More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Noc_0076 on replicon NC_007484
Organism: Nitrosococcus oceani ATCC 19707



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007484  Noc_0076  DNA helicase II  100 
 
 		 632 aa  1308    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1772  DNA helicase II  52.59 
 
 		 619 aa  656    Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0807  hypothetical protein  50.24 
 
 		 616 aa  610  1e-173  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1108  hypothetical protein  50.91 
 
 		 593 aa  572  1.0000000000000001e-162  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.290007  normal  0.36043 
 
 
-
 
NC_003296  RS02993  hypothetical protein  48.7 
 
 		 612 aa  570  1e-161  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.000145899  normal  0.116581 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3682  NERD domain-containing protein  47.4 
 
 		 601 aa  566  1e-160  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.023391  normal  0.021571 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4619  hypothetical protein  46.5 
 
 		 615 aa  540  9.999999999999999e-153  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.502486 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4005  hypothetical protein  48.23 
 
 		 610 aa  538  1e-151  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.467683  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3974  hypothetical protein  46.86 
 
 		 607 aa  525  1e-147  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.335001 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5380  DNA helicase II  46.14 
 
 		 619 aa  516  1.0000000000000001e-145  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2959  NERD domain-containing protein  42.17 
 
 		 625 aa  468  9.999999999999999e-131  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4891  hypothetical protein  40.89 
 
 		 616 aa  459  1e-127  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.412698  normal  0.98473 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4939  DNA helicase II  40.81 
 
 		 613 aa  458  1e-127  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.891198  normal  0.619317 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39740  DNA helicase  41.36 
 
 		 615 aa  431  1e-119  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0820371  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4277  DNA helicase II  41.96 
 
 		 314 aa  226  1e-57  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.260274  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2302  superfamily I DNA/RNA helicase-like protein  29.09 
 
 		 607 aa  221  3e-56  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1299  NERD domain protein  27.64 
 
 		 593 aa  166  1.0000000000000001e-39  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0729  hypothetical protein  24.92 
 
 		 574 aa  118  3e-25  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1094  hypothetical protein  24.88 
 
 		 588 aa  117  8.999999999999998e-25  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1680  NERD domain-containing protein  26.02 
 
 		 568 aa  117  8.999999999999998e-25  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0809  LexA repressor  27.82 
 
 		 815 aa  98.2  4e-19  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.642499  hitchhiker  0.0000861607 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0359  hypothetical protein  22.86 
 
 		 827 aa  95.1  4e-18  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  unclonable  0.000526889  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_35190  DNA/RNA helicase, superfamily I  27.7 
 
 		 737 aa  91.7  3e-17  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001515  hypothetical protein  26.63 
 
 		 634 aa  90.9  6e-17  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.431863  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0355  UvrD/REP helicase  30.89 
 
 		 714 aa  90.9  7e-17  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1406  UvrD/REP helicase  26.18 
 
 		 708 aa  89.4  2e-16  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.450912  n/a   
 
 
-
 
NC_011880  Cyan7425_5351  UvrD/REP helicase  29.52 
 
 		 695 aa  86.3  0.000000000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.149775 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3368  NERD domain protein  30.62 
 
 		 734 aa  84  0.000000000000007  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000355781 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0064  putative DNA helicase  27.04 
 
 		 696 aa  83.6  0.00000000000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2326  putative DNA helicase  28.57 
 
 		 711 aa  83.6  0.00000000000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0022  LexA repressor  25.75 
 
 		 819 aa  82.8  0.00000000000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.000018035  n/a   
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3349  hypothetical protein  30.14 
 
 		 673 aa  82.8  0.00000000000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.038988  normal  0.770189 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3740  UvrD/REP helicase  25.58 
 
 		 752 aa  80.5  0.00000000000008  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2139  hypothetical protein  25.89 
 
 		 617 aa  79  0.0000000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1352  UvrD/REP helicase  26.24 
 
 		 712 aa  78.6  0.0000000000004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.541991 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0239  NERD domain-containing protein  24.02 
 
 		 579 aa  77.8  0.0000000000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1080  AAA ATPase  26.04 
 
 		 1136 aa  77.8  0.0000000000005  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1419  UvrD/REP helicase  29.55 
 
 		 706 aa  77.4  0.0000000000008  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3085  UvrD/Rep helicase  26.77 
 
 		 717 aa  76.3  0.000000000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.173371  hitchhiker  0.00106438 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4897  UvrD/REP helicase  26.25 
 
 		 705 aa  75.1  0.000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1706  NERD domain protein  28.45 
 
 		 541 aa  74.7  0.000000000005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.516506  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0285  NERD domain protein  28.08 
 
 		 540 aa  74.3  0.000000000006  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1320  superfamily I DNA/RNA helicase  27.76 
 
 		 683 aa  73.2  0.00000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.875169  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3757  UvrD/REP helicase  28.91 
 
 		 695 aa  72.4  0.00000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  unclonable  0.0000385426  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4099  NERD domain-contain protein  23.09 
 
 		 606 aa  72.4  0.00000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5811  ATP-dependent DNA helicase, UvrD/REP family  26.15 
 
 		 704 aa  71.6  0.00000000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.859027 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3882  UvrD/REP helicase  26.15 
 
 		 704 aa  71.6  0.00000000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.229228  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2859  UvrD/REP helicase  26.15 
 
 		 690 aa  71.6  0.00000000004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4831  ATP-dependent DNA helicase UvrD  26.15 
 
