More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbro_0355 on replicon NC_013441
Organism: Gordonia bronchialis DSM 43247



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013441  Gbro_0355  UvrD/REP helicase  100 
 
 		 714 aa  1450    Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_35190  DNA/RNA helicase, superfamily I  50.68 
 
 		 737 aa  634  1e-180  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0064  putative DNA helicase  35.57 
 
 		 696 aa  384  1e-105  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2728  UvrD/REP helicase  33.61 
 
 		 699 aa  373  1e-102  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.121618  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_6025  UvrD/REP helicase  36.78 
 
 		 737 aa  360  4e-98  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1352  UvrD/REP helicase  32.21 
 
 		 712 aa  356  7.999999999999999e-97  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.541991 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2733  UvrD/REP helicase  35.1 
 
 		 705 aa  353  8.999999999999999e-96  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.627467 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1419  UvrD/REP helicase  31.89 
 
 		 706 aa  352  1e-95  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5423  UvrD/REP helicase  33.05 
 
 		 821 aa  349  1e-94  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0106532  normal  0.207547 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4831  ATP-dependent DNA helicase UvrD  33.01 
 
 		 704 aa  348  2e-94  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.366653  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5811  ATP-dependent DNA helicase, UvrD/REP family  33.01 
 
 		 704 aa  348  2e-94  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.859027 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3882  UvrD/REP helicase  33.01 
 
 		 704 aa  348  2e-94  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.229228  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0810  UvrD/REP helicase  32.45 
 
 		 703 aa  333  6e-90  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0826  UvrD/REP helicase  32.45 
 
 		 703 aa  333  6e-90  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4897  UvrD/REP helicase  31.35 
 
 		 705 aa  333  8e-90  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3085  UvrD/Rep helicase  35.88 
 
 		 717 aa  332  2e-89  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.173371  hitchhiker  0.00106438 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1406  UvrD/REP helicase  33.75 
 
 		 708 aa  320  3.9999999999999996e-86  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.450912  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0110  putative DNA helicase  36.67 
 
 		 659 aa  320  5e-86  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.609607 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2325  hypothetical protein  34.44 
 
 		 759 aa  320  7.999999999999999e-86  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0788129  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3740  UvrD/REP helicase  34.35 
 
 		 752 aa  315  1.9999999999999998e-84  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2326  putative DNA helicase  31.66 
 
 		 711 aa  291  3e-77  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0467  UvrD/REP helicase  37.6 
 
 		 603 aa  283  1e-74  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.82885  normal  0.469599 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8440  UvrD/REP helicase  33.28 
 
 		 685 aa  274  5.000000000000001e-72  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3032  UvrD/REP family ATP-dependent DNA helicase  32.5 
 
 		 687 aa  263  8.999999999999999e-69  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.722257  normal  0.242361 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4174  UvrD/REP helicase  30.25 
 
 		 716 aa  261  3e-68  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1320  superfamily I DNA/RNA helicase  29.32 
 
 		 683 aa  256  1.0000000000000001e-66  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.875169  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2943  superfamily I DNA/RNA helicase-like protein  29.48 
 
 		 696 aa  253  1e-65  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2859  UvrD/REP helicase  31 
 
 		 690 aa  251  4e-65  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2329  superfamily protein I DNA/RNA helicase  36.23 
 
 		 679 aa  245  1.9999999999999999e-63  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1246  UvrD/REP helicase  30.43 
 
 		 662 aa  245  1.9999999999999999e-63  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.176029  normal  1 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3349  hypothetical protein  31.88 
 
 		 673 aa  244  5e-63  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.038988  normal  0.770189 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3368  NERD domain protein  31.9 
 
 		 734 aa  169  2e-40  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000355781 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4504  UvrD/REP helicase  31.05 
 
 		 809 aa  154  4e-36  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0743  plasmid stabilization system  31.85 
 
 		 712 aa  147  9e-34  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1939  NERD domain-containing protein  27.97 
 
 		 700 aa  144  4e-33  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00843241 
 
 
-
 
NC_011880  Cyan7425_5351  UvrD/REP helicase  29.11 
 
 		 695 aa  138  4e-31  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.149775 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3757  UvrD/REP helicase  27.63 
 
 		 695 aa  125  3e-27  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  unclonable  0.0000385426  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0022  LexA repressor  22.45 
 
 		 819 aa  121  3.9999999999999996e-26  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.000018035  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0809  LexA repressor  24.29 
 
 		 815 aa  114  7.000000000000001e-24  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.642499  hitchhiker  0.0000861607 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2259  UvrD/REP helicase  27.39 
 
 		 710 aa  108  3e-22  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0960519  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4063  UvrD/REP helicase  27.53 
 
 		 697 aa  104  7e-21  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.21557  normal  0.035765 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4061  superfamily I DNA/RNA helicase-like protein  25.44 
 
 		 1107 aa  99.4  2e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0055  UvrD/REP helicase  26.1 
 
 		 671 aa  99  2e-19  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0545819  normal  0.378623 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0589  UvrD/REP helicase  27.31 
 
 		 663 aa  98.6  4e-19  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0076  DNA helicase II  30.71 
 
 		 632 aa  97.8  5e-19  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3682  NERD domain-containing protein  28.12 
 
 		 601 aa  96.7  1e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.023391  normal  0.021571 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2959  NERD domain-containing protein  30.08 
 
 		 625 aa  94.4  7e-18  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4619  hypothetical protein  29.41 
 
 		 615 aa  91.7  5e-17  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.502486 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1546  UvrD/REP helicase  22.52 
 
 		 564 aa  88.2  5e-16  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.924385  hitchhiker  0.000024327 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1772  DNA helicase II  29.67 
 
