More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dbac_1299 on replicon NC_013173
Organism: Desulfomicrobium baculatum DSM 4028



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013173  Dbac_1299  NERD domain protein  100 
 
 
593 aa  1232    Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2302  superfamily I DNA/RNA helicase-like protein  41.38 
 
 
607 aa  440  9.999999999999999e-123  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5380  DNA helicase II  27.66 
 
 
619 aa  200  7.999999999999999e-50  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1108  hypothetical protein  27.92 
 
 
593 aa  186  1.0000000000000001e-45  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.290007  normal  0.36043 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1772  DNA helicase II  27.03 
 
 
619 aa  182  1e-44  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4939  DNA helicase II  28.34 
 
 
613 aa  178  2e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.891198  normal  0.619317 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3974  hypothetical protein  26.06 
 
 
607 aa  174  2.9999999999999996e-42  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.335001 
 
 
-
 
NC_003296  RS02993  hypothetical protein  26.11 
 
 
612 aa  172  1e-41  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.000145899  normal  0.116581 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0076  DNA helicase II  27.64 
 
 
632 aa  171  2e-41  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3682  NERD domain-containing protein  25.6 
 
 
601 aa  172  2e-41  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.023391  normal  0.021571 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4891  hypothetical protein  27.17 
 
 
616 aa  171  2e-41  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.412698  normal  0.98473 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4619  hypothetical protein  27.42 
 
 
615 aa  169  1e-40  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.502486 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39740  DNA helicase  25.71 
 
 
615 aa  157  5.0000000000000005e-37  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0820371  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2959  NERD domain-containing protein  26.27 
 
 
625 aa  154  2.9999999999999998e-36  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0807  hypothetical protein  27.2 
 
 
616 aa  152  1e-35  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4005  hypothetical protein  24.15 
 
 
610 aa  152  2e-35  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.467683  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1094  hypothetical protein  25.69 
 
 
588 aa  123  9.999999999999999e-27  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5264  hypothetical protein  26.32 
 
 
617 aa  111  3e-23  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2139  hypothetical protein  25.19 
 
 
617 aa  111  3e-23  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4277  DNA helicase II  27.86 
 
 
314 aa  95.1  3e-18  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.260274  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0738  hypothetical protein  24.72 
 
 
631 aa  90.9  6e-17  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0359  hypothetical protein  20.91 
 
 
827 aa  86.7  0.000000000000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  unclonable  0.000526889  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4063  UvrD/REP helicase  30.04 
 
 
697 aa  84.3  0.000000000000006  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.21557  normal  0.035765 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2424  NERD domain protein  23.91 
 
 
559 aa  81.3  0.00000000000005  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  decreased coverage  0.0000000438453  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4099  NERD domain-contain protein  24.2 
 
 
606 aa  76.6  0.000000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2259  UvrD/REP helicase  29.2 
 
 
710 aa  73.2  0.00000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0960519  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001515  hypothetical protein  23.04 
 
 
634 aa  72.8  0.00000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.431863  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0022  LexA repressor  24.36 
 
 
819 aa  72  0.00000000003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.000018035  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0285  NERD domain protein  25 
 
 
540 aa  71.2  0.00000000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1680  NERD domain-containing protein  23.7 
 
 
568 aa  70.9  0.00000000006  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2625  DNA helicase IV  25.27 
 
 
684 aa  69.7  0.0000000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.376042  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2536  DNA helicase IV  25.27 
 
 
684 aa  69.7  0.0000000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000168244  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3204  DNA helicase IV  25.27 
 
 
684 aa  69.7  0.0000000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.145484  normal  0.0880304 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1759  DNA helicase IV  25.99 
 
 
684 aa  68.9  0.0000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0441895  hitchhiker  0.00104855 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2440  pentapeptide repeat protein  25.89 
 
 
830 aa  68.9  0.0000000003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1771  UvrD/REP helicase  25.88 
 
 
508 aa  68.2  0.0000000004  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.734897  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3670  pentapeptide repeat protein  25.63 
 
 
830 aa  68.2  0.0000000005  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.414516  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0729  hypothetical protein  26.57 
 
 
574 aa  66.6  0.000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3349  hypothetical protein  26.59 
 
 
673 aa  65.9  0.000000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.038988  normal  0.770189 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1706  NERD domain protein  24.93 
 
 
541 aa  66.2  0.000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.516506  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2692  DNA helicase IV  25.09 
 
 
685 aa  65.1  0.000000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_6025  UvrD/REP helicase  26.97 
 
 
737 aa  65.1  0.000000004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2326  putative DNA helicase  26.1 
 
 
711 aa  63.5  0.00000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8440  UvrD/REP helicase  26.56 
 
 
685 aa  63.5  0.00000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3757  UvrD/REP helicase  27.07 
 
 
695 aa  63.2  0.00000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  unclonable  0.0000385426  normal 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0445  UvrD/REP helicase  27.31 
 
 
515 aa  62.8  0.00000002  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00058157 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5636  NERD domain-containing protein  24.8 
 
 
557 aa  62.4  0.00000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0748755  normal  0.450463 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1474  DNA helicase IV  25.87 
 
 
684 aa  62  0.00000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.575734  normal 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0110  superfamily I DNA and RNA helicase  29.24 
 
