272 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_3698 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008687  Pden_3698  RNA methyltransferase  100 
 
 		 246 aa  488  1e-137  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.274562  normal  0.859655 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3829  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  66.67 
 
 		 243 aa  314  9.999999999999999e-85  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.542381  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3522  RNA methyltransferase  66.67 
 
 		 243 aa  314  9.999999999999999e-85  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0833085  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3810  hypothetical protein  65.42 
 
 		 243 aa  308  4e-83  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0410022  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1336  RNA methyltransferase TrmH, group 1  62.4 
 
 		 249 aa  301  5.000000000000001e-81  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1513  putative tRNA/rRNA methyltransferase  63.18 
 
 		 255 aa  294  1e-78  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.217497  normal  0.686219 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2433  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  61.09 
 
 		 258 aa  283  3.0000000000000004e-75  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.127939  normal  0.10084 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2581  RNA methyltransferase  53.5 
 
 		 262 aa  237  1e-61  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0271019  normal  0.93463 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1133  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  53.16 
 
 		 253 aa  230  2e-59  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.10914  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0788  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  50.58 
 
 		 248 aa  220  9.999999999999999e-57  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0987211  normal  0.0803398 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0696  RNA methyltransferase TrmH, group 1  51.26 
 
 		 279 aa  217  1e-55  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2243  tRNA/rRNA methyltransferase  50.42 
 
 		 251 aa  214  9.999999999999999e-55  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.425244  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3341  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  49.79 
 
 		 245 aa  208  8e-53  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1517  RNA methyltransferase  45.38 
 
 		 276 aa  206  4e-52  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.9954 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1325  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  49.38 
 
 		 271 aa  205  5e-52  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.277848  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3468  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  47.93 
 
 		 245 aa  202  5e-51  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.19102  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5426  putative tRNA/rRNA methyltransferase  48.07 
 
 		 399 aa  201  8e-51  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.138819 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1915  tRNA/rRNA methyltransferase  45.38 
 
 		 286 aa  201  9.999999999999999e-51  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2161  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  46.86 
 
 		 276 aa  200  1.9999999999999998e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0486585  normal  0.265451 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3522  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  48.74 
 
 		 266 aa  199  1.9999999999999998e-50  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.391338  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5766  RNA methyltransferase  48.36 
 
 		 261 aa  199  5e-50  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3144  RNA methyltransferase  46.69 
 
 		 245 aa  198  6e-50  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.317738  normal  0.930486 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1950  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  46.44 
 
 		 276 aa  197  1.0000000000000001e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.168874  normal  0.372622 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4570  RNA methyltransferase  45.42 
 
 		 298 aa  192  4e-48  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0223529  normal  0.0756262 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1012  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  46.61 
 
 		 249 aa  192  5e-48  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1577  RNA methyltransferase TrmH, group 1  45.49 
 
 		 410 aa  191  7e-48  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.68355  normal  0.0119734 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1268  RNA methyltransferase  46.86 
 
 		 262 aa  191  8e-48  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.681367  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3731  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  46.32 
 
 		 398 aa  191  1e-47  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.804508  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4361  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  44.3 
 
 		 399 aa  189  4e-47  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.989023  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2632  RNA methyltransferase  47.33 
 
 		 250 aa  188  7e-47  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.192345 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0420  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  44.17 
 
 		 258 aa  187  2e-46  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.674451  normal  0.0345812 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1403  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  43.75 
 
 		 257 aa  187  2e-46  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4813  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  46.09 
 
 		 248 aa  186  4e-46  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.695937  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0394  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  45.64 
 
 		 281 aa  181  1e-44  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1295  RNA methyltransferase TrmH, group 1  46.35 
 
 		 403 aa  179  2.9999999999999997e-44  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1738  RNA methyltransferase TrmH, group 1  45.45 
 
 		 397 aa  179  4.999999999999999e-44  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1995  RNA methyltransferase  41.95 
 
 		 281 aa  172  2.9999999999999996e-42  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.720646  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1624  RNA methyltransferase TrmH, group 1  45.49 
 
 		 410 aa  171  9e-42  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1158  RNA methyltransferase  43.04 
 
 		 291 aa  171  1e-41  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.357934  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1196  RNA methyltransferase  43.04 
 
 		 276 aa  170  2e-41  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0828  RNA methyltransferase  39.41 
 
 		 275 aa  162  5.0000000000000005e-39  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.151565  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40430  RNA methyltransferase TrmH, group 1  38.49 
 
 		 258 aa  140  1.9999999999999998e-32  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.573027  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1990  RNA methyltransferase TrmH, group 1  40.83 
 
 		 254 aa  137  2e-31  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.25576  normal  0.905028 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1711  hypothetical protein  37.61 
 
 		 257 aa  135  4e-31  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1682  RNA methyltransferase TrmH, group 1  38.46 
 
 		 254 aa  135  4e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1711  hypothetical protein  37.61 
 
 		 257 aa  135  7.000000000000001e-31  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1161  RNA methyltransferase TrmH, group 1  41.2 
 
 		 256 aa  134  9.999999999999999e-31  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  hitchhiker  0.0000875813  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0839  RNA methyltransferase  37.34 
 
 		 251 aa  130  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.742035  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0869  RNA methyltransferase  37.45 
 