 		 619 aa  87.8  6e-16  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4005  hypothetical protein  28.05 
 
 		 610 aa  86.3  0.000000000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.467683  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0776  UvrD/REP helicase  23.99 
 
 		 1143 aa  84.3  0.000000000000007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.240899 
 
 
-
 
NC_003296  RS02993  hypothetical protein  27.78 
 
 		 612 aa  83.6  0.00000000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.000145899  normal  0.116581 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3974  hypothetical protein  28.97 
 
 		 607 aa  82.4  0.00000000000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.335001 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1108  hypothetical protein  28.51 
 
 		 593 aa  81.3  0.00000000000006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.290007  normal  0.36043 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2446  UvrD/REP helicase  23.29 
 
 		 1141 aa  75.9  0.000000000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5380  DNA helicase II  28.36 
 
 		 619 aa  74.3  0.000000000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4079  DNA helicase II  24.4 
 
 		 724 aa  73.2  0.00000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4939  DNA helicase II  25.09 
 
 		 613 aa  71.6  0.00000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.891198  normal  0.619317 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3742  UvrD/REP helicase  24.88 
 
 		 1142 aa  71.2  0.00000000006  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.404574  normal  0.909717 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1726  UvrD/REP helicase  28.44 
 
 		 593 aa  71.2  0.00000000006  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3651  ATP-dependent DNA helicase Rep  26.27 
 
 		 682 aa  71.2  0.00000000006  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0807  hypothetical protein  24.54 
 
 		 616 aa  70.9  0.00000000008  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1549  hypothetical protein  30.36 
 
 		 465 aa  70.5  0.0000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.400172  normal  0.819759 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1771  UvrD/REP helicase  24.31 
 
 		 508 aa  70.1  0.0000000001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.734897  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10967  ATP-dependent DNA helicase II uvrD1  27.33 
 
 		 771 aa  69.3  0.0000000002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.227085 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0375  ATP-dependent DNA helicase PcrA  24.94 
 
 		 763 aa  69.3  0.0000000003  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3589  UvrD/REP helicase  24.92 
 
 		 746 aa  68.2  0.0000000005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0116142  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3651  UvrD/REP helicase  26.25 
 
 		 641 aa  68.2  0.0000000005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00677749  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_5127  Superfamily I DNA and RNA helicase-like protein  23.54 
 
 		 932 aa  67.8  0.0000000007  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_09040  ATP-dependent DNA helicase PcrA  26.07 
 
 		 932 aa  65.9  0.000000002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4891  hypothetical protein  24.03 
 
 		 616 aa  66.6  0.000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.412698  normal  0.98473 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4444  UvrD/REP helicase  25.36 
 
 		 737 aa  65.9  0.000000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.805765  normal  0.0453578 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1258  ATP-dependent DNA helicase PcrA  25.31 
 
 		 864 aa  64.7  0.000000005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.887597  normal  0.553101 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0222  UvrD/REP helicase  22.04 
 
 		 666 aa  64.7  0.000000006  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.00000045018  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1409  UvrD/REP helicase  30.61 
 
 		 714 aa  64.3  0.000000008  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.836331  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1427  UvrD/REP helicase  30.61 
 
 		 707 aa  64.3  0.000000008  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1463  UvrD/REP helicase  30.61 
 
 		 707 aa  64.3  0.000000008  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1455  UvrD/REP helicase  23.53 
 
 		 715 aa  63.9  0.000000009  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5235  ATP-dependent DNA helicase PcrA  23.51 
 
 		 781 aa  63.5  0.00000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00141788 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6089  ATP-dependent DNA helicase PcrA  23.41 
 
 		 762 aa  63.5  0.00000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.352093 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2863  ATP-dependent DNA helicase UvrD  35.43 
 
 		 725 aa  63.5  0.00000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2813  UvrD/REP helicase  22.92 
 
 		 754 aa  62.8  0.00000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3739  UvrD/REP helicase  26.15 
 
 		 719 aa  63.2  0.00000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.156307  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0699  UvrD/Rep family helicase  22.44 
 
 		 689 aa  62.8  0.00000002  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1719  UvrD/REP helicase  24.74 
 
 		 646 aa  63.2  0.00000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.571128  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1824  UvrD/REP helicase  24.92 
 
 		 679 aa  63.2  0.00000002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  unclonable  0.0000000550793  unclonable  0.00000000134855 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3979  DNA-dependent helicase II  27.4 
 
 		 720 aa  62.4  0.00000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0053327  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0064  UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase  22.34 
 
 		 689 aa  62.4  0.00000003  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1339  ATP-dependent DNA helicase PcrA  25.19 
 
 		 828 aa  61.6  0.00000004  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.574982  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8359  Superfamily I DNA and RNA helicase-like protein  25.25 
 
 		 689 aa  62  0.00000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.364158  normal  0.650565 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4166  DNA helicase II  27.76 
 
 		 720 aa  61.6  0.00000005  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3807  UvrD/REP helicase  24.67 
 
 		 708 aa  61.6  0.00000005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00612818 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4338  DNA-dependent helicase II  27.4 
 
 		 720 aa  61.6  0.00000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4231  DNA-dependent helicase II  27.4 
 
 		 720 aa  61.6  0.00000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4161  DNA-dependent helicase II  27.4 
 
 		 720 aa  61.6  0.00000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4279  DNA-dependent helicase II  27.4 
 
 		 720 aa  61.6  0.00000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4179  DNA-dependent helicase II  27.76 
 
 		 720 aa  61.2  0.00000006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.654606  normal  0.0232596 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4180  DNA-dependent helicase II  27.4 
 
 		 720 aa  61.2  0.00000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.328302  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4038  DNA-dependent helicase II  27.76 
 
 		 720 aa  61.2  0.00000006  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>