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for query gene Rmet_5319 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



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Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002939  GSU0830  CzcA family heavy metal efflux protein  35.01 
 
 
1034 aa  652    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1404  heavy metal efflux pump, CzcA family  49.47 
 
 
1056 aa  1013    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.100387  normal  0.0917264 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1341  heavy metal efflux pump, CzcA family  40.08 
 
 
1039 aa  798    Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0043  CzcA family cobalt/zinc/cadmium efflux transporter permease  36.06 
 
 
1053 aa  652    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.815586  hitchhiker  0.00000942954 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00706  cation efflux system protein  36.36 
 
 
1030 aa  639    Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0736219  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2274  heavy metal efflux pump, CzcA family  35.24 
 
 
1034 aa  639    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.256296 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0978  CzcA family heavy metal efflux protein  41.13 
 
 
1021 aa  741    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1239  CzcA family heavy metal efflux protein  37.1 
 
 
1032 aa  640    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1298  CzcA family heavy metal efflux protein  36.24 
 
 
1033 aa  649    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2928  heavy metal efflux pump, CzcA family  41.11 
 
 
1032 aa  823    Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.190271  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2011  heavy metal efflux pump, CzcA family  50.82 
 
 
1040 aa  1048    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.742526  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0515  heavy metal efflux pump, CzcA family  36.96 
 
 
1047 aa  647    Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.750928  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02377  putative cation efflux system transmembrane protein  36.28 
 
 
1038 aa  645    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.127084 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2169  heavy metal efflux pump, CzcA family  40.18 
 
 
1025 aa  720    Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.245456  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1583  heavy metal efflux pump, CzcA family  36.89 
 
 
1049 aa  692    Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.840242  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4682  heavy metal efflux pump, CzcA family  37.43 
 
 
1049 aa  640    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.439534 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1242  CzcA family heavy metal efflux protein  49.47 
 
 
1056 aa  1013    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.861006  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4393  heavy metal efflux pump, CzcA family  41.69 
 
 
1031 aa  750    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.421403  normal  0.548372 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1716  CzcA family heavy metal efflux protein  36.91 
 
 
1062 aa  655    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.735829 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2506  CzcA family heavy metal efflux protein  37.17 
 
 
1054 aa  647    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.213687  normal  0.043274 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2371  HelA protein  36.25 
 
 
1049 aa  638    Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2529  heavy metal efflux pump, CzcA family  81.9 
 
 
1055 aa  1721    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.0729585 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7204  heavy metal efflux pump, CzcA family  34.66 
 
 
1051 aa  653    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.57085  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3605  heavy metal efflux pump, CzcA family  37.43 
 
 
1049 aa  640    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.584733  normal  0.967685 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1178  heavy metal efflux pump CzcA  39.77 
 
 
1033 aa  690    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.659175  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1875  heavy metal efflux pump CzcA  40.77 
 
 
1029 aa  751    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.66936  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2252  heavy metal efflux pump CzcA  37.31 
 
 
1032 aa  652    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4283  heavy metal efflux pump, CzcA family  41.69 
 
 
1031 aa  750    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.820694  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1525  CzcA family heavy metal efflux protein  36.02 
 
 
1077 aa  637    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1813  heavy metal efflux pump, CzcA family  39.34 
 
 
1040 aa  724    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.683643  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3503  heavy metal efflux pump CzcA  39.85 
 
 
1039 aa  753    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0796424  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3517  heavy metal efflux pump, CzcA family  37.54 
 
 
1042 aa  656    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.416534  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1327  heavy metal efflux pump CzcA  35.44 
 
 
1059 aa  647    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.808518  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4295  CzcA family heavy metal efflux protein  38.09 
 
 
1034 aa  741    Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010683  Rpic_4985  heavy metal efflux pump, CzcA family  81.9 
 
 
1055 aa  1723    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00799341 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2911  heavy metal efflux pump CzcA  51.59 
 
 
1050 aa  1065    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.800261 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0031  heavy metal efflux pump CzcA  36.02 
 
 
1077 aa  637    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.399372  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1340  heavy metal efflux pump  35.67 
 
 
1047 aa  661    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.197837  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1418  heavy metal efflux pump  35.86 
 
 
1062 aa  637    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.765902  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3621  heavy metal efflux pump CzcA  36.16 
 
 
1050 aa  654    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.099788  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2431  CzcA family heavy metal efflux protein  36.97 
 
 
1070 aa  657    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4058  heavy metal efflux pump, CzcA family  41.4 
 
 
1037 aa  798    Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3509  heavy metal efflux pump CzcA  36.18 
 
 
1034 aa  643    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1300  CzcA family heavy metal efflux protein  40 
 
 
1025 aa  739    Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.187575  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3726  heavy metal efflux pump, CzcA family  40.31 
 
 
1040 aa  774    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0290592  normal  0.111264 
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6172  CzcA family heavy metal efflux protein  36.78 
 
 
1070 aa  654    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.324532 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3555  heavy metal efflux pump, CzcA family  37.15 
 
 
1062 aa  638    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1113  heavy metal efflux pump CzcA  35.73 
 
 
1040 aa  651    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1639  heavy metal efflux pump CzcA  39.73 
 
 
1019 aa  742    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.550101  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1672  heavy metal efflux pump, CzcA family  82.38 
 
 
1054 aa  1746    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1375  heavy metal efflux pump CzcA  36.78 
 
 
1077 aa  645    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2989  putative cation/heavy metal efflux system protein  50.82 
 
