116 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rru_A0063 on replicon NC_007643
Organism: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007643  Rru_A0063  amine oxidase  100 
 
 
432 aa  847    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6348  squalene-associated FAD-dependent desaturase  52.28 
 
 
424 aa  367  1e-100  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0839028  normal  0.102238 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0117  amine oxidase  50.84 
 
 
410 aa  363  2e-99  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7145  squalene-associated FAD-dependent desaturase  50.36 
 
 
438 aa  354  2e-96  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5425  squalene-associated FAD-dependent desaturase  49.88 
 
 
433 aa  349  5e-95  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.98696  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1834  squalene-associated FAD-dependent desaturase  50.71 
 
 
433 aa  346  5e-94  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2219  squalene-associated FAD-dependent desaturase  50.24 
 
 
433 aa  345  6e-94  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.698048  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1943  squalene-associated FAD-dependent desaturase  50.24 
 
 
433 aa  345  7e-94  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.273475  normal  0.570646 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3155  squalene-associated FAD-dependent desaturase  48.68 
 
 
415 aa  343  2e-93  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3242  squalene-associated FAD-dependent desaturase  49.52 
 
 
419 aa  331  1e-89  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.179321 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1725  amine oxidase  47.23 
 
 
418 aa  329  6e-89  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.299467  normal  0.079846 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2968  putative phytoene dehydrogenase  45.65 
 
 
416 aa  329  6e-89  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.211765  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1719  amine oxidase  46.49 
 
 
418 aa  328  1.0000000000000001e-88  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.188576  normal  0.0628779 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3574  amine oxidase  45.78 
 
 
418 aa  327  2.0000000000000001e-88  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.119107  normal 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5461  squalene-associated FAD-dependent desaturase  44.76 
 
 
419 aa  323  4e-87  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2683  amine oxidase  43.88 
 
 
415 aa  318  1e-85  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.446485  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2270  amine oxidase  44.55 
 
 
417 aa  315  7e-85  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.160101 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4262  squalene-associated FAD-dependent desaturase  47.71 
 
 
418 aa  311  1e-83  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.822821  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1826  squalene-associated FAD-dependent desaturase  47.51 
 
 
437 aa  309  5.9999999999999995e-83  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0011  hypothetical protein  44.26 
 
 
422 aa  282  6.000000000000001e-75  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7028  squalene-associated FAD-dependent desaturase  44.5 
 
 
422 aa  276  7e-73  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000526905 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4138  squalene-associated FAD-dependent desaturase  41.51 
 
 
425 aa  273  4.0000000000000004e-72  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5505  squalene-associated FAD-dependent desaturase  41.65 
 
 
417 aa  267  2.9999999999999995e-70  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.342763  normal  0.0220988 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0018  amine oxidase  41.69 
 
 
417 aa  265  1e-69  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4952  amine oxidase  40.96 
 
 
417 aa  260  3e-68  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.15769  normal  0.0932773 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4555  squalene-associated FAD-dependent desaturase  40.48 
 
 
417 aa  260  3e-68  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.160695 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5179  amine oxidase  40.24 
 
 
417 aa  258  2e-67  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5680  amine oxidase  40.24 
 
 
417 aa  258  2e-67  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.799558  hitchhiker  0.00195148 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3174  squalene-associated FAD-dependent desaturase  40.1 
 
 
417 aa  255  1.0000000000000001e-66  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.724661  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0307  amine oxidase  33.26 
 
 
448 aa  153  5e-36  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1523  amine oxidase  32.19 
 
 
438 aa  125  1e-27  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.834861  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2159  squalene-associated FAD-dependent desaturase  30.77 
 
 
441 aa  117  3e-25  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1470  amine oxidase  29.27 
 
 
440 aa  105  2e-21  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.292882 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23100  squalene-associated FAD-dependent desaturase  30.8 
 
 
439 aa  105  2e-21  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.620646  normal  0.191871 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2707  amine oxidase  30.47 
 
 
410 aa  94.7  3e-18  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0288942  hitchhiker  0.00000819833 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0821  amine oxidase  29.16 
 
 
569 aa  90.1  8e-17  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.147648  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2504  squalene-associated FAD-dependent desaturase  29.93 
 
 
414 aa  89  2e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.717786  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1513  squalene-associated FAD-dependent desaturase  29 
 
 
444 aa  88.2  3e-16  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.156187  hitchhiker  0.00817062 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4945  amine oxidase  27.47 
 
 
452 aa  87  6e-16  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5033  amine oxidase  27.47 
 
 
452 aa  87  6e-16  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5326  amine oxidase  27.47 
 
 
452 aa  87  6e-16  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.778847  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2440  squalene-associated FAD-dependent desaturase  29.48 
 
 
447 aa  85.5  0.000000000000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1747  carotene 7,8-desaturase  25.93 
 
 
481 aa  84  0.000000000000005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.969616 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0916  Carotene 7,8-desaturase  23.38 
 
 
453 aa  82.4  0.00000000000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5715  amine oxidase  30.09 
 
 
562 aa  80.9  0.00000000000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0865614  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1698  putative squalene/phytoene dehydrogenase  29.64 
 
 
424 aa  79  0.0000000000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.837953  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1415  carotene 7,8-desaturase  23.06 
 
 
453 aa  76.6  0.0000000000008  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.979127 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1286  putative squalene/phytoene dehydrogenase  30.46 
 
 
448 aa  74.3  0.000000000004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.109355 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0949  Carotene 7,8-desaturase  22.83 
 
