More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mrub_1246 on replicon NC_013946
Organism: Meiothermus ruber DSM 1279



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013946  Mrub_1246  UvrD/REP helicase  100 
 
 		 662 aa  1332    Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.176029  normal  1 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3349  hypothetical protein  52.33 
 
 		 673 aa  660    Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.038988  normal  0.770189 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2859  UvrD/REP helicase  36.35 
 
 		 690 aa  395  1e-108  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2943  superfamily I DNA/RNA helicase-like protein  36.87 
 
 		 696 aa  379  1e-104  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4174  UvrD/REP helicase  34.81 
 
 		 716 aa  358  1.9999999999999998e-97  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0064  putative DNA helicase  32.44 
 
 		 696 aa  279  1e-73  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1419  UvrD/REP helicase  32.26 
 
 		 706 aa  278  2e-73  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2728  UvrD/REP helicase  31.92 
 
 		 699 aa  275  2.0000000000000002e-72  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.121618  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1406  UvrD/REP helicase  32.08 
 
 		 708 aa  262  2e-68  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.450912  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4831  ATP-dependent DNA helicase UvrD  31.15 
 
 		 704 aa  257  6e-67  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.366653  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1352  UvrD/REP helicase  28.65 
 
 		 712 aa  256  7e-67  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.541991 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5811  ATP-dependent DNA helicase, UvrD/REP family  31.15 
 
 		 704 aa  256  8e-67  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.859027 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3882  UvrD/REP helicase  31.15 
 
 		 704 aa  256  9e-67  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.229228  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_35190  DNA/RNA helicase, superfamily I  32.42 
 
 		 737 aa  251  3e-65  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4897  UvrD/REP helicase  30.21 
 
 		 705 aa  250  5e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0810  UvrD/REP helicase  32.19 
 
 		 703 aa  249  1e-64  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0826  UvrD/REP helicase  32.19 
 
 		 703 aa  249  1e-64  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0467  UvrD/REP helicase  36.38 
 
 		 603 aa  239  2e-61  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.82885  normal  0.469599 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2733  UvrD/REP helicase  32.35 
 
 		 705 aa  239  2e-61  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.627467 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0355  UvrD/REP helicase  29.87 
 
 		 714 aa  236  1.0000000000000001e-60  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2329  superfamily protein I DNA/RNA helicase  36.48 
 
 		 679 aa  224  4e-57  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2326  putative DNA helicase  32.47 
 
 		 711 aa  214  2.9999999999999995e-54  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3740  UvrD/REP helicase  31.8 
 
 		 752 aa  214  3.9999999999999995e-54  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_6025  UvrD/REP helicase  30.13 
 
 		 737 aa  212  2e-53  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0110  putative DNA helicase  32.15 
 
 		 659 aa  211  4e-53  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.609607 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2325  hypothetical protein  29.08 
 
 		 759 aa  206  2e-51  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0788129  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1320  superfamily I DNA/RNA helicase  26.79 
 
 		 683 aa  204  5e-51  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.875169  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3085  UvrD/Rep helicase  30.86 
 
 		 717 aa  198  3e-49  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.173371  hitchhiker  0.00106438 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3032  UvrD/REP family ATP-dependent DNA helicase  29.04 
 
 		 687 aa  185  2.0000000000000003e-45  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.722257  normal  0.242361 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8440  UvrD/REP helicase  31.05 
 
 		 685 aa  179  2e-43  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5423  UvrD/REP helicase  30.96 
 
 		 821 aa  172  2e-41  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0106532  normal  0.207547 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0022  LexA repressor  27.86 
 
 		 819 aa  153  1e-35  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.000018035  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3368  NERD domain protein  30.89 
 
 		 734 aa  149  1.0000000000000001e-34  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000355781 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4504  UvrD/REP helicase  30.74 
 
 		 809 aa  143  9.999999999999999e-33  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0809  LexA repressor  24.44 
 
 		 815 aa  140  7e-32  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.642499  hitchhiker  0.0000861607 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0743  plasmid stabilization system  28.44 
 
 		 712 aa  133  1.0000000000000001e-29  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3757  UvrD/REP helicase  27.41 
 
 		 695 aa  130  1.0000000000000001e-28  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  unclonable  0.0000385426  normal  1 
 
 
-
 
NC_011880  Cyan7425_5351  UvrD/REP helicase  27.3 
 
 		 695 aa  127  5e-28  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.149775 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0589  UvrD/REP helicase  29.91 
 
 		 663 aa  125  2e-27  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0055  UvrD/REP helicase  27.8 
 
 		 671 aa  121  3.9999999999999996e-26  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0545819  normal  0.378623 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1939  NERD domain-containing protein  28.01 
 
 		 700 aa  120  7.999999999999999e-26  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00843241 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2259  UvrD/REP helicase  27.36 
 
 		 710 aa  117  7.999999999999999e-25  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0960519  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4061  superfamily I DNA/RNA helicase-like protein  26.95 
 
 		 1107 aa  117  8.999999999999998e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4063  UvrD/REP helicase  28.21 
 
 		 697 aa  112  2.0000000000000002e-23  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.21557  normal  0.035765 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2959  NERD domain-containing protein  32.71 
 
 		 625 aa  99  2e-19  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1546  UvrD/REP helicase  23.22 
 
 		 564 aa  91.7  4e-17  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.924385  hitchhiker  0.000024327 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1549  hypothetical protein  27.06 
 
 		 465 aa  86.7  0.000000000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.400172  normal  0.819759 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4939  DNA helicase II  25.75 
 
 		 613 aa  84  0.000000000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.891198  normal  0.619317 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0683  UvrD/REP helicase  25.99 
 
 		 669 aa  79.7  0.0000000000002  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1108  hypothetical protein  29.04 
 
