More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene EcSMS35_4831 on replicon NC_010498
Organism: Escherichia coli SMS-3-5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011083  SeHA_C4897  UvrD/REP helicase  92.75 
 
 		 705 aa  1372    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5811  ATP-dependent DNA helicase, UvrD/REP family  99.57 
 
 		 704 aa  1455    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.859027 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4831  ATP-dependent DNA helicase UvrD  100 
 
 		 704 aa  1459    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.366653  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1419  UvrD/REP helicase  49.01 
 
 		 706 aa  653    Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1352  UvrD/REP helicase  50.56 
 
 		 712 aa  695    Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.541991 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3882  UvrD/REP helicase  99.72 
 
 		 704 aa  1456    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.229228  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0064  putative DNA helicase  37.68 
 
 		 696 aa  416  9.999999999999999e-116  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0810  UvrD/REP helicase  37.46 
 
 		 703 aa  413  1e-114  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0826  UvrD/REP helicase  37.46 
 
 		 703 aa  413  1e-114  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2733  UvrD/REP helicase  36.76 
 
 		 705 aa  395  1e-108  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.627467 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1406  UvrD/REP helicase  36.29 
 
 		 708 aa  390  1e-107  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.450912  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2728  UvrD/REP helicase  34.04 
 
 		 699 aa  365  1e-99  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.121618  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1320  superfamily I DNA/RNA helicase  32.91 
 
 		 683 aa  342  1e-92  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.875169  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0355  UvrD/REP helicase  32.65 
 
 		 714 aa  333  8e-90  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_35190  DNA/RNA helicase, superfamily I  32.04 
 
 		 737 aa  320  5e-86  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2326  putative DNA helicase  31.62 
 
 		 711 aa  302  1e-80  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2859  UvrD/REP helicase  32.27 
 
 		 690 aa  296  8e-79  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0110  putative DNA helicase  34.52 
 
 		 659 aa  294  4e-78  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.609607 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3349  hypothetical protein  31.62 
 
 		 673 aa  291  3e-77  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.038988  normal  0.770189 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_6025  UvrD/REP helicase  32.02 
 
 		 737 aa  291  3e-77  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8440  UvrD/REP helicase  31.4 
 
 		 685 aa  290  5.0000000000000004e-77  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4174  UvrD/REP helicase  31.42 
 
 		 716 aa  290  7e-77  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5423  UvrD/REP helicase  30.06 
 
 		 821 aa  290  8e-77  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0106532  normal  0.207547 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3032  UvrD/REP family ATP-dependent DNA helicase  30.84 
 
 		 687 aa  286  7e-76  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.722257  normal  0.242361 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3740  UvrD/REP helicase  31.17 
 
 		 752 aa  286  1.0000000000000001e-75  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2943  superfamily I DNA/RNA helicase-like protein  32.13 
 
 		 696 aa  282  1e-74  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1246  UvrD/REP helicase  31.15 
 
 		 662 aa  257  6e-67  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.176029  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3085  UvrD/Rep helicase  29.31 
 
 		 717 aa  248  3e-64  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.173371  hitchhiker  0.00106438 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2325  hypothetical protein  29.23 
 
 		 759 aa  241  2.9999999999999997e-62  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0788129  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0467  UvrD/REP helicase  33.68 
 
 		 603 aa  240  5.999999999999999e-62  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.82885  normal  0.469599 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2329  superfamily protein I DNA/RNA helicase  33.87 
 
 		 679 aa  231  4e-59  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1939  NERD domain-containing protein  29.89 
 
 		 700 aa  204  5e-51  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00843241 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4504  UvrD/REP helicase  30.63 
 
 		 809 aa  192  2e-47  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3368  NERD domain protein  28.45 
 
 		 734 aa  169  2e-40  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000355781 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4063  UvrD/REP helicase  28.54 
 
 		 697 aa  155  2e-36  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.21557  normal  0.035765 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2259  UvrD/REP helicase  27.02 
 
 		 710 aa  141  4.999999999999999e-32  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0960519  normal  1 
 
 
-
 
NC_011880  Cyan7425_5351  UvrD/REP helicase  26.75 
 
 		 695 aa  139  2e-31  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.149775 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0743  plasmid stabilization system  28.09 
 
 		 712 aa  136  9.999999999999999e-31  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0589  UvrD/REP helicase  26.75 
 
 		 663 aa  132  3e-29  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0022  LexA repressor  23.02 
 
 		 819 aa  125  2e-27  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.000018035  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3757  UvrD/REP helicase  26.21 
 
 		 695 aa  123  9.999999999999999e-27  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  unclonable  0.0000385426  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0055  UvrD/REP helicase  26.39 
 
 		 671 aa  114  5e-24  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0545819  normal  0.378623 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4061  superfamily I DNA/RNA helicase-like protein  25.45 
 
 		 1107 aa  111  4.0000000000000004e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0809  LexA repressor  24.7 
 
 		 815 aa  109  2e-22  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.642499  hitchhiker  0.0000861607 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1546  UvrD/REP helicase  26.95 
 
 		 564 aa  92.4  2e-17  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.924385  hitchhiker  0.000024327 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2959  NERD domain-containing protein  30.2 
 
 		 625 aa  91.7  4e-17  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1771  UvrD/REP helicase  25.22 
 
 		 508 aa  90.9  8e-17  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.734897  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4619  hypothetical protein  28.57 
 
 		 615 aa  82.8  0.00000000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.502486 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1772  DNA helicase II  27.72 
 
 		 619 aa  81.3  0.00000000000006  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1549  hypothetical protein  30.1 
 
 		 465 aa  80.9  0.00000000000008  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.400172  normal  0.819759 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1108  hypothetical protein  28.24 
 
