More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_0110 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_0110  putative DNA helicase  100 
 
 		 659 aa  1304    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.609607 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2728  UvrD/REP helicase  39.36 
 
 		 699 aa  387  1e-106  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.121618  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0064  putative DNA helicase  40.83 
 
 		 696 aa  385  1e-105  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0810  UvrD/REP helicase  38.53 
 
 		 703 aa  367  1e-100  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0826  UvrD/REP helicase  38.53 
 
 		 703 aa  367  1e-100  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1406  UvrD/REP helicase  39.23 
 
 		 708 aa  358  9.999999999999999e-98  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.450912  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2733  UvrD/REP helicase  39.13 
 
 		 705 aa  351  2e-95  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.627467 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1352  UvrD/REP helicase  37.32 
 
 		 712 aa  338  2.9999999999999997e-91  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.541991 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_35190  DNA/RNA helicase, superfamily I  38.54 
 
 		 737 aa  323  7e-87  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1419  UvrD/REP helicase  35.52 
 
 		 706 aa  321  1.9999999999999998e-86  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0355  UvrD/REP helicase  36.33 
 
 		 714 aa  315  9.999999999999999e-85  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3882  UvrD/REP helicase  34.52 
 
 		 704 aa  308  3e-82  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.229228  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5811  ATP-dependent DNA helicase, UvrD/REP family  34.52 
 
 		 704 aa  308  3e-82  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.859027 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4831  ATP-dependent DNA helicase UvrD  34.52 
 
 		 704 aa  306  8.000000000000001e-82  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.366653  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2326  putative DNA helicase  37.44 
 
 		 711 aa  304  3.0000000000000004e-81  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4897  UvrD/REP helicase  34.88 
 
 		 705 aa  303  5.000000000000001e-81  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0467  UvrD/REP helicase  38.32 
 
 		 603 aa  289  1e-76  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.82885  normal  0.469599 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8440  UvrD/REP helicase  37.5 
 
 		 685 aa  279  1e-73  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3740  UvrD/REP helicase  36.91 
 
 		 752 aa  279  1e-73  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5423  UvrD/REP helicase  35.56 
 
 		 821 aa  268  2.9999999999999995e-70  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0106532  normal  0.207547 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3032  UvrD/REP family ATP-dependent DNA helicase  33.61 
 
 		 687 aa  266  7e-70  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.722257  normal  0.242361 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2329  superfamily protein I DNA/RNA helicase  36.63 
 
 		 679 aa  265  2e-69  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_6025  UvrD/REP helicase  33.97 
 
 		 737 aa  256  1.0000000000000001e-66  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3085  UvrD/Rep helicase  35.38 
 
 		 717 aa  246  6.999999999999999e-64  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.173371  hitchhiker  0.00106438 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2325  hypothetical protein  33.08 
 
 		 759 aa  243  1e-62  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0788129  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4174  UvrD/REP helicase  31.67 
 
 		 716 aa  236  1.0000000000000001e-60  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2859  UvrD/REP helicase  33.44 
 
 		 690 aa  221  3.9999999999999997e-56  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3349  hypothetical protein  32.52 
 
 		 673 aa  214  4.9999999999999996e-54  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.038988  normal  0.770189 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1246  UvrD/REP helicase  31.85 
 
 		 662 aa  213  7e-54  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.176029  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1320  superfamily I DNA/RNA helicase  27.57 
 
 		 683 aa  212  2e-53  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.875169  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2943  superfamily I DNA/RNA helicase-like protein  32.25 
 
 		 696 aa  205  2e-51  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3368  NERD domain protein  33.4 
 
 		 734 aa  186  1.0000000000000001e-45  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000355781 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4504  UvrD/REP helicase  32.27 
 
 		 809 aa  169  1e-40  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1939  NERD domain-containing protein  28.18 
 
 		 700 aa  167  8e-40  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00843241 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0022  LexA repressor  22.16 
 
 		 819 aa  130  8.000000000000001e-29  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.000018035  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0743  plasmid stabilization system  27.35 
 
 		 712 aa  129  3e-28  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011880  Cyan7425_5351  UvrD/REP helicase  28.6 
 
 		 695 aa  127  5e-28  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.149775 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4061  superfamily I DNA/RNA helicase-like protein  26.09 
 
 		 1107 aa  125  2e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4063  UvrD/REP helicase  27.64 
 
 		 697 aa  120  9e-26  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.21557  normal  0.035765 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2259  UvrD/REP helicase  26.51 
 
 		 710 aa  114  7.000000000000001e-24  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0960519  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3757  UvrD/REP helicase  26.5 
 
 		 695 aa  105  2e-21  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  unclonable  0.0000385426  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0809  LexA repressor  21.04 
 
 		 815 aa  103  1e-20  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.642499  hitchhiker  0.0000861607 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0589  UvrD/REP helicase  28.28 
 
 		 663 aa  97.4  8e-19  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2664  hypothetical protein  38.28 
 
 		 202 aa  89.4  2e-16  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0055  UvrD/REP helicase  25.93 
 
 		 671 aa  86.7  0.000000000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0545819  normal  0.378623 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1549  hypothetical protein  29.89 
 
 		 465 aa  86.7  0.000000000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.400172  normal  0.819759 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1771  UvrD/REP helicase  26.57 
 
 		 508 aa  79  0.0000000000002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.734897  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4619  hypothetical protein  29.6 
 
 		 615 aa  77.8  0.0000000000006  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.502486 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0254  UvrD/REP helicase  28.26 
 
 		 1232 aa  77  0.000000000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.764036  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1772  DNA helicase II  26.56 
 
 		 619 aa  77  0.000000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2959  NERD domain-containing protein  27.65 
 