 
453 aa  74.3  0.000000000004  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1590  zeta-carotene desaturase  21.94 
 
 
455 aa  72.8  0.00000000001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2571  squalene-associated FAD-dependent desaturase  27.59 
 
 
462 aa  71.2  0.00000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.0585158 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2016  amine oxidase  28.12 
 
 
426 aa  70.1  0.00000000007  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1695  amine oxidase  28.21 
 
 
486 aa  70.1  0.00000000007  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.916682  hitchhiker  0.0000276291 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0830  zeta-carotene desaturase  21.86 
 
 
453 aa  70.1  0.00000000007  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.762196  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1769  Carotene 7,8-desaturase  21.01 
 
 
453 aa  69.7  0.00000000008  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0335  carotene 7,8-desaturase  23.97 
 
 
488 aa  68.9  0.0000000002  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3204  squalene-associated FAD-dependent desaturase  25.55 
 
 
477 aa  68.6  0.0000000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.55236  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2356  zeta-carotene desaturase  23.93 
 
 
488 aa  67  0.0000000007  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1524  Carotene 7,8-desaturase  21.83 
 
 
453 aa  65.9  0.000000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.0000000615844  normal  0.187981 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3176  carotene 7,8-desaturase  27.12 
 
 
482 aa  64.7  0.000000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2965  amine oxidase  29.69 
 
 
423 aa  64.3  0.000000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0856614  hitchhiker  0.00607749 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2550  squalene-associated FAD-dependent desaturase  29.15 
 
 
432 aa  63.9  0.000000005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.005489 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0308  phytoene desaturase  21.92 
 
 
475 aa  60.1  0.00000008  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1201  amine oxidase  29.07 
 
 
434 aa  58.5  0.0000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.269087  normal  0.505468 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1120  squalene-associated FAD-dependent desaturase  29.53 
 
 
422 aa  58.9  0.0000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.454747  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0308  phytoene desaturase  21.38 
 
 
475 aa  58.2  0.0000003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.105357  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0071  amine oxidase  26.77 
 
 
452 aa  57  0.0000007  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0365942  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1455  amine oxidase  25.53 
 
 
439 aa  56.2  0.000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0884  Carotene 7,8-desaturase  24.1 
 
 
460 aa  55.8  0.000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00000776733  normal  0.0521549 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3170  hypothetical protein  38.96 
 
 
439 aa  56.2  0.000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4516  amine oxidase  26.71 
 
 
432 aa  55.1  0.000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0679  carotene 7,8-desaturase  20.37 
 
 
489 aa  55.5  0.000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1512  zeta-carotene desaturase  23.09 
 
 
481 aa  55.1  0.000003  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.311968  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2875  phytoene desaturase  21.31 
 
 
479 aa  54.3  0.000004  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.202948  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0146  three-step phytoene desaturase / zeta-carotene desaturase  20.6 
 
 
465 aa  53.5  0.000007  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_01631  phytoene desaturase  21.33 
 
 
466 aa  53.1  0.000008  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0088  hypothetical protein  38.96 
 
 
448 aa  52.8  0.00001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.220394  normal  0.164147 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_01611  phytoene desaturase  21.44 
 
 
466 aa  51.6  0.00002  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1181  Carotene 7,8-desaturase  20.73 
 
 
459 aa  51.6  0.00002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  decreased coverage  0.0000113252  normal  0.0145788 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6666  squalene-associated FAD-dependent desaturase  50.91 
 
 
440 aa  51.6  0.00003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.393983  normal 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_01721  phytoene desaturase  21.07 
 
 
473 aa  51.2  0.00003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.69255  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2686  carotene 7,8-desaturase  20.25 
 
 
490 aa  50.8  0.00004  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_01321  zeta-carotene desaturase  23.14 
 
 
484 aa  51.2  0.00004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3430  carotene 7,8-desaturase  20.25 
 
 
490 aa  50.8  0.00004  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1157  phytoene desaturase  21.12 
 
 
471 aa  51.2  0.00004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0200  zeta-carotene desaturase  21.19 
 
 
479 aa  50.4  0.00005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2794  hypothetical protein  25.69 
 
 
429 aa  50.4  0.00005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0118  zeta-carotene desaturase  23.53 
 
 
499 aa  50.4  0.00006  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4868  amine oxidase  23.13 
 
 
645 aa  49.3  0.0001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0036  UDP-galactopyranose mutase  23 
 
 
647 aa  48.5  0.0002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.404508  normal 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_01331  zeta-carotene desaturase  23.14 
 
 
484 aa  48.9  0.0002  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0179  hypothetical protein  28.04 
 
 
448 aa  48.9  0.0002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4048  FAD dependent oxidoreductase  53.19 
 
 
407 aa  47.8  0.0004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.0468618 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2128  phytoene desaturase  29.74 
 
 
504 aa  47  0.0006  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.423753  decreased coverage  0.0000406201 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0760  glutamate synthase subunit beta  24.26 
 
 
485 aa  47  0.0007  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.423731  normal  0.395533 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3954  zeta-carotene desaturase  21.91 
 
 
483 aa  46.6  0.0009  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.134571  normal  0.596487 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_01291  zeta-carotene desaturase  22.71 
 
 
484 aa  46.6  0.001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4193  squalene-associated FAD-dependent desaturase  25.88 
 
 
447 aa  46.6  0.001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1045  FAD dependent oxidoreductase  47.54 
 
 
433 aa  45.8  0.001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.687688 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_01891  zeta-carotene desaturase  35.06 
 
 
486 aa  45.1  0.002  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.905208  normal  0.646889 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>