125 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_2683 on replicon NC_007964
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007406  Nwi_2270  amine oxidase  89.37 
 
 		 417 aa  734    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.160101 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2683  amine oxidase  100 
 
 		 415 aa  838    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.446485  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1719  amine oxidase  70.07 
 
 		 418 aa  608  1e-173  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.188576  normal  0.0628779 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2968  putative phytoene dehydrogenase  70.22 
 
 		 416 aa  602  1.0000000000000001e-171  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.211765  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1725  amine oxidase  67.07 
 
 		 418 aa  568  1e-161  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.299467  normal  0.079846 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3574  amine oxidase  66.11 
 
 		 418 aa  569  1e-161  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.119107  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4262  squalene-associated FAD-dependent desaturase  67.07 
 
 		 418 aa  546  1e-154  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.822821  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5425  squalene-associated FAD-dependent desaturase  54.61 
 
 		 433 aa  437  1e-121  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.98696  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6348  squalene-associated FAD-dependent desaturase  54.22 
 
 		 424 aa  432  1e-120  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0839028  normal  0.102238 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3155  squalene-associated FAD-dependent desaturase  53.19 
 
 		 415 aa  433  1e-120  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1943  squalene-associated FAD-dependent desaturase  52.49 
 
 		 433 aa  419  1e-116  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.273475  normal  0.570646 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2219  squalene-associated FAD-dependent desaturase  52.49 
 
 		 433 aa  420  1e-116  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.698048  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1834  squalene-associated FAD-dependent desaturase  52.49 
 
 		 433 aa  416  9.999999999999999e-116  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3242  squalene-associated FAD-dependent desaturase  53.73 
 
 		 419 aa  410  1e-113  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.179321 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7145  squalene-associated FAD-dependent desaturase  53.3 
 
 		 438 aa  410  1e-113  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0011  hypothetical protein  49.76 
 
 		 422 aa  406  1.0000000000000001e-112  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5461  squalene-associated FAD-dependent desaturase  49.52 
 
 		 419 aa  402  1e-111  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7028  squalene-associated FAD-dependent desaturase  49.28 
 
 		 422 aa  380  1e-104  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000526905 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4138  squalene-associated FAD-dependent desaturase  45.11 
 
 		 425 aa  370  1e-101  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0117  amine oxidase  45.61 
 
 		 410 aa  347  3e-94  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0018  amine oxidase  44.5 
 
 		 417 aa  343  2e-93  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4555  squalene-associated FAD-dependent desaturase  44.98 
 
 		 417 aa  343  2.9999999999999997e-93  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.160695 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5505  squalene-associated FAD-dependent desaturase  44.74 
 
 		 417 aa  342  1e-92  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.342763  normal  0.0220988 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5179  amine oxidase  44.74 
 
 		 417 aa  341  2e-92  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5680  amine oxidase  44.74 
 
 		 417 aa  341  2e-92  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.799558  hitchhiker  0.00195148 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4952  amine oxidase  44.5 
 
 		 417 aa  340  2.9999999999999998e-92  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.15769  normal  0.0932773 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3174  squalene-associated FAD-dependent desaturase  43.93 
 
 		 417 aa  337  1.9999999999999998e-91  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.724661  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1826  squalene-associated FAD-dependent desaturase  43.57 
 
 		 437 aa  321  1.9999999999999998e-86  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0063  amine oxidase  43.88 
 
 		 432 aa  306  3e-82  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0307  amine oxidase  31.28 
 
 		 448 aa  169  7e-41  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23100  squalene-associated FAD-dependent desaturase  29.49 
 
 		 439 aa  138  2e-31  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.620646  normal  0.191871 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1513  squalene-associated FAD-dependent desaturase  29.71 
 
 		 444 aa  123  7e-27  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.156187  hitchhiker  0.00817062 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1523  amine oxidase  30.11 
 
 		 438 aa  119  7e-26  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.834861  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1747  carotene 7,8-desaturase  27.19 
 
 		 481 aa  112  1.0000000000000001e-23  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.969616 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2159  squalene-associated FAD-dependent desaturase  28.82 
 
 		 441 aa  107  3e-22  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0821  amine oxidase  34.49 
 
 		 569 aa  104  2e-21  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.147648  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5715  amine oxidase  34.41 
 
 		 562 aa  103  6e-21  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0865614  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2707  amine oxidase  27.76 
 
 		 410 aa  99  1e-19  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0288942  hitchhiker  0.00000819833 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1590  zeta-carotene desaturase  23.79 
 
 		 455 aa  87.4  4e-16  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1769  Carotene 7,8-desaturase  23.68 
 
 		 453 aa  87.8  4e-16  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1470  amine oxidase  26.39 
 
 		 440 aa  84.3  0.000000000000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.292882 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1415  carotene 7,8-desaturase  22.42 
 
 		 453 aa  84  0.000000000000005  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.979127 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0830  zeta-carotene desaturase  22.27 
 
 		 453 aa  84  0.000000000000005  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.762196  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4945  amine oxidase  27.13 
 
 		 452 aa  83.2  0.000000000000008  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5033  amine oxidase  27.13 
 
 		 452 aa  83.2  0.000000000000008  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5326  amine oxidase  27.13 
 
 		 452 aa  83.2  0.000000000000008  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.778847  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0916  Carotene 7,8-desaturase  22 
 
 		 453 aa  81.6  0.00000000000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0949  Carotene 7,8-desaturase  21.56 
 
 		 453 aa  80.1  0.00000000000007  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6666  squalene-associated FAD-dependent desaturase  25.81 
 
 		 440 aa  78.2  0.0000000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.393983  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3204  squalene-associated FAD-dependent desaturase  23.54 
 
