202 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_1927 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



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Organism name
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Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_1927  VacJ family lipoprotein  100 
 
 		 234 aa  478  1e-134  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.265642 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2115  vacJ lipoprotein, putative  70.09 
 
 		 233 aa  343  1e-93  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0452943  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1704  VacJ family lipoprotein  70.21 
 
 		 235 aa  343  1e-93  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00250163 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27920  hypothetical protein  67.95 
 
 		 234 aa  342  2.9999999999999997e-93  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1680  VacJ family lipoprotein  71.06 
 
 		 235 aa  340  9e-93  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3579  VacJ family lipoprotein  68.94 
 
 		 235 aa  338  4e-92  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0247116  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2357  hypothetical protein  67.52 
 
 		 234 aa  338  5e-92  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1910  VacJ-like lipoprotein  68.38 
 
 		 233 aa  337  9.999999999999999e-92  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.429017  hitchhiker  0.00152873 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_32730  VacJ-like lipoprotein  68.09 
 
 		 234 aa  336  9.999999999999999e-92  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3850  VacJ-like lipoprotein  67.54 
 
 		 229 aa  326  2.0000000000000001e-88  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.589527 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2163  VacJ family lipoprotein  68.51 
 
 		 235 aa  324  7e-88  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0344293  normal  0.998273 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20570  VacJ-like lipoprotein  65.87 
 
 		 208 aa  302  2.0000000000000002e-81  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2518  VacJ family lipoprotein  52.68 
 
 		 296 aa  223  3e-57  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.362858  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2450  Surface lipoprotein-like protein  50.88 
 
 		 263 aa  219  3.9999999999999997e-56  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.215842  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1110  surface lipoprotein-like  52.23 
 
 		 258 aa  218  5e-56  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1471  VacJ-like lipoprotein  45.7 
 
 		 249 aa  207  1e-52  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.986853  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3399  VacJ-like lipoprotein  45.81 
 
 		 241 aa  201  5e-51  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0357  VacJ family lipoprotein  46.88 
 
 		 261 aa  196  2.0000000000000003e-49  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.32783 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1589  VacJ family lipoprotein  48 
 
 		 220 aa  197  2.0000000000000003e-49  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.331094  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2767  VacJ family lipoprotein  51.23 
 
 		 315 aa  195  5.000000000000001e-49  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.523341  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0891  VacJ family lipoprotein  48.33 
 
 		 283 aa  194  1e-48  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.211083  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0390  putative transmembrane lipoprotein, VacJ  49.75 
 
 		 347 aa  193  1e-48  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3256  VacJ-like lipoprotein  47.8 
 
 		 266 aa  187  1e-46  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0320  VacJ family lipoprotein  49.03 
 
 		 325 aa  187  1e-46  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0114383  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0688  VacJ family lipoprotein  49.01 
 
 		 261 aa  187  1e-46  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0098  VacJ family lipoprotein  44.64 
 
 		 249 aa  187  2e-46  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  hitchhiker  0.000010266  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3568  VacJ family lipoprotein  48.77 
 
 		 340 aa  186  3e-46  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0155461  hitchhiker  0.0000211515 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1035  VacJ-like lipoprotein  44.64 
 
 		 290 aa  185  5e-46  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3119  VacJ-like lipoprotein  45.91 
 
 		 303 aa  184  1.0000000000000001e-45  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.351213  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2787  VacJ-like lipoprotein  46.04 
 
 		 271 aa  184  1.0000000000000001e-45  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000000448143  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0344  VacJ family lipoprotein  48.06 
 
 		 321 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.616995  normal  0.360268 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0335  VacJ family lipoprotein  48.06 
 
 		 321 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0396  VacJ family lipoprotein  48.06 
 
 		 320 aa  183  2.0000000000000003e-45  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.492105  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3515  VacJ-like lipoprotein  47.57 
 
 		 318 aa  183  2.0000000000000003e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.370194  normal  0.534597 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2690  VacJ-like lipoprotein  48.06 
 
 		 320 aa  183  2.0000000000000003e-45  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0173806  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0417  VacJ family lipoprotein  48.06 
 
 		 320 aa  183  2.0000000000000003e-45  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5533  VacJ family lipoprotein  43.86 
 
 		 267 aa  182  5.0000000000000004e-45  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.547735  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4165  lipoprotein vacJ precursor  42.67 
 
 		 291 aa  181  1e-44  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.258271 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3001  lipoprotein VacJ  48.77 
 
 		 311 aa  179  2.9999999999999997e-44  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0099  VacJ family lipoprotein  41.6 
 
 		 252 aa  179  2.9999999999999997e-44  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.630225  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3701  lipoprotein VacJ  49.75 
 
 		 319 aa  179  4e-44  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3674  VacJ family lipoprotein  49.75 
 
 		 336 aa  179  4e-44  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.359554  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3732  VacJ family lipoprotein  49.75 
 
 		 336 aa  179  4e-44  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.780492  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1016  VacJ family lipoprotein  45.21 
 
 		 260 aa  179  4.999999999999999e-44  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4906  VacJ-like lipoprotein  43.81 
 
 		 277 aa  177  1e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.659873  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3098  putative lipoprotein  44.14 
 
 		 262 aa  177  1e-43  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.633351  normal  0.297241 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2723  lipoprotein VacJ  49.24 
 
 		 319 aa  176  2e-43  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2773  lipoprotein VacJ  49.24 
 
 		 319 aa  176  2e-43  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3231  lipoprotein VacJ  49.24 
 
 		 336 aa  177  2e-43  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.302399  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1780  lipoprotein VacJ  49.24 
 
 		 319 aa  176  2e-43  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.259856  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2076  vacJ lipoprotein  45.96 
 
