161 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_1719 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_1725  amine oxidase  76.56 
 
 		 418 aa  643    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.299467  normal  0.079846 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1719  amine oxidase  100 
 
 		 418 aa  836    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.188576  normal  0.0628779 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3574  amine oxidase  76.56 
 
 		 418 aa  646    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.119107  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4262  squalene-associated FAD-dependent desaturase  77.27 
 
 		 418 aa  609  1e-173  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.822821  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2968  putative phytoene dehydrogenase  73.06 
 
 		 416 aa  606  9.999999999999999e-173  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.211765  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2683  amine oxidase  70.07 
 
 		 415 aa  592  1e-168  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.446485  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2270  amine oxidase  68.86 
 
 		 417 aa  583  1.0000000000000001e-165  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.160101 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6348  squalene-associated FAD-dependent desaturase  59.08 
 
 		 424 aa  473  1e-132  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0839028  normal  0.102238 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5425  squalene-associated FAD-dependent desaturase  55.16 
 
 		 433 aa  451  1.0000000000000001e-126  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.98696  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7145  squalene-associated FAD-dependent desaturase  57.48 
 
 		 438 aa  451  1e-125  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1834  squalene-associated FAD-dependent desaturase  56.4 
 
 		 433 aa  445  1.0000000000000001e-124  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2219  squalene-associated FAD-dependent desaturase  55.45 
 
 		 433 aa  439  9.999999999999999e-123  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.698048  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1943  squalene-associated FAD-dependent desaturase  55.45 
 
 		 433 aa  439  9.999999999999999e-123  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.273475  normal  0.570646 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3155  squalene-associated FAD-dependent desaturase  54.52 
 
 		 415 aa  424  1e-117  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3242  squalene-associated FAD-dependent desaturase  54.98 
 
 		 419 aa  414  1e-114  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.179321 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0011  hypothetical protein  50.49 
 
 		 422 aa  401  9.999999999999999e-111  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5461  squalene-associated FAD-dependent desaturase  47.95 
 
 		 419 aa  385  1e-105  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7028  squalene-associated FAD-dependent desaturase  50.97 
 
 		 422 aa  382  1e-105  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000526905 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4138  squalene-associated FAD-dependent desaturase  46.51 
 
 		 425 aa  377  1e-103  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0018  amine oxidase  45.3 
 
 		 417 aa  360  2e-98  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0117  amine oxidase  48.65 
 
 		 410 aa  359  6e-98  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4555  squalene-associated FAD-dependent desaturase  44.82 
 
 		 417 aa  356  3.9999999999999996e-97  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.160695 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5505  squalene-associated FAD-dependent desaturase  45.3 
 
 		 417 aa  355  7.999999999999999e-97  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.342763  normal  0.0220988 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3174  squalene-associated FAD-dependent desaturase  44.82 
 
 		 417 aa  355  1e-96  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.724661  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5179  amine oxidase  44.58 
 
 		 417 aa  354  2e-96  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4952  amine oxidase  45.06 
 
 		 417 aa  353  2e-96  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.15769  normal  0.0932773 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5680  amine oxidase  44.58 
 
 		 417 aa  354  2e-96  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.799558  hitchhiker  0.00195148 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1826  squalene-associated FAD-dependent desaturase  45 
 
 		 437 aa  323  5e-87  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0063  amine oxidase  46.49 
 
 		 432 aa  308  1.0000000000000001e-82  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0307  amine oxidase  30.65 
 
 		 448 aa  161  2e-38  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23100  squalene-associated FAD-dependent desaturase  32.19 
 
 		 439 aa  128  2.0000000000000002e-28  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.620646  normal  0.191871 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1513  squalene-associated FAD-dependent desaturase  31.31 
 
 		 444 aa  128  2.0000000000000002e-28  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.156187  hitchhiker  0.00817062 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1523  amine oxidase  31.75 
 
 		 438 aa  122  1.9999999999999998e-26  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.834861  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0821  amine oxidase  35.56 
 
 		 569 aa  113  5e-24  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.147648  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2707  amine oxidase  30.77 
 
 		 410 aa  100  5e-20  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0288942  hitchhiker  0.00000819833 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5715  amine oxidase  35.16 
 
 		 562 aa  100  5e-20  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0865614  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1470  amine oxidase  27.85 
 
 		 440 aa  99.4  9e-20  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.292882 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1747  carotene 7,8-desaturase  24.89 
 
 		 481 aa  92  2e-17  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.969616 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2504  squalene-associated FAD-dependent desaturase  28.02 
 
 		 414 aa  85.9  0.000000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.717786  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2016  amine oxidase  26.82 
 
 		 426 aa  85.5  0.000000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2965  amine oxidase  27.55 
 
 		 423 aa  83.6  0.000000000000006  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0856614  hitchhiker  0.00607749 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2159  squalene-associated FAD-dependent desaturase  27.93 
 
 		 441 aa  82.8  0.00000000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2571  squalene-associated FAD-dependent desaturase  27.14 
 
 		 462 aa  78.2  0.0000000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0585158 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6666  squalene-associated FAD-dependent desaturase  27.02 
 
 		 440 aa  77  0.0000000000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.393983  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2550  squalene-associated FAD-dependent desaturase  28.54 
 
 		 432 aa  75.1  0.000000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.005489 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1286  putative squalene/phytoene dehydrogenase  26.68 
 
 		 448 aa  73.9  0.000000000005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.109355 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1695  amine oxidase  27.86 
 
 		 486 aa  73.2  0.000000000008  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.916682  hitchhiker  0.0000276291 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4945  amine oxidase  25.32 
 
 		 452 aa  72.8  0.00000000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5033  amine oxidase  25.32 
 
 		 452 aa  72.8  0.00000000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5326  amine oxidase  25.32 
 