 		 625 aa  74.3  0.000000000006  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8359  Superfamily I DNA and RNA helicase-like protein  29.63 
 
 		 689 aa  73.2  0.00000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.364158  normal  0.650565 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1546  UvrD/REP helicase  24.13 
 
 		 564 aa  71.6  0.00000000005  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.924385  hitchhiker  0.000024327 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0968  UvrD/REP helicase  22.91 
 
 		 706 aa  71.2  0.00000000006  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02993  hypothetical protein  27.54 
 
 		 612 aa  70.1  0.0000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.000145899  normal  0.116581 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1110  hypothetical protein  24.22 
 
 		 702 aa  70.1  0.0000000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.924141 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0076  DNA helicase II  29.55 
 
 		 632 aa  68.6  0.0000000004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4005  hypothetical protein  27.82 
 
 		 610 aa  68.6  0.0000000004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.467683  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1437  UvrD/REP helicase  22.83 
 
 		 769 aa  68.2  0.0000000005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.618729  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3682  NERD domain-containing protein  27.61 
 
 		 601 aa  68.2  0.0000000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.023391  normal  0.021571 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2965  UvrD/REP helicase  29.1 
 
 		 682 aa  67.8  0.0000000007  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.460273  normal  0.889017 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0875  hypothetical protein  24.69 
 
 		 712 aa  67.4  0.0000000007  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_11400  DNA/RNA helicase, superfamily I  27.13 
 
 		 710 aa  66.6  0.000000001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1422  UvrD/REP helicase  27.36 
 
 		 1089 aa  66.6  0.000000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2539  ATP-dependent DNA helicase PcrA  28.35 
 
 		 858 aa  65.9  0.000000002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.676904  normal  0.762866 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_979  UvrD/REP helicase  25 
 
 		 738 aa  65.1  0.000000004  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0104  UvrD/REP helicase  27.76 
 
 		 797 aa  65.1  0.000000004  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4232  UvrD/REP helicase  27.3 
 
 		 674 aa  64.7  0.000000005  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0097  ATP-dependent DNA helicase Rep  28.19 
 
 		 797 aa  64.7  0.000000006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1196  ATP-dependent DNA helicase PcrA  25 
 
 		 738 aa  64.3  0.000000007  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4120  UvrD/REP helicase  29.97 
 
 		 719 aa  64.3  0.000000007  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.344601  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2475  UvrD/REP helicase  26.73 
 
 		 717 aa  63.9  0.000000008  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000259044 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0115  UvrD/REP helicase  27.7 
 
 		 797 aa  63.9  0.000000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1108  hypothetical protein  26.07 
 
 		 593 aa  63.9  0.000000009  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.290007  normal  0.36043 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0813  ATP-dependent DNA helicase PcrA  25.62 
 
 		 830 aa  63.9  0.000000009  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  decreased coverage  0.00156939  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5644  DNA-dependent helicase II  28.34 
 
 		 727 aa  63.5  0.00000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0598838 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0935  UvrD/REP helicase  29.62 
 
 		 759 aa  63.5  0.00000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  hitchhiker  0.00354406  normal  0.765931 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2753  UvrD/REP helicase  27.03 
 
 		 726 aa  63.2  0.00000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2469  UvrD/REP helicase  30.43 
 
 		 670 aa  63.5  0.00000001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0942687  hitchhiker  0.000141757 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0530  superfamily I DNA/RNA helicase  27.85 
 
 		 712 aa  63.2  0.00000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4223  ATP-dependent DNA helicase PcrA  26.83 
 
 		 768 aa  62.4  0.00000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.80047  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2861  uvrD/Rep helicase family protein  25 
 
 		 689 aa  62  0.00000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.000000106246  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3817  ATP-dependent DNA helicase PcrA  26.15 
 
 		 795 aa  62.4  0.00000003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.558809  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0080  DNA helicase II  28.69 
 
 		 721 aa  62  0.00000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6025  UvrD/REP helicase  30.4 
 
 		 787 aa  62  0.00000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2134  DNA helicase IV  21.56 
 
 		 687 aa  62  0.00000004  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0277838  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6233  DNA-dependent helicase II  27.69 
 
 		 728 aa  61.2  0.00000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.80471  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0930  ATP-dependent DNA helicase PcrA  25.31 
 
 		 837 aa  61.2  0.00000005  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1007  UvrD/REP helicase  25 
 
 		 738 aa  61.2  0.00000005  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71870  DNA-dependent helicase II  27.69 
 
 		 728 aa  61.6  0.00000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.186903  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3974  hypothetical protein  33.33 
 
 		 607 aa  61.6  0.00000005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.335001 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_19150  DNA/RNA helicase, superfamily I  28.85 
 
 		 704 aa  61.2  0.00000006  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.0763962 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4207  ATP-dependent DNA helicase PcrA  26.37 
 
 		 794 aa  60.8  0.00000007  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00114882 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2539  UvrD/Rep helicase family protein  25.76 
 
 		 689 aa  60.8  0.00000007  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.0000078955  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2623  uvrD/Rep helicase family protein  25.76 
 
 		 689 aa  60.8  0.00000008  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.000508135  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2814  uvrD/Rep helicase family protein  25.76 
 
 		 689 aa  60.8  0.00000008  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  unclonable  0.0000000183326  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1990  UvrD/REP helicase  23.19 
 
 		 780 aa  60.8  0.00000008  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.486278  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1516  UvrD/REP helicase  27.76 
 
 		 688 aa  60.8  0.00000008  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.200062  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2919  UvrD/REP helicase  25.95 
 
 		 621 aa  60.5  0.00000009  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0368  superfamily I DNA/RNA helicase  25.64 
 
 		 696 aa  60.5  0.00000009  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>