169 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_1548 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_1548  amine oxidase  100 
 
 		 434 aa  855    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2016  amine oxidase  59.07 
 
 		 426 aa  450  1e-125  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2965  amine oxidase  59.63 
 
 		 423 aa  444  1e-123  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0856614  hitchhiker  0.00607749 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2504  squalene-associated FAD-dependent desaturase  57.34 
 
 		 414 aa  429  1e-119  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.717786  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2571  squalene-associated FAD-dependent desaturase  53.76 
 
 		 462 aa  400  9.999999999999999e-111  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0585158 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0071  amine oxidase  57.72 
 
 		 452 aa  395  1e-109  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0365942  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1455  amine oxidase  54.77 
 
 		 439 aa  392  1e-108  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1201  amine oxidase  57.64 
 
 		 434 aa  384  1e-105  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.269087  normal  0.505468 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1120  squalene-associated FAD-dependent desaturase  57.14 
 
 		 422 aa  382  1e-105  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.454747  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1286  putative squalene/phytoene dehydrogenase  47.98 
 
 		 448 aa  320  3e-86  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.109355 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2550  squalene-associated FAD-dependent desaturase  45.98 
 
 		 432 aa  293  5e-78  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.005489 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2159  squalene-associated FAD-dependent desaturase  42.92 
 
 		 441 aa  254  2.0000000000000002e-66  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1470  amine oxidase  38.88 
 
 		 440 aa  228  1e-58  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.292882 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1698  putative squalene/phytoene dehydrogenase  38.41 
 
 		 424 aa  196  8.000000000000001e-49  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.837953  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2707  amine oxidase  36.26 
 
 		 410 aa  181  2e-44  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0288942  hitchhiker  0.00000819833 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1523  amine oxidase  34.21 
 
 		 438 aa  168  1e-40  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.834861  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1513  squalene-associated FAD-dependent desaturase  31.37 
 
 		 444 aa  124  3e-27  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.156187  hitchhiker  0.00817062 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1826  squalene-associated FAD-dependent desaturase  29.65 
 
 		 437 aa  111  2.0000000000000002e-23  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0117  amine oxidase  28.73 
 
 		 410 aa  99.4  1e-19  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0307  amine oxidase  29.16 
 
 		 448 aa  96.7  7e-19  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1695  amine oxidase  28.51 
 
 		 486 aa  87.8  3e-16  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.916682  hitchhiker  0.0000276291 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5425  squalene-associated FAD-dependent desaturase  26.46 
 
 		 433 aa  87.4  4e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.98696  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23100  squalene-associated FAD-dependent desaturase  26.81 
 
 		 439 aa  86.3  0.000000000000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.620646  normal  0.191871 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3155  squalene-associated FAD-dependent desaturase  27.38 
 
 		 415 aa  83.6  0.000000000000007  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6348  squalene-associated FAD-dependent desaturase  25.97 
 
 		 424 aa  79.7  0.00000000000009  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0839028  normal  0.102238 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1747  carotene 7,8-desaturase  25.11 
 
 		 481 aa  76.6  0.0000000000007  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.969616 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6666  squalene-associated FAD-dependent desaturase  28.05 
 
 		 440 aa  72.4  0.00000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.393983  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1415  carotene 7,8-desaturase  25.33 
 
 		 453 aa  70.9  0.00000000005  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.979127 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5179  amine oxidase  26.61 
 
 		 417 aa  68.6  0.0000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5680  amine oxidase  26.61 
 
 		 417 aa  68.6  0.0000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.799558  hitchhiker  0.00195148 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1834  squalene-associated FAD-dependent desaturase  26.42 
 
 		 433 aa  68.6  0.0000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3041  Carotene 7,8-desaturase  27.34 
 
 		 463 aa  68.2  0.0000000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000261003 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4516  amine oxidase  25 
 
 		 432 aa  68.2  0.0000000003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2219  squalene-associated FAD-dependent desaturase  26.54 
 
 		 433 aa  68.2  0.0000000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.698048  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1943  squalene-associated FAD-dependent desaturase  26.54 
 
 		 433 aa  67.8  0.0000000004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.273475  normal  0.570646 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4555  squalene-associated FAD-dependent desaturase  26.61 
 
 		 417 aa  66.2  0.0000000009  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.160695 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1725  amine oxidase  26.79 
 
 		 418 aa  65.9  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.299467  normal  0.079846 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4945  amine oxidase  25.48 
 
 		 452 aa  65.9  0.000000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5033  amine oxidase  25.48 
 
 		 452 aa  65.9  0.000000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5326  amine oxidase  25.48 
 
 		 452 aa  65.9  0.000000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.778847  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0916  Carotene 7,8-desaturase  31.3 
 
 		 453 aa  64.7  0.000000003  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0308  phytoene desaturase  23.63 
 
 		 475 aa  64.7  0.000000003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.105357  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3204  squalene-associated FAD-dependent desaturase  23.64 
 
 		 477 aa  63.5  0.000000007  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.55236  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1769  Carotene 7,8-desaturase  30.53 
 
 		 453 aa  63.5  0.000000007  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1590  zeta-carotene desaturase  32.58 
 
 		 455 aa  63.2  0.000000008  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4135  carotene 7,8-desaturase  26.34 
 
 		 451 aa  62.8  0.00000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.190171  normal  0.792405 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0018  amine oxidase  26.54 
 
 		 417 aa  62  0.00000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4952  amine oxidase  26.75 
 
 		 417 aa  61.6  0.00000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.15769  normal  0.0932773 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_01721  phytoene desaturase  23.62 
 
 		 473 aa  62.4  0.00000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.69255  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5505  squalene-associated FAD-dependent desaturase  26.83 
 
