More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_3966 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_3966  response regulator receiver domain-containing protein  100 
 
 		 278 aa  565  1e-160  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.537715 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1745  response regulator receiver protein  69.78 
 
 		 278 aa  405  1.0000000000000001e-112  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2495  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  31.6 
 
 		 1362 aa  92.4  7e-18  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1722  histidine kinase  32.44 
 
 		 1361 aa  92.4  7e-18  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.169999 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2420  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  26.47 
 
 		 933 aa  84.3  0.000000000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.42243  hitchhiker  0.0000359369 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2563  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  31.58 
 
 		 935 aa  80.5  0.00000000000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.851477 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2952  sensory box histidine kinase/response regulator  24.35 
 
 		 1763 aa  79.3  0.00000000000006  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.684028  normal  0.230032 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4217  PAS sensor protein  28.36 
 
 		 792 aa  79.3  0.00000000000007  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.423052  normal  0.639944 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4587  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  28.36 
 
 		 803 aa  79.3  0.00000000000007  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0699795  normal  0.0670662 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2174  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  24.81 
 
 		 474 aa  79  0.00000000000009  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2159  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  30.42 
 
 		 796 aa  78.2  0.0000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.758044 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3200  multi-sensor hybrid histidine kinase  23.9 
 
 		 1768 aa  77  0.0000000000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4734  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  29.18 
 
 		 798 aa  77  0.0000000000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00660973 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4308  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  25.75 
 
 		 552 aa  75.1  0.000000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0628  multi-sensor hybrid histidine kinase  24.18 
 
 		 1765 aa  74.7  0.000000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0213  multi-sensor hybrid histidine kinase  28.4 
 
 		 974 aa  73.9  0.000000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0934932  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1526  multi-sensor hybrid histidine kinase  27.27 
 
 		 975 aa  73.9  0.000000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6353  GAF sensor hybrid histidine kinase  27.56 
 
 		 1839 aa  73.2  0.000000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4464  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  30.23 
 
 		 945 aa  72.8  0.000000000006  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2672  multi-sensor hybrid histidine kinase  28.68 
 
 		 991 aa  72.4  0.000000000008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.646953  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2208  multi-sensor hybrid histidine kinase  27.76 
 
 		 823 aa  72  0.000000000009  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.73393 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0715  multi-sensor hybrid histidine kinase  24.63 
 
 		 1767 aa  71.6  0.00000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1816  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  26.02 
 
 		 977 aa  70.9  0.00000000002  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.218789  normal  0.39116 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3307  multi-sensor hybrid histidine kinase  24.53 
 
 		 1767 aa  70.9  0.00000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1866  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40 
 
 		 326 aa  70.9  0.00000000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4135  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  27.04 
 
 		 922 aa  69.7  0.00000000004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  decreased coverage  0.000000370631  normal  0.0140414 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0859  sensory box histidine kinase/response regulator  24.45 
 
 		 1765 aa  69.7  0.00000000005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2798  response regulator receiver  26.32 
 
 		 306 aa  69.7  0.00000000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.151747  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0135  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  27.87 
 
 		 858 aa  69.7  0.00000000005  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.711395  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0059  transcriptional regulatory protein KdpE  37.5 
 
 		 229 aa  69.3  0.00000000007  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1052  sensory transduction histidine kinase  25.28 
 
 		 1046 aa  68.9  0.00000000008  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2223  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  44.57 
 
 		 725 aa  68.9  0.00000000008  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.847933  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1873  response regulator receiver  39.13 
 
 		 326 aa  68.9  0.00000000009  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.402703 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3142  multi-sensor hybrid histidine kinase  24.91 
 
 		 1771 aa  68.2  0.0000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0238  multi-component transcriptional regulator  25.65 
 
 		 1629 aa  67.4  0.0000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2933  response regulator receiver and ANTAR domain protein  36.79 
 
 		 194 aa  67.8  0.0000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0803562  normal  0.225953 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3419  multi-sensor hybrid histidine kinase  23.25 
 
 		 1767 aa  67.4  0.0000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3558  multi-sensor hybrid histidine kinase  27.38 
 
 		 984 aa  67  0.0000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.299477 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5028  response regulator receiver and ANTAR domain protein  40 
 
 		 198 aa  66.6  0.0000000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.181706  normal  0.0113639 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0051  two component transcriptional regulator  37.07 
 
 		 229 aa  67  0.0000000004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0030378 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0053  two component transcriptional regulator  36.21 
 
 		 229 aa  66.2  0.0000000005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000176822 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0059  two component transcriptional regulator  37.07 
 
 		 229 aa  66.2  0.0000000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000152099 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4952  response regulator receiver protein  42.53 
 
 		 317 aa  65.9  0.0000000006  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5515  response regulator receiver protein  35.54 
 
 		 134 aa  65.9  0.0000000008  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0223  PAS  24.64 
 
 		 1214 aa  65.5  0.0000000009  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0051  two component transcriptional regulator  35.83 
 
 		 229 aa  65.5  0.0000000009  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2427  two component LuxR family transcriptional regulator  39.36 
 
 		 245 aa  65.1  0.000000001  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.27075  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0459  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  27.47 
 
 		 1230 aa  65.1  0.000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.328016  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4322  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  25.27 
 
 		 1245 aa  64.7  0.000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0332  response regulator receiver protein  36.28 
 
