More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Hoch_0743 on replicon NC_013440
Organism: Haliangium ochraceum DSM 14365



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013440  Hoch_0743  plasmid stabilization system  100 
 
 		 712 aa  1440    Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2259  UvrD/REP helicase  35.81 
 
 		 710 aa  372  1e-101  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0960519  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4063  UvrD/REP helicase  35.52 
 
 		 697 aa  365  2e-99  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.21557  normal  0.035765 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3757  UvrD/REP helicase  34.69 
 
 		 695 aa  341  2.9999999999999998e-92  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  unclonable  0.0000385426  normal  1 
 
 
-
 
NC_011880  Cyan7425_5351  UvrD/REP helicase  32.92 
 
 		 695 aa  329  9e-89  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.149775 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0589  UvrD/REP helicase  32.48 
 
 		 663 aa  263  6e-69  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1419  UvrD/REP helicase  27.9 
 
 		 706 aa  173  7.999999999999999e-42  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1406  UvrD/REP helicase  31.25 
 
 		 708 aa  162  2e-38  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.450912  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2859  UvrD/REP helicase  29.18 
 
 		 690 aa  161  3e-38  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4174  UvrD/REP helicase  28.11 
 
 		 716 aa  160  7e-38  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0810  UvrD/REP helicase  30.62 
 
 		 703 aa  159  2e-37  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0826  UvrD/REP helicase  30.62 
 
 		 703 aa  159  2e-37  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2943  superfamily I DNA/RNA helicase-like protein  27.63 
 
 		 696 aa  157  9e-37  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1352  UvrD/REP helicase  29.55 
 
 		 712 aa  157  9e-37  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.541991 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0064  putative DNA helicase  30.57 
 
 		 696 aa  155  4e-36  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2728  UvrD/REP helicase  26.94 
 
 		 699 aa  144  4e-33  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.121618  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0355  UvrD/REP helicase  31.7 
 
 		 714 aa  141  4.999999999999999e-32  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0022  LexA repressor  25 
 
 		 819 aa  140  6e-32  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.000018035  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1246  UvrD/REP helicase  29.12 
 
 		 662 aa  139  1e-31  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.176029  normal  1 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3349  hypothetical protein  27.53 
 
 		 673 aa  138  4e-31  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.038988  normal  0.770189 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4831  ATP-dependent DNA helicase UvrD  27.04 
 
 		 704 aa  137  5e-31  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.366653  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5811  ATP-dependent DNA helicase, UvrD/REP family  26.99 
 
 		 704 aa  137  6.0000000000000005e-31  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.859027 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2733  UvrD/REP helicase  29.62 
 
 		 705 aa  137  7.000000000000001e-31  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.627467 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3882  UvrD/REP helicase  26.99 
 
 		 704 aa  137  8e-31  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.229228  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0110  putative DNA helicase  27.26 
 
 		 659 aa  130  7.000000000000001e-29  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.609607 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4504  UvrD/REP helicase  28.84 
 
 		 809 aa  130  8.000000000000001e-29  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3740  UvrD/REP helicase  28.98 
 
 		 752 aa  130  9.000000000000001e-29  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0467  UvrD/REP helicase  29.94 
 
 		 603 aa  130  1.0000000000000001e-28  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.82885  normal  0.469599 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4897  UvrD/REP helicase  27.05 
 
 		 705 aa  129  2.0000000000000002e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2325  hypothetical protein  29.27 
 
 		 759 aa  129  2.0000000000000002e-28  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0788129  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2329  superfamily protein I DNA/RNA helicase  28.97 
 
 		 679 aa  125  3e-27  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_6025  UvrD/REP helicase  29.52 
 
 		 737 aa  125  4e-27  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2326  putative DNA helicase  28.87 
 
 		 711 aa  123  9.999999999999999e-27  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3085  UvrD/Rep helicase  28.66 
 
