188 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_1698 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007404  Tbd_1698  putative squalene/phytoene dehydrogenase  100 
 
 		 424 aa  838    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.837953  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1470  amine oxidase  41.55 
 
 		 440 aa  272  1e-71  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.292882 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2159  squalene-associated FAD-dependent desaturase  42.53 
 
 		 441 aa  259  5.0000000000000005e-68  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2707  amine oxidase  43.91 
 
 		 410 aa  243  3e-63  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0288942  hitchhiker  0.00000819833 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1523  amine oxidase  39.49 
 
 		 438 aa  235  1.0000000000000001e-60  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.834861  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2965  amine oxidase  40.63 
 
 		 423 aa  215  1.9999999999999998e-54  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0856614  hitchhiker  0.00607749 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2504  squalene-associated FAD-dependent desaturase  38.69 
 
 		 414 aa  208  1e-52  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.717786  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2571  squalene-associated FAD-dependent desaturase  40.83 
 
 		 462 aa  207  3e-52  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0585158 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2016  amine oxidase  38.89 
 
 		 426 aa  202  6e-51  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2550  squalene-associated FAD-dependent desaturase  38.88 
 
 		 432 aa  189  8e-47  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.005489 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1548  amine oxidase  37.26 
 
 		 434 aa  181  2e-44  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0071  amine oxidase  39.68 
 
 		 452 aa  177  4e-43  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0365942  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1286  putative squalene/phytoene dehydrogenase  37.29 
 
 		 448 aa  176  8e-43  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.109355 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1513  squalene-associated FAD-dependent desaturase  36.22 
 
 		 444 aa  165  2.0000000000000002e-39  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.156187  hitchhiker  0.00817062 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1455  amine oxidase  36.21 
 
 		 439 aa  163  4.0000000000000004e-39  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1120  squalene-associated FAD-dependent desaturase  40.28 
 
 		 422 aa  163  6e-39  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.454747  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1201  amine oxidase  39.76 
 
 		 434 aa  161  2e-38  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.269087  normal  0.505468 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6666  squalene-associated FAD-dependent desaturase  31.09 
 
 		 440 aa  118  1.9999999999999998e-25  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.393983  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0117  amine oxidase  31.48 
 
 		 410 aa  115  2.0000000000000002e-24  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0307  amine oxidase  29.71 
 
 		 448 aa  112  2.0000000000000002e-23  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1826  squalene-associated FAD-dependent desaturase  31.92 
 
 		 437 aa  107  3e-22  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2440  squalene-associated FAD-dependent desaturase  29.53 
 
 		 447 aa  102  9e-21  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23100  squalene-associated FAD-dependent desaturase  29.57 
 
 		 439 aa  102  2e-20  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.620646  normal  0.191871 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1747  carotene 7,8-desaturase  29.91 
 
 		 481 aa  99.4  1e-19  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.969616 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5425  squalene-associated FAD-dependent desaturase  29.36 
 
 		 433 aa  98.6  2e-19  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.98696  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4138  squalene-associated FAD-dependent desaturase  29.07 
 
 		 425 aa  94  5e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6348  squalene-associated FAD-dependent desaturase  29 
 
 		 424 aa  92.4  1e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0839028  normal  0.102238 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5461  squalene-associated FAD-dependent desaturase  26.17 
 
 		 419 aa  91.7  3e-17  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0821  amine oxidase  29.68 
 
 		 569 aa  88.6  2e-16  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.147648  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4516  amine oxidase  29.07 
 
 		 432 aa  85.9  0.000000000000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1695  amine oxidase  31.11 
 
 		 486 aa  85.1  0.000000000000002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.916682  hitchhiker  0.0000276291 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4945  amine oxidase  27.59 
 
 		 452 aa  82  0.00000000000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5033  amine oxidase  27.59 
 
 		 452 aa  82  0.00000000000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5326  amine oxidase  27.59 
 