 		 279 aa  131  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.164985  normal  0.267349 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0882  RNA methyltransferase  37.34 
 
 		 251 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00955273 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0812  RNA methyltransferase TrmH, group 1  37.66 
 
 		 251 aa  129  3e-29  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000000476063  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1396  RNA methyltransferase  36.82 
 
 		 276 aa  127  1.0000000000000001e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.901296  hitchhiker  0.00503729 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0441  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  33.9 
 
 		 248 aa  127  1.0000000000000001e-28  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1571  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  36.36 
 
 		 258 aa  127  1.0000000000000001e-28  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0152101  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1219  RNA methyltransferase  38.14 
 
 		 252 aa  127  1.0000000000000001e-28  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5390  RNA methyltransferase TrmH, group 1  38.27 
 
 		 289 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2517  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  37.65 
 
 		 353 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.127237  hitchhiker  0.00000580733 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5993  RNA methyltransferase TrmH, group 1  38.27 
 
 		 289 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2084  RNA methyltransferase  38.27 
 
 		 289 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00462385  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1620  RNA methyltransferase TrmH, group 1  36.96 
 
 		 278 aa  126  3e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.298646 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4339  RNA methyltransferase  36.51 
 
 		 251 aa  126  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000160755 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3514  RNA methyltransferase  36.69 
 
 		 262 aa  126  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4615  RNA methyltransferase TrmH, group 1  34.73 
 
 		 264 aa  125  7e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.00452302  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1989  RNA methyltransferase  36.51 
 
 		 273 aa  124  1e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.418465 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1420  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  36.44 
 
 		 257 aa  124  2e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2119  RNA methyltransferase  36.51 
 
 		 273 aa  124  2e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14690  putative methyltransferase  35.77 
 
 		 257 aa  122  4e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1234  RNA methyltransferase TrmH, group 1  36.86 
 
 		 254 aa  122  7e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.600347  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2030  RNA methyltransferase  37.14 
 
 		 245 aa  122  7e-27  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.433712  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3670  putative RNA methyltransferase  38.35 
 
 		 228 aa  121  9e-27  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2874  RNA methyltransferase  36.73 
 
 		 254 aa  120  9.999999999999999e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.718962  hitchhiker  0.0000000232974 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1296  putative methyltransferase  35.22 
 
 		 308 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2281  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  39.39 
 
 		 245 aa  119  3e-26  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0794239  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1197  RNA methyltransferase  39.27 
 
 		 289 aa  119  3.9999999999999996e-26  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0280134 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1773  RNA methyltransferase  35.51 
 
 		 254 aa  119  4.9999999999999996e-26  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.12594  hitchhiker  0.00165952 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2705  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  35.68 
 
 		 253 aa  119  4.9999999999999996e-26  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.29092 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0463  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  32.92 
 
 		 256 aa  119  6e-26  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.74203  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1155  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  35.92 
 
 		 266 aa  118  7e-26  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.043355 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2624  RNA methyltransferase  34.62 
 
 		 260 aa  118  7e-26  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0279  tRNA/rRNA methyltransferase  34.02 
 
 		 246 aa  118  7.999999999999999e-26  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0492  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  33.33 
 
 		 253 aa  118  9.999999999999999e-26  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3864  putative RNA methyltransferase  33.61 
 
 		 228 aa  117  9.999999999999999e-26  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.000175162  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2840  putative tRNA/rRNA methyltransferase protein  38.2 
 
 		 239 aa  117  9.999999999999999e-26  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.261142  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0941  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  35.15 
 
 		 250 aa  117  9.999999999999999e-26  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2103  RNA methyltransferase  37.45 
 
 		 289 aa  117  9.999999999999999e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.247201 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1646  RNA methyltransferase TrmH, group 1  34.48 
 
 		 247 aa  117  1.9999999999999998e-25  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2846  RNA methyltransferase TrmH, group 1  35.83 
 
 		 274 aa  117  1.9999999999999998e-25  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1046  RNA methyltransferase  33.96 
 
 		 264 aa  117  1.9999999999999998e-25  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0448584 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0964  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  33.21 
 
 		 264 aa  117  1.9999999999999998e-25  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.301761  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0673  RNA methyltransferase TrmH, group 1  36.69 
 
 		 267 aa  116  3e-25  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  unclonable  0.0000000736147  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1935  RNA methyltransferase  39.51 
 
 		 338 aa  116  3e-25  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.136994  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1635  tRNA/rRNA methyltransferase  34.6 
 
 		 263 aa  116  3e-25  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1578  RNA methyltransferase  34.6 
 
 		 263 aa  116  3e-25  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.373161  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3506  RNA methyltransferase  35.15 
 
 		 240 aa  116  3.9999999999999997e-25  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.899672 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1550  RNA methyltransferase  32.91 
 
 		 244 aa  115  5e-25  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0671761  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1552  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  33.47 
 
 		 245 aa  115  5e-25  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000140105 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3595  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  39.67 
 
 		 228 aa  115  6e-25  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1119  RNA methyltransferase  36.36 
 
 		 287 aa  115  7.999999999999999e-25  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0682  putative RNA methyltransferase  40.88 
 
 		 228 aa  115  8.999999999999998e-25  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000176803  normal  0.146747 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1843  RNA methyltransferase TrmH family, group 1  38.02 
 
 		 257 aa  114  1.0000000000000001e-24  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>