More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Phep_1670 on replicon NC_013061
Organism: Pedobacter heparinus DSM 2366



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013061  Phep_1670  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  100 
 
 		 314 aa  650    Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.622556  normal  0.155323 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1032  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  52.86 
 
 		 288 aa  322  5e-87  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.755418 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1651  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  35.74 
 
 		 323 aa  190  2.9999999999999997e-47  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.0781186 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0083  transcriptional regulator, AraC family  41.49 
 
 		 240 aa  68.2  0.0000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0091  transcriptional regulator, AraC family  41.49 
 
 		 240 aa  66.6  0.0000000006  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.994797 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0600  two component transcriptional regulator, AraC family  33.65 
 
 		 546 aa  63.2  0.000000006  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19910  response regulator receiver protein  36.79 
 
 		 386 aa  62  0.00000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0234  transcription regulator protein  37.89 
 
 		 248 aa  61.6  0.00000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.942813 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0853  two component transcriptional regulator, AraC family  32.35 
 
 		 509 aa  59.7  0.00000006  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0618  two component AraC family transcriptional regulator  33.98 
 
 		 258 aa  59.3  0.00000008  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  0.00000605397  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1645  two component transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 		 526 aa  57.8  0.0000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.168722  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4591  two component transcriptional regulator, AraC family  39.47 
 
 		 265 aa  57.8  0.0000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3518  cyclic nucleotide-binding  32.04 
 
 		 319 aa  57.8  0.0000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3305  two component transcriptional regulator, AraC family  32.65 
 
 		 513 aa  57.4  0.0000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4258  AraC family transcriptional regulator  28 
 
 		 327 aa  57  0.0000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_13470  AraC family transcriptional regulator  28.42 
 
 		 293 aa  57  0.0000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0899227  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0011  transcriptional regulator, AraC family  29.41 
 
 		 285 aa  56.2  0.0000007  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000871788  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3104  AraC family transcriptional regulator  29.38 
 
 		 282 aa  56.2  0.0000007  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.187437 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2635  transcriptional regulator, AraC family  27.35 
 
 		 285 aa  55.8  0.0000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.82539 
 
 
-
 
NC_003296  RS05428  transcription regulator protein  34.38 
 
 		 324 aa  55.5  0.000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0102  two component transcriptional regulator, AraC family  27.83 
 
 		 519 aa  55.5  0.000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1041  helix-turn-helix, AraC type:Arac protein, arabinose-binding/dimerisation  33.68 
 
 		 291 aa  55.5  0.000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.29946 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2780  transcriptional regulator, AraC family  35.23 
 
 		 285 aa  55.1  0.000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0531003  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0932  AraC family transcriptional regulator  32.63 
 
 		 291 aa  55.5  0.000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5487  transcriptional regulator, AraC family  35.11 
 
 		 275 aa  55.1  0.000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.341172 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1536  putative AraC family DNA-binding protein  36.49 
 
 		 310 aa  54.3  0.000002  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1394  two component AraC family transcriptional regulator  22.15 
 
 		 523 aa  54.7  0.000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0042226  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3697  two component AraC family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 517 aa  55.1  0.000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000611836  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3921  AraC family transcriptional regulator  27.61 
 
 		 311 aa  54.7  0.000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.892105 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0345  AraC family transcriptional regulator  27.61 
 
 		 311 aa  54.7  0.000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1947  two component transcriptional regulator, AraC family  33.91 
 
 		 252 aa  54.3  0.000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.272912 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1802  transcriptional regulator, AraC family  34.83 
 
 		 286 aa  55.1  0.000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0829  AraC family transcriptional regulator  27.61 
 
 		 311 aa  54.7  0.000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0210284  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0525  two component AraC family transcriptional regulator  26.73 
 
 		 522 aa  54.3  0.000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3156  two component transcriptional regulator, AraC family  32.22 
 
 		 515 aa  54.3  0.000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.949308  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0937  transcriptional regulator, AraC family  31.18 
 
 		 291 aa  53.5  0.000004  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.440102  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2055  two component transcriptional regulator, AraC family  31.45 
 
 		 519 aa  53.5  0.000004  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3125  transcriptional regulator, AraC family  28.87 
 
 		 323 aa  53.1  0.000005  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.000000947593  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0798  AraC family transcriptional regulator  26.99 
 
 		 311 aa  53.5  0.000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1709  Fis family transcriptional regulator  36.71 
 
 		 326 aa  53.1  0.000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.839551  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2677  transcriptional regulator, AraC family  35.11 
 
 		 274 aa  52.8  0.000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2354  transcriptional regulator, AraC family  32.5 
 
 		 274 aa  52.8  0.000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.227413 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4138  AraC family transcriptional regulator  29.57 
 
 		 311 aa  52.8  0.000008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0895  AraC family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 315 aa  52  0.00001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0309  transcriptional regulator  40 
 
 		 320 aa  52  0.00001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.312356  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1207  putative transcriptional regulator  27.37 
 
 		 293 aa  52  0.00001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1509  transcriptional regulator, AraC family  32.32 
 
 		 272 aa  51.2  0.00002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2262  AraC family transcriptional regulator  21.67 
 
 		 232 aa  51.2  0.00002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.155717 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2139  transcriptional regulator, AraC family  31.63 
 
 		 282 aa  51.6  0.00002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.669919  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1213  transcriptional regulator, AraC family  32.63 
 