 		 284 aa  175  4e-43  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1157  VacJ family lipoprotein  42.86 
 
 		 248 aa  176  4e-43  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.137012  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0014  putative VacJ-like lipoprotein  45.41 
 
 		 338 aa  175  5e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7032  VacJ family lipoprotein  44.95 
 
 		 340 aa  175  7e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0355666  hitchhiker  0.0000000126773 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0585  VacJ-like lipoprotein  46.15 
 
 		 245 aa  174  9e-43  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  unclonable  0.000000000197626  normal  0.0896852 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4558  VacJ family lipoprotein  45.36 
 
 		 347 aa  173  1.9999999999999998e-42  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.1525 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2938  VacJ-like lipoprotein  44.14 
 
 		 277 aa  173  1.9999999999999998e-42  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.335469  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5182  VacJ-like lipoprotein  45.36 
 
 		 347 aa  173  1.9999999999999998e-42  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4949  VacJ family lipoprotein  44.85 
 
 		 334 aa  173  1.9999999999999998e-42  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0509972 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5677  VacJ family lipoprotein  45.36 
 
 		 347 aa  173  1.9999999999999998e-42  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00205363 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5502  VacJ family lipoprotein  44.85 
 
 		 334 aa  172  2.9999999999999996e-42  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0790497  normal  0.0344756 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3183  VacJ family lipoprotein  45.36 
 
 		 337 aa  172  2.9999999999999996e-42  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.096737  normal  0.0774844 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0021  VacJ-like lipoprotein  44.85 
 
 		 329 aa  172  5.999999999999999e-42  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2959  lipoprotein precursor (VACJ) transmembrane  46.6 
 
 		 269 aa  171  6.999999999999999e-42  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.455376  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3247  VacJ-like lipoprotein  41.88 
 
 		 255 aa  171  7.999999999999999e-42  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2890  VacJ family lipoprotein  42.44 
 
 		 267 aa  171  9e-42  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.194076  normal  0.292718 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3237  VacJ family lipoprotein  46.6 
 
 		 267 aa  171  9e-42  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.464937  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1481  lipoprotein VacJ  44.06 
 
 		 324 aa  169  3e-41  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3265  putative lipoprotein  44.06 
 
 		 342 aa  169  3e-41  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3152  putative lipoprotein  44.06 
 
 		 310 aa  169  3e-41  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.462557  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA2092  putative lipoprotein  45.55 
 
 		 330 aa  168  6e-41  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0340825  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1120  putative lipoprotein  45.55 
 
 		 330 aa  168  6e-41  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2384  putative lipoprotein  45.55 
 
 		 330 aa  168  7e-41  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1400  putative lipoprotein  45.55 
 
 		 327 aa  168  7e-41  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2351  lipoprotein VacJ  45.55 
 
 		 321 aa  167  2e-40  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0796  VacJ-like lipoprotein  44.17 
 
 		 266 aa  167  2e-40  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0889982  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0751  VacJ family lipoprotein  43.64 
 
 		 250 aa  167  2e-40  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0719  VacJ family lipoprotein  43.64 
 
 		 250 aa  167  2e-40  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03065  Surface lipoprotein  42.93 
 
 		 304 aa  162  5.0000000000000005e-39  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4134  VacJ family lipoprotein  45.55 
 
 		 336 aa  159  4e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2403  VacJ family lipoprotein  40.77 
 
 		 315 aa  159  4e-38  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.875073  normal  0.29894 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0305  VacJ family lipoprotein  42.5 
 
 		 295 aa  159  4e-38  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2400  VacJ family lipoprotein  37.23 
 
 		 281 aa  156  3e-37  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.82421  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0227  VacJ family lipoprotein  41.79 
 
 		 295 aa  155  5.0000000000000005e-37  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.806934  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3391  VacJ family lipoprotein  41.09 
 
 		 269 aa  155  7e-37  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1355  VacJ-like lipoprotein  37.25 
 
 		 256 aa  154  8e-37  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_4021  VacJ family lipoprotein  39 
 
 		 336 aa  153  2e-36  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.489684  normal  0.297563 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2280  VacJ family lipoprotein  42.64 
 
 		 315 aa  153  2.9999999999999998e-36  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.920871  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0450  VacJ lipoprotein  44.44 
 
 		 290 aa  152  5.9999999999999996e-36  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  8.48332e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2657  VacJ family lipoprotein  39.63 
 
 		 251 aa  151  7e-36  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1886  hypothetical protein  53.24 
 
 		 270 aa  151  8e-36  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1239  VacJ family lipoprotein  42.93 
 
 		 256 aa  150  2e-35  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.530475 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1530  vacJ lipoprotein  41.21 
 
 		 266 aa  149  4e-35  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_22290  hypothetical protein  52.52 
 
 		 267 aa  149  4e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000128414  hitchhiker  1.919e-20 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1810  hypothetical protein  38.74 
 
 		 260 aa  149  5e-35  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1809  hypothetical protein  38.74 
 
 		 260 aa  148  7e-35  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
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NC_008576  Mmc1_3002  VacJ family lipoprotein  41.75 
 
 		 253 aa  148  8e-35  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_003296  RS01688  lipoprotein  37.11 
 
 		 296 aa  147  2.0000000000000003e-34  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_009092  Shew_1395  VacJ family lipoprotein  40.3 
 
 		 260 aa  146  2.0000000000000003e-34  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0967319  normal  0.304519 
 
 
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NC_008577  Shewana3_1371  VacJ family lipoprotein  37.05 
 
 		 261 aa  146  3e-34  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0255661  hitchhiker  0.0000695889 
 
 
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