More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_3560 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



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Organism name
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Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002939  GSU0830  CzcA family heavy metal efflux protein  36.04 
 
 		 1034 aa  640    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4058  heavy metal efflux pump, CzcA family  40.69 
 
 		 1037 aa  777    Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3177  heavy metal efflux pump, CzcA family  38.48 
 
 		 1462 aa  669    Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.452268  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0978  CzcA family heavy metal efflux protein  42.51 
 
 		 1021 aa  753    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4295  CzcA family heavy metal efflux protein  39.25 
 
 		 1034 aa  751    Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3469  putative cation efflux system protein  48.16 
 
 		 1083 aa  1001    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.806114  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS02377  putative cation efflux system transmembrane protein  37.36 
 
 		 1038 aa  644    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.127084 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2717  RND divalent metal cation efflux transporter CzcA  36.6 
 
 		 1051 aa  637    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.300642  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1583  heavy metal efflux pump, CzcA family  36.79 
 
 		 1049 aa  689    Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.840242  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1813  heavy metal efflux pump, CzcA family  40.37 
 
 		 1040 aa  741    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.683643  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3687  CzcA family heavy metal efflux protein  60.15 
 
 		 1049 aa  1255    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.534955  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2689  heavy metal efflux pump, CzcA family  36.15 
 
 		 1459 aa  652    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.812811  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1178  heavy metal efflux pump CzcA  40.34 
 
 		 1033 aa  699    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.659175  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1875  heavy metal efflux pump CzcA  39.15 
 
 		 1029 aa  684    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.66936  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1588  heavy metal efflux pump, CzcA family  37.19 
 
 		 1439 aa  639    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.418417 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0917  heavy metal efflux pump, CzcA family  41.96 
 
 		 1043 aa  792    Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.164104 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3503  heavy metal efflux pump CzcA  39.65 
 
 		 1039 aa  720    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0796424  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2747  heavy metal efflux pump, CzcA family  40.56 
 
 		 1031 aa  775    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2683  heavy metal efflux pump, CzcA family  35.94 
 
 		 1458 aa  643    Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.858123  normal  0.311516 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1300  CzcA family heavy metal efflux protein  38.54 
 
 		 1025 aa  701    Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.187575  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2911  heavy metal efflux pump CzcA  71.36 
 
 		 1050 aa  1488    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.800261 
 
 
-
 
NC_010683  Rpic_4985  heavy metal efflux pump, CzcA family  49.47 
 
 		 1055 aa  1012    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00799341 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1612  acriflavin resistance protein  39.82 
 
 		 1010 aa  758    Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2928  heavy metal efflux pump, CzcA family  41.21 
 
 		 1032 aa  794    Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.190271  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4283  heavy metal efflux pump, CzcA family  41.16 
 
 		 1031 aa  718    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.820694  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2212  heavy metal efflux pump, CzcA family  35.95 
 
 		 1052 aa  640    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3452  putative cation/heavy metal efflux system protein  83.6 
 
 		 514 aa  861    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.137894 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1639  heavy metal efflux pump CzcA  41.66 
 
 		 1019 aa  746    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.550101  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1183  heavy metal efflux pump, CzcA family  67.82 
 
 		 1056 aa  1387    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.292353  normal  0.30181 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2989  putative cation/heavy metal efflux system protein  86.43 
 
 		 1040 aa  1807    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2169  heavy metal efflux pump, CzcA family  40.62 
 
 		 1025 aa  702    Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.245456  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3560  heavy metal efflux pump CzcA  100 
 
 		 1040 aa  2078    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.802571  normal  0.499923 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2529  heavy metal efflux pump, CzcA family  49.47 
 
 		 1055 aa  1013    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0729585 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4482  CzcA family heavy metal efflux protein  36.73 
 
 		 1036 aa  635    Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1404  heavy metal efflux pump, CzcA family  67.72 
 
 		 1056 aa  1382    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.100387  normal  0.0917264 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1672  heavy metal efflux pump, CzcA family  49.47 
 
 		 1054 aa  1008    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0038  CzcA family heavy metal efflux protein  40.6 
 
