More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbis_3032 on replicon NC_014165
Organism: Thermobispora bispora DSM 43833



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014165  Tbis_3032  UvrD/REP family ATP-dependent DNA helicase  100 
 
 		 687 aa  1356    Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.722257  normal  0.242361 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8440  UvrD/REP helicase  61.1 
 
 		 685 aa  812    Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0064  putative DNA helicase  39.18 
 
 		 696 aa  430  1e-119  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2728  UvrD/REP helicase  37.48 
 
 		 699 aa  401  9.999999999999999e-111  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.121618  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2733  UvrD/REP helicase  38.4 
 
 		 705 aa  398  1e-109  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.627467 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1406  UvrD/REP helicase  40.16 
 
 		 708 aa  388  1e-106  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.450912  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0810  UvrD/REP helicase  34.98 
 
 		 703 aa  377  1e-103  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0826  UvrD/REP helicase  34.98 
 
 		 703 aa  377  1e-103  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2326  putative DNA helicase  34.3 
 
 		 711 aa  328  2.0000000000000001e-88  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0467  UvrD/REP helicase  42.56 
 
 		 603 aa  309  1.0000000000000001e-82  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.82885  normal  0.469599 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2329  superfamily protein I DNA/RNA helicase  41.7 
 
 		 679 aa  304  4.0000000000000003e-81  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5811  ATP-dependent DNA helicase, UvrD/REP family  31.12 
 
 		 704 aa  288  2.9999999999999996e-76  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.859027 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3882  UvrD/REP helicase  30.98 
 
 		 704 aa  287  4e-76  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.229228  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4831  ATP-dependent DNA helicase UvrD  30.84 
 
 		 704 aa  286  7e-76  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.366653  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1419  UvrD/REP helicase  30.56 
 
 		 706 aa  284  3.0000000000000004e-75  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1352  UvrD/REP helicase  30.71 
 
 		 712 aa  278  2e-73  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.541991 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4897  UvrD/REP helicase  30.08 
 
 		 705 aa  276  8e-73  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0110  putative DNA helicase  33.61 
 
 		 659 aa  259  1e-67  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.609607 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_35190  DNA/RNA helicase, superfamily I  32.47 
 
 		 737 aa  253  9.000000000000001e-66  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0355  UvrD/REP helicase  32.5 
 
 		 714 aa  252  2e-65  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3740  UvrD/REP helicase  31.5 
 
 		 752 aa  232  2e-59  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2943  superfamily I DNA/RNA helicase-like protein  31.25 
 
 		 696 aa  221  3e-56  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4174  UvrD/REP helicase  30.72 
 
 		 716 aa  219  2e-55  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3349  hypothetical protein  30.83 
 
 		 673 aa  212  2e-53  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.038988  normal  0.770189 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2325  hypothetical protein  31.05 
 
 		 759 aa  207  7e-52  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0788129  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_6025  UvrD/REP helicase  30.42 
 
 		 737 aa  199  1.0000000000000001e-49  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5423  UvrD/REP helicase  31.28 
 
 		 821 aa  196  1e-48  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0106532  normal  0.207547 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2859  UvrD/REP helicase  29.44 
 
 		 690 aa  192  1e-47  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1246  UvrD/REP helicase  29.04 
 
 		 662 aa  185  2.0000000000000003e-45  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.176029  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1320  superfamily I DNA/RNA helicase  26.26 
 
 		 683 aa  175  1.9999999999999998e-42  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.875169  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3085  UvrD/Rep helicase  30.13 
 
 		 717 aa  155  2e-36  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.173371  hitchhiker  0.00106438 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4063  UvrD/REP helicase  28.69 
 
 		 697 aa  136  9.999999999999999e-31  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.21557  normal  0.035765 
 
 
-
 
NC_011880  Cyan7425_5351  UvrD/REP helicase  29.92 
 
 		 695 aa  131  4.0000000000000003e-29  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.149775 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3757  UvrD/REP helicase  29.76 
 
 		 695 aa  131  5.0000000000000004e-29  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  unclonable  0.0000385426  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3368  NERD domain protein  30.35 
 
 		 734 aa  130  6e-29  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000355781 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2259  UvrD/REP helicase  28.12 
 
 		 710 aa  130  9.000000000000001e-29  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0960519  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0022  LexA repressor  23.23 
 
 		 819 aa  115  3e-24  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.000018035  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0743  plasmid stabilization system  28.99 
 
 		 712 aa  114  5e-24  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1939  NERD domain-containing protein  31.52 
 
 		 700 aa  112  3e-23  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00843241 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0589  UvrD/REP helicase  29.85 
 
 		 663 aa  100  1e-19  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1807  UvrD/REP helicase  31.24 
 
 		 710 aa  95.9  2e-18  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.388525  normal  0.14229 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1771  UvrD/REP helicase  30.04 
 
 		 508 aa  95.5  3e-18  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.734897  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4061  superfamily I DNA/RNA helicase-like protein  25.39 
 
 		 1107 aa  91.3  5e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4504  UvrD/REP helicase  28.04 
 
 		 809 aa  86.7  0.000000000000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0809  LexA repressor  22.87 
 
 		 815 aa  86.7  0.000000000000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.642499  hitchhiker  0.0000861607 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0656  DNA helicase IV  24.4 
 
 		 699 aa  86.3  0.000000000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4386  UvrD/REP helicase  30.87 
 
 		 697 aa  83.2  0.00000000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0530  superfamily I DNA/RNA helicase  30.29 
 
 		 712 aa  82.4  0.00000000000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1455  UvrD/REP helicase  23.47 
 
 		 715 aa  81.6  0.00000000000004  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2965  UvrD/REP helicase  28.97 
 
