More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sare_3085 on replicon NC_009953
Organism: Salinispora arenicola CNS-205



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013757  Gobs_3740  UvrD/REP helicase  51.49 
 
 
752 aa  655    Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3085  UvrD/Rep helicase  100 
 
 
717 aa  1432    Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.173371  hitchhiker  0.00106438 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_6025  UvrD/REP helicase  49.31 
 
 
737 aa  618  1e-175  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2325  hypothetical protein  45.24 
 
 
759 aa  546  1e-154  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0788129  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5423  UvrD/REP helicase  40.85 
 
 
821 aa  461  9.999999999999999e-129  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0106532  normal  0.207547 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0355  UvrD/REP helicase  35.52 
 
 
714 aa  337  5.999999999999999e-91  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_35190  DNA/RNA helicase, superfamily I  35.6 
 
 
737 aa  327  6e-88  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0064  putative DNA helicase  35.37 
 
 
696 aa  316  9.999999999999999e-85  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2728  UvrD/REP helicase  33.33 
 
 
699 aa  313  7.999999999999999e-84  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.121618  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1406  UvrD/REP helicase  35.12 
 
 
708 aa  296  8e-79  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.450912  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0810  UvrD/REP helicase  33.86 
 
 
703 aa  277  4e-73  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0826  UvrD/REP helicase  33.86 
 
 
703 aa  277  4e-73  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2733  UvrD/REP helicase  33.97 
 
 
705 aa  277  6e-73  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.627467 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4897  UvrD/REP helicase  30.06 
 
 
705 aa  270  7e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1352  UvrD/REP helicase  29.57 
 
 
712 aa  264  4e-69  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.541991 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3882  UvrD/REP helicase  29.31 
 
 
704 aa  264  4.999999999999999e-69  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.229228  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4831  ATP-dependent DNA helicase UvrD  29.31 
 
 
704 aa  264  4.999999999999999e-69  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.366653  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5811  ATP-dependent DNA helicase, UvrD/REP family  29.31 
 
 
704 aa  264  4.999999999999999e-69  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.859027 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0110  putative DNA helicase  35.38 
 
 
659 aa  263  8.999999999999999e-69  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.609607 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1419  UvrD/REP helicase  29.65 
 
 
706 aa  240  5e-62  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0467  UvrD/REP helicase  35.77 
 
 
603 aa  227  7e-58  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.82885  normal  0.469599 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4174  UvrD/REP helicase  29.96 
 
 
716 aa  220  6e-56  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1246  UvrD/REP helicase  31.18 
 
 
662 aa  213  1e-53  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.176029  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1320  superfamily I DNA/RNA helicase  28.45 
 
 
683 aa  211  3e-53  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.875169  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2859  UvrD/REP helicase  29.41 
 
 
690 aa  210  8e-53  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2943  superfamily I DNA/RNA helicase-like protein  29.45 
 
 
696 aa  199  2.0000000000000003e-49  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2326  putative DNA helicase  30.47 
 
 
711 aa  199  2.0000000000000003e-49  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8440  UvrD/REP helicase  29.86 
 
 
685 aa  176  9.999999999999999e-43  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2329  superfamily protein I DNA/RNA helicase  31.28 
 
 
679 aa  174  5e-42  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3032  UvrD/REP family ATP-dependent DNA helicase  30.13 
 
 
687 aa  171  4e-41  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.722257  normal  0.242361 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3368  NERD domain protein  31.71 
 
 
734 aa  160  6e-38  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000355781 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3349  hypothetical protein  28.19 
 
 
673 aa  155  2e-36  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.038988  normal  0.770189 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4504  UvrD/REP helicase  29.94 
 
 
809 aa  151  5e-35  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0743  plasmid stabilization system  29.24 
 
 
712 aa  130  1.0000000000000001e-28  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1939  NERD domain-containing protein  30.54 
 
 
700 aa  129  2.0000000000000002e-28  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00843241 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4061  superfamily I DNA/RNA helicase-like protein  25.79 
 
 
1107 aa  119  1.9999999999999998e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0589  UvrD/REP helicase  29.56 
 
 
663 aa  119  1.9999999999999998e-25  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2259  UvrD/REP helicase  28.3 
 
 
710 aa  118  3e-25  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0960519  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0022  LexA repressor  23.72 
 
 
819 aa  115  3e-24  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.000018035  n/a   
 
 
-
 
NC_011880  Cyan7425_5351  UvrD/REP helicase  25.73 
 
 
695 aa  115  4.0000000000000004e-24  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.149775 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4063  UvrD/REP helicase  27.4 
 
 
697 aa  113  1.0000000000000001e-23  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.21557  normal  0.035765 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3757  UvrD/REP helicase  26.01 
 
 
695 aa  95.1  4e-18  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  unclonable  0.0000385426  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS02993  hypothetical protein  31.23 
 
 
612 aa  90.1  1e-16  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.000145899  normal  0.116581 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4619  hypothetical protein  29.84 
 
 
615 aa  89.4  2e-16  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.502486 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_11400  DNA/RNA helicase, superfamily I  28.97 
 
 
710 aa  86.7  0.000000000000001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1108  hypothetical protein  29.76 
 
 
593 aa  85.9  0.000000000000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.290007  normal  0.36043 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0809  LexA repressor  22.64 
 
 
815 aa  85.5  0.000000000000003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.642499  hitchhiker  0.0000861607 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3682  NERD domain-containing protein  30.95 
 
 
601 aa  83.6  0.00000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.023391  normal  0.021571 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4891  hypothetical protein  27.45 
 
