More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RoseRS_2943 on replicon NC_009523
Organism: Roseiflexus sp. RS-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009523  RoseRS_2943  superfamily I DNA/RNA helicase-like protein  100 
 
 		 696 aa  1405    Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4174  UvrD/REP helicase  61.24 
 
 		 716 aa  811    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2859  UvrD/REP helicase  61.67 
 
 		 690 aa  860    Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3349  hypothetical protein  38.94 
 
 		 673 aa  432  1e-120  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.038988  normal  0.770189 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1246  UvrD/REP helicase  36.96 
 
 		 662 aa  380  1e-104  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.176029  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1419  UvrD/REP helicase  33.57 
 
 		 706 aa  323  5e-87  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1352  UvrD/REP helicase  32.78 
 
 		 712 aa  321  3e-86  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.541991 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0810  UvrD/REP helicase  33.52 
 
 		 703 aa  295  3e-78  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0826  UvrD/REP helicase  33.52 
 
 		 703 aa  295  3e-78  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4897  UvrD/REP helicase  32.23 
 
 		 705 aa  289  1e-76  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5811  ATP-dependent DNA helicase, UvrD/REP family  32.13 
 
 		 704 aa  285  1.0000000000000001e-75  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.859027 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3882  UvrD/REP helicase  32.13 
 
 		 704 aa  285  1.0000000000000001e-75  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.229228  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4831  ATP-dependent DNA helicase UvrD  32.13 
 
 		 704 aa  285  2.0000000000000002e-75  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.366653  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0064  putative DNA helicase  32.48 
 
 		 696 aa  285  2.0000000000000002e-75  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2733  UvrD/REP helicase  33.06 
 
 		 705 aa  284  5.000000000000001e-75  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.627467 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2728  UvrD/REP helicase  31.27 
 
 		 699 aa  268  2e-70  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.121618  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3740  UvrD/REP helicase  31.41 
 
 		 752 aa  266  1e-69  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1320  superfamily I DNA/RNA helicase  29.17 
 
 		 683 aa  248  3e-64  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.875169  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_35190  DNA/RNA helicase, superfamily I  31.56 
 
 		 737 aa  246  8e-64  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_6025  UvrD/REP helicase  30.7 
 
 		 737 aa  245  1.9999999999999999e-63  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0467  UvrD/REP helicase  35.27 
 
 		 603 aa  241  5e-62  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.82885  normal  0.469599 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1406  UvrD/REP helicase  32.07 
 
 		 708 aa  235  2.0000000000000002e-60  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.450912  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0355  UvrD/REP helicase  29.11 
 
 		 714 aa  233  6e-60  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2325  hypothetical protein  30 
 
 		 759 aa  228  3e-58  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0788129  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3032  UvrD/REP family ATP-dependent DNA helicase  31.25 
 
 		 687 aa  228  4e-58  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.722257  normal  0.242361 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2329  superfamily protein I DNA/RNA helicase  33.47 
 
 		 679 aa  210  6e-53  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8440  UvrD/REP helicase  31.88 
 
 		 685 aa  203  9.999999999999999e-51  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2326  putative DNA helicase  32.73 
 
 		 711 aa  197  4.0000000000000005e-49  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0110  putative DNA helicase  32.25 
 
 		 659 aa  192  1e-47  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.609607 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3085  UvrD/Rep helicase  29.45 
 
 		 717 aa  191  4e-47  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.173371  hitchhiker  0.00106438 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5423  UvrD/REP helicase  33.51 
 
 		 821 aa  186  9e-46  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0106532  normal  0.207547 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4063  UvrD/REP helicase  29.67 
 
 		 697 aa  174  3.9999999999999995e-42  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.21557  normal  0.035765 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3368  NERD domain protein  31.92 
 
 		 734 aa  172  1e-41  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000355781 
 
 
-
 
NC_011880  Cyan7425_5351  UvrD/REP helicase  28.49 
 
 		 695 aa  161  4e-38  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.149775 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3757  UvrD/REP helicase  28.39 
 
 		 695 aa  159  2e-37  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  unclonable  0.0000385426  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2259  UvrD/REP helicase  27.79 
 
 		 710 aa  154  5e-36  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0960519  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4504  UvrD/REP helicase  29.96 
 
 		 809 aa  151  5e-35  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0743  plasmid stabilization system  27.69 
 
 		 712 aa  150  9e-35  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0022  LexA repressor  25.05 
 
 		 819 aa  148  3e-34  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.000018035  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0809  LexA repressor  26.09 
 
 		 815 aa  142  3e-32  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.642499  hitchhiker  0.0000861607 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1939  NERD domain-containing protein  28.12 
 
 		 700 aa  135  3e-30  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00843241 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4061  superfamily I DNA/RNA helicase-like protein  27.62 
 
 		 1107 aa  132  2.0000000000000002e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0589  UvrD/REP helicase  29.93 
 
 		 663 aa  124  6e-27  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1546  UvrD/REP helicase  26.82 
 
 		 564 aa  102  3e-20  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.924385  hitchhiker  0.000024327 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0055  UvrD/REP helicase  27.1 
 
 		 671 aa  100  1e-19  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0545819  normal  0.378623 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4939  DNA helicase II  27.56 
 
 		 613 aa  89.4  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.891198  normal  0.619317 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2959  NERD domain-containing protein  28.79 
 
 		 625 aa  86.3  0.000000000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4619  hypothetical protein  26.13 
 
 		 615 aa  86.7  0.000000000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.502486 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2383  TPR repeat-containing protein  23.48 
 
 		 1421 aa  82.8  0.00000000000002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.823331 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0445  UvrD/REP helicase  29.3 
 