 		 682 aa  81.6  0.00000000000004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.460273  normal  0.889017 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13220  ATP-dependent DNA helicase II uvrD2  30.73 
 
 		 700 aa  80.9  0.00000000000008  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.529496 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_07530  DNA/RNA helicase, superfamily I  28.78 
 
 		 694 aa  78.6  0.0000000000004  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.565866 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1214  DNA helicase IV  27.18 
 
 		 685 aa  78.6  0.0000000000004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.143113  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3499  ATP-dependent DNA helicase UvrD  29.08 
 
 		 1089 aa  78.2  0.0000000000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1108  hypothetical protein  28.85 
 
 		 593 aa  77.4  0.0000000000009  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.290007  normal  0.36043 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0317  UvrD/REP helicase  30.36 
 
 		 1032 aa  76.6  0.000000000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.907606  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2134  DNA helicase IV  24.14 
 
 		 687 aa  75.9  0.000000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0277838  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1759  DNA helicase IV  27.05 
 
 		 684 aa  75.9  0.000000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0441895  hitchhiker  0.00104855 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2959  NERD domain-containing protein  28.68 
 
 		 625 aa  75.9  0.000000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1937  UvrD/REP helicase  31.11 
 
 		 726 aa  75.5  0.000000000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3046  UvrD/REP helicase  30.48 
 
 		 697 aa  74.7  0.000000000006  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.672611  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4660  UvrD/REP helicase  29.95 
 
 		 707 aa  74.3  0.000000000006  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0055  UvrD/REP helicase  26.75 
 
 		 671 aa  73.6  0.00000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0545819  normal  0.378623 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8359  Superfamily I DNA and RNA helicase-like protein  28.68 
 
 		 689 aa  73.6  0.00000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.364158  normal  0.650565 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1219  UvrD/REP helicase  29.52 
 
 		 706 aa  72.8  0.00000000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.868419  normal  0.377243 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3807  UvrD/REP helicase  28.61 
 
 		 708 aa  72.4  0.00000000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00612818 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1546  UvrD/REP helicase  22.68 
 
 		 564 aa  71.6  0.00000000005  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.924385  hitchhiker  0.000024327 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1758  UvrD/REP helicase  28.43 
 
 		 1244 aa  71.2  0.00000000006  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_11400  DNA/RNA helicase, superfamily I  27.17 
 
 		 710 aa  70.9  0.00000000007  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03620  ATP-dependent DNA helicase Rep  38.05 
 
 		 640 aa  70.1  0.0000000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2233  ATP-dependent DNA helicase  39.66 
 
 		 658 aa  69.3  0.0000000002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2143  ATP-dependent DNA helicase Rep  39.66 
 
 		 658 aa  69.3  0.0000000002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4619  hypothetical protein  27.91 
 
 		 615 aa  69.7  0.0000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.502486 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1138  DNA helicase IV  24.8 
 
 		 684 aa  69.7  0.0000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.33905 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_27560  DNA/RNA helicase, superfamily I  27.15 
 
 		 699 aa  68.9  0.0000000003  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4232  UvrD/REP helicase  28.84 
 
 		 674 aa  68.6  0.0000000003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1184  DNA helicase IV  25.2 
 
 		 684 aa  68.9  0.0000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.660138 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1409  UvrD/REP helicase  29.73 
 
 		 714 aa  68.9  0.0000000003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.836331  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0098  UvrD/REP helicase  32.28 
 
 		 779 aa  68.6  0.0000000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.404442 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1116  DNA helicase IV  25.31 
 
 		 684 aa  68.6  0.0000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000516888 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1427  UvrD/REP helicase  29.73 
 
 		 707 aa  68.6  0.0000000003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2483  UvrD/REP helicase  26.17 
 
 		 1127 aa  68.9  0.0000000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2692  DNA helicase IV  25.71 
 
 		 685 aa  68.6  0.0000000004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3204  DNA helicase IV  25 
 
 		 684 aa  68.6  0.0000000004  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.145484  normal  0.0880304 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2625  DNA helicase IV  25 
 
 		 684 aa  68.6  0.0000000004  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.376042  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1033  DNA helicase IV  24.27 
 
 		 684 aa  68.2  0.0000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0811314  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2353  DNA helicase IV  24.24 
 
 		 684 aa  68.6  0.0000000004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.757014  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2536  DNA helicase IV  25 
 
 		 684 aa  68.6  0.0000000004  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000168244  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00966  DNA helicase IV  24.24 
 
 		 684 aa  68.2  0.0000000005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0970992  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2681  UvrD/REP helicase  24.24 
 
 		 684 aa  68.2  0.0000000005  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0445  UvrD/REP helicase  27.74 
 
 		 515 aa  68.2  0.0000000005  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00058157 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00973  hypothetical protein  24.24 
 
 		 684 aa  68.2  0.0000000005  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.132374  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1171  UvrD/REP helicase  27.55 
 
 		 1132 aa  68.2  0.0000000005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1071  DNA helicase IV  24.24 
 
 		 684 aa  68.2  0.0000000005  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000145038  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1831  UvrD/REP helicase  28.67 
 
 		 779 aa  68.2  0.0000000005  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2052  UvrD/REP helicase  28.37 
 
 		 726 aa  67.8  0.0000000006  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.322566  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2863  ATP-dependent DNA helicase UvrD  28.65 
 
 		 725 aa  67.8  0.0000000006  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2157  DNA helicase IV  23.82 
 
 		 684 aa  67.8  0.0000000006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00794949  normal  0.209046 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1126  DNA helicase IV  24.24 
 
 		 684 aa  67.8  0.0000000006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.440253  normal  0.367013 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2122  UvrD/REP helicase  28.37 
 
 		 726 aa  67.8  0.0000000007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.370294  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>