76 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene MCA0729 on replicon NC_002977
Organism: Methylococcus capsulatus str. Bath



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002977  MCA0729  hypothetical protein  100 
 
 
574 aa  1185    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1680  NERD domain-containing protein  33.39 
 
 
568 aa  285  1.0000000000000001e-75  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2240  hypothetical protein  84.29 
 
 
186 aa  246  9.999999999999999e-64  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.165423 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2424  NERD domain protein  31.48 
 
 
559 aa  200  7e-50  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  decreased coverage  0.0000000438453  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1146  hypothetical protein  31.25 
 
 
551 aa  189  2e-46  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0844  hypothetical protein  31.83 
 
 
563 aa  179  1e-43  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0827  hypothetical protein  31.83 
 
 
563 aa  179  1e-43  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0847  hypothetical protein  31.47 
 
 
549 aa  174  2.9999999999999996e-42  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.20557  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0342  NERD domain protein  29.04 
 
 
550 aa  165  2.0000000000000002e-39  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0239  NERD domain-containing protein  28.89 
 
 
579 aa  162  2e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3317  NERD domain protein  29 
 
 
555 aa  153  8.999999999999999e-36  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5176  hypothetical protein  29.35 
 
 
551 aa  143  8e-33  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.798305 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1060  NERD domain protein  25.21 
 
 
527 aa  122  3e-26  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.0134281 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4099  NERD domain-contain protein  26.52 
 
 
606 aa  119  9.999999999999999e-26  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0076  DNA helicase II  24.92 
 
 
632 aa  118  3e-25  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1108  hypothetical protein  25.51 
 
 
593 aa  96.3  2e-18  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.290007  normal  0.36043 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2752  hypothetical protein  29.96 
 
 
324 aa  95.5  3e-18  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.172027 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3351  NERD domain-containing protein  30.38 
 
 
557 aa  88.6  3e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.164276  hitchhiker  0.000169391 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0422  hypothetical protein  25.56 
 
 
554 aa  88.2  3e-16  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1463  hypothetical protein  28.14 
 
 
626 aa  87.4  6e-16  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1706  NERD domain protein  27.15 
 
 
541 aa  87.4  7e-16  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.516506  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5380  DNA helicase II  28.1 
 
 
619 aa  85.9  0.000000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4891  hypothetical protein  21.57 
 
 
616 aa  85.5  0.000000000000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.412698  normal  0.98473 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1774  hypothetical protein  26.05 
 
 
573 aa  84.3  0.000000000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.245885  hitchhiker  0.0000023235 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4896  NERD domain protein  24.59 
 
 
564 aa  84.3  0.000000000000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0805838 
 
 
-
 
NC_003296  RS02993  hypothetical protein  23.79 
 
 
612 aa  84  0.000000000000007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.000145899  normal  0.116581 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3682  NERD domain-containing protein  24.14 
 
 
601 aa  83.6  0.000000000000008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.023391  normal  0.021571 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1359  hypothetical protein  24 
 
 
554 aa  84  0.000000000000008  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3974  hypothetical protein  27.53 
 
 
607 aa  82.8  0.00000000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.335001 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0275  hypothetical protein  24 
 
 
554 aa  83.2  0.00000000000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0985894  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1020  hypothetical protein  24 
 
 
554 aa  83.2  0.00000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.44837  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0546  hypothetical protein  24 
 
 
554 aa  83.2  0.00000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.946495  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2536  hypothetical protein  24 
 
 
554 aa  83.2  0.00000000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1281  hypothetical protein  24 
 
 
554 aa  83.2  0.00000000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0983409  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5636  NERD domain-containing protein  26.01 
 
 
557 aa  82.8  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0748755  normal  0.450463 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1296  hypothetical protein  24 
 
 
669 aa  82.4  0.00000000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0263973  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1416  NERD domain protein  24.86 
 
 
578 aa  80.9  0.00000000000006  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.251198 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1159  hypothetical protein  26.14 
 
