943  superfamily I DNA/RNA helicase-like protein  33.06 
 
 		 696 aa  282  2e-74  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2859  UvrD/REP helicase  33.98 
 
 		 690 aa  281  3e-74  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3085  UvrD/Rep helicase  33.97 
 
 		 717 aa  265  3e-69  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.173371  hitchhiker  0.00106438 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3349  hypothetical protein  32.03 
 
 		 673 aa  251  3e-65  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.038988  normal  0.770189 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1246  UvrD/REP helicase  32.35 
 
 		 662 aa  239  2e-61  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.176029  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3368  NERD domain protein  32.77 
 
 		 734 aa  184  7e-45  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000355781 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4504  UvrD/REP helicase  34 
 
 		 809 aa  182  2e-44  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1939  NERD domain-containing protein  31.35 
 
 		 700 aa  175  2.9999999999999996e-42  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00843241 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4063  UvrD/REP helicase  31.12 
 
 		 697 aa  174  6.999999999999999e-42  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.21557  normal  0.035765 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2259  UvrD/REP helicase  32.32 
 
 		 710 aa  171  3e-41  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0960519  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3757  UvrD/REP helicase  29 
 
 		 695 aa  147  8.000000000000001e-34  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  unclonable  0.0000385426  normal  1 
 
 
-
 
NC_011880  Cyan7425_5351  UvrD/REP helicase  29.83 
 
 		 695 aa  142  1.9999999999999998e-32  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.149775 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0743  plasmid stabilization system  29.62 
 
 		 712 aa  137  6.0000000000000005e-31  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0589  UvrD/REP helicase  31.42 
 
 		 663 aa  129  2.0000000000000002e-28  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0022  LexA repressor  23.43 
 
 		 819 aa  122  1.9999999999999998e-26  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.000018035  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4061  superfamily I DNA/RNA helicase-like protein  26.6 
 
 		 1107 aa  121  3.9999999999999996e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0809  LexA repressor  22.85 
 
 		 815 aa  114  8.000000000000001e-24  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.642499  hitchhiker  0.0000861607 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0055  UvrD/REP helicase  28.04 
 
 		 671 aa  99.4  2e-19  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0545819  normal  0.378623 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1771  UvrD/REP helicase  28.77 
 
 		 508 aa  89  3e-16  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.734897  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2965  UvrD/REP helicase  30.93 
 
 		 682 aa  88.2  5e-16  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.460273  normal  0.889017 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1772  DNA helicase II  29.48 
 
 		 619 aa  87.4  7e-16  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0222  UvrD/REP helicase  23.16 
 
 		 666 aa  84  0.00000000000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.00000045018  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8359  Superfamily I DNA and RNA helicase-like protein  28.94 
 
 		 689 aa  80.9  0.00000000000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.364158  normal  0.650565 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1108  hypothetical protein  28.57 
 
 		 593 aa  80.1  0.0000000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.290007  normal  0.36043 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2959  NERD domain-containing protein  29.88 
 
 		 625 aa  75.9  0.000000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3682  NERD domain-containing protein  27.51 
 
 		 601 aa  76.6  0.000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.023391  normal  0.021571 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0530  superfamily I DNA/RNA helicase  26.32 
 
 		 712 aa  75.1  0.000000000004  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0807  hypothetical protein  26.54 
 
 		 616 aa  74.7  0.000000000005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3743  UvrD/REP helicase  28.72 
 
 		 702 aa  74.3  0.000000000007  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0471553  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5380  DNA helicase II  28.96 
 
 		 619 aa  73.6  0.00000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2483  UvrD/REP helicase  27.87 
 
 		 1127 aa  73.2  0.00000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0599  DNA-dependent helicase II  29.41 
 
 		 717 aa  72  0.00000000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1758  UvrD/REP helicase  28.45 
 
 		 1244 aa  72  0.00000000004  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1422  UvrD/REP helicase  30.65 
 
 		 1089 aa  72  0.00000000004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_07530  DNA/RNA helicase, superfamily I  27.39 
 
 		 694 aa  71.2  0.00000000006  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.565866 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_11400  DNA/RNA helicase, superfamily I  27.68 
 
