More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Phep_3518 on replicon NC_013061
Organism: Pedobacter heparinus DSM 2366



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013061  Phep_3518  cyclic nucleotide-binding  100 
 
 		 319 aa  660    Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0987  transcriptional regulator  36.84 
 
 		 375 aa  67.4  0.0000000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3428  transcriptional regulator, AraC family  36.28 
 
 		 265 aa  67.4  0.0000000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4270  helix-turn-helix domain-containing protein  42.11 
 
 		 343 aa  67.4  0.0000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6166  putative transcriptional regulator  37.97 
 
 		 367 aa  67  0.0000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.165565  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71070  AraC family transcriptional regulator  37.97 
 
 		 367 aa  67  0.0000000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1032  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  37.37 
 
 		 288 aa  65.9  0.0000000009  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.755418 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0490  transcriptional regulator  36.71 
 
 		 364 aa  64.7  0.000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3021  AraC family transcriptional regulator  35.56 
 
 		 361 aa  64.3  0.000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.826436 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0298  AraC family transcriptional regulator  36.71 
 
 		 368 aa  63.9  0.000000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000218642 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0323  AraC family transcriptional regulator  36.71 
 
 		 368 aa  63.9  0.000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4320  transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 		 427 aa  63.9  0.000000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1809  transcriptional regulator, AraC family  28.39 
 
 		 273 aa  63.5  0.000000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000729156  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2493  AraC family transcriptional regulator  34.11 
 
 		 316 aa  63.5  0.000000005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.470802  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3975  AraC family transcriptional regulator  35.05 
 
 		 332 aa  63.2  0.000000005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.482665  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0465  transcriptional regulator, AraC family  36.71 
 
 		 367 aa  63.2  0.000000006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5236  transcriptional regulator  36.71 
 
 		 367 aa  63.2  0.000000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.59007  normal  0.0230056 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1670  transcriptional regulator, AraC family  33.96 
 
 		 338 aa  63.2  0.000000006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.135739 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2825  helix-turn-helix domain-containing protein  32.76 
 
 		 320 aa  63.2  0.000000006  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  hitchhiker  0.00154924  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3526  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 335 aa  62.8  0.000000007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.382139  normal  0.568026 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0318  AraC family transcriptional regulator  36.71 
 
 		 368 aa  62.8  0.000000007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.120478 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4708  helix-turn-helix, AraC type:ThiJ/PfpI  36.71 
 
 		 367 aa  63.2  0.000000007  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6096  transcriptional regulator, AraC family  36.75 
 
 		 217 aa  62.8  0.000000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4910  AraC family transcriptional regulator  36.71 
 
 		 368 aa  62.8  0.000000007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00942326 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2248  helix-turn-helix domain-containing protein  33.33 
 
 		 335 aa  63.2  0.000000007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3125  transcriptional regulator, AraC family  30.28 
 
 		 323 aa  63.2  0.000000007  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.000000947593  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2227  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 335 aa  62.8  0.000000008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.12484  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2402  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 369 aa  62.4  0.00000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5544  transcriptional regulator, AraC family  28.07 
 
 		 463 aa  62  0.00000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.258636  normal  0.142482 
 
 
-
 
NC_007488  RSP_3997  transcriptional regulator  28.81 
 
 		 316 aa  61.6  0.00000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.564896  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2467  two component transcriptional regulator, AraC family  34.38 
 
 		 251 aa  61.6  0.00000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3933  AraC family transcriptional regulator  36.49 
 
 		 337 aa  61.2  0.00000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0983  helix-turn-helix domain-containing protein  26 
 
 		 295 aa  60.8  0.00000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3887  two component AraC family transcriptional regulator  30.4 
 
 		 252 aa  60.5  0.00000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4262  transcriptional activator RhaS  30.53 
 
 		 278 aa  60.8  0.00000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15370  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  34.69 
 
 		 415 aa  60.5  0.00000004  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2821  transcriptional regulator  34.21 
 
 		 324 aa  60.1  0.00000005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1928  AraC family transcriptional regulator  27.81 
 
 		 325 aa  60.1  0.00000005  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0979151  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1288  AraC family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 299 aa  59.7  0.00000006  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.0436335  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2370  AraC family transcriptional regulator  32.63 
 
 		 284 aa  59.3  0.00000007  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4443  transcriptional activator RhaS  29.47 
 
 		 278 aa  59.7  0.00000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4881  AraC family transcriptional regulator  32.26 
 
 		 263 aa  59.3  0.00000007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.000645238  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2734  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 764 aa  59.7  0.00000007  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.0000030307  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4291  transcriptional activator RhaS  29.47 
 
 		 278 aa  59.3  0.00000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3394  transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 		 334 aa  59.3  0.00000008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4377  transcriptional activator RhaS  29.47 
 
 		 278 aa  59.3  0.00000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4331  transcriptional activator RhaS  29.47 
 
 		 278 aa  59.3  0.00000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0197402 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3861  two component AraC family transcriptional regulator  29.92 
 
 		 259 aa  59.3  0.00000009  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0848  AraC family transcriptional regulator  30.34 
 
 		 361 aa  59.3  0.00000009  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0893  putative HTH-type regulatory protein, AraC family  30.09 
 