 
616 aa  80.5  0.0000000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.412698  normal  0.98473 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4005  hypothetical protein  27.82 
 
 
610 aa  80.1  0.0000000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.467683  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0076  DNA helicase II  26.77 
 
 
632 aa  76.3  0.000000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4939  DNA helicase II  27.17 
 
 
613 aa  75.1  0.000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.891198  normal  0.619317 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0055  UvrD/REP helicase  25 
 
 
671 aa  75.1  0.000000000005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0545819  normal  0.378623 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1546  UvrD/REP helicase  22.09 
 
 
564 aa  74.7  0.000000000006  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.924385  hitchhiker  0.000024327 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1772  DNA helicase II  27.59 
 
 
619 aa  73.6  0.00000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0732  UvrD/REP helicase  26.3 
 
 
929 aa  69.7  0.0000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0807  hypothetical protein  25.98 
 
 
616 aa  67.4  0.0000000009  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2965  UvrD/REP helicase  27.76 
 
 
682 aa  65.9  0.000000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.460273  normal  0.889017 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2959  NERD domain-containing protein  27.71 
 
 
625 aa  65.9  0.000000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1094  hypothetical protein  27.56 
 
 
588 aa  65.5  0.000000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3974  hypothetical protein  26.69 
 
 
607 aa  65.5  0.000000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.335001 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5380  DNA helicase II  27.8 
 
 
619 aa  63.5  0.00000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8359  Superfamily I DNA and RNA helicase-like protein  28.98 
 
 
689 aa  63.9  0.00000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.364158  normal  0.650565 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3121  UvrD/REP helicase  25.52 
 
 
1033 aa  62.8  0.00000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0530  superfamily I DNA/RNA helicase  26.93 
 
 
712 aa  62.8  0.00000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3743  UvrD/REP helicase  28.22 
 
 
702 aa  63.2  0.00000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0471553  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0599  DNA-dependent helicase II  25.26 
 
 
717 aa  63.2  0.00000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0085  UvrD/REP helicase  19.02 
 
 
1016 aa  62.8  0.00000002  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.60174  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2302  superfamily I DNA/RNA helicase-like protein  27.1 
 
 
607 aa  62.4  0.00000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3739  UvrD/REP helicase  28.33 
 
 
719 aa  62  0.00000004  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.156307  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0928  UvrD/REP helicase  27.34 
 
 
876 aa  61.2  0.00000006  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4120  UvrD/REP helicase  28.36 
 
 
719 aa  61.2  0.00000007  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.344601  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2863  ATP-dependent DNA helicase UvrD  25.33 
 
 
725 aa  60.5  0.0000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39740  DNA helicase  26.49 
 
 
615 aa  60.5  0.0000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0820371  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1352  UvrD/REP helicase  25.95 
 
 
807 aa  60.1  0.0000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3046  UvrD/REP helicase  28.75 
 
 
697 aa  59.3  0.0000003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.672611  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0080  DNA-dependent helicase II  24.61 
 
 
724 aa  58.9  0.0000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0222  UvrD/REP helicase  21.59 
 
 
666 aa  58.5  0.0000004  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.00000045018  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1409  UvrD/REP helicase  27.49 
 
 
714 aa  58.5  0.0000004  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.836331  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1427  UvrD/REP helicase  27.49 
 
 
707 aa  58.5  0.0000004  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1219  UvrD/REP helicase  25.08 
 
 
706 aa  58.5  0.0000005  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.868419  normal  0.377243 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0497  DNA-dependent helicase II  23.17 
 
 
726 aa  58.2  0.0000005  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.615928  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0080  DNA helicase II  25.81 
 
 
721 aa  58.2  0.0000005  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1549  hypothetical protein  28.02 
 
 
465 aa  58.2  0.0000006  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.400172  normal  0.819759 
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0577  ATP-dependent DNA helicase PcrA  21.78 
 
 
743 aa  57.8  0.0000007  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  0.893036  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2531  superfamily I DNA/RNA helicase-like protein  24.69 
 
 
636 aa  57.8  0.0000007  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4386  UvrD/REP helicase  26.53 
 
 
697 aa  57.4  0.0000008  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1516  UvrD/REP helicase  27 
 
 
688 aa  57.4  0.0000008  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.200062  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1758  UvrD/REP helicase  28.57 
 
 
1244 aa  57.4  0.000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011775  BCG9842_0092  helicase, UvrD/Rep family  25.46 
 
 
666 aa  56.6  0.000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1463  UvrD/REP helicase  27.25 
 
 
707 aa  56.6  0.000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4241  UvrD/REP helicase  24.56 
 
 
907 aa  56.6  0.000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  unclonable  0.000000000158675 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1873  UvrD/REP helicase  24.88 
 
 
786 aa  57  0.000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.340872  normal  0.0203553 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1807  UvrD/REP helicase  25.83 
 
 
710 aa  57  0.000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.388525  normal  0.14229 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1092  UvrD/REP helicase  25.48 
 
 
707 aa  57  0.000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.0037216  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0254  UvrD/REP helicase  27.05 
 
 
1232 aa  56.6  0.000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.764036  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0108  Superfamily I DNA and RNA helicase-like protein  28.84 
 
 
804 aa  56.2  0.000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1771  UvrD/REP helicase  29.76 
 
 
508 aa  56.2  0.000002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.734897  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3642  DNA-dependent helicase II  23.91 
 
 
726 aa  55.8  0.000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1058  hypothetical protein  23.81 
 
 
396 aa  55.8  0.000003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.0139648 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>