 		 452 aa  82  0.00000000000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.778847  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5715  amine oxidase  29.43 
 
 		 562 aa  81.3  0.00000000000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0865614  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7145  squalene-associated FAD-dependent desaturase  28.38 
 
 		 438 aa  80.1  0.00000000000007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5179  amine oxidase  26.87 
 
 		 417 aa  78.2  0.0000000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5680  amine oxidase  26.87 
 
 		 417 aa  78.2  0.0000000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.799558  hitchhiker  0.00195148 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2968  putative phytoene dehydrogenase  25.39 
 
 		 416 aa  77.4  0.0000000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.211765  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3574  amine oxidase  26.48 
 
 		 418 aa  77  0.0000000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.119107  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4193  squalene-associated FAD-dependent desaturase  27.6 
 
 		 447 aa  76.6  0.0000000000007  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0063  amine oxidase  29.16 
 
 		 432 aa  76.3  0.000000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4952  amine oxidase  27.84 
 
 		 417 aa  76.3  0.000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.15769  normal  0.0932773 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1834  squalene-associated FAD-dependent desaturase  26.5 
 
 		 433 aa  76.3  0.000000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7028  squalene-associated FAD-dependent desaturase  28.34 
 
 		 422 aa  75.9  0.000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000526905 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0916  Carotene 7,8-desaturase  23.03 
 
 		 453 aa  75.9  0.000000000001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0018  amine oxidase  27.08 
 
 		 417 aa  75.1  0.000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0884  Carotene 7,8-desaturase  23.73 
 
 		 460 aa  75.5  0.000000000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00000776733  normal  0.0521549 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5505  squalene-associated FAD-dependent desaturase  26.38 
 
 		 417 aa  75.1  0.000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.342763  normal  0.0220988 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2270  amine oxidase  25.62 
 
 		 417 aa  73.9  0.000000000004  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.160101 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2356  zeta-carotene desaturase  25.1 
 
 		 488 aa  73.9  0.000000000005  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2219  squalene-associated FAD-dependent desaturase  28.29 
 
 		 433 aa  73.9  0.000000000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.698048  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4555  squalene-associated FAD-dependent desaturase  25.96 
 
 		 417 aa  73.9  0.000000000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.160695 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1943  squalene-associated FAD-dependent desaturase  28.29 
 
 		 433 aa  73.6  0.000000000006  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.273475  normal  0.570646 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0335  carotene 7,8-desaturase  24.49 
 
 		 488 aa  72.8  0.00000000001  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2683  amine oxidase  24.94 
 
 		 415 aa  72.8  0.00000000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.446485  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1415  carotene 7,8-desaturase  25 
 
 		 453 aa  71.6  0.00000000003  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.979127 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0011  hypothetical protein  30.22 
 
 		 422 aa  71.6  0.00000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3204  squalene-associated FAD-dependent desaturase  24.36 
 
 		 477 aa  71.2  0.00000000003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.55236  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1719  amine oxidase  25.68 
 
 		 418 aa  70.9  0.00000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.188576  normal  0.0628779 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1725  amine oxidase  25.51 
 
 		 418 aa  70.5  0.00000000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.299467  normal  0.079846 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1510  three-step phytoene desaturase / zeta-carotene desaturase  23.97 
 
 		 464 aa  68.9  0.0000000001  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0298  carotene 7,8-desaturase  24.84 
 
 		 472 aa  67.8  0.0000000003  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_01291  zeta-carotene desaturase  22.67 
 
 		 484 aa  68.2  0.0000000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_02161  phytoene desaturase  23.67 
 
 		 462 aa  68.2  0.0000000003  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_01721  phytoene desaturase  23.68 
 
 		 473 aa  67.4  0.0000000004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.69255  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0146  three-step phytoene desaturase / zeta-carotene desaturase  22.34 
 