 		 477 aa  76.6  0.0000000000007  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.55236  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1524  Carotene 7,8-desaturase  23.25 
 
 		 453 aa  75.5  0.000000000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.0000000615844  normal  0.187981 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2440  squalene-associated FAD-dependent desaturase  27.09 
 
 		 447 aa  75.5  0.000000000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1698  putative squalene/phytoene dehydrogenase  24.94 
 
 		 424 aa  74.7  0.000000000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.837953  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1695  amine oxidase  26.71 
 
 		 486 aa  73.2  0.000000000008  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.916682  hitchhiker  0.0000276291 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0200  zeta-carotene desaturase  20.88 
 
 		 479 aa  72.4  0.00000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0679  carotene 7,8-desaturase  22.49 
 
 		 489 aa  70.5  0.00000000006  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2571  squalene-associated FAD-dependent desaturase  25.77 
 
 		 462 aa  67.8  0.0000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0585158 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2504  squalene-associated FAD-dependent desaturase  25.53 
 
 		 414 aa  67  0.0000000006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.717786  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0146  three-step phytoene desaturase / zeta-carotene desaturase  26.23 
 
 		 465 aa  66.6  0.0000000007  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009369  OSTLU_47627  Amine oxidase  22.47 
 
 		 552 aa  66.6  0.0000000008  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  0.0599395 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_01721  phytoene desaturase  25.31 
 
 		 473 aa  66.2  0.0000000009  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.69255  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2965  amine oxidase  26.24 
 
 		 423 aa  64.7  0.000000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0856614  hitchhiker  0.00607749 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_01291  zeta-carotene desaturase  22.27 
 
 		 484 aa  64.3  0.000000004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1512  zeta-carotene desaturase  23.98 
 
 		 481 aa  63.5  0.000000007  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.311968  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3954  zeta-carotene desaturase  21.78 
 
 		 483 aa  62  0.00000002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.134571  normal  0.596487 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_01631  phytoene desaturase  25.41 
 
 		 466 aa  61.6  0.00000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2686  carotene 7,8-desaturase  21.15 
 
 		 490 aa  62.4  0.00000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3430  carotene 7,8-desaturase  21.15 
 
 		 490 aa  62.4  0.00000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1157  phytoene desaturase  21.67 
 
 		 471 aa  61.2  0.00000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2356  zeta-carotene desaturase  28.36 
 
 		 488 aa  60.5  0.00000006  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_01611  phytoene desaturase  25 
 
 		 466 aa  59.7  0.00000008  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0118  zeta-carotene desaturase  21.27 
 
 		 499 aa  59.7  0.00000009  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009364  OSTLU_38345  predicted protein  23.25 
 
 		 599 aa  59.3  0.0000001  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.526893  normal  0.29017 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2016  amine oxidase  25.66 
 
 		 426 aa  58.2  0.0000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2550  squalene-associated FAD-dependent desaturase  26.44 
 
 		 432 aa  58.9  0.0000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.005489 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_01321  zeta-carotene desaturase  20.78 
 
 		 484 aa  57.8  0.0000004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_01331  zeta-carotene desaturase  20.99 
 
 		 484 aa  55.8  0.000001  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4516  amine oxidase  25.61 
 
 		 432 aa  56.2  0.000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2395  zeta-carotene desaturase / three-step phytoene desaturase  24.58 
 
 		 472 aa  55.5  0.000002  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1455  amine oxidase  24.78 
 
 		 439 aa  55.5  0.000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2875  phytoene desaturase  21.99 
 
 		 479 aa  53.5  0.000006  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.202948  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4788  carotene 7,8-desaturase  38.96 
 
 		 479 aa  53.1  0.00001  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0308  phytoene desaturase  23.4 
 
 		 475 aa  52  0.00002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.105357  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3789  hypothetical protein  22.26 
 
 		 427 aa  51.6  0.00002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.673359 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_02161  phytoene desaturase  21.85 
 
 		 462 aa  52  0.00002  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3041  Carotene 7,8-desaturase  34.07 
 
 		 463 aa  52  0.00002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000261003 
 
 
-
 
NC_011676  PHATRDRAFT_45735  phytoene dehydrogenase  22.92 
 
 		 624 aa  52.4  0.00002  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0308  phytoene desaturase  22.98 
 
 		 475 aa  51.6  0.00003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1510  three-step phytoene desaturase / zeta-carotene desaturase  22.73 
 
 		 464 aa  50.8  0.00004  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0335  carotene 7,8-desaturase  25.18 
 
 		 488 aa  51.2  0.00004  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_26651  phytoene desaturase  22.86 
 
 		 472 aa  50.8  0.00004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1181  Carotene 7,8-desaturase  21.9 
 
 		 459 aa  50.8  0.00004  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  decreased coverage  0.0000113252  normal  0.0145788 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1286  putative squalene/phytoene dehydrogenase  23.58 
 
 		 448 aa  50.8  0.00005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.109355 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4011  zeta-carotene desaturase / three-step phytoene desaturase  23.05 
 
 		 459 aa  50.4  0.00006  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3170  hypothetical protein  35.21 
 
 		 439 aa  50.4  0.00006  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0071  amine oxidase  22.73 
 
 		 452 aa  50.1  0.00007  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0365942  normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_01311  zeta-carotene desaturase  24.62 
 
 		 478 aa  50.1  0.00008  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.0941429  normal  0.461178 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_01591  phytoene desaturase  21.67 
 
 		 472 aa  50.1  0.00008  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1827  amine oxidase  27.97 
 
 		 433 aa  49.7  0.00009  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3019  UDP-galactopyranose mutase  35.21 
 
 		 381 aa  49.3  0.0001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.195146  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>