 		 717 aa  121  4.9999999999999996e-26  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.173371  hitchhiker  0.00106438 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5423  UvrD/REP helicase  28.14 
 
 		 821 aa  120  9.999999999999999e-26  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0106532  normal  0.207547 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_35190  DNA/RNA helicase, superfamily I  29.39 
 
 		 737 aa  119  1.9999999999999998e-25  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3368  NERD domain protein  30.79 
 
 		 734 aa  117  8.999999999999998e-25  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000355781 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3032  UvrD/REP family ATP-dependent DNA helicase  28.99 
 
 		 687 aa  114  5e-24  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.722257  normal  0.242361 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0809  LexA repressor  22.91 
 
 		 815 aa  113  1.0000000000000001e-23  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.642499  hitchhiker  0.0000861607 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8440  UvrD/REP helicase  28.96 
 
 		 685 aa  106  1e-21  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1939  NERD domain-containing protein  28.84 
 
 		 700 aa  102  2e-20  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00843241 
 
 
-
 
NC_003296  RS02993  hypothetical protein  32.14 
 
 		 612 aa  100  1e-19  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.000145899  normal  0.116581 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1320  superfamily I DNA/RNA helicase  26.16 
 
 		 683 aa  96.7  1e-18  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.875169  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1108  hypothetical protein  30.5 
 
 		 593 aa  96.3  2e-18  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.290007  normal  0.36043 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1772  DNA helicase II  31.48 
 
 		 619 aa  87.4  9e-16  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0055  UvrD/REP helicase  25.64 
 
 		 671 aa  87  0.000000000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0545819  normal  0.378623 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3682  NERD domain-containing protein  33.07 
 
 		 601 aa  87  0.000000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.023391  normal  0.021571 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4619  hypothetical protein  33.85 
 
 		 615 aa  84  0.000000000000008  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.502486 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5380  DNA helicase II  30.27 
 
 		 619 aa  75.9  0.000000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_5127  Superfamily I DNA and RNA helicase-like protein  23.87 
 
 		 932 aa  75.1  0.000000000004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0656  DNA helicase IV  24.6 
 
 		 699 aa  72  0.00000000004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1546  UvrD/REP helicase  21.53 
 
 		 564 aa  71.6  0.00000000004  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.924385  hitchhiker  0.000024327 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4061  superfamily I DNA/RNA helicase-like protein  23.77 
 
 		 1107 aa  71.6  0.00000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0903  ATP-dependent DNA helicase PcrA  43.75 
 
 		 662 aa  70.1  0.0000000001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.000149159  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4005  hypothetical protein  27.87 
 
 		 610 aa  69.3  0.0000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.467683  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0723  ATP-dependent DNA helicase PcrA  35 
 
 		 896 aa  68.9  0.0000000003  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.363449  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0076  DNA helicase II  27.54 
 
 		 632 aa  68.9  0.0000000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0982  UvrD/REP helicase  42.05 
 
 		 731 aa  68.9  0.0000000003  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.158215  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2959  NERD domain-containing protein  30.15 
 
 		 625 aa  68.9  0.0000000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3974  hypothetical protein  28.47 
 
 		 607 aa  68.9  0.0000000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.335001 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3385  DNA-dependent helicase II  42.05 
 
 		 726 aa  68.6  0.0000000004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0566  ATP-dependent DNA helicase PcrA  40 
 
 		 766 aa  67.8  0.0000000006  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1771  UvrD/REP helicase  28.13 
 
 		 508 aa  67.4  0.0000000008  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.734897  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0419  DNA-dependent helicase II  37.37 
 
 		 721 aa  67.4  0.0000000008  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.590239  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2853  DNA helicase IV  24.51 
 
 		 685 aa  67  0.000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.210786  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0779  UvrD/REP helicase  23.12 
 
 		 630 aa  66.6  0.000000001  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_04260  ATP-dependent DNA helicase PcrA  40.62 
 