 		 593 aa  78.2  0.0000000000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.290007  normal  0.36043 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1279  ATP-dependent DNA helicase, UvrD/REP family  25.6 
 
 		 688 aa  78.2  0.0000000000005  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.456815  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1554  ATP-dependent DNA helicase II  25.38 
 
 		 749 aa  77.8  0.0000000000006  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3682  NERD domain-containing protein  28.62 
 
 		 601 aa  77.4  0.0000000000009  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.023391  normal  0.021571 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1346  ATP-dependent DNA helicase UvrD  26.06 
 
 		 688 aa  75.9  0.000000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5380  DNA helicase II  29.46 
 
 		 619 aa  75.9  0.000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1127  ATP-dependent DNA helicase  26.06 
 
 		 688 aa  76.6  0.000000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.852694  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1120  ATP-dependent DNA helicase  26.06 
 
 		 688 aa  75.9  0.000000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4063  ATP-dependent DNA helicase, UvrD/REP family  25.33 
 
 		 688 aa  75.9  0.000000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0141871  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1307  ATP-dependent DNA helicase, UvrD/REP family  26.06 
 
 		 688 aa  75.5  0.000000000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000490806 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1239  ATP-dependent DNA helicase UvrD  26.06 
 
 		 657 aa  75.1  0.000000000004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6025  UvrD/REP helicase  31.15 
 
 		 787 aa  75.1  0.000000000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1146  ATP-dependent DNA helicase UvrD  26.06 
 
 		 688 aa  75.1  0.000000000005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.36032  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1384  ATP-dependent DNA helicase, UvrD/REP family  26.06 
 
 		 688 aa  74.7  0.000000000005  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00158737  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_11400  DNA/RNA helicase, superfamily I  25.5 
 
 		 710 aa  72.8  0.00000000002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0943  UvrD/REP helicase  25.07 
 
 		 684 aa  72.4  0.00000000003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3362  UvrD family helicase  23.99 
 
 		 630 aa  71.6  0.00000000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.753608  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0076  DNA helicase II  26.15 
 
 		 632 aa  71.6  0.00000000004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_07530  DNA/RNA helicase, superfamily I  24.63 
 
 		 694 aa  72  0.00000000004  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.565866 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2134  DNA helicase IV  22.63 
 
 		 687 aa  71.2  0.00000000005  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0277838  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1133  UvrD/REP helicase  25.07 
 
 		 688 aa  71.2  0.00000000005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0437  UvrD/REP helicase  25.74 
 
 		 682 aa  71.2  0.00000000006  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3411  ATP-dependent DNA helicase PcrA, putative  25.78 
 
 		 739 aa  70.1  0.0000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4600  UvrD/REP helicase  24.35 
 
 		 758 aa  70.1  0.0000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.000134986  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1092  UvrD/REP helicase  26.1 
 
 		 707 aa  70.1  0.0000000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.0037216  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0116  hypothetical protein  26.2 
 
 		 335 aa  69.3  0.0000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.756885 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1758  UvrD/REP helicase  24.46 
 
 		 1244 aa  69.3  0.0000000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1214  DNA helicase IV  25.75 
 
 		 685 aa  69.7  0.0000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.143113  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3327  ATP-dependent DNA helicase PcrA  25.18 
 
 		 802 aa  68.6  0.0000000003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0754  ATP-dependent DNA helicase Rep  25.56 
 
 		 587 aa  68.9  0.0000000003  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.643559  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4326  UvrD/REP helicase  24.86 
 
 		 744 aa  68.6  0.0000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0144266  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2383  TPR repeat-containing protein  24.81 
 
 		 1421 aa  68.6  0.0000000004  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.823331 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1911  UvrD/REP helicase  25.26 
 
 		 742 aa  68.6  0.0000000004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.306722  normal  0.156803 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0047  ATP-dependent DNA helicase Rep  24.26 
 
 		 849 aa  68.2  0.0000000005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.760315  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET1196  ATP-dependent DNA helicase PcrA  25.47 
 
 		 738 aa  67.8  0.0000000006  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1437  UvrD/REP helicase  23.58 
 
 		 769 aa  67.8  0.0000000006  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.618729  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3651  UvrD/REP helicase  24.04 
 
 		 641 aa  67.8  0.0000000006  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00677749  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1007  UvrD/REP helicase  24.87 
 
 		 738 aa  67.8  0.0000000006  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011775  BCG9842_0092  helicase, UvrD/Rep family  23.28 
 
 		 666 aa  67.8  0.0000000007  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3807  UvrD/REP helicase  25.26 
 
 		 708 aa  67.8  0.0000000007  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00612818 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2753  UvrD/REP helicase  26.02 
 
 		 726 aa  67.8  0.0000000007  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0025  UvrD/Rep helicase family protein  25.55 
 
 		 852 aa  67.8  0.0000000007  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0530  superfamily I DNA/RNA helicase  24.11 
 
 		 712 aa  67.4  0.0000000009  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0089  ATP-dependent DNA helicase PcrA  25.26 
 
 		 742 aa  67  0.000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0413312  decreased coverage  0.000000100763 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3499  ATP-dependent DNA helicase UvrD  27.3 
 
 		 1089 aa  66.6  0.000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1077  DNA helicase IV  25.44 
 
 		 684 aa  67  0.000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000255278  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2699  UvrD/REP helicase  26.24 
 
 		 709 aa  66.6  0.000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.506078  hitchhiker  0.00000113903 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3101  DNA helicase II  26.24 
 
 		 709 aa  66.6  0.000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.546852  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_979  UvrD/REP helicase  25.47 
 
 		 738 aa  66.6  0.000000001  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0502  UvrD/REP helicase  35.24 
 
 		 620 aa  67  0.000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>