 		 465 aa  67  0.0000000006  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0949  Carotene 7,8-desaturase  24.01 
 
 		 453 aa  67  0.0000000006  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_01611  phytoene desaturase  23.14 
 
 		 466 aa  67  0.0000000006  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_01331  zeta-carotene desaturase  21.63 
 
 		 484 aa  65.9  0.000000001  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_01631  phytoene desaturase  23.14 
 
 		 466 aa  66.2  0.000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3174  squalene-associated FAD-dependent desaturase  26.18 
 
 		 417 aa  65.9  0.000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.724661  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1484  zeta-carotene desaturase  22.15 
 
 		 486 aa  65.1  0.000000002  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.22429  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_01321  zeta-carotene desaturase  21.84 
 
 		 484 aa  65.5  0.000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011676  PHATRDRAFT_45735  phytoene dehydrogenase  27.95 
 
 		 624 aa  65.1  0.000000002  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3242  squalene-associated FAD-dependent desaturase  27.71 
 
 		 419 aa  63.9  0.000000005  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.179321 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1524  Carotene 7,8-desaturase  22.39 
 
 		 453 aa  63.5  0.000000006  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.0000000615844  normal  0.187981 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0830  zeta-carotene desaturase  22.94 
 
 		 453 aa  63.2  0.000000009  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.762196  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0308  phytoene desaturase  23.74 
 
 		 475 aa  62.8  0.00000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1157  phytoene desaturase  22.68 
 
 		 471 aa  62.4  0.00000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0368  amine oxidase  27.4 
 
 		 503 aa  62.8  0.00000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1590  zeta-carotene desaturase  24.09 
 
 		 455 aa  62.8  0.00000001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2149  hypothetical protein  21.03 
 
 		 429 aa  62.4  0.00000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.226037  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2395  zeta-carotene desaturase / three-step phytoene desaturase  27.01 
 
 		 472 aa  61.6  0.00000002  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1181  Carotene 7,8-desaturase  21.67 
 
 		 459 aa  61.6  0.00000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  decreased coverage  0.0000113252  normal  0.0145788 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_26651  phytoene desaturase  25.32 
 
 		 472 aa  61.6  0.00000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1983  zeta-carotene desaturase / three-step phytoene desaturase  30.61 
 
 		 474 aa  61.6  0.00000003  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.490957  normal  0.280593 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3155  squalene-associated FAD-dependent desaturase  26.56 
 
 		 415 aa  61.2  0.00000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009369  OSTLU_47627  Amine oxidase  35.66 
 
 		 552 aa  61.2  0.00000003  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  0.0599395 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_01311  zeta-carotene desaturase  22.22 
 
 		 478 aa  61.2  0.00000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.0941429  normal  0.461178 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_01591  phytoene desaturase  36.22 
 
 		 472 aa  61.6  0.00000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1769  Carotene 7,8-desaturase  22.3 
 
 		 453 aa  60.8  0.00000005  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2875  phytoene desaturase  21.94 
 
 		 479 aa  60.5  0.00000006  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.202948  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4795  zeta-carotene desaturase / three-step phytoene desaturase  21.41 
 
 		 479 aa  59.3  0.0000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000234203  normal  1 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_01891  zeta-carotene desaturase  22.96 
 
 		 486 aa  59.3  0.0000001  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.905208  normal  0.646889 
 
 
-
 
NC_009364  OSTLU_38345  predicted protein  26.18 
 
 		 599 aa  59.7  0.0000001  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.526893  normal  0.29017 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0517  amine oxidase  24.53 
 
 		 647 aa  58.9  0.0000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1188  phytoene desaturase  22.92 
 
 		 461 aa  58.5  0.0000002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.045363  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0534  amine oxidase  24.53 
 
 		 647 aa  58.5  0.0000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.666818  normal  0.352078 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0308  phytoene desaturase  27.09 
 
 		 475 aa  57.8  0.0000003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.105357  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>