89 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphy_0239 on replicon NC_010622
Organism: Burkholderia phymatum STM815



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010622  Bphy_0239  NERD domain-containing protein  100 
 
 		 579 aa  1178    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1680  NERD domain-containing protein  29.42 
 
 		 568 aa  210  7e-53  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2424  NERD domain protein  32.17 
 
 		 559 aa  207  4e-52  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  decreased coverage  0.0000000438453  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0729  hypothetical protein  28.89 
 
 		 574 aa  162  2e-38  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0844  hypothetical protein  28.52 
 
 		 563 aa  146  9e-34  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0827  hypothetical protein  28.52 
 
 		 563 aa  146  9e-34  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0847  hypothetical protein  28.62 
 
 		 549 aa  143  7e-33  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.20557  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5176  hypothetical protein  29.64 
 
 		 551 aa  134  6e-30  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.798305 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1146  hypothetical protein  29.21 
 
 		 551 aa  133  1.0000000000000001e-29  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0342  NERD domain protein  27.53 
 
 		 550 aa  127  8.000000000000001e-28  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3317  NERD domain protein  28.14 
 
 		 555 aa  119  1.9999999999999998e-25  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4099  NERD domain-contain protein  26.26 
 
 		 606 aa  116  1.0000000000000001e-24  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1416  NERD domain protein  25.33 
 
 		 578 aa  115  2.0000000000000002e-24  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.251198 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0422  hypothetical protein  27.18 
 
 		 554 aa  108  3e-22  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1060  NERD domain protein  25.86 
 
 		 527 aa  105  2e-21  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.0134281 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2752  hypothetical protein  32.25 
 
 		 324 aa  105  3e-21  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.172027 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2959  NERD domain-containing protein  25.8 
 
 		 625 aa  99  2e-19  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1108  hypothetical protein  26.01 
 
 		 593 aa  91.3  4e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.290007  normal  0.36043 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1772  DNA helicase II  24.46 
 
 		 619 aa  85.5  0.000000000000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3351  NERD domain-containing protein  26.52 
 
 		 557 aa  84.3  0.000000000000006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.164276  hitchhiker  0.000169391 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4576  AAA ATPase  25.09 
 
 		 533 aa  80.9  0.00000000000006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3682  NERD domain-containing protein  23.86 
 
 		 601 aa  80.1  0.0000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.023391  normal  0.021571 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0076  DNA helicase II  24.02 
 
 		 632 aa  77.8  0.0000000000005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4026  NERD domain-containing protein  25.08 
 
 		 555 aa  77.8  0.0000000000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4510  NERD domain-containing protein  25.91 
 
 		 555 aa  77  0.0000000000008  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1159  hypothetical protein  27.7 
 
 		 555 aa  77  0.0000000000008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.127687 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4005  hypothetical protein  23.28 
 
 		 610 aa  77  0.0000000000008  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.467683  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4052  hypothetical protein  25.29 
 
 		 555 aa  76.6  0.000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.890756 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4619  hypothetical protein  25.12 
 
 		 615 aa  76.6  0.000000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.502486 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1281  hypothetical protein  25.38 
 
 		 554 aa  76.6  0.000000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0983409  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0845  hypothetical protein  24.96 
 
 		 544 aa  76.3  0.000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0545753  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4896  NERD domain protein  23.87 
 
 		 564 aa  75.9  0.000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0805838 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2536  hypothetical protein  25.38 
 
 		 554 aa  75.9  0.000000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5636  NERD domain-containing protein  25 
 
 		 557 aa  75.5  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0748755  normal  0.450463 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1296  hypothetical protein  27.94 
 
 		 669 aa  75.9  0.000000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0263973  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1020  hypothetical protein  25.38 
 
 		 554 aa  75.9  0.000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.44837  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0546  hypothetical protein  25.38 
 
 		 554 aa  75.9  0.000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.946495  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0275  hypothetical protein  25.38 
 
 		 554 aa  75.9  0.000000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0985894  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0807  hypothetical protein  23.48 
 
 		 616 aa  75.1  0.000000000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1359  hypothetical protein  27.23 
 
 		 554 aa  74.7  0.000000000004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39740  DNA helicase  26.4 
 
 		 615 aa  74.7  0.000000000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0820371  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4939  DNA helicase II  23.41 
 
 		 613 aa  73.6  0.000000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.891198  normal  0.619317 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3704  hypothetical protein  27.8 
 
 		 557 aa  73.6  0.000000000009  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.064418  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4664  hypothetical protein  27.8 
 
 		 557 aa  73.6  0.000000000009  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.220049  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1706  NERD domain protein  25.11 
 
 		 541 aa  73.2  0.00000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.516506  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1463  hypothetical protein  25.16 
 
 		 626 aa  72  0.00000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1774  hypothetical protein  24.79 
 
