103 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_3574 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_1725  amine oxidase  88.52 
 
 		 418 aa  750    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.299467  normal  0.079846 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1719  amine oxidase  76.56 
 
 		 418 aa  646    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.188576  normal  0.0628779 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3574  amine oxidase  100 
 
 		 418 aa  833    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.119107  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4262  squalene-associated FAD-dependent desaturase  85.89 
 
 		 418 aa  689    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.822821  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2968  putative phytoene dehydrogenase  72.64 
 
 		 416 aa  610  1e-173  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.211765  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2683  amine oxidase  66.11 
 
 		 415 aa  553  1e-156  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.446485  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2270  amine oxidase  64.65 
 
 		 417 aa  532  1e-150  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.160101 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6348  squalene-associated FAD-dependent desaturase  56.9 
 
 		 424 aa  442  1e-123  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0839028  normal  0.102238 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7145  squalene-associated FAD-dependent desaturase  55.92 
 
 		 438 aa  431  1e-119  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1943  squalene-associated FAD-dependent desaturase  53.57 
 
 		 433 aa  421  1e-116  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.273475  normal  0.570646 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1834  squalene-associated FAD-dependent desaturase  53.81 
 
 		 433 aa  419  1e-116  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2219  squalene-associated FAD-dependent desaturase  53.57 
 
 		 433 aa  421  1e-116  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.698048  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0011  hypothetical protein  52.4 
 
 		 422 aa  417  9.999999999999999e-116  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5425  squalene-associated FAD-dependent desaturase  54 
 
 		 433 aa  417  9.999999999999999e-116  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.98696  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3155  squalene-associated FAD-dependent desaturase  54.52 
 
 		 415 aa  413  1e-114  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7028  squalene-associated FAD-dependent desaturase  53.12 
 
 		 422 aa  400  9.999999999999999e-111  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000526905 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3242  squalene-associated FAD-dependent desaturase  53.23 
 
 		 419 aa  395  1e-108  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.179321 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4138  squalene-associated FAD-dependent desaturase  48.33 
 
 		 425 aa  389  1e-107  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5461  squalene-associated FAD-dependent desaturase  45.22 
 
 		 419 aa  363  4e-99  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0018  amine oxidase  45.78 
 
 		 417 aa  349  4e-95  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4555  squalene-associated FAD-dependent desaturase  45.06 
 
 		 417 aa  344  1e-93  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.160695 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0117  amine oxidase  47.8 
 
 		 410 aa  343  2e-93  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5179  amine oxidase  44.82 
 
 		 417 aa  342  7e-93  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5680  amine oxidase  44.82 
 
 		 417 aa  342  7e-93  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.799558  hitchhiker  0.00195148 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5505  squalene-associated FAD-dependent desaturase  45.54 
 
 		 417 aa  341  1e-92  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.342763  normal  0.0220988 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4952  amine oxidase  45.3 
 
 		 417 aa  340  2.9999999999999998e-92  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.15769  normal  0.0932773 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3174  squalene-associated FAD-dependent desaturase  43.83 
 
 		 417 aa  331  1e-89  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.724661  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0063  amine oxidase  45.78 
 
 		 432 aa  310  2.9999999999999997e-83  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1826  squalene-associated FAD-dependent desaturase  44.18 
 
 		 437 aa  308  1.0000000000000001e-82  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0307  amine oxidase  30.58 
 
 		 448 aa  162  1e-38  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23100  squalene-associated FAD-dependent desaturase  31.45 
 
 		 439 aa  129  1.0000000000000001e-28  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.620646  normal  0.191871 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1523  amine oxidase  32.08 
 
 		 438 aa  119  9.999999999999999e-26  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.834861  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1513  squalene-associated FAD-dependent desaturase  30.18 
 
 		 444 aa  108  2e-22  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.156187  hitchhiker  0.00817062 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0821  amine oxidase  35.61 
 
 		 569 aa  107  3e-22  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.147648  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1470  amine oxidase  28.92 
 
 		 440 aa  97.8  3e-19  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.292882 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5715  amine oxidase  33.94 
 
 		 562 aa  94.7  2e-18  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0865614  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1747  carotene 7,8-desaturase  26.3 
 
 		 481 aa  94  4e-18  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.969616 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2159  squalene-associated FAD-dependent desaturase  29.78 
 
 		 441 aa  93.2  7e-18  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2707  amine oxidase  30.5 
 
 		 410 aa  92.4  1e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0288942  hitchhiker  0.00000819833 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4945  amine oxidase  26.33 
 
 		 452 aa  85.1  0.000000000000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5033  amine oxidase  26.33 
 
 		 452 aa  85.1  0.000000000000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5326  amine oxidase  26.33 
 
 		 452 aa  85.1  0.000000000000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.778847  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2504  squalene-associated FAD-dependent desaturase  27.42 
 
 		 414 aa  84.3  0.000000000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.717786  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6666  squalene-associated FAD-dependent desaturase  28.31 
 
 		 440 aa  83.6  0.000000000000007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.393983  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1695  amine oxidase  27.55 
 
 		 486 aa  76.3  0.0000000000009  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.916682  hitchhiker  0.0000276291 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2571  squalene-associated FAD-dependent desaturase  27.15 
 
 		 462 aa  70.9  0.00000000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0585158 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2965  amine oxidase  27.33 
 
 		 423 aa  67.4  0.0000000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0856614  hitchhiker  0.00607749 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2550  squalene-associated FAD-dependent desaturase  28.47 
 
 		 432 aa  65.9  0.000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.005489 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1120  squalene-associated FAD-dependent desaturase  27.29 
 
 		 422 aa  65.1  0.000000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.454747  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1698  putative squalene/phytoene dehydrogenase  26.48 
 