 		 515 aa  79.3  0.0000000000002  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00058157 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0807  hypothetical protein  28.19 
 
 		 616 aa  77.8  0.0000000000006  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4891  hypothetical protein  26.09 
 
 		 616 aa  77.4  0.0000000000007  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.412698  normal  0.98473 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0116  hypothetical protein  28.96 
 
 		 335 aa  75.5  0.000000000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.756885 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1108  hypothetical protein  28.4 
 
 		 593 aa  75.5  0.000000000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.290007  normal  0.36043 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1772  DNA helicase II  26.49 
 
 		 619 aa  74.7  0.000000000006  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3121  UvrD/REP helicase  28.19 
 
 		 1033 aa  74.3  0.000000000008  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0577  ATP-dependent DNA helicase PcrA  24.14 
 
 		 743 aa  73.9  0.000000000008  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  0.893036  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0502  UvrD/REP helicase  25.06 
 
 		 620 aa  70.5  0.0000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_11400  DNA/RNA helicase, superfamily I  28.08 
 
 		 710 aa  69.7  0.0000000002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3682  NERD domain-containing protein  28.35 
 
 		 601 aa  68.6  0.0000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.023391  normal  0.021571 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1771  UvrD/REP helicase  26.54 
 
 		 508 aa  67.4  0.0000000008  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.734897  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET1196  ATP-dependent DNA helicase PcrA  24.4 
 
 		 738 aa  67.4  0.0000000009  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1549  hypothetical protein  36 
 
 		 465 aa  67  0.000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.400172  normal  0.819759 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_979  UvrD/REP helicase  24.4 
 
 		 738 aa  66.6  0.000000002  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3807  UvrD/REP helicase  27.02 
 
 		 708 aa  65.9  0.000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00612818 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1094  hypothetical protein  26.86 
 
 		 588 aa  65.5  0.000000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02993  hypothetical protein  26.52 
 
 		 612 aa  65.1  0.000000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.000145899  normal  0.116581 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0110  superfamily I DNA and RNA helicase  29.86 
 
 		 401 aa  65.1  0.000000005  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.285644  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3974  hypothetical protein  27.57 
 
 		 607 aa  65.1  0.000000005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.335001 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2965  UvrD/REP helicase  29.3 
 
 		 682 aa  64.7  0.000000006  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.460273  normal  0.889017 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51910  Ankyrin  27.56 
 
 		 954 aa  64.7  0.000000006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1007  UvrD/REP helicase  23.67 
 
 		 738 aa  64.7  0.000000006  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1083  acyl carrier protein  24.04 
 
 		 677 aa  63.9  0.000000009  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0076  DNA helicase II  25.58 
 
 		 632 aa  63.5  0.00000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4005  hypothetical protein  26.85 
 
 		 610 aa  63.5  0.00000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.467683  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3516  hypothetical protein  25.68 
 
 		 768 aa  62.4  0.00000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0864  ATP-dependent DNA helicase UvrD  26.43 
 
 		 786 aa  62.4  0.00000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5380  DNA helicase II  28.74 
 
 		 619 aa  62  0.00000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1455  UvrD/REP helicase  23.69 
 
 		 715 aa  61.2  0.00000006  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3743  UvrD/REP helicase  28 
 
 		 702 aa  60.8  0.00000007  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0471553  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_27560  DNA/RNA helicase, superfamily I  27.18 
 
 		 699 aa  60.8  0.00000008  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13220  ATP-dependent DNA helicase II uvrD2  28.65 
 
 		 700 aa  60.5  0.0000001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.529496 
 
 
-
 
NC_006055  Mfl566  repair endonuclease ATP-dependent DNA helicase  24.44 
 
 		 723 aa  60.1  0.0000001  Mesoplasma florum L1  Bacteria  hitchhiker  0.0000546872  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2629  ATP-dependent DNA helicase UvrD  25.06 
 
 		 787 aa  60.1  0.0000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0417333  normal  0.559326 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0656  DNA helicase IV  22 
 
 		 699 aa  59.7  0.0000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2914  hypothetical protein  25.05 
 
 		 658 aa  60.1  0.0000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0083  hypothetical protein  26.83 
 
 		 785 aa  59.7  0.0000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0875  hypothetical protein  27.08 
 
 		 712 aa  58.9  0.0000003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0928  UvrD/REP helicase  30 
 
 		 876 aa  58.9  0.0000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1437  UvrD/REP helicase  21.81 
 
 		 769 aa  58.9  0.0000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.618729  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0776  UvrD/REP helicase  26.72 
 
 		 1143 aa  58.2  0.0000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.240899 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8359  Superfamily I DNA and RNA helicase-like protein  28.42 
 
 		 689 aa  58.2  0.0000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.364158  normal  0.650565 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_07530  DNA/RNA helicase, superfamily I  26.93 
 
 		 694 aa  58.2  0.0000006  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.565866 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0209  UvrD/REP helicase  32.09 
 
 		 786 aa  57.8  0.0000007  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  hitchhiker  0.0000644419  normal  0.953058 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0961  UvrD/REP helicase  23.56 
 
 		 679 aa  57.8  0.0000007  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1426  UvrD/REP helicase  25.53 
 
 		 817 aa  57.4  0.0000009  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.854677  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2668  superfamily I DNA and RNA helicase-like protein  25.37 
 
 		 629 aa  57  0.000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.111087  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1796  ankyrin  23.22 
 
 		 1047 aa  57  0.000001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  unclonable  0.00006002  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_5127  Superfamily I DNA and RNA helicase-like protein  22.32 
 
 		 932 aa  57  0.000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3381  putative DNA helicase  37.84 
 
 		 86 aa  56.6  0.000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>