 		 291 aa  51.6  0.00002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1958  response regulator receiver protein  34.41 
 
 		 530 aa  51.2  0.00002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000471781  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1670  transcriptional regulator, AraC family  28.18 
 
 		 338 aa  51.2  0.00002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.135739 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4740  AraC family transcriptional regulator  26.85 
 
 		 277 aa  51.6  0.00002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.287591  normal  0.0863508 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0814  AraC family transcriptional regulator  29.36 
 
 		 343 aa  51.6  0.00002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2694  AraC family transcriptional regulator  26.79 
 
 		 332 aa  51.2  0.00002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.899645 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0616  AraC family transcriptional regulator  37.18 
 
 		 344 aa  51.2  0.00002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1982  two component transcriptional regulator, AraC family  31 
 
 		 544 aa  51.2  0.00002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.184696  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2113  two component transcriptional regulator, AraC family  29.47 
 
 		 538 aa  51.6  0.00002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.141697  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0198  two component transcriptional regulator, AraC family  30 
 
 		 534 aa  51.2  0.00002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3238  AraC family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 290 aa  51.2  0.00002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.996927 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4605  AraC family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 291 aa  50.8  0.00003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2139  helix-turn-helix domain-containing protein  30.53 
 
 		 294 aa  50.4  0.00003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.957349  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2118  HTH-type transcriptional regulator  31 
 
 		 328 aa  50.4  0.00003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0399  response regulator receiver protein  30.11 
 
 		 365 aa  50.8  0.00003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5912  transcriptional regulator Ada / DNA-3-methyladenine glycosylase II / DNA-O6-methylguanine--protein-cysteine S-methyltransferase  32.91 
 
 		 500 aa  50.8  0.00003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.838028 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5151  AraC family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 313 aa  50.8  0.00003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2883  transcriptional regulator, AraC family  29.69 
 
 		 321 aa  50.8  0.00003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.00000839866  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1138  two component transcriptional regulator, AraC family  37.33 
 
 		 519 aa  50.8  0.00003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4587  AraC family transcriptional regulator  30.53 
 
 		 291 aa  50.8  0.00003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.213128  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5240  AraC family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 313 aa  50.8  0.00003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.183417  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0285  transcriptional regulator, AraC family  30.85 
 
 		 269 aa  50.8  0.00003  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.00000546061  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5532  AraC family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 313 aa  50.8  0.00003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.501091 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2605  transcriptional regulator  32 
 
 		 319 aa  50.4  0.00004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.548413  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3869  AraC family transcriptional regulator  26.52 
 
 		 304 aa  50.4  0.00004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0983  helix-turn-helix domain-containing protein  31.33 
 
 		 295 aa  50.1  0.00004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1318  AraC family transcriptional regulator  23.33 
 
 		 294 aa  50.4  0.00004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.761239  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0746  AraC family transcriptional regulator  37.76 
 
 		 266 aa  50.4  0.00004  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0876  transcriptional regulator, AraC family  31.25 
 
 		 405 aa  50.1  0.00004  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5752  AraC family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 343 aa  50.4  0.00004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.207645  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3689  AraC family transcriptional regulator  32 
 
 		 303 aa  50.1  0.00005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00274  transcriptional regulator, AraC family protein  40 
 
 		 284 aa  50.1  0.00005  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1809  transcriptional regulator, AraC family  34.41 
 
 		 273 aa  50.1  0.00005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000729156  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4716  transcriptional regulator, AraC family  33.7 
 
 		 341 aa  49.7  0.00006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.777825 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3907  AraC family transcriptional regulator  27.43 
 
 		 271 aa  49.7  0.00007  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.869248  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2046  AraC family transcriptional regulator  25.77 
 
 		 291 aa  49.7  0.00007  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0173792  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4464  helix-turn-helix domain-containing protein  30.53 
 
 		 291 aa  49.7  0.00007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4950  transcriptional regulator, AraC family  27.43 
 
 		 271 aa  49.7  0.00007  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.839222 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03436  putative regulatory protein  27.43 
 
 		 271 aa  49.3  0.00008  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03387  hypothetical protein  27.43 
 
 		 271 aa  49.3  0.00008  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0859  AraC family transcriptional regulator  28.42 
 
 		 291 aa  49.3  0.00008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.775109  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0867  AraC family transcriptional regulator  25.77 
 
 		 315 aa  49.3  0.00008  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000394258  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2701  AraC family transcriptional regulator  25.77 
 
 		 315 aa  49.3  0.00008  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.137316  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1909  AraC family transcriptional regulator  25.77 
 
 		 315 aa  49.3  0.00008  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.190572  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0587  type III secretion system transcriptional regulator BsaN  26.37 
 
 		 208 aa  49.3  0.00009  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  decreased coverage  0.0000113991  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0740  transcriptional activator RhaS  29.09 
 
 		 273 aa  49.3  0.00009  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0791489 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2107  AraC family transcriptional regulator  30.39 
 
 		 313 aa  49.3  0.00009  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.342925  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1140  AraC family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 258 aa  49.3  0.00009  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2088  AraC family transcriptional regulator  26.37 
 
 		 221 aa  49.3  0.00009  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.203481  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2253  two component AraC family transcriptional regulator  29.47 
 
 		 532 aa  48.9  0.0001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2282  putative transcriptional regulator  32.38 
 
 		 294 aa  48.9  0.0001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>