 
555 aa  80.5  0.00000000000009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.127687 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4664  hypothetical protein  25.36 
 
 
557 aa  78.6  0.0000000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.220049  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3704  hypothetical protein  25.36 
 
 
557 aa  78.6  0.0000000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.064418  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4619  hypothetical protein  24.81 
 
 
615 aa  78.6  0.0000000000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.502486 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0285  NERD domain protein  30.32 
 
 
540 aa  78.2  0.0000000000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0845  hypothetical protein  27.41 
 
 
544 aa  77  0.0000000000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0545753  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4510  NERD domain-containing protein  26.84 
 
 
555 aa  75.9  0.000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3287  NERD domain protein  25.85 
 
 
197 aa  74.7  0.000000000004  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2836  NERD domain protein  25.85 
 
 
197 aa  74.7  0.000000000004  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.830296 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4052  hypothetical protein  27.02 
 
 
555 aa  73.9  0.000000000007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.890756 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0515  hypothetical protein  27 
 
 
558 aa  73.9  0.000000000008  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0189041  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1772  DNA helicase II  22.9 
 
 
619 aa  73.6  0.00000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2959  NERD domain-containing protein  27.42 
 
 
625 aa  70.9  0.00000000005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4026  NERD domain-containing protein  25.56 
 
 
555 aa  69.7  0.0000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4005  hypothetical protein  27.18 
 
 
610 aa  65.9  0.000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.467683  n/a   
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5264  hypothetical protein  25.77 
 
 
617 aa  64.3  0.000000006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2139  hypothetical protein  22.8 
 
 
617 aa  63.5  0.000000009  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0359  hypothetical protein  20.8 
 
 
827 aa  63.2  0.00000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  unclonable  0.000526889  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1058  hypothetical protein  28.23 
 
 
396 aa  62.8  0.00000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.0139648 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1299  NERD domain protein  26.57 
 
 
593 aa  62.8  0.00000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4939  DNA helicase II  27.88 
 
 
613 aa  62.8  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.891198  normal  0.619317 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4576  AAA ATPase  24.29 
 
 
533 aa  60.8  0.00000006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39740  DNA helicase  24.62 
 
 
615 aa  60.8  0.00000007  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0820371  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0807  hypothetical protein  25.34 
 
 
616 aa  58.9  0.0000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0738  hypothetical protein  24.54 
 
 
631 aa  54.3  0.000006  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1771  UvrD/REP helicase  27.02 
 
 
508 aa  53.1  0.00001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.734897  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1094  hypothetical protein  23.62 
 
 
588 aa  52.4  0.00002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2302  superfamily I DNA/RNA helicase-like protein  23.06 
 
 
607 aa  50.8  0.00007  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5423  UvrD/REP helicase  44.62 
 
 
821 aa  48.5  0.0003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0106532  normal  0.207547 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1715  UvrD/REP helicase  29.26 
 
 
462 aa  47.8  0.0005  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.00000356586  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0589  UvrD/REP helicase  25.62 
 
 
663 aa  47  0.0008  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0783  hypothetical protein  23.25 
 
 
662 aa  46.6  0.001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3306  hypothetical protein  23.32 
 
 
662 aa  45.8  0.002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.0000532342  normal  0.261438 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1080  AAA ATPase  23.28 
 
 
1136 aa  46.2  0.002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1246  UvrD/REP helicase  40.54 
 
 
662 aa  45.4  0.003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.176029  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_6025  UvrD/REP helicase  38.27 
 
 
737 aa  45.1  0.004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4335  Superfamily I DNA and RNA helicase and helicase subunits-like protein  24.05 
 
 
752 aa  43.9  0.007  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0355  UvrD/REP helicase  36.96 
 
 
714 aa  43.9  0.008  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0467  UvrD/REP helicase  25.27 
 
 
603 aa  43.5  0.01  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.82885  normal  0.469599 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>