 
1040 aa  1055    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3560  heavy metal efflux pump CzcA  50.24 
 
 
1040 aa  1046    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.802571  normal  0.499923 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0057  CzcA family heavy metal efflux protein  35.97 
 
 
1053 aa  649    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3843  CzcA family heavy metal efflux protein  36.68 
 
 
1070 aa  652    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.591686  normal  0.830088 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3679  CzcA family heavy metal efflux protein  36.68 
 
 
1070 aa  652    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0973587  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0536  heavy metal efflux pump, CzcA family  35.48 
 
 
1034 aa  650    Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0060  CzcA family heavy metal efflux protein  36.06 
 
 
1053 aa  652    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00890967 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2717  RND divalent metal cation efflux transporter CzcA  36.07 
 
 
1051 aa  642    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.300642  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0504  heavy metal efflux pump CzcA  36.23 
 
 
1031 aa  650    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1306  heavy metal efflux pump CzcA  43.54 
 
 
1029 aa  801    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.147325 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2551  heavy metal efflux pump CzcA  34.46 
 
 
1040 aa  639    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3687  CzcA family heavy metal efflux protein  52.01 
 
 
1049 aa  1052    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.534955  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1440  heavy metal efflux pump CzcA  36.02 
 
 
1077 aa  637    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0917  heavy metal efflux pump, CzcA family  42.11 
 
 
1043 aa  827    Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.164104 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1612  acriflavin resistance protein  40.02 
 
 
1010 aa  732    Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0792  heavy metal efflux pump, CzcA family  39.81 
 
 
1027 aa  764    Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.00116886  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2944  heavy metal efflux pump, CzcA family  82.38 
 
 
1054 aa  1746    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2212  heavy metal efflux pump, CzcA family  35.56 
 
 
1052 aa  655    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4482  CzcA family heavy metal efflux protein  36.12 
 
 
1036 aa  675    Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3469  putative cation efflux system protein  65.73 
 
 
1083 aa  1448    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.806114  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3360  CzcA family heavy metal efflux protein  34.44 
 
 
1032 aa  653    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.159877  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2549  heavy metal efflux pump, CzcA family  40.42 
 
 
1046 aa  767    Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0595471  normal  0.0930113 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2747  heavy metal efflux pump, CzcA family  39.96 
 
 
1031 aa  771    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0580  heavy metal efflux pump, CzcA family  39.37 
 
 
1038 aa  775    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  decreased coverage  0.00250892  hitchhiker  0.00955632 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3298  heavy metal efflux pump CzcA  50.81 
 
 
1050 aa  1078    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1183  heavy metal efflux pump, CzcA family  49.76 
 
 
1056 aa  1020    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.292353  normal  0.30181 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2752  CzcA family heavy metal efflux protein  64.98 
 
 
1063 aa  1375    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.262647  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4123  heavy metal cation tricomponent efflux pump HmyA  38 
 
 
1023 aa  639    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4468  heavy metal cation tricomponent efflux pump HmuA  36.99 
 
 
1043 aa  656    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.186725  normal  0.0193618 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0038  CzcA family heavy metal efflux protein  39.39 
 
 
1028 aa  742    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5319  heavy metal cation tricomponent efflux efflux pump ZniA  100 
 
 
1045 aa  2120    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.358374  normal  0.430552 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0449  heavy metal efflux pump CzcA  39.34 
 
 
1027 aa  742    Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.438615 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0018  CzcA family heavy metal efflux protein  38.21 
 
 
1034 aa  681    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1546  putative cation efflux system protein  71.4 
 
 
1079 aa  1549    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.161901  normal  0.236691 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4684  heavy metal efflux pump CzcA  36.68 
 
 
1070 aa  652    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0057  CzcA family heavy metal efflux protein  36.06 
 
 
1053 aa  652    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.899246  hitchhiker  0.00920883 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2731  CzcA family heavy metal efflux protein  40.67 
 
 
1032 aa  799    Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.47689  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0831  cation eflux protein  41.1 
 
 
1032 aa  779    Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  decreased coverage  0.00269228  normal 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0011  heavy metal efflux pump CzcA  35.83 
 
 
1077 aa  634  1e-180  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.649062  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2324  CzcA family heavy metal efflux protein  35 
 
 
1032 aa  634  1e-180  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1181  heavy metal efflux pump CzcA  35.83 
 
 
1077 aa  634  1e-180  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.263304  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3968  heavy metal efflux pump CzcA  35.43 
 
 
1075 aa  634  1e-180  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.108456  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1762  heavy metal efflux pump, CzcA family  36.26 
 
 
1063 aa  634  1e-180  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.900927  normal  0.462536 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1941  heavy metal efflux pump, CzcA family  35.28 
 
 
1034 aa  632  1e-180  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_5980  heavy metal resistance protein CzcA  36.26 
 
 
1063 aa  634  1e-180  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000345716  normal  0.120659 
 
 
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NC_010002  Daci_1087  CzcA family heavy metal efflux protein  37.04 
 
 
1061 aa  634  1e-180  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
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NC_008835  BMA10229_0401  heavy metal efflux pump CzcA  35.83 
 
 
1077 aa  634  1e-180  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0626006  n/a   
 
 
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NC_006349  BMAA1029  heavy metal efflux pump CzcA  35.73 
 
 
1077 aa  632  1e-179  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0434658  n/a   
 
 
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NC_007974  Rmet_5329  heavy metal cation tricomponent efflux pump ZneA  35.58 
 
 
1039 aa  630  1e-179  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.259593  normal 
 
 
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