 		 1028 aa  707    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3726  heavy metal efflux pump, CzcA family  42.19 
 
 		 1040 aa  788    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0290592  normal  0.111264 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1306  heavy metal efflux pump CzcA  43.02 
 
 		 1029 aa  772    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.147325 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2551  heavy metal efflux pump CzcA  36.31 
 
 		 1040 aa  640    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1341  heavy metal efflux pump, CzcA family  42.1 
 
 		 1039 aa  831    Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2011  heavy metal efflux pump, CzcA family  91.33 
 
 		 1040 aa  1875    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.742526  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2944  heavy metal efflux pump, CzcA family  49.47 
 
 		 1054 aa  1008    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1242  CzcA family heavy metal efflux protein  67.72 
 
 		 1056 aa  1382    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.861006  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2731  CzcA family heavy metal efflux protein  39.77 
 
 		 1032 aa  779    Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.47689  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2549  heavy metal efflux pump, CzcA family  41.05 
 
 		 1046 aa  775    Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0595471  normal  0.0930113 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4393  heavy metal efflux pump, CzcA family  41.16 
 
 		 1031 aa  718    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.421403  normal  0.548372 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3298  heavy metal efflux pump CzcA  72.06 
 
 		 1050 aa  1527    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1546  putative cation efflux system protein  49 
 
 		 1079 aa  1033    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.161901  normal  0.236691 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4468  heavy metal cation tricomponent efflux pump HmuA  37.24 
 
 		 1043 aa  647    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.186725  normal  0.0193618 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5319  heavy metal cation tricomponent efflux efflux pump ZniA  50.24 
 
 		 1045 aa  1066    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.358374  normal  0.430552 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0449  heavy metal efflux pump CzcA  40.56 
 
 		 1027 aa  764    Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.438615 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1512  cation efflux protein  35.76 
 
 		 1455 aa  637    Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.631882  normal  0.42011 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2752  CzcA family heavy metal efflux protein  48.14 
 
 		 1063 aa  967    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.262647  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3449  putative cation/heavy metal efflux system protein  84.01 
 
 		 547 aa  888    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.622093  normal  0.200783 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0792  heavy metal efflux pump, CzcA family  39.44 
 
 		 1027 aa  757    Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.00116886  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0580  heavy metal efflux pump, CzcA family  38.98 
 
 		 1038 aa  758    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  decreased coverage  0.00250892  hitchhiker  0.00955632 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0831  cation eflux protein  40.68 
 
 		 1032 aa  759    Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  decreased coverage  0.00269228  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5329  heavy metal cation tricomponent efflux pump ZneA  37.57 
 
 		 1039 aa  635  1e-180  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.259593  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2728  heavy metal efflux pump, CzcA family  36.27 
 
 		 1450 aa  631  1e-179  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.632568  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1327  heavy metal efflux pump CzcA  36.5 
 
 		 1059 aa  632  1e-179  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.808518  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2274  heavy metal efflux pump, CzcA family  35.65 
 
 		 1034 aa  631  1e-179  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.256296 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3360  CzcA family heavy metal efflux protein  35.37 
 
 		 1032 aa  631  1e-179  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.159877  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2324  CzcA family heavy metal efflux protein  36.09 
 
 		 1032 aa  626  1e-178  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3968  heavy metal efflux pump CzcA  37.02 
 
 		 1075 aa  626  1e-178  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.108456  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3621  heavy metal efflux pump CzcA  36.31 
 
 		 1050 aa  627  1e-178  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.099788  normal  1 
 
 
-
 
NC_013731  Slin_6757  heavy metal efflux pump, CzcA family  37.9 
 
 		 1480 aa  626  1e-178  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.603059  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0536  heavy metal efflux pump, CzcA family  36.01 
 
 		 1034 aa  626  1e-178  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2297  CzcA family heavy metal efflux protein  36.19 
 
 		 1080 aa  623  1e-177  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.446981  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1767  CzcA family heavy metal efflux protein  37.38 
 
