More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_2248 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_3526  AraC family transcriptional regulator  99.4 
 
 		 335 aa  678    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.382139  normal  0.568026 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2227  AraC family transcriptional regulator  94.03 
 
 		 335 aa  650    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.12484  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2402  AraC family transcriptional regulator  97.31 
 
 		 369 aa  669    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2248  helix-turn-helix domain-containing protein  100 
 
 		 335 aa  682    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09770  AraC family transcriptional regulator  56.02 
 
 		 340 aa  358  7e-98  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0907  putative transcriptional regulator  58.75 
 
 		 311 aa  352  5e-96  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.290257  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2385  transcriptional regulator  52.87 
 
 		 341 aa  330  2e-89  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.259464  unclonable  0.0000372406 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2690  AraC family transcriptional regulator  40.92 
 
 		 351 aa  229  5e-59  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.671467 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0648  helix-turn-helix domain-containing protein  33.84 
 
 		 354 aa  219  7e-56  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.369087 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3056  transcriptional regulator, AraC family  40.06 
 
 		 344 aa  217  2e-55  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.351096  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0465  transcriptional regulator, AraC family  37.89 
 
 		 367 aa  210  3e-53  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0987  transcriptional regulator  38.58 
 
 		 375 aa  209  8e-53  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5236  transcriptional regulator  37.58 
 
 		 367 aa  208  1e-52  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.59007  normal  0.0230056 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6166  putative transcriptional regulator  37.69 
 
 		 367 aa  207  3e-52  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.165565  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71070  AraC family transcriptional regulator  37.69 
 
 		 367 aa  206  3e-52  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4708  helix-turn-helix, AraC type:ThiJ/PfpI  38.01 
 
 		 367 aa  206  4e-52  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4910  AraC family transcriptional regulator  36.5 
 
 		 368 aa  205  7e-52  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00942326 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0323  AraC family transcriptional regulator  36.2 
 
 		 368 aa  204  2e-51  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0298  AraC family transcriptional regulator  35.89 
 
 		 368 aa  203  4e-51  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000218642 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0318  AraC family transcriptional regulator  35.89 
 
 		 368 aa  203  4e-51  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.120478 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0490  transcriptional regulator  37.54 
 
 		 364 aa  202  8e-51  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2664  AraC family transcriptional regulator  32.61 
 
 		 368 aa  191  2e-47  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0165303  normal  0.567946 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4021  AraC family transcriptional regulator  34.86 
 
 		 353 aa  188  1e-46  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.322888  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4061  AraC family transcriptional regulator  37.01 
 
 		 401 aa  183  4.0000000000000006e-45  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.135508  normal  0.429541 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1100  AraC family transcriptional regulator  35.49 
 
 		 334 aa  181  1e-44  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.0397278 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0457  transcriptional regulator  37.99 
 
 		 332 aa  180  2.9999999999999997e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.99008  normal  0.0292699 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0968  AraC family transcriptional regulator  39.09 
 
 		 332 aa  178  1e-43  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5090  AraC family transcriptional regulator  37.66 
 
 		 332 aa  177  2e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.893585 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1111  AraC family transcriptional regulator  34.06 
 
 		 339 aa  177  2e-43  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000893396  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4565  AraC family transcriptional regulator  37.66 
 
 		 332 aa  177  2e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.644708 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1567  AraC family transcriptional regulator  36.28 
 
 		 337 aa  177  3e-43  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.226821  normal  0.377129 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2152  transcriptional regulator, AraC family  34.6 
 
 		 340 aa  177  3e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.49496 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2922  transcriptional regulator  36.28 
 
 		 337 aa  177  3e-43  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2406  transcriptional regulator, AraC family  34.38 
 
 		 339 aa  177  3e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0277312 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0448  AraC family transcriptional regulator  38.76 
 
 		 332 aa  176  4e-43  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3487  AraC family transcriptional regulator  36.48 
 
 		 332 aa  176  4e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.1866 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1931  AraC family transcriptional regulator  38.76 
 
 		 332 aa  176  4e-43  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.746291  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0566  AraC family transcriptional regulator  38.76 
 
 		 332 aa  175  9e-43  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.207783  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0901  AraC family transcriptional regulator  38.76 
 
 		 332 aa  175  9e-43  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2025  AraC family transcriptional regulator  38.76 
 
 		 332 aa  175  9e-43  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1868  AraC family transcriptional regulator  38.76 
 
 		 332 aa  175  9e-43  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5170  AraC family transcriptional regulator  35.5 
 
 		 355 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0119945  normal  0.398909 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4893  AraC family transcriptional regulator  35.33 
 
 		 340 aa  174  1.9999999999999998e-42  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1794  AraC family transcriptional regulator  34.92 
 
 		 338 aa  174  1.9999999999999998e-42  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.112719  hitchhiker  0.00342809 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3197  AraC family transcriptional regulator  35.5 
 
 		 355 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5109  AraC family transcriptional regulator  37.01 
 
 		 332 aa  174  2.9999999999999996e-42  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.771046  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2821  transcriptional regulator  37.11 
 
 		 324 aa  172  5e-42  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1270  transcriptional regulator  34.52 
 