 		 452 aa  72.8  0.00000000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.778847  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3204  squalene-associated FAD-dependent desaturase  24.77 
 
 		 477 aa  69.3  0.0000000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.55236  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1455  amine oxidase  26.96 
 
 		 439 aa  60.1  0.00000006  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1698  putative squalene/phytoene dehydrogenase  24.89 
 
 		 424 aa  58.9  0.0000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.837953  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2440  squalene-associated FAD-dependent desaturase  35.71 
 
 		 447 aa  56.2  0.000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3894  UDP-galactopyranose mutase  40 
 
 		 391 aa  55.1  0.000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0179  hypothetical protein  26.06 
 
 		 448 aa  55.1  0.000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0071  amine oxidase  25.64 
 
 		 452 aa  54.3  0.000004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0365942  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4516  amine oxidase  24.89 
 
 		 432 aa  54.3  0.000004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3041  Carotene 7,8-desaturase  33.66 
 
 		 463 aa  52.4  0.00001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000261003 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1201  amine oxidase  25.45 
 
 		 434 aa  51.2  0.00003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.269087  normal  0.505468 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2794  hypothetical protein  25.31 
 
 		 429 aa  51.2  0.00003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1415  carotene 7,8-desaturase  35.62 
 
 		 453 aa  51.2  0.00004  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.979127 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3170  hypothetical protein  36.05 
 
 		 439 aa  50.4  0.00005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_26651  phytoene desaturase  23.44 
 
 		 472 aa  50.8  0.00005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4135  carotene 7,8-desaturase  33.66 
 
 		 451 aa  50.1  0.00007  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.190171  normal  0.792405 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2395  zeta-carotene desaturase / three-step phytoene desaturase  25.52 
 
 		 472 aa  50.1  0.00007  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0830  zeta-carotene desaturase  28.16 
 
 		 453 aa  50.1  0.00007  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.762196  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4330  amine oxidase  20.68 
 
 		 500 aa  50.1  0.00008  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1120  squalene-associated FAD-dependent desaturase  25.23 
 
 		 422 aa  50.1  0.00008  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.454747  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1590  zeta-carotene desaturase  34.25 
 
 		 455 aa  49.3  0.0001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5620  phytoene desaturase  50 
 
 		 497 aa  49.3  0.0001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.476172 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2093  phytoene desaturase  48.21 
 
 		 493 aa  49.3  0.0001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.456364  decreased coverage  0.00855511 
 
 
-
 
NC_011676  PHATRDRAFT_45735  phytoene dehydrogenase  36.92 
 
 		 624 aa  49.3  0.0001  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5634  amine oxidase, flavin-containing  43.33 
 
 		 407 aa  48.9  0.0002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0493824  normal  0.227831 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2356  zeta-carotene desaturase  32.08 
 
 		 488 aa  48.5  0.0002  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1769  Carotene 7,8-desaturase  34.25 
 
 		 453 aa  48.9  0.0002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3672  protoporphyrinogen oxidase  42.47 
 
 		 460 aa  48.9  0.0002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0830935  n/a   
 
 
-
 
NC_009369  OSTLU_47627  Amine oxidase  38.46 
 
 		 552 aa  48.9  0.0002  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  0.0599395 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_01591  phytoene desaturase  22.95 
 
 		 472 aa  48.5  0.0002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3185  hypothetical protein  48.08 
 
 		 245 aa  48.1  0.0003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.29229  hitchhiker  0.00171019 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_01721  phytoene desaturase  21.67 
 
 		 473 aa  47.4  0.0004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.69255  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_20111  phytoene dehydrogenase and related proteins  23.34 
 
 		 505 aa  47.8  0.0004  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.428487  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0088  hypothetical protein  26.13 
 
 		 448 aa  47.4  0.0004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.220394  normal  0.164147 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1510  three-step phytoene desaturase / zeta-carotene desaturase  23.43 
 
 		 464 aa  47.4  0.0005  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1524  Carotene 7,8-desaturase  35.21 
 
 		 453 aa  47.4  0.0005  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.0000000615844  normal  0.187981 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4011  zeta-carotene desaturase / three-step phytoene desaturase  23.48 
 
 		 459 aa  47.4  0.0005  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00915  CrtI1  42.86 
 
 		 488 aa  47.4  0.0005  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.185647  n/a   
 
 
-
 
NC_009364  OSTLU_38345  predicted protein  36.76 
 
 		 599 aa  47.4  0.0005  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.526893  normal  0.29017 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1137  UDP-galactopyranose mutase  23.74 
 
 		 505 aa  47  0.0006  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1548  amine oxidase  28.15 
 
 		 434 aa  47  0.0006  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1381  UDP-galactopyranose mutase  35.63 
 
 		 463 aa  47  0.0006  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.399176  normal  0.525187 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_02161  phytoene desaturase  23.43 
 
 		 462 aa  46.6  0.0008  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1880  amine oxidase  32.47 
 
 		 490 aa  46.6  0.0008  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.277928  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2694  protoporphyrinogen oxidase  40 
 
 		 467 aa  46.6  0.0008  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.083794  normal  1 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_01611  phytoene desaturase  22.54 
 
 		 466 aa  46.6  0.0009  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_01631  phytoene desaturase  22.95 
 
 		 466 aa  46.6  0.0009  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2053  amine oxidase, flavin-containing  31.17 
 
 		 487 aa  46.6  0.0009  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1830  amine oxidase, flavin-containing  31.17 
 
 		 482 aa  46.2  0.001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3017  hypothetical protein  46.3 
 
 		 484 aa  46.6  0.001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.191221  normal  0.019056 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2018  amine oxidase, flavin-containing  31.17 
 
 		 482 aa  46.6  0.001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>