More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Phep_1032 on replicon NC_013061
Organism: Pedobacter heparinus DSM 2366



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013061  Phep_1032  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  100 
 
 		 288 aa  601  1.0000000000000001e-171  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.755418 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1670  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  52.86 
 
 		 314 aa  322  4e-87  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.622556  normal  0.155323 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1651  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  38.97 
 
 		 323 aa  208  7e-53  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.0781186 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3518  cyclic nucleotide-binding  37.37 
 
 		 319 aa  65.9  0.0000000007  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0600  two component transcriptional regulator, AraC family  36.63 
 
 		 546 aa  63.9  0.000000003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19910  response regulator receiver protein  38.46 
 
 		 386 aa  63.2  0.000000004  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2139  transcriptional regulator, AraC family  26.27 
 
 		 282 aa  60.8  0.00000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.669919  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1947  two component transcriptional regulator, AraC family  33.75 
 
 		 252 aa  61.6  0.00000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.272912 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4591  two component transcriptional regulator, AraC family  38.55 
 
 		 265 aa  61.6  0.00000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1645  two component transcriptional regulator, AraC family  35.48 
 
 		 526 aa  60.8  0.00000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.168722  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5804  AraC family transcriptional regulator  22.42 
 
 		 305 aa  60.5  0.00000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0853  two component transcriptional regulator, AraC family  36.11 
 
 		 509 aa  60.5  0.00000003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0937  transcriptional regulator, AraC family  32.38 
 
 		 291 aa  60.8  0.00000003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.440102  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5332  AraC family transcriptional regulator  23.39 
 
 		 301 aa  60.1  0.00000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0618  two component AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 258 aa  59.7  0.00000005  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  0.00000605397  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1536  putative AraC family DNA-binding protein  40 
 
 		 310 aa  59.7  0.00000006  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2734  AraC family transcriptional regulator  33 
 
 		 764 aa  59.3  0.00000006  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.0000030307  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0091  transcriptional regulator, AraC family  36.17 
 
 		 240 aa  59.7  0.00000006  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.994797 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0234  transcription regulator protein  32.65 
 
 		 248 aa  58.2  0.0000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.942813 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1041  helix-turn-helix, AraC type:Arac protein, arabinose-binding/dimerisation  25.23 
 
 		 291 aa  58.5  0.0000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.29946 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2883  transcriptional regulator, AraC family  28.95 
 
 		 321 aa  58.5  0.0000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.00000839866  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1709  Fis family transcriptional regulator  35.34 
 
 		 326 aa  58.5  0.0000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.839551  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1809  transcriptional regulator, AraC family  33.05 
 
 		 273 aa  57.8  0.0000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000729156  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0083  transcriptional regulator, AraC family  34.04 
 
 		 240 aa  57.4  0.0000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2550  two component transcriptional regulator, AraC family  30.48 
 
 		 502 aa  58.2  0.0000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3125  transcriptional regulator, AraC family  30.93 
 
 		 323 aa  58.2  0.0000002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.000000947593  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0983  helix-turn-helix domain-containing protein  27.63 
 
 		 295 aa  56.6  0.0000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1982  two component transcriptional regulator, AraC family  36.84 
 
 		 544 aa  56.6  0.0000004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.184696  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0399  response regulator receiver protein  32.26 
 
 		 365 aa  56.6  0.0000005  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3156  two component transcriptional regulator, AraC family  32.63 
 
 		 515 aa  55.8  0.0000009  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.949308  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3697  two component AraC family transcriptional regulator  31.07 
 
 		 517 aa  55.5  0.000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000611836  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0198  two component transcriptional regulator, AraC family  30.77 
 
 		 534 aa  55.1  0.000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0102  two component transcriptional regulator, AraC family  31.63 
 
 		 519 aa  55.1  0.000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3652  AraC family transcriptional regulator  42.5 
 
 		 340 aa  55.5  0.000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3305  two component transcriptional regulator, AraC family  32.63 
 
 		 513 aa  55.5  0.000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2329  transcriptional regulator, AraC family  30.1 
 
 		 773 aa  54.3  0.000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0895  AraC family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 315 aa  53.9  0.000003  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4788  AraC family transcriptional regulator  26.78 
 
 		 344 aa  53.9  0.000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.139915  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1213  transcriptional regulator, AraC family  23.85 
 
 		 291 aa  54.3  0.000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2058  transcriptional regulator, AraC family  27.27 
 
 		 286 aa  53.9  0.000003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2694  AraC family transcriptional regulator  30.09 
 
 		 332 aa  53.5  0.000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.899645 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2113  two component transcriptional regulator, AraC family  32.22 
 
 		 538 aa  54.3  0.000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.141697  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5752  AraC family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 343 aa  53.9  0.000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.207645  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0419  arac-family transcriptional regulator  28.32 
 
 		 317 aa  53.5  0.000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000111496  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1428  transcriptional regulator, AraC family  35 
 
 		 285 aa  53.1  0.000004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3921  AraC family transcriptional regulator  29.5 
 
 		 311 aa  53.5  0.000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.892105 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1705  helix-turn-helix domain-containing protein  30.51 
 
 		 320 aa  53.1  0.000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.29723  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05428  transcription regulator protein  39.13 
 
 		 324 aa  53.1  0.000005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4605  AraC family transcriptional regulator  24.67 
 
 		 291 aa  52.8  0.000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2373  two component transcriptional regulator, AraC family  27.64 
 