 		 334 aa  171  1e-41  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.314543  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3933  AraC family transcriptional regulator  36.68 
 
 		 337 aa  171  2e-41  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4809  transcriptional regulator  36.81 
 
 		 331 aa  170  4e-41  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.193614  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3448  AraC family transcriptional regulator  37.35 
 
 		 325 aa  169  6e-41  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS02029  transcriptional regulator transcription regulator protein  35.16 
 
 		 343 aa  169  9e-41  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.130887 
 
 
-
 
NC_003296  RS02043  transcriptional regulator transcription regulator protein  35.69 
 
 		 334 aa  167  2e-40  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1140  AraC family transcriptional regulator  33.23 
 
 		 322 aa  167  2e-40  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0567003 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3735  helix-turn-helix domain-containing protein  34.49 
 
 		 343 aa  167  2e-40  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.43988 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4030  transcriptional regulator, AraC family  34.49 
 
 		 343 aa  167  2.9999999999999998e-40  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.364388 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7695  transcriptional regulator  35.58 
 
 		 324 aa  166  4e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.529732 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2444  transcriptional regulator  33.54 
 
 		 331 aa  165  9e-40  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0668048  hitchhiker  0.000772272 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3277  AraC family transcriptional regulator  34.62 
 
 		 339 aa  165  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2488  AraC family transcriptional regulator  33.97 
 
 		 344 aa  164  2.0000000000000002e-39  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1319  AraC family transcriptional regulator  32.72 
 
 		 332 aa  162  5.0000000000000005e-39  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4823  transcriptional regulator  36.13 
 
 		 338 aa  162  7e-39  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1525  HTH-type transcriptional regulator  33.44 
 
 		 339 aa  162  9e-39  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.199497 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1614  transcriptional regulator  36.57 
 
 		 332 aa  161  1e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3282  AraC family transcriptional regulator  34.84 
 
 		 371 aa  161  1e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5086  AraC family transcriptional regulator  34.84 
 
 		 371 aa  161  1e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.754601 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5042  transcriptional regulator, AraC family  36.22 
 
 		 332 aa  161  2e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.363358  normal  0.505144 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2590  transcriptional regulator AraC family  33.86 
 
 		 337 aa  161  2e-38  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0570  transcriptional regulator  34.84 
 
 		 371 aa  161  2e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5199  AraC family transcriptional regulator  34.84 
 
 		 341 aa  161  2e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3545  AraC family transcriptional regulator  34.84 
 
 		 341 aa  160  2e-38  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0329  AraC family transcriptional regulator  34.6 
 
 		 314 aa  160  3e-38  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5062  transcriptional regulator, AraC family  34.84 
 
 		 331 aa  160  3e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.652687  normal  0.0215007 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0739  AraC family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 365 aa  160  3e-38  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1007  AraC family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 365 aa  160  3e-38  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.809611  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0469  AraC family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 369 aa  160  4e-38  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0711  AraC family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 341 aa  160  4e-38  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1980  AraC family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 341 aa  160  4e-38  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.433985  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3990  transcriptional regulator, AraC family  32.84 
 
 		 344 aa  159  5e-38  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2105  AraC family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 421 aa  159  5e-38  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5023  AraC family transcriptional regulator  34.52 
 
 		 341 aa  159  6e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1586  transcriptional regulator  34.52 
 
 		 333 aa  159  6e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1865  AraC family transcriptional regulator  32.81 
 
 		 332 aa  159  7e-38  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1869  AraC family transcriptional regulator  34.84 
 
 		 341 aa  159  8e-38  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3578  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 314 aa  158  1e-37  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.54425 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3304  AraC family transcriptional regulator  34.97 
 
 		 338 aa  158  1e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.176571  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5064  AraC family transcriptional regulator  33.23 
 
 		 314 aa  157  2e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3303  AraC family transcriptional regulator  33.23 
 
 		 314 aa  157  2e-37  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0827  AraC family transcriptional regulator  34.97 
 
 		 365 aa  157  3e-37  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4498  AraC family transcriptional regulator  34.19 
 
 		 340 aa  155  8e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5220  AraC family transcriptional regulator  32.91 
 
 		 314 aa  155  1e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.974611 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6176  putative transcriptional regulator  34.43 
 
 		 336 aa  153  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5229  transcriptional regulator  33.12 
 
 		 314 aa  153  4e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.35662  normal  0.0289181 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71170  AraC family transcriptional regulator  34.43 
 
 		 336 aa  153  5e-36  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3394  transcriptional regulator, AraC family  32.06 
 
 		 334 aa  152  5.9999999999999996e-36  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0498  transcriptional regulator  33.22 
 
 		 316 aa  152  7e-36  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3942  AraC family transcriptional regulator  32.78 
 
 		 336 aa  151  1e-35  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.466068  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1950  transcriptional regulator  31.09 
 
 		 341 aa  151  1e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3203  transcriptional regulator  32.78 
 
 		 343 aa  151  1e-35  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.123314  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4511  transcriptional regulator, AraC family  33.44 
 
 		 341 aa  151  1e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.88084  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>