 		 704 aa  71.6  0.00000000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.366653  normal  1 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5264  hypothetical protein  30.45 
 
 		 617 aa  71.6  0.00000000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2733  UvrD/REP helicase  27.27 
 
 		 705 aa  69.7  0.0000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.627467 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2424  NERD domain protein  21.76 
 
 		 559 aa  69.7  0.0000000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  decreased coverage  0.0000000438453  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0743  plasmid stabilization system  27.54 
 
 		 712 aa  68.9  0.0000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_6025  UvrD/REP helicase  25.88 
 
 		 737 aa  68.9  0.0000000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4061  superfamily I DNA/RNA helicase-like protein  27.8 
 
 		 1107 aa  68.9  0.0000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0827  hypothetical protein  23.83 
 
 		 563 aa  67.8  0.0000000006  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0844  hypothetical protein  23.83 
 
 		 563 aa  67.8  0.0000000006  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0738  hypothetical protein  28.94 
 
 		 631 aa  67.8  0.0000000006  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0847  hypothetical protein  23.99 
 
 		 549 aa  67.4  0.0000000007  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.20557  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4174  UvrD/REP helicase  26.15 
 
 		 716 aa  67.4  0.0000000007  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1246  UvrD/REP helicase  27 
 
 		 662 aa  67  0.0000000009  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.176029  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2728  UvrD/REP helicase  25.68 
 
 		 699 aa  66.6  0.000000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.121618  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00351  DNA-dependent helicase II  29.19 
 
 		 724 aa  66.6  0.000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5423  UvrD/REP helicase  27.34 
 
 		 821 aa  66.6  0.000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0106532  normal  0.207547 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1546  UvrD/REP helicase  25.47 
 
 		 564 aa  66.6  0.000000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.924385  hitchhiker  0.000024327 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2259  UvrD/REP helicase  29.17 
 
 		 710 aa  66.2  0.000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0960519  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3971  DNA-dependent helicase II  30.22 
 
 		 720 aa  65.9  0.000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1058  hypothetical protein  25.99 
 
 		 396 aa  66.2  0.000000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.0139648 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2325  hypothetical protein  28.46 
 
 		 759 aa  66.2  0.000000002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0788129  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4273  DNA-dependent helicase II  30.05 
 
 		 720 aa  65.1  0.000000004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03689  DNA-dependent ATPase I and helicase II  30.05 
 
 		 720 aa  65.1  0.000000004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4166  DNA helicase II  30.05 
 
 		 720 aa  65.1  0.000000004  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4179  DNA-dependent helicase II  30.05 
 
 		 720 aa  65.1  0.000000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.654606  normal  0.0232596 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03638  hypothetical protein  30.05 
 
 		 720 aa  65.1  0.000000004  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2440  pentapeptide repeat protein  22.06 
 
 		 830 aa  65.1  0.000000004  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4038  DNA-dependent helicase II  30.05 
 
 		 720 aa  65.1  0.000000004  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002086  ATP-dependent DNA helicase UvrD/PcrA  29.19 
 
 		 724 aa  65.1  0.000000004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4332  DNA-dependent helicase II  30.05 
 
 		 720 aa  65.1  0.000000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4194  DNA-dependent helicase II  30.05 
 
 		 720 aa  65.1  0.000000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.452287  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5252  DNA-dependent helicase II  30.05 
 
 		 720 aa  65.1  0.000000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0589  UvrD/REP helicase  26.97 
 
 		 663 aa  64.7  0.000000005  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1146  hypothetical protein  23.71 
 
 		 551 aa  64.3  0.000000007  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4063  UvrD/REP helicase  28.17 
 
 		 697 aa  63.9  0.000000008  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.21557  normal  0.035765 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4162  DNA-dependent helicase II  29.67 
 
 		 720 aa  63.9  0.000000009  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0353617  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0810  UvrD/REP helicase  25.69 
 
 		 703 aa  63.9  0.000000009  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0826  UvrD/REP helicase  25.69 
 
 		 703 aa  63.9  0.000000009  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0187  DNA-dependent helicase II  27.68 
 
 		 720 aa  63.2  0.00000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.276236  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4338  DNA-dependent helicase II  29.1 
 
 		 720 aa  63.5  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4231  DNA-dependent helicase II  29.1 
 
 		 720 aa  63.5  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2943  superfamily I DNA/RNA helicase-like protein  25.58 
 
 		 696 aa  63.5  0.00000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4279  DNA-dependent helicase II  29.1 
 
 		 720 aa  63.5  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4161  DNA-dependent helicase II  29.1 
 
 		 720 aa  63.5  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4180  DNA-dependent helicase II  29.1 
 
 		 720 aa  63.5  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.328302  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1771  UvrD/REP helicase  28.12 
 
 		 508 aa  62.4  0.00000002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.734897  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0895  superfamily I DNA helicase  28.87 
 
 		 755 aa  62  0.00000003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.531504  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0110  putative DNA helicase  28.9 
 
 		 659 aa  62  0.00000003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.609607 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1930  UvrD/REP helicase  40.82 
 
 		 1082 aa  61.6  0.00000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00120508  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4079  DNA helicase II  28.34 
 
 		 724 aa  62  0.00000004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3979  DNA-dependent helicase II  28.35 
 
 		 720 aa  61.6  0.00000004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0053327  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3411  ATP-dependent DNA helicase PcrA, putative  31.84 
 
 		 739 aa  61.2  0.00000005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>