 		 806 aa  64.7  0.000000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.112355  normal  0.937153 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0627  histidine kinase  24.47 
 
 		 1200 aa  65.5  0.000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4316  sensor histidine kinase  27.23 
 
 		 1695 aa  64.3  0.000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.946527 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5202  GAF sensor hybrid histidine kinase  31.72 
 
 		 1478 aa  64.7  0.000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.0874625 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_18291  two-component response regulator  45.59 
 
 		 248 aa  63.9  0.000000002  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.276613  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2299  response regulator receiver protein  38.82 
 
 		 275 aa  63.5  0.000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0218685  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1345  response regulator receiver protein  33.33 
 
 		 126 aa  63.9  0.000000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0577  sensory box histidine kinase/response regulator  26.6 
 
 		 1188 aa  63.2  0.000000004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0626  histidine kinase  27.12 
 
 		 1137 aa  63.2  0.000000004  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0204  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  23.65 
 
 		 687 aa  63.2  0.000000004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.478023 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0647  multi-sensor hybrid histidine kinase  27.12 
 
 		 1137 aa  63.2  0.000000004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_18111  two-component response regulator  44.12 
 
 		 248 aa  63.2  0.000000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3300  multi-sensor hybrid histidine kinase  27.21 
 
 		 1234 aa  63.2  0.000000005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.881781  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1712  two component transcriptional regulator  44.12 
 
 		 248 aa  63.2  0.000000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8872  response regulator receiver protein  28.84 
 
 		 234 aa  63.2  0.000000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.347509  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3603  response regulator receiver protein  29.91 
 
 		 131 aa  62.8  0.000000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.656399  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2671  two component transcriptional regulator, winged helix family  46.67 
 
 		 243 aa  63.2  0.000000005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1554  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.67 
 
 		 229 aa  62.8  0.000000006  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00709514 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0339  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.57 
 
 		 1390 aa  62.8  0.000000007  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.726297  normal  0.77171 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0350  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.57 
 
 		 1390 aa  62.4  0.000000007  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0937102  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3552  Cache sensor hybrid histidine kinase  31.08 
 
 		 970 aa  62.4  0.000000007  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0360  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.57 
 
 		 1390 aa  62.4  0.000000007  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.592677 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0843  response regulator receiver protein  38.61 
 
 		 251 aa  62  0.000000009  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00000594696  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1097  response regulator receiver protein  36.17 
 
 		 131 aa  62  0.000000009  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00801176  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0240  Hpt sensor hybrid histidine kinase  24.83 
 
 		 1005 aa  62  0.00000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2107  two component LuxR family transcriptional regulator  36.26 
 
 		 245 aa  62  0.00000001  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1011  two component transcriptional regulator, winged helix family  36.21 
 
 		 231 aa  62  0.00000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1449  two component transcriptional regulator  32.04 
 
 		 246 aa  61.6  0.00000001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.566781  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3876  multi-sensor hybrid histidine kinase  24.62 
 
 		 1022 aa  61.6  0.00000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4410  response regulator receiver protein  30.95 
 
 		 131 aa  62  0.00000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.686937 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0747  signal transduction histidine kinase-like protein  23.88 
 
 		 1287 aa  62  0.00000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0134  response regulator receiver protein  31.45 
 
 		 123 aa  62  0.00000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.81317  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3731  multi-sensor hybrid histidine kinase  26.39 
 
 		 1238 aa  61.2  0.00000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0472  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  30.77 
 
 		 517 aa  60.8  0.00000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00723652 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3788  multi-sensor hybrid histidine kinase  26.39 
 
 		 1238 aa  61.2  0.00000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1504  two component transcriptional regulator  33.04 
 
 		 231 aa  61.2  0.00000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.263867  normal  0.57819 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5171  GAF sensor hybrid histidine kinase  25.98 
 
 		 1857 aa  60.8  0.00000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.472035  normal  0.0675906 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2721  response regulator receiver protein  38.14 
 
 		 201 aa  60.8  0.00000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000310079 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2143  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  21.13 
 
 		 755 aa  61.2  0.00000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3699  histidine kinase  26.16 
 
 		 998 aa  60.8  0.00000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3493  GAF sensor hybrid histidine kinase  25.66 
 
 		 1782 aa  61.6  0.00000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0298684  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2522  response regulator receiver  42.42 
 
 		 229 aa  61.6  0.00000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.661278  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00475  two-component system sensor histidine kinase-response regulator hybridprotein  26.35 
 
 		 1364 aa  61.2  0.00000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.679058  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1508  multi-sensor hybrid histidine kinase  27.9 
 
 		 1303 aa  61.2  0.00000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4657  two component transcriptional regulator, winged helix family  28.83 
 
 		 240 aa  60.8  0.00000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_18081  two-component response regulator  44.12 
 
 		 248 aa  61.2  0.00000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1518  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.03 
 
 		 767 aa  60.5  0.00000003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0706082  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3104  two component transcriptional regulator  30.66 
 
 		 233 aa  60.5  0.00000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.317177  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1627  histidine kinase  34.65 
 
 		 538 aa  60.8  0.00000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1117  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  45.16 
 
 		 770 aa  60.5  0.00000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0790  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  30.15 
 
 		 466 aa  60.5  0.00000003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>