 		 573 aa  72  0.00000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.245885  hitchhiker  0.0000023235 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4891  hypothetical protein  22.47 
 
 		 616 aa  70.9  0.00000000007  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.412698  normal  0.98473 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3974  hypothetical protein  24.88 
 
 		 607 aa  70.5  0.00000000008  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.335001 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0285  NERD domain protein  25.18 
 
 		 540 aa  69.7  0.0000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2302  superfamily I DNA/RNA helicase-like protein  24.59 
 
 		 607 aa  69.7  0.0000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5264  hypothetical protein  29.08 
 
 		 617 aa  67  0.0000000009  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5380  DNA helicase II  25.97 
 
 		 619 aa  66.2  0.000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02993  hypothetical protein  23.94 
 
 		 612 aa  63.5  0.00000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.000145899  normal  0.116581 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0359  hypothetical protein  23.9 
 
 		 827 aa  62  0.00000003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  unclonable  0.000526889  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0515  hypothetical protein  24.4 
 
 		 558 aa  57.4  0.0000006  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0189041  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2139  hypothetical protein  25.43 
 
 		 617 aa  57  0.0000009  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1094  hypothetical protein  23.78 
 
 		 588 aa  55.1  0.000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0738  hypothetical protein  23.3 
 
 		 631 aa  55.1  0.000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1080  AAA ATPase  24.31 
 
 		 1136 aa  55.1  0.000004  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2572  UvrD/Rep helicase family protein  25.86 
 
 		 689 aa  55.1  0.000004  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000433537  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2861  uvrD/Rep helicase family protein  27.71 
 
 		 689 aa  54.7  0.000005  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.000000106246  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2539  UvrD/Rep helicase family protein  25.86 
 
 		 689 aa  54.3  0.000006  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.0000078955  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2623  uvrD/Rep helicase family protein  25.86 
 
 		 689 aa  54.3  0.000006  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.000508135  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2814  uvrD/Rep helicase family protein  25.86 
 
 		 689 aa  54.3  0.000006  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  unclonable  0.0000000183326  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3306  hypothetical protein  26.11 
 
 		 662 aa  53.1  0.00001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.0000532342  normal  0.261438 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1299  NERD domain protein  25.13 
 
 		 593 aa  53.1  0.00001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2821  uvrD/Rep helicase family protein  25.43 
 
 		 689 aa  52.4  0.00002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00000000164243 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2469  UvrD/Rep helicase family protein  27.27 
 
 		 691 aa  51.6  0.00004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.00119782  normal  0.334322 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2823  UvrD/Rep helicase family protein  26.52 
 
 		 691 aa  51.2  0.00006  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.271387  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001515  hypothetical protein  23.64 
 
 		 634 aa  50.8  0.00007  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.431863  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2615  UvrD/Rep helicase family protein  25.76 
 
 		 691 aa  50.1  0.0001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.000204354  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1715  UvrD/REP helicase  28.78 
 
 		 462 aa  50.1  0.0001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.00000356586  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2839  uvrD/Rep helicase family protein  25.33 
 
 		 689 aa  48.9  0.0002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  unclonable  0.00000185117  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1058  hypothetical protein  24.07 
 
 		 396 aa  48.5  0.0003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.0139648 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0783  hypothetical protein  22.84 
 
 		 662 aa  47.8  0.0006  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_14320  DNA/RNA helicase, superfamily I  29.96 
 
 		 758 aa  46.6  0.001  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  decreased coverage  0.00598075  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51880  Superfamily I DNA and RNA helicases and helicase subunits-related protein  26.24 
 
 		 1212 aa  45.4  0.003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.838373  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1308  beta-hexosaminidase  31.3 
 
 		 341 aa  45.1  0.004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000148932 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2160  beta-hexosaminidase  31.3 
 
 		 341 aa  45.1  0.004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.925801  hitchhiker  0.000000512637 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1976  beta-hexosaminidase  31.3 
 
 		 341 aa  45.1  0.004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1285  beta-hexosaminidase  31.3 
 
 		 341 aa  45.1  0.004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1323  beta-hexosaminidase  31.3 
 
 		 341 aa  45.1  0.004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000010219 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1246  UvrD/REP helicase  27.4 
 
 		 662 aa  44.3  0.006  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.176029  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5784  Superfamily I DNA and RNA helicase-like protein  25.75 
 
 		 691 aa  44.3  0.006  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2836  NERD domain protein  25.71 
 
 		 197 aa  43.9  0.008  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.830296 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4897  UvrD/REP helicase  27.74 
 
 		 705 aa  43.9  0.008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4227  helicase, UvrD/Rep family  26.32 
 
 		 778 aa  43.9  0.008  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00019989  hitchhiker  0.000557099 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3287  NERD domain protein  25.71 
 
 		 197 aa  43.9  0.008  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>