 		 284 aa  59.3  0.00000009  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.364356  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4021  AraC family transcriptional regulator  34.21 
 
 		 353 aa  58.5  0.0000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.322888  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3129  AraC family transcriptional regulator  38.39 
 
 		 299 aa  58.9  0.0000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0489  AraC family transcriptional regulator  30.34 
 
 		 336 aa  58.9  0.0000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2213  helix-turn-helix, AraC type  36.46 
 
 		 309 aa  58.9  0.0000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.522534  normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0988  AraC family transcriptional regulator  30.34 
 
 		 314 aa  58.9  0.0000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4889  two component AraC family transcriptional regulator  35.35 
 
 		 288 aa  58.9  0.0000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.298891  hitchhiker  0.00503781 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2126  AraC family transcriptional regulator  30.34 
 
 		 361 aa  58.9  0.0000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4297  transcriptional activator RhaS  34.67 
 
 		 278 aa  58.5  0.0000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.082999 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0536  transcriptional regulator  30.48 
 
 		 318 aa  58.9  0.0000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2329  transcriptional regulator, AraC family  34 
 
 		 773 aa  58.5  0.0000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0759  AraC family transcriptional regulator  30.34 
 
 		 314 aa  58.9  0.0000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1960  AraC family transcriptional regulator  30.34 
 
 		 314 aa  58.9  0.0000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5220  AraC family transcriptional regulator  28.09 
 
 		 314 aa  58.5  0.0000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.974611 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0309  transcriptional regulator  28.08 
 
 		 320 aa  58.9  0.0000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.312356  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1428  transcriptional regulator, AraC family  32.63 
 
 		 285 aa  58.5  0.0000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4276  AraC family transcriptional regulator  34.04 
 
 		 287 aa  58.9  0.0000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.318534 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0692  AraC family transcriptional regulator  30.34 
 
 		 314 aa  58.9  0.0000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03791  DNA-binding transcriptional activator, L-rhamnose-binding  34.67 
 
 		 278 aa  58.5  0.0000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4079  transcriptional regulator, AraC family  34.67 
 
 		 278 aa  58.2  0.0000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03740  hypothetical protein  34.67 
 
 		 278 aa  58.5  0.0000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2373  two component transcriptional regulator, AraC family  35.48 
 
 		 252 aa  58.2  0.0000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5702  transcriptional regulator, AraC family  35.19 
 
 		 319 aa  57.8  0.0000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.946416 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0498  transcriptional regulator  34.21 
 
 		 316 aa  58.2  0.0000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2404  AraC family transcriptional regulator  31.18 
 
 		 290 aa  58.5  0.0000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.72005 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4135  transcriptional activator RhaS  34.67 
 
 		 278 aa  58.2  0.0000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3256  AraC family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 292 aa  58.2  0.0000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4112  transcriptional activator RhaS  34.67 
 
 		 278 aa  58.2  0.0000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0599  transcriptional regulator  28.09 
 
 		 326 aa  57.8  0.0000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.703076 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3318  AraC family transcriptional regulator  31.07 
 
 		 345 aa  57.8  0.0000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1850  AraC family transcriptional regulator  31.46 
 
 		 314 aa  58.2  0.0000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.999636  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2730  AraC family transcriptional regulator  30.86 
 
 		 283 aa  58.5  0.0000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.136465 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3303  AraC family transcriptional regulator  28.09 
 
 		 314 aa  58.5  0.0000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2700  AraC family transcriptional regulator  30.86 
 
 		 283 aa  58.5  0.0000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1596  transcriptional regulator, AraC family  31.73 
 
 		 287 aa  58.2  0.0000002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1111  AraC family transcriptional regulator  27.66 
 
 		 506 aa  58.5  0.0000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.0000128485  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5358  transcriptional activator RhaS  34.67 
 
 		 278 aa  58.2  0.0000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5064  AraC family transcriptional regulator  28.09 
 
 		 314 aa  58.5  0.0000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4910  AraC family transcriptional regulator  34.44 
 
 		 388 aa  58.2  0.0000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.45379  normal  0.327083 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2744  AraC family transcriptional regulator  30.86 
 
 		 283 aa  58.5  0.0000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.128032  normal  0.769865 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03564  predicted DNA-binding transcriptional regulator  38.67 
 
 		 307 aa  57.8  0.0000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.42509  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0023  transcriptional regulator, AraC family  38.67 
 
 		 297 aa  57.8  0.0000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4189  AraC family transcriptional regulator  38.67 
 
 		 297 aa  57.8  0.0000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2736  AraC family transcriptional regulator  32.74 
 
 		 154 aa  57.8  0.0000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.66637 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1886  AraC family transcriptional regulator  37.33 
 
 		 273 aa  57.4  0.0000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4384  transcriptional activator RhaS  34.67 
 
 		 278 aa  57.4  0.0000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2488  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 344 aa  57.4  0.0000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3662  AraC family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 324 aa  57.8  0.0000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2390  AraC family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 196 aa  57.4  0.0000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.245348  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3807  AraC family two component transcriptional regulator  36.46 
 
 		 289 aa  57.8  0.0000003  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.536318  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3578  AraC family transcriptional regulator  28.09 
 
 		 314 aa  57.4  0.0000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.54425 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>