 		 858 aa  67  0.000000001  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1258  ATP-dependent DNA helicase PcrA  41.05 
 
 		 864 aa  66.2  0.000000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.887597  normal  0.553101 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0964  UvrD/REP helicase  37.5 
 
 		 735 aa  65.9  0.000000002  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4015  ATP-dependent DNA helicase Rep  32.06 
 
 		 675 aa  66.2  0.000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0156  ATP-dependent DNA helicase Rep  36.11 
 
 		 674 aa  66.2  0.000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.156092 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1567  superfamily I DNA and RNA helicase-like protein  24.68 
 
 		 629 aa  66.2  0.000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2544  DNA helicase IV  24.85 
 
 		 685 aa  66.2  0.000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.057684  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4038  ATP-dependent DNA helicase Rep  36.11 
 
 		 673 aa  65.5  0.000000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4207  ATP-dependent DNA helicase Rep  34.55 
 
 		 673 aa  65.5  0.000000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0175  ATP-dependent DNA helicase Rep  36.11 
 
 		 673 aa  65.5  0.000000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0468  DNA-dependent helicase II  40.91 
 
 		 721 aa  65.9  0.000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000657213  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0484  DNA-dependent helicase II  38.38 
 
 		 722 aa  65.5  0.000000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0426  ATP-dependent DNA helicase PcrA  41.24 
 
 		 748 aa  65.5  0.000000003  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0507  ATP-dependent DNA helicase Rep  36.11 
 
 		 673 aa  65.5  0.000000003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0177061  normal  0.0105879 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0209  UvrD/REP helicase  47.14 
 
 		 786 aa  65.5  0.000000004  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  hitchhiker  0.0000644419  normal  0.953058 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6025  UvrD/REP helicase  45.35 
 
 		 787 aa  65.5  0.000000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0375  ATP-dependent DNA helicase PcrA  40.57 
 
 		 763 aa  65.1  0.000000004  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0178  ATP-dependent DNA helicase Rep  40.86 
 
 		 796 aa  64.7  0.000000005  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.349073  normal  0.0817623 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2668  superfamily I DNA and RNA helicase-like protein  24.95 
 
 		 629 aa  65.1  0.000000005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.111087  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00076  ATP-dependent DNA helicase Rep  32.73 
 
 		 671 aa  64.7  0.000000005  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4498  DNA-dependent helicase II  37.37 
 
 		 721 aa  64.7  0.000000006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0025295  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0398  UvrD/REP helicase  37.5 
 
 		 768 aa  64.7  0.000000006  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4079  DNA helicase II  37.5 
 
 		 724 aa  64.7  0.000000006  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3397  DNA-dependent helicase II  40.91 
 
 		 727 aa  64.7  0.000000006  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0467  DNA-dependent helicase II  39.77 
 
 		 721 aa  64.7  0.000000006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0717  ATP-dependent DNA helicase pcrA  36.08 
 
 		 722 aa  64.3  0.000000007  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  0.0979617  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3971  DNA-dependent helicase II  35.35 
 
 		 720 aa  64.3  0.000000008  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0043  DNA-dependent helicase II  35.92 
 
 		 723 aa  64.3  0.000000008  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.779926  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4162  DNA-dependent helicase II  35.35 
 
 		 720 aa  64.3  0.000000008  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0353617  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0241  UvrD/REP helicase  47.89 
 
 		 706 aa  64.3  0.000000008  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4539  UvrD/REP helicase  37.63 
 
 		 1067 aa  63.9  0.000000009  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3373  DNA-dependent helicase II  36.36 
 
 		 722 aa  63.5  0.00000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0047  ATP-dependent DNA helicase Rep  47.06 
 
 		 849 aa  63.5  0.00000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.760315  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_2070  UvrD/REP helicase  37.62 
 
 		 789 aa  63.5  0.00000001  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.535098  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>