 		 593 aa  79  0.0000000000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.290007  normal  0.36043 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0807  hypothetical protein  25.09 
 
 		 616 aa  78.6  0.0000000000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4619  hypothetical protein  28.83 
 
 		 615 aa  78.6  0.0000000000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.502486 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2692  DNA helicase IV  25.58 
 
 		 685 aa  79  0.0000000000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0373  ATP-dependent DNA helicase PcrA  22.75 
 
 		 785 aa  77.8  0.0000000000005  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0656  DNA helicase IV  25.2 
 
 		 699 aa  77.4  0.0000000000008  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0748  UvrD/REP helicase  26.86 
 
 		 653 aa  77  0.000000000001  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00311747  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1772  DNA helicase II  28.89 
 
 		 619 aa  76.6  0.000000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1150  DNA helicase IV  25.58 
 
 		 684 aa  75.5  0.000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1219  UvrD/REP helicase  29.41 
 
 		 706 aa  75.5  0.000000000003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.868419  normal  0.377243 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1033  DNA helicase IV  25.58 
 
 		 684 aa  75.5  0.000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0811314  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1184  DNA helicase IV  25.58 
 
 		 684 aa  75.1  0.000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.660138 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1138  DNA helicase IV  25.58 
 
 		 684 aa  75.5  0.000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.33905 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1116  DNA helicase IV  25.58 
 
 		 684 aa  75.5  0.000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000516888 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3682  NERD domain-containing protein  27.44 
 
 		 601 aa  75.1  0.000000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.023391  normal  0.021571 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4891  hypothetical protein  23.64 
 
 		 616 aa  74.7  0.000000000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.412698  normal  0.98473 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3974  hypothetical protein  31.39 
 
 		 607 aa  74.7  0.000000000006  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.335001 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2623  uvrD/Rep helicase family protein  26.72 
 
 		 689 aa  73.2  0.00000000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.000508135  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2539  UvrD/Rep helicase family protein  26.72 
 
 		 689 aa  73.2  0.00000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.0000078955  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2814  uvrD/Rep helicase family protein  26.72 
 
 		 689 aa  73.2  0.00000000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  unclonable  0.0000000183326  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1937  UvrD/REP helicase  29.29 
 
 		 726 aa  73.6  0.00000000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00966  DNA helicase IV  24.33 
 
 		 684 aa  73.2  0.00000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0970992  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2681  UvrD/REP helicase  24.33 
 
 		 684 aa  73.2  0.00000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1071  DNA helicase IV  24.33 
 
 		 684 aa  73.2  0.00000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000145038  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1077  DNA helicase IV  24.95 
 
 		 684 aa  72.8  0.00000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000255278  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1126  DNA helicase IV  24.33 
 
 		 684 aa  72.8  0.00000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.440253  normal  0.367013 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2157  DNA helicase IV  24.74 
 
 		 684 aa  72.8  0.00000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00794949  normal  0.209046 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00973  hypothetical protein  24.33 
 
 		 684 aa  73.2  0.00000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.132374  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0445  UvrD/REP helicase  24.17 
 
 		 515 aa  72.4  0.00000000003  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00058157 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2353  DNA helicase IV  24.12 
 
 		 684 aa  71.6  0.00000000004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.757014  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1037  DNA-dependent helicase II  29.02 
 
 		 726 aa  71.6  0.00000000005  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2821  uvrD/Rep helicase family protein  26.34 
 
 		 689 aa  71.6  0.00000000005  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00000000164243 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2839  uvrD/Rep helicase family protein  26.72 
 
 		 689 aa  70.5  0.00000000008  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  unclonable  0.00000185117  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2861  uvrD/Rep helicase family protein  25.95 
 
 		 689 aa  70.9  0.00000000008  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.000000106246  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2634  DNA helicase IV  24.74 
 
 		 684 aa  70.5  0.00000000008  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.46085  hitchhiker  0.000000654371 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2572  UvrD/Rep helicase family protein  26.32 
 
 		 689 aa  70.5  0.00000000009  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000433537  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0530  superfamily I DNA/RNA helicase  25.72 
 
 		 712 aa  70.5  0.00000000009  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2469  UvrD/Rep helicase family protein  26.34 
 
 		 691 aa  70.1  0.0000000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.00119782  normal  0.334322 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2625  DNA helicase IV  24.84 
 
 		 684 aa  70.5  0.0000000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.376042  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2536  DNA helicase IV  24.84 
 
 		 684 aa  70.5  0.0000000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000168244  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3204  DNA helicase IV  25.89 
 
 		 684 aa  70.5  0.0000000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.145484  normal  0.0880304 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2823  UvrD/Rep helicase family protein  26.72 
 
 		 691 aa  70.1  0.0000000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.271387  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8359  Superfamily I DNA and RNA helicase-like protein  28.53 
 
 		 689 aa  70.5  0.0000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.364158  normal  0.650565 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1214  DNA helicase IV  25.47 
 
 		 685 aa  69.7  0.0000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.143113  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00200  DNA helicase II  24.68 
 
 		 723 aa  69.7  0.0000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.105669  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3121  UvrD/REP helicase  28.06 
 
 		 1033 aa  68.9  0.0000000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0577  ATP-dependent DNA helicase PcrA  21.57 
 
 		 743 aa  68.9  0.0000000003  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  0.893036  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1514  ATP-dependent DNA helicase PcrA  24.48 
 
 		 755 aa  68.6  0.0000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5380  DNA helicase II  28.47 
 
 		 619 aa  67.8  0.0000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2115  UvrD/REP helicase  25.98 
 
 		 616 aa  68.2  0.0000000005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00449221  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2615  UvrD/Rep helicase family protein  26.72 
 
 		 691 aa  67.8  0.0000000006  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.000204354  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>