294 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RoseRS_0055 on replicon NC_009523
Organism: Roseiflexus sp. RS-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009523  RoseRS_0055  UvrD/REP helicase  100 
 
 		 671 aa  1367    Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0545819  normal  0.378623 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0022  LexA repressor  24.42 
 
 		 819 aa  134  6e-30  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.000018035  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0809  LexA repressor  24.85 
 
 		 815 aa  129  3e-28  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.642499  hitchhiker  0.0000861607 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1246  UvrD/REP helicase  27.8 
 
 		 662 aa  120  9e-26  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.176029  normal  1 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3349  hypothetical protein  27.46 
 
 		 673 aa  118  3.9999999999999997e-25  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.038988  normal  0.770189 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5811  ATP-dependent DNA helicase, UvrD/REP family  27.01 
 
 		 704 aa  113  9e-24  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.859027 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0810  UvrD/REP helicase  27.98 
 
 		 703 aa  113  9e-24  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0826  UvrD/REP helicase  27.98 
 
 		 703 aa  113  9e-24  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4831  ATP-dependent DNA helicase UvrD  27.01 
 
 		 704 aa  113  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.366653  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3882  UvrD/REP helicase  27.01 
 
 		 704 aa  113  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.229228  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0064  putative DNA helicase  27.56 
 
 		 696 aa  108  4e-22  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2728  UvrD/REP helicase  25.73 
 
 		 699 aa  107  8e-22  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.121618  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4897  UvrD/REP helicase  25.78 
 
 		 705 aa  107  9e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1406  UvrD/REP helicase  26.37 
 
 		 708 aa  102  2e-20  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.450912  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4063  UvrD/REP helicase  25.11 
 
 		 697 aa  101  5e-20  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.21557  normal  0.035765 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2733  UvrD/REP helicase  27.98 
 
 		 705 aa  100  9e-20  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.627467 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4174  UvrD/REP helicase  26.85 
 
 		 716 aa  100  1e-19  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2943  superfamily I DNA/RNA helicase-like protein  27.1 
 
 		 696 aa  98.2  4e-19  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1419  UvrD/REP helicase  25.11 
 
 		 706 aa  97.4  8e-19  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1939  NERD domain-containing protein  27.31 
 
 		 700 aa  97.4  8e-19  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00843241 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2259  UvrD/REP helicase  24.58 
 
 		 710 aa  96.3  2e-18  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0960519  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1352  UvrD/REP helicase  25 
 
 		 712 aa  94.7  5e-18  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.541991 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2859  UvrD/REP helicase  26.21 
 
 		 690 aa  92  3e-17  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0743  plasmid stabilization system  25.83 
 
 		 712 aa  91.3  6e-17  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0355  UvrD/REP helicase  26.1 
 
 		 714 aa  90.9  7e-17  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2326  putative DNA helicase  24.89 
 
 		 711 aa  90.5  1e-16  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_6025  UvrD/REP helicase  24.12 
 
 		 737 aa  89.4  2e-16  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3757  UvrD/REP helicase  25.5 
 
 		 695 aa  87.8  5e-16  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  unclonable  0.0000385426  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3368  NERD domain protein  26.76 
 
 		 734 aa  86.3  0.000000000000002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000355781 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0116  hypothetical protein  28.48 
 
 		 335 aa  85.9  0.000000000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.756885 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2329  superfamily protein I DNA/RNA helicase  26.71 
 
 		 679 aa  85.1  0.000000000000004  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0589  UvrD/REP helicase  26.79 
 
 		 663 aa  83.6  0.00000000000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0717  ATP-dependent DNA helicase pcrA  22.68 
 
 		 722 aa  82.8  0.00000000000002  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  0.0979617  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3740  UvrD/REP helicase  24.25 
 
 		 752 aa  81.6  0.00000000000004  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0661  UvrD/REP helicase  25 
 
 		 708 aa  80.9  0.00000000000007  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.612479  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1772  DNA helicase II  24.82 
 
 		 619 aa  79.3  0.0000000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0110  putative DNA helicase  25.41 
 
 		 659 aa  79.7  0.0000000000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.609607 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4619  hypothetical protein  27.11 
 
 		 615 aa  79.7  0.0000000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.502486 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0738  hypothetical protein  28.87 
 
 		 631 aa  77.8  0.0000000000006  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1094  hypothetical protein  26.22 
 
 		 588 aa  77.8  0.0000000000006  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3682  NERD domain-containing protein  23.73 
 
 		 601 aa  76.6  0.000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.023391  normal  0.021571 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4061  superfamily I DNA/RNA helicase-like protein  25.91 
 
 		 1107 aa  77  0.000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2383  TPR repeat-containing protein  20.66 
 
 		 1421 aa  77  0.000000000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.823331 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1108  hypothetical protein  24.43 
 
 		 593 aa  74.7  0.000000000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.290007  normal  0.36043 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8440  UvrD/REP helicase  26.14 
 
 		 685 aa  74.3  0.000000000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3032  UvrD/REP family ATP-dependent DNA helicase  26.75 
 
 		 687 aa  73.6  0.00000000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.722257  normal  0.242361 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2325  hypothetical protein  23.09 
 
 		 759 aa  72.4  0.00000000002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0788129  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4005  hypothetical protein  23.68 
 
 		 610 aa  72.8  0.00000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.467683  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1546  UvrD/REP helicase  22.38 
 
 		 564 aa  72  0.00000000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.924385  hitchhiker  0.000024327 
 