 		 252 aa  53.1  0.000006  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4587  AraC family transcriptional regulator  25 
 
 		 291 aa  52.8  0.000007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.213128  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2199  transcriptional regulator, AraC family  36.25 
 
 		 264 aa  52.8  0.000007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.379945  hitchhiker  0.00764507 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0798  AraC family transcriptional regulator  28.78 
 
 		 311 aa  52.8  0.000007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4258  AraC family transcriptional regulator  36.25 
 
 		 327 aa  52.8  0.000007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3211  two component AraC family transcriptional regulator  28.16 
 
 		 548 aa  52.8  0.000007  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0042226  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3887  two component AraC family transcriptional regulator  37.33 
 
 		 252 aa  52.8  0.000007  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0301  transcriptional regulator, AraC family  31.13 
 
 		 304 aa  52.4  0.000009  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1473  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  31.09 
 
 		 315 aa  52.4  0.00001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.844163  normal  0.308396 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0932  AraC family transcriptional regulator  23.58 
 
 		 291 aa  52  0.00001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0140  AraC family transcriptional regulator  33.02 
 
 		 293 aa  52  0.00001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.877598  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1602  transcriptional regulator  33.33 
 
 		 330 aa  52  0.00001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0345  AraC family transcriptional regulator  28.78 
 
 		 311 aa  52  0.00001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2929  AraC family transcriptional regulator  33.02 
 
 		 293 aa  52  0.00001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1670  transcriptional regulator, AraC family  30 
 
 		 338 aa  52  0.00001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.135739 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_13470  AraC family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 293 aa  52  0.00001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0899227  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0126  AraC family transcriptional regulator  33.02 
 
 		 293 aa  52  0.00001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.436666  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0829  AraC family transcriptional regulator  28.78 
 
 		 311 aa  52  0.00001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0210284  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0219  helix-turn-helix domain-containing protein  29.17 
 
 		 293 aa  52  0.00001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.882333  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4464  helix-turn-helix domain-containing protein  24.78 
 
 		 291 aa  52  0.00001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00496  predicted DNA-binding transcriptional regulator  35.29 
 
 		 265 aa  51.6  0.00002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.361475  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00477  AraC-type DNA-binding domain-containing protein  43.86 
 
 		 211 aa  51.2  0.00002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1813  transcription regulator protein  32.91 
 
 		 303 aa  51.2  0.00002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.881353  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0995  two component transcriptional regulator, AraC family  26.45 
 
 		 542 aa  51.6  0.00002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1882  DNA-binding transcriptional regulator AraC  32.65 
 
 		 310 aa  51.6  0.00002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0066  transcriptional regulator, AraC family  32.67 
 
 		 286 aa  50.8  0.00002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3306  AraC family transcriptional regulator  29.84 
 
 		 292 aa  51.2  0.00002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2239  AraC family transcriptional regulator  28.16 
 
 		 295 aa  51.2  0.00002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0765  AraC family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 279 aa  51.2  0.00002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.448457  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0749  lactose operon transcriptional activator  35.29 
 
 		 279 aa  51.2  0.00002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0693788  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1996  DNA-binding transcriptional regulator AraC  32.65 
 
 		 310 aa  51.6  0.00002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2851  transcriptional regulator with PAS/PAC sensors, AraC family  34.69 
 
 		 256 aa  50.8  0.00002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.595855 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2323  transcriptional regulator, AraC family  41.56 
 
 		 289 aa  51.6  0.00002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.614848  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0525  two component AraC family transcriptional regulator  37.1 
 
 		 522 aa  50.8  0.00002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2264  DNA-binding transcriptional regulator AraC  32.65 
 
 		 310 aa  51.6  0.00002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3225  transcriptional regulator, AraC family  35.29 
 
 		 265 aa  51.6  0.00002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.778963  hitchhiker  0.00123276 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7195  transcriptional regulator, AraC family  32.91 
 
 		 314 aa  51.2  0.00002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3619  transcriptional regulator, AraC family  31.9 
 
 		 340 aa  50.8  0.00002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.425647 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1138  two component transcriptional regulator, AraC family  36.49 
 
 		 519 aa  51.2  0.00002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00501  hypothetical protein  35.29 
 
 		 265 aa  51.6  0.00002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.322572  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4138  AraC family transcriptional regulator  37.31 
 
 		 311 aa  50.8  0.00002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0147  two component transcriptional regulator, AraC family  31.68 
 
 		 525 aa  50.8  0.00003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2169  AraC family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 265 aa  50.8  0.00003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.841955  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5912  transcriptional regulator Ada / DNA-3-methyladenine glycosylase II / DNA-O6-methylguanine--protein-cysteine S-methyltransferase  29.13 
 
 		 500 aa  50.8  0.00003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.838028 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2413  AraC family transcriptional regulator  27.46 
 
 		 305 aa  50.8  0.00003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1698  AraC family transcriptional regulator  26.55 
 
 		 686 aa  50.4  0.00003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  decreased coverage  0.000348751  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1432  AraC family transcriptional regulator  26.55 
 
 		 686 aa  50.4  0.00003  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00438113  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1953  AraC family transcriptional regulator  31.76 
 
 		 268 aa  50.8  0.00003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0209316  normal  0.951803 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0937  transcriptional regulator, AraC family  35.9 
 
 		 291 aa  50.4  0.00003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.127184  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2034  AraC family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 265 aa  50.4  0.00003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2461  AraC family transcriptional regulator  34.34 
 
 		 277 aa  50.4  0.00003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>