208 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_4134 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009512  Pput_4134  response regulator receiver protein  100 
 
 		 127 aa  253  6e-67  Pseudomonas putida F1  Bacteria  decreased coverage  0.003852  normal  0.140965 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3905  LuxR family transcriptional regulator  92.13 
 
 		 183 aa  214  2e-55  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000881815 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1307  LuxR family transcriptional regulator  49.59 
 
 		 131 aa  87.8  5e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2957  transcriptional regulator protein  45.9 
 
 		 243 aa  57  0.00000008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.923766  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2881  response regulator receiver  47.54 
 
 		 220 aa  53.5  0.000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  decreased coverage  0.00126066  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2088  LuxR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 77 aa  50.4  0.000007  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.33427  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3380  two component transcriptional regulator, LuxR family  38.57 
 
 		 222 aa  48.9  0.00002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4428  two component LuxR family transcriptional regulator  48.28 
 
 		 231 aa  48.9  0.00002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5029  transcriptional regulator, LuxR family  45.16 
 
 		 243 aa  48.5  0.00003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.771298  normal  0.575652 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4977  transcriptional regulator, LuxR family  45.16 
 
 		 243 aa  48.5  0.00003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.637652  normal  0.142556 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4514  autoinducer-binding domain-containing protein  45.16 
 
 		 243 aa  48.5  0.00003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.447162  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0827  response regulator receiver protein  42.86 
 
 		 217 aa  48.1  0.00004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0175  two component transcriptional regulator, LuxR family  45.31 
 
 		 222 aa  48.1  0.00004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2340  two component transcriptional regulator, LuxR family  43.55 
 
 		 217 aa  48.1  0.00004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.273151  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1071  two component LuxR family transcriptional regulator  45.9 
 
 		 209 aa  48.1  0.00004  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3541  two component transcriptional regulator, LuxR family  44.44 
 
 		 211 aa  47.8  0.00005  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.485125  normal  0.513005 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5387  two component transcriptional regulator, LuxR family  47.54 
 
 		 215 aa  47.8  0.00005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4323  two component LuxR family transcriptional regulator  46.55 
 
 		 246 aa  47.8  0.00005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.239635  normal  0.317944 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1049  two component transcriptional regulator, LuxR family  38.1 
 
 		 222 aa  47.4  0.00006  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.661499  normal  0.245945 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4744  response regulator receiver protein  43.33 
 
 		 209 aa  47.4  0.00006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.620464  normal  0.690137 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1309  two component LuxR family transcriptional regulator  40.98 
 
 		 206 aa  47.4  0.00007  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000148999  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0730  two component LuxR family transcriptional regulator  40.62 
 
 		 214 aa  47.4  0.00008  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.47186  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0359  LuxR family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 248 aa  47  0.00009  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.870907  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0160  two component LuxR family transcriptional regulator  45.9 
 
 		 212 aa  47  0.0001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1267  two component LuxR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 216 aa  46.6  0.0001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1051  two component transcriptional regulator, LuxR family  44.26 
 
 		 211 aa  46.6  0.0001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.0337978 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0278  two component transcriptional regulator, LuxR family  42.62 
 
 		 225 aa  46.2  0.0002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000789071 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2246  ATP-dependent transcription regulator LuxR  38.71 
 
 		 914 aa  46.2  0.0002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.220145  normal  0.0496967 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0555  two component LuxR family transcriptional regulator  41.27 
 
 		 228 aa  45.8  0.0002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2255  transcriptional regulator, LuxR family  40.32 
 
 		 207 aa  45.8  0.0002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0543436  hitchhiker  0.000519578 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0306  two component LuxR family transcriptional regulator  37.7 
 
 		 215 aa  45.8  0.0002  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  unclonable  0.000000000161342  hitchhiker  0.00000159266 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1549  LuxR transcriptional regulator  35.37 
 
 		 201 aa  45.4  0.0002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.355184  normal  0.152747 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2523  regulatory protein, LuxR  49.09 
 
 		 879 aa  45.8  0.0002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3231  two component LuxR family transcriptional regulator  35.48 
 
 		 209 aa  45.8  0.0002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.229823  normal  0.0283688 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2604  transcriptional regulator, LuxR family  47.37 
 
 		 74 aa  45.4  0.0002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3965  LuxR family transcriptional regulator  31.48 
 
 		 129 aa  45.8  0.0002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0527243  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4066  transcriptional regulator LuxR family  36.07 
 
 		 248 aa  45.1  0.0003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.274649  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3373  two component LuxR family transcriptional regulator  39.68 
 
 		 262 aa  45.1  0.0003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.492418  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1032  LuxR family transcriptional regulator  39.34 
 
 		 201 aa  45.1  0.0003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0460  transcriptional regulator, LuxR family  42.19 
 
 		 253 aa  45.1  0.0003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.343765 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_4922  two component transcriptional regulator, LuxR family  42.19 
 
 		 206 aa  44.7  0.0004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0302523  normal  1 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3486  hypothetical protein  37.7 
 
 		 206 aa  44.7  0.0004  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5475  regulatory protein, LuxR  34.92 
 
 		 911 aa  44.7  0.0004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.450601  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3176  two component LuxR family transcriptional regulator  45.61 
 
 		 292 aa  44.7  0.0004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0570221  normal  0.472976 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0377  transcriptional regulator, LuxR family  42.11 
 
 		 134 aa  44.7  0.0004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0846  transcriptional regulator, LuxR family  45.61 
 
 		 74 aa  44.7  0.0004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0972  two component LuxR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 227 aa  44.7  0.0005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.299836  normal  0.0302219 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0804  two component LuxR family transcriptional regulator  42.37 
 
 		 204 aa  44.7  0.0005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0306  transcriptional regulator, LuxR family  36.07 
 