 		 417 aa  61.6  0.00000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.342763  normal  0.0220988 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1719  amine oxidase  28.15 
 
 		 418 aa  61.2  0.00000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.188576  normal  0.0628779 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0949  Carotene 7,8-desaturase  32.06 
 
 		 453 aa  61.6  0.00000003  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0200  zeta-carotene desaturase  32.03 
 
 		 479 aa  60.8  0.00000005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0308  phytoene desaturase  26.51 
 
 		 475 aa  60.5  0.00000006  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0830  zeta-carotene desaturase  30.53 
 
 		 453 aa  60.1  0.00000007  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.762196  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5715  amine oxidase  26.19 
 
 		 562 aa  60.1  0.00000007  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0865614  normal  1 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5461  squalene-associated FAD-dependent desaturase  24.15 
 
 		 419 aa  60.1  0.00000007  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3574  amine oxidase  25.55 
 
 		 418 aa  59.7  0.00000009  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.119107  normal  1 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_01611  phytoene desaturase  22.83 
 
 		 466 aa  59.7  0.00000009  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_01891  zeta-carotene desaturase  35.25 
 
 		 486 aa  59.3  0.0000001  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.905208  normal  0.646889 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7028  squalene-associated FAD-dependent desaturase  27.78 
 
 		 422 aa  59.3  0.0000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000526905 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1484  zeta-carotene desaturase  37.04 
 
 		 486 aa  58.5  0.0000002  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.22429  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1510  three-step phytoene desaturase / zeta-carotene desaturase  26.32 
 
 		 464 aa  58.5  0.0000002  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3242  squalene-associated FAD-dependent desaturase  25.93 
 
 		 419 aa  58.5  0.0000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.179321 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3954  zeta-carotene desaturase  30.47 
 
 		 483 aa  58.9  0.0000002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.134571  normal  0.596487 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_02161  phytoene desaturase  26.32 
 
 		 462 aa  58.5  0.0000002  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2875  phytoene desaturase  25.2 
 
 		 479 aa  58.9  0.0000002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.202948  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1524  Carotene 7,8-desaturase  31.3 
 
 		 453 aa  58.9  0.0000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.0000000615844  normal  0.187981 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4795  zeta-carotene desaturase / three-step phytoene desaturase  33.61 
 
 		 479 aa  58.2  0.0000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000234203  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2968  putative phytoene dehydrogenase  26.25 
 
 		 416 aa  58.2  0.0000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.211765  normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_01311  zeta-carotene desaturase  35.51 
 
 		 478 aa  58.2  0.0000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.0941429  normal  0.461178 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1188  phytoene desaturase  23.35 
 
 		 461 aa  57.8  0.0000004  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.045363  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4788  carotene 7,8-desaturase  30.47 
 
 		 479 aa  57.4  0.0000004  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_01291  zeta-carotene desaturase  36.08 
 
 		 484 aa  57.4  0.0000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7145  squalene-associated FAD-dependent desaturase  26.29 
 
 		 438 aa  57.4  0.0000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0146  three-step phytoene desaturase / zeta-carotene desaturase  24.5 
 
 		 465 aa  56.6  0.0000007  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_01331  zeta-carotene desaturase  36.08 
 
 		 484 aa  57  0.0000007  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0679  carotene 7,8-desaturase  29.69 
 
 		 489 aa  56.6  0.0000008  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4011  zeta-carotene desaturase / three-step phytoene desaturase  21.51 
 
 		 459 aa  56.6  0.0000009  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_01321  zeta-carotene desaturase  35.05 
 
 		 484 aa  56.6  0.0000009  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_01631  phytoene desaturase  24.5 
 
 		 466 aa  56.6  0.0000009  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2686  carotene 7,8-desaturase  30 
 
 		 490 aa  56.6  0.0000009  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3430  carotene 7,8-desaturase  30 
 
 		 490 aa  56.6  0.0000009  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1983  zeta-carotene desaturase / three-step phytoene desaturase  29.85 
 
 		 474 aa  56.2  0.000001  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.490957  normal  0.280593 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_01591  phytoene desaturase  26.32 
 
 		 472 aa  56.2  0.000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0298  carotene 7,8-desaturase  26.67 
 
 		 472 aa  55.5  0.000002  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0335  carotene 7,8-desaturase  35.87 
 
 		 488 aa  55.1  0.000002  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0063  amine oxidase  29.34 
 
 		 432 aa  55.1  0.000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3176  carotene 7,8-desaturase  29.69 
 
 		 482 aa  55.5  0.000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_26651  phytoene desaturase  33.05 
 
 		 472 aa  55.1  0.000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0118  zeta-carotene desaturase  34.02 
 
 		 499 aa  54.3  0.000004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0821  amine oxidase  26.14 
 
 		 569 aa  54.3  0.000004  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.147648  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4188  phytoene desaturase  33.88 
 
 		 477 aa  53.9  0.000006  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.422832  normal  0.265876 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1157  phytoene desaturase  25.7 
 
 		 471 aa  53.5  0.000007  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2356  zeta-carotene desaturase  35.87 
 
 		 488 aa  53.5  0.000007  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2395  zeta-carotene desaturase / three-step phytoene desaturase  31.36 
 
 		 472 aa  53.1  0.00001  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1150  amine oxidase  31.68 
 
 		 491 aa  50.8  0.00004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2440  squalene-associated FAD-dependent desaturase  34.45 
 
 		 447 aa  50.8  0.00004  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011669  PHATRDRAFT_53974  zeta-carotene desaturase  26.36 
 
 		 591 aa  50.8  0.00005  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.246168  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2583  squalene synthase  46.77 
 
 		 502 aa  50.8  0.00005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.063443  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>