 		 424 aa  64.7  0.000000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.837953  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2016  amine oxidase  26.33 
 
 		 426 aa  63.2  0.000000008  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1201  amine oxidase  27.06 
 
 		 434 aa  63.2  0.000000008  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.269087  normal  0.505468 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2440  squalene-associated FAD-dependent desaturase  32.04 
 
 		 447 aa  62.8  0.00000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4516  amine oxidase  43.01 
 
 		 432 aa  59.7  0.00000009  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4135  carotene 7,8-desaturase  24.33 
 
 		 451 aa  59.7  0.00000009  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.190171  normal  0.792405 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1455  amine oxidase  25.41 
 
 		 439 aa  59.7  0.0000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_01591  phytoene desaturase  23.38 
 
 		 472 aa  58.5  0.0000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3204  squalene-associated FAD-dependent desaturase  24.25 
 
 		 477 aa  58.2  0.0000003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.55236  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1286  putative squalene/phytoene dehydrogenase  26.79 
 
 		 448 aa  56.6  0.0000008  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.109355 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1157  phytoene desaturase  21.4 
 
 		 471 aa  53.1  0.000008  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4011  zeta-carotene desaturase / three-step phytoene desaturase  23.67 
 
 		 459 aa  52.8  0.00001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_26651  phytoene desaturase  24.63 
 
 		 472 aa  52.8  0.00001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2395  zeta-carotene desaturase / three-step phytoene desaturase  25.1 
 
 		 472 aa  51.6  0.00003  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3041  Carotene 7,8-desaturase  29.7 
 
 		 463 aa  50.8  0.00004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000261003 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5634  amine oxidase, flavin-containing  25.66 
 
 		 407 aa  51.2  0.00004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0493824  normal  0.227831 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0830  zeta-carotene desaturase  29.13 
 
 		 453 aa  50.4  0.00005  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.762196  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_01631  phytoene desaturase  30.28 
 
 		 466 aa  50.8  0.00005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2875  phytoene desaturase  21.24 
 
 		 479 aa  50.4  0.00006  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.202948  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3894  UDP-galactopyranose mutase  33.33 
 
 		 391 aa  50.1  0.00007  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_01611  phytoene desaturase  34.85 
 
 		 466 aa  50.1  0.00008  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1188  phytoene desaturase  23.97 
 
 		 461 aa  49.3  0.0001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.045363  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1510  three-step phytoene desaturase / zeta-carotene desaturase  22.27 
 
 		 464 aa  48.5  0.0002  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0146  three-step phytoene desaturase / zeta-carotene desaturase  29.36 
 
 		 465 aa  48.5  0.0002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_01721  phytoene desaturase  29.36 
 
 		 473 aa  48.5  0.0002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.69255  n/a   
 
 
-
 
NC_009364  OSTLU_38345  predicted protein  29.31 
 
 		 599 aa  48.5  0.0002  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.526893  normal  0.29017 
 
 
-
 
NC_009369  OSTLU_47627  Amine oxidase  38.46 
 
 		 552 aa  48.9  0.0002  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  0.0599395 
 
 
-
 
NC_011676  PHATRDRAFT_45735  phytoene dehydrogenase  27.87 
 
 		 624 aa  48.5  0.0002  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1415  carotene 7,8-desaturase  29.13 
 
 		 453 aa  48.1  0.0003  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.979127 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_02161  phytoene desaturase  21.78 
 
 		 462 aa  47.8  0.0003  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0308  phytoene desaturase  29.09 
 
 		 475 aa  48.1  0.0003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.105357  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3019  UDP-galactopyranose mutase  30.99 
 
 		 381 aa  48.1  0.0003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.195146  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1590  zeta-carotene desaturase  25.24 
 
 		 455 aa  47.8  0.0004  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0071  amine oxidase  24.83 
 
 		 452 aa  47.4  0.0005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0365942  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0308  phytoene desaturase  38.71 
 
 		 475 aa  47.4  0.0005  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0298  carotene 7,8-desaturase  24.69 
 
 		 472 aa  47  0.0006  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1381  UDP-galactopyranose mutase  32.18 
 
 		 463 aa  47  0.0007  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.399176  normal  0.525187 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0916  Carotene 7,8-desaturase  29.29 
 
 		 453 aa  47  0.0007  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1983  zeta-carotene desaturase / three-step phytoene desaturase  22.08 
 
 		 474 aa  46.6  0.0008  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.490957  normal  0.280593 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0884  Carotene 7,8-desaturase  20.35 
 
 		 460 aa  46.6  0.0009  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00000776733  normal  0.0521549 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1769  Carotene 7,8-desaturase  26.21 
 
 		 453 aa  46.6  0.0009  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0200  zeta-carotene desaturase  23.53 
 
 		 479 aa  45.8  0.001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0179  hypothetical protein  26.9 
 
 		 448 aa  45.1  0.002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5620  phytoene desaturase  47.73 
 
 		 497 aa  44.3  0.004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.476172 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3185  hypothetical protein  57.89 
 
 		 245 aa  43.9  0.005  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.29229  hitchhiker  0.00171019 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3170  hypothetical protein  30.99 
 
 		 439 aa  43.9  0.005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3954  zeta-carotene desaturase  22.33 
 
 		 483 aa  43.9  0.006  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.134571  normal  0.596487 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1893  protoporphyrinogen oxidase  35.8 
 
 		 421 aa  43.9  0.006  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3176  carotene 7,8-desaturase  24.53 
 
 		 482 aa  43.5  0.007  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2093  phytoene desaturase  42.86 
 
 		 493 aa  43.5  0.007  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.456364  decreased coverage  0.00855511 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1724  amine oxidase  38.57 
 
 		 470 aa  43.5  0.007  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>