 		 248 aa  44.3  0.0005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.6306  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0243  regulatory protein LuxR  36.07 
 
 		 245 aa  44.7  0.0005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.537224 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3668  response regulator receiver protein  42.62 
 
 		 541 aa  44.7  0.0005  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.563914  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0648  two component transcriptional regulator, LuxR family  43.55 
 
 		 215 aa  44.7  0.0005  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4194  LuxR family GAF modulated transcriptional regulator  40.32 
 
 		 285 aa  44.3  0.0005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0104113  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0475  transcriptional regulator, LuxR family  40.32 
 
 		 123 aa  44.3  0.0006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.282737  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0606  two component transcriptional regulator, LuxR family  44.83 
 
 		 212 aa  44.3  0.0006  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0338  transcriptional regulator, LuxR family  36.07 
 
 		 248 aa  44.3  0.0006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.137643 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3760  response regulator receiver protein  34.43 
 
 		 245 aa  43.9  0.0007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.358522  normal  0.345814 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3372  two component LuxR family transcriptional regulator  39.34 
 
 		 212 aa  43.9  0.0008  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.383896 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2088  transcriptional regulator, LuxR family  43.08 
 
 		 135 aa  43.9  0.0008  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0441  regulatory protein LuxR  35.62 
 
 		 286 aa  43.9  0.0008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.923746  normal  0.0183899 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3205  response regulator receiver protein  45.61 
 
 		 74 aa  43.9  0.0008  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.826126  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0487  two component transcriptional regulator, LuxR family  42.19 
 
 		 215 aa  43.5  0.0009  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1716  LuxR family transcriptional regulator  40.32 
 
 		 118 aa  43.5  0.0009  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.18507  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0139  GAF modulated transcriptional regulator, LuxR family  40.98 
 
 		 506 aa  43.1  0.001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2667  transcriptional regulator, LuxR family  37.5 
 
 		 241 aa  43.5  0.001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.530563  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2417  LuxR family transcriptional regulator  39.06 
 
 		 244 aa  43.5  0.001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4479  two component transcriptional regulator, LuxR family  34.92 
 
 		 224 aa  43.5  0.001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.518456  normal  0.598935 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1284  two component LuxR family transcriptional regulator  42.62 
 
 		 209 aa  43.5  0.001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.479266  normal  1 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4435  LuxR family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 231 aa  43.5  0.001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1936  response regulator receiver protein  39.34 
 
 		 205 aa  43.1  0.001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1975  two component LuxR family transcriptional regulator  44.83 
 
 		 293 aa  43.1  0.001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0150451  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04459  two-component system regulatory protein  34.43 
 
 		 213 aa  43.1  0.001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2042  two component LuxR family transcriptional regulator  29.23 
 
 		 208 aa  42.7  0.001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2928  transcriptional regulator, LuxR family  37.5 
 
 		 241 aa  43.5  0.001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.258432  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1099  two component transcriptional regulator, LuxR family  34.43 
 
 		 213 aa  43.1  0.001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0127  transcriptional regulator, LuxR family  39.39 
 
 		 206 aa  43.5  0.001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0414  LuxR family transcriptional regulator  40.32 
 
 		 544 aa  43.5  0.001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.865726 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5235  transcriptional regulator, LuxR family  42.19 
 
 		 134 aa  43.1  0.001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.183919  normal  0.452557 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0974  two component LuxR family transcriptional regulator  39.22 
 
 		 247 aa  43.1  0.001  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.00000126323  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3810  two component transcriptional regulator, LuxR family  37.7 
 
 		 236 aa  42.7  0.001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.225059  normal  0.0261757 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0919  two component LuxR family transcriptional regulator  36.51 
 
 		 214 aa  43.5  0.001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4629  germination protein GerE  45.61 
 
 		 74 aa  42.7  0.002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4385  germination protein GerE  45.61 
 
 		 74 aa  42.7  0.002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4226  germination protein  45.61 
 
 		 74 aa  42.7  0.002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4238  germination protein  45.61 
 
 		 74 aa  42.7  0.002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2254  LuxR family transcriptional regulator  42.62 
 
 		 224 aa  42.4  0.002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  decreased coverage  0.000000750634  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2764  DNA-binding response regulator NarL  33.33 
 
 		 233 aa  42.4  0.002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.922757  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1849  DNA-binding response regulator NarL  33.33 
 
 		 233 aa  42.4  0.002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4854  putative two component LuxR family transcriptional regulator  36.07 
 
 		 211 aa  42.7  0.002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.133138  normal  0.31096 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1493  transcriptional regulator, LuxR family  37.1 
 
 		 198 aa  42.4  0.002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1407  LuxR family transcriptional regulator  40.91 
 
 		 241 aa  42.4  0.002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.959158  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0385  two component transcriptional regulator, LuxR family  34.92 
 
 		 224 aa  42.4  0.002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1644  two component LuxR family transcriptional regulator  36.51 
 
 		 163 aa  42.4  0.002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2246  DNA-binding response regulator NarL  33.33 
 
 		 233 aa  42.4  0.002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3072  DNA-binding response regulator NarL  33.33 
 
 		 233 aa  42.4  0.002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2630  nitrate/nitrite response regulator protein NarL  33.33 
 
 		 233 aa  42.4  0.002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.14617  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1684  response regulator receiver protein  37.1 
 
 		 207 aa  42.7  0.002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.966789 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2686  nitrate/nitrite response regulator protein NarL  33.33 
 
 		 233 aa  42.4  0.002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3098  transcriptional regulator, LuxR family  38.71 
 
 		 254 aa  42.4  0.002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.521704  normal  0.269359 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4039  two component LuxR family transcriptional regulator  35.21 
 
 		 250 aa  42.7  0.002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.512873  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>