 		 710 aa  71.2  0.00000000006  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2753  UvrD/REP helicase  30.1 
 
 		 726 aa  70.9  0.00000000007  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0317  UvrD/REP helicase  30.82 
 
 		 1032 aa  70.5  0.0000000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.907606  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0928  UvrD/REP helicase  29.9 
 
 		 876 aa  70.5  0.0000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0076  DNA helicase II  27.27 
 
 		 632 aa  69.7  0.0000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1730  UvrD/REP helicase  29.17 
 
 		 916 aa  68.9  0.0000000003  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3739  UvrD/REP helicase  30.03 
 
 		 719 aa  68.6  0.0000000004  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.156307  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0419  DNA-dependent helicase II  25.58 
 
 		 721 aa  67.8  0.0000000007  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.590239  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4120  UvrD/REP helicase  29.87 
 
 		 719 aa  67  0.000000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.344601  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4891  hypothetical protein  26.36 
 
 		 616 aa  67  0.000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.412698  normal  0.98473 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4619  hypothetical protein  28.17 
 
 		 615 aa  67  0.000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.502486 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5516  DNA helicase II  28.42 
 
 		 727 aa  66.6  0.000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3792  UvrD/REP helicase  29.25 
 
 		 736 aa  66.6  0.000000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.976756  normal  0.84533 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4939  DNA helicase II  25.19 
 
 		 613 aa  65.9  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.891198  normal  0.619317 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3974  hypothetical protein  30.28 
 
 		 607 aa  66.2  0.000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.335001 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1549  hypothetical protein  37.76 
 
 		 465 aa  65.5  0.000000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.400172  normal  0.819759 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5235  ATP-dependent DNA helicase PcrA  28.11 
 
 		 781 aa  65.5  0.000000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00141788 
 
 
-
 
NC_003296  RS02993  hypothetical protein  26.64 
 
 		 612 aa  65.5  0.000000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.000145899  normal  0.116581 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4232  UvrD/REP helicase  29.41 
 
 		 674 aa  65.1  0.000000004  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2475  UvrD/REP helicase  28.46 
 
 		 717 aa  65.5  0.000000004  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000259044 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5065  DNA-dependent helicase II  28.46 
 
 		 727 aa  64.7  0.000000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2580  ATP-dependent DNA helicase PcrA  28.38 
 
 		 754 aa  64.7  0.000000005  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1445  ATP-dependent DNA helicase PcrA  27.02 
 
 		 757 aa  64.3  0.000000007  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.715662  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2878  DNA and RNA helicase  30.23 
 
 		 1050 aa  63.9  0.000000009  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.015904  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3807  UvrD/REP helicase  26.36 
 
 		 708 aa  63.9  0.000000009  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00612818 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0595  UvrD/REP helicase  28.23 
 
 		 790 aa  63.9  0.00000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.77908 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1726  UvrD/REP helicase  31.97 
 
 		 593 aa  63.9  0.00000001  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1937  UvrD/REP helicase  29.45 
 
 		 726 aa  63.5  0.00000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6089  ATP-dependent DNA helicase PcrA  26.94 
 
 		 762 aa  63.5  0.00000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.352093 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00200  DNA helicase II  25.27 
 
 		 723 aa  63.9  0.00000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.105669  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1285  UvrD/REP helicase  23.74 
 
 		 714 aa  63.9  0.00000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.00000916129  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4386  UvrD/REP helicase  26.9 
 
 		 697 aa  63.9  0.00000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1171  UvrD/REP helicase  26.46 
 
 		 1132 aa  62.8  0.00000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5352  DNA-dependent helicase II  28.27 
 
 		 728 aa  62.8  0.00000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.138491 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5260  DNA-dependent helicase II  28.27 
 
 		 728 aa  62.8  0.00000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.658271 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3499  ATP-dependent DNA helicase UvrD  26.52 
 
 		 1089 aa  63.2  0.00000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71870  DNA-dependent helicase II  27.08 
 
 		 728 aa  62.8  0.00000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.186903  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0468  DNA-dependent helicase II  24.66 
 
 		 721 aa  63.2  0.00000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000657213  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6233  DNA-dependent helicase II  27.08 
 
 		 728 aa  62.8  0.00000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.80471  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>