 		 1033 aa  622  1e-177  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2506  CzcA family heavy metal efflux protein  36.94 
 
 		 1054 aa  625  1e-177  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.213687  normal  0.043274 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1941  heavy metal efflux pump, CzcA family  35.46 
 
 		 1034 aa  621  1e-176  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp0493  cation efflux system transmembrane protein  36.46 
 
 		 1064 aa  620  1e-176  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0018  CzcA family heavy metal efflux protein  37.13 
 
 		 1034 aa  620  1e-176  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013731  Slin_6771  heavy metal efflux pump, CzcA family  38.15 
 
 		 1469 aa  621  1e-176  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0515  heavy metal efflux pump, CzcA family  36.22 
 
 		 1047 aa  619  1e-176  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.750928  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3509  heavy metal efflux pump CzcA  35.02 
 
 		 1034 aa  619  1e-176  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1716  CzcA family heavy metal efflux protein  35.83 
 
 		 1062 aa  620  1e-176  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.735829 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0707  RND heavy metal efflux pump, CzcA subunit  37.09 
 
 		 1083 aa  620  1e-176  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.768299  normal  0.553477 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1762  heavy metal efflux pump, CzcA family  36.7 
 
 		 1063 aa  617  1e-175  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.900927  normal  0.462536 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1440  heavy metal efflux pump CzcA  36.5 
 
 		 1077 aa  616  1e-175  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3555  heavy metal efflux pump, CzcA family  36.49 
 
 		 1062 aa  617  1e-175  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0031  heavy metal efflux pump CzcA  36.5 
 
 		 1077 aa  616  1e-175  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.399372  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1525  CzcA family heavy metal efflux protein  36.5 
 
 		 1077 aa  616  1e-175  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5715  heavy metal efflux pump, CzcA family  39.14 
 
 		 1045 aa  617  1e-175  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.308306  normal  1 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_5980  heavy metal resistance protein CzcA  36.7 
 
 		 1063 aa  616  1e-175  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000345716  normal  0.120659 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2135  CzcA family heavy metal efflux protein  35.56 
 
 		 1034 aa  614  9.999999999999999e-175  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2146  heavy metal efflux pump CzcA  35.72 
 
 		 1083 aa  615  9.999999999999999e-175  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.580962  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1889  heavy metal efflux pump CzcA  35.47 
 
 		 1079 aa  615  9.999999999999999e-175  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.921811  n/a   
 
 
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NC_008255  CHU_0161  copper transport protein  35.19 
 
 		 1456 aa  613  9.999999999999999e-175  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.68268 
 
 
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NC_008835  BMA10229_0401  heavy metal efflux pump CzcA  36.31 
 
 		 1077 aa  610  1e-173  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0626006  n/a   
 
 
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NC_009079  BMA10247_A1181  heavy metal efflux pump CzcA  36.31 
 
 		 1077 aa  610  1e-173  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.263304  n/a   
 
 
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NC_006368  lpp2371  HelA protein  35.94 
 
 		 1049 aa  612  1e-173  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
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NC_007484  Noc_1340  heavy metal efflux pump  35.34 
 
 		 1047 aa  610  1e-173  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.197837  n/a   
 
 
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NC_008825  Mpe_A2358  RND OM permease  36.96 
 
 		 1061 aa  612  1e-173  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.650016  normal  1 
 
 
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NC_007614  Nmul_A1113  heavy metal efflux pump CzcA  35.42 
 
 		 1040 aa  610  1e-173  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_007650  BTH_II1375  heavy metal efflux pump CzcA  36.76 
 
 		 1077 aa  611  1e-173  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_013162  Coch_0147  heavy metal efflux pump, CzcA family  35.29 
 
 		 1443 aa  610  1e-173  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_008784  BMASAVP1_0011  heavy metal efflux pump CzcA  36.31 
 
 		 1077 aa  610  1e-173  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.649062  n/a   
 
 
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NC_007520  Tcr_1428  heavy metal efflux pump CzcA  34.52 
 
 		 1065 aa  609  9.999999999999999e-173  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.905049  n/a   
 
 
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