 
-
 
NC_011880  Cyan7425_5351  UvrD/REP helicase  22.74 
 
 		 695 aa  72  0.00000000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.149775 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4939  DNA helicase II  24.81 
 
 		 613 aa  72  0.00000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.891198  normal  0.619317 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0467  UvrD/REP helicase  25.96 
 
 		 603 aa  71.6  0.00000000005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.82885  normal  0.469599 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5423  UvrD/REP helicase  25 
 
 		 821 aa  69.3  0.0000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0106532  normal  0.207547 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_35190  DNA/RNA helicase, superfamily I  27.34 
 
 		 737 aa  68.9  0.0000000003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0807  hypothetical protein  26.09 
 
 		 616 aa  68.9  0.0000000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0222  UvrD/REP helicase  23.84 
 
 		 666 aa  68.6  0.0000000004  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.00000045018  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5380  DNA helicase II  26.05 
 
 		 619 aa  67.8  0.0000000007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02993  hypothetical protein  23.86 
 
 		 612 aa  67  0.000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.000145899  normal  0.116581 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0964  UvrD/REP helicase  24.91 
 
 		 735 aa  66.2  0.000000002  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5264  hypothetical protein  37.62 
 
 		 617 aa  65.5  0.000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2813  UvrD/REP helicase  24.03 
 
 		 754 aa  65.5  0.000000003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1320  superfamily I DNA/RNA helicase  24.45 
 
 		 683 aa  65.5  0.000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.875169  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3974  hypothetical protein  25.75 
 
 		 607 aa  64.7  0.000000005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.335001 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4504  UvrD/REP helicase  26.22 
 
 		 809 aa  64.3  0.000000006  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0076  DNA helicase II  25.7 
 
 		 632 aa  63.5  0.00000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0968  UvrD/REP helicase  20.43 
 
 		 706 aa  63.5  0.00000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3085  UvrD/Rep helicase  24.89 
 
 		 717 aa  63.5  0.00000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.173371  hitchhiker  0.00106438 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4891  hypothetical protein  22.22 
 
 		 616 aa  63.2  0.00000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.412698  normal  0.98473 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2753  UvrD/REP helicase  25.15 
 
 		 726 aa  62.8  0.00000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4586  ATP-dependent DNA helicase UvrD  23.15 
 
 		 787 aa  62  0.00000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.721141 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0960  UvrD/REP helicase  23.15 
 
 		 846 aa  62  0.00000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2959  NERD domain-containing protein  26.12 
 
 		 625 aa  62  0.00000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2268  ATP-dependent DNA helicase replicase  25.53 
 
 		 753 aa  61.6  0.00000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000472116  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1670  DNA helicase II  24.26 
 
 		 787 aa  61.6  0.00000005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0928  DNA helicase II  24.26 
 
 		 787 aa  61.2  0.00000005  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1179  UvrD/REP helicase  25.45 
 
 		 701 aa  61.6  0.00000005  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0987227 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1847  DNA helicase II  24.26 
 
 		 787 aa  61.6  0.00000005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.478149  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1692  DNA helicase II  24.26 
 
 		 787 aa  61.6  0.00000005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0421  DNA helicase II  24.26 
 
 		 787 aa  61.2  0.00000005  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0742  DNA helicase II  24.26 
 
 		 787 aa  61.2  0.00000005  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1461  DNA helicase II  24.26 
 
 		 787 aa  61.2  0.00000005  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.564541  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1420  UvrD/REP helicase  23.15 
 
 		 787 aa  61.2  0.00000006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0732039  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1110  hypothetical protein  25.72 
 
 		 702 aa  61.2  0.00000006  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.924141 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1442  UvrD/REP helicase  23.15 
 
 		 787 aa  61.2  0.00000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mfl566  repair endonuclease ATP-dependent DNA helicase  21.55 
 
 		 723 aa  60.8  0.00000007  Mesoplasma florum L1  Bacteria  hitchhiker  0.0000546872  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2355  UvrD/REP helicase  23.64 
 
 		 724 aa  60.8  0.00000007  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  unclonable  0.0000000607129  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2797  UvrD/REP helicase  23.96 
 
 		 783 aa  60.1  0.0000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.265943  normal  0.311866 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1337  ATP-dependent DNA helicase UvrD  23.96 
 
 		 783 aa  60.5  0.0000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1322  UvrD/REP helicase  22.85 
 
 		 840 aa  60.1  0.0000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3458  UvrD/REP helicase  23.98 
 
 		 762 aa  60.1  0.0000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1363  UvrD/REP helicase  22.85 
 
 		 787 aa  59.3  0.0000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.485952 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3423  superfamily I DNA helicase  24.19 
 
 		 760 aa  58.9  0.0000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000327842  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1723  ATP-dependent DNA helicase UvrD  23.85 
 
 		 825 aa  58.2  0.0000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.410033 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1514  ATP-dependent DNA helicase PcrA  23.4 
 
 		 755 aa  57.8  0.0000006  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1050  hypothetical protein  21.74 
 
 		 702 aa  57.8  0.0000006  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0285  NERD domain protein  25.32 
 
 		 540 aa  57.8  0.0000006  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2139  hypothetical protein  29.03 
 
 		 617 aa  57.8  0.0000006  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1050  UvrD/REP helicase  23.53 
 
 		 597 aa  57.8  0.0000006  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2632  DNA helicase II  23.15 
 
 		 787 aa  57.8  0.0000007  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2793  ATP-dependent DNA helicase  23.82 
 
 		 737 aa  57.4  0.0000009  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000978375  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>