 
401 aa  62  0.00000003  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.285644  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1359  hypothetical protein  24.57 
 
 
554 aa  62  0.00000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0809  LexA repressor  24.91 
 
 
815 aa  61.6  0.00000004  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.642499  hitchhiker  0.0000861607 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2536  hypothetical protein  24.57 
 
 
554 aa  61.2  0.00000005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1159  hypothetical protein  25.99 
 
 
555 aa  61.2  0.00000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.127687 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1020  hypothetical protein  24.57 
 
 
554 aa  61.2  0.00000005  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.44837  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0275  hypothetical protein  24.57 
 
 
554 aa  61.2  0.00000005  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0985894  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0546  hypothetical protein  24.57 
 
 
554 aa  61.2  0.00000005  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.946495  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1296  hypothetical protein  24.57 
 
 
669 aa  60.8  0.00000007  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0263973  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3704  hypothetical protein  25.21 
 
 
557 aa  60.5  0.00000008  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.064418  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4664  hypothetical protein  25.21 
 
 
557 aa  60.5  0.00000008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.220049  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4052  hypothetical protein  24.04 
 
 
555 aa  60.5  0.00000009  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.890756 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1281  hypothetical protein  24.57 
 
 
554 aa  59.7  0.0000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0983409  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2728  UvrD/REP helicase  24.46 
 
 
699 aa  59.3  0.0000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.121618  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1463  hypothetical protein  24 
 
 
626 aa  59.3  0.0000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1138  DNA helicase IV  25.33 
 
 
684 aa  58.9  0.0000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.33905 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1033  DNA helicase IV  25.33 
 
 
684 aa  58.9  0.0000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0811314  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4510  NERD domain-containing protein  24.08 
 
 
555 aa  58.2  0.0000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1184  DNA helicase IV  25.33 
 
 
684 aa  58.2  0.0000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.660138 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1150  DNA helicase IV  25.33 
 
 
684 aa  58.5  0.0000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0166  ATP-dependent DNA helicase Rep  44.44 
 
 
660 aa  58.2  0.0000004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.119958 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1116  DNA helicase IV  25.33 
 
 
684 aa  58.2  0.0000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000516888 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0743  plasmid stabilization system  25 
 
 
712 aa  58.2  0.0000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0351  hypothetical protein  23.4 
 
 
388 aa  57.8  0.0000005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0328547  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4386  UvrD/REP helicase  24.15 
 
 
697 aa  57.4  0.0000006  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0097  hypothetical protein  27.05 
 
 
719 aa  57  0.0000008  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0544866  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00966  DNA helicase IV  23.89 
 
 
684 aa  56.6  0.000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0970992  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2681  UvrD/REP helicase  23.89 
 
 
684 aa  56.6  0.000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2157  DNA helicase IV  23.55 
 
 
684 aa  56.2  0.000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00794949  normal  0.209046 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1013  hypothetical protein  26.14 
 
 
726 aa  57  0.000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2634  DNA helicase IV  23.89 
 
 
684 aa  56.6  0.000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.46085  hitchhiker  0.000000654371 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00973  hypothetical protein  23.89 
 
 
684 aa  56.6  0.000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.132374  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0969  hypothetical protein  26.14 
 
 
726 aa  56.6  0.000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1071  DNA helicase IV  23.89 
 
 
684 aa  56.6  0.000001  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000145038  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3085  UvrD/Rep helicase  27.03 
 
 
717 aa  57  0.000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.173371  hitchhiker  0.00106438 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1126  DNA helicase IV  23.89 
 
 
684 aa  56.6  0.000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.440253  normal  0.367013 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0239  NERD domain-containing protein  25.13 
 
 
579 aa  56.6  0.000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2325  hypothetical protein  25.08 
 
 
759 aa  55.8  0.000002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0788129  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1246  UvrD/REP helicase  26 
 
 
662 aa  56.2  0.000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.176029  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1077  DNA helicase IV  23.55 
 
 
684 aa  56.2  0.000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000255278  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3351  NERD domain-containing protein  25.07 
 
 
557 aa  55.8  0.000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.164276  hitchhiker  0.000169391 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0064  putative DNA helicase  24.72 
 
 
696 aa  55.1  0.000003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1202  ATP-dependent DNA helicase Rep  41.43 
 
 
690 aa  55.5  0.000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2353  DNA helicase IV  23.89 
 
 
684 aa  55.5  0.000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.757014  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1214  DNA helicase IV  23.16 
 
 
685 aa  55.5  0.000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.143113  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0721  UvrD/REP helicase  27.13 
 
 
656 aa  55.5  0.000003  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3289  ATP-dependent DNA helicase REP protein  41.79 
 
 
705 aa  55.1  0.000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0951  ATP-dependent DNA helicase replicase  25 
 
 
777 aa  54.7  0.000004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4158  UvrD/REP helicase  35.48 
 
 
668 aa  54.7  0.000004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.140406 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3201  ATP-dependent DNA helicase Rep  32.14 
 
 
682 aa  55.1  0.000004  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0973  UvrD/Rep family helicase  25 
 
 
776 aa  54.7  0.000005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1040  UvrD/Rep family helicase  25 
 
 
776 aa  54.7  0.000005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>