More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dbac_0441 on replicon NC_013173
Organism: Desulfomicrobium baculatum DSM 4028



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013173  Dbac_0441  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  100 
 
 
248 aa  515  1.0000000000000001e-145  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0974  RNA methyltransferase  53.09 
 
 
253 aa  284  9e-76  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0463  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  50.2 
 
 
256 aa  267  1e-70  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.74203  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0569  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  48.57 
 
 
254 aa  264  1e-69  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1155  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  49.59 
 
 
266 aa  258  9e-68  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.043355 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0941  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  44.94 
 
 
250 aa  236  2e-61  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1297  RNA methyltransferase  42.13 
 
 
257 aa  197  2.0000000000000003e-49  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.69308  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2624  RNA methyltransferase  41.81 
 
 
260 aa  179  2.9999999999999997e-44  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2030  RNA methyltransferase  39.91 
 
 
245 aa  152  5e-36  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.433712  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1369  RNA methyltransferase TrmH, group 1  39.83 
 
 
248 aa  149  3e-35  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000282911  hitchhiker  0.0000077591 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1475  RNA methyltransferase  37.87 
 
 
255 aa  143  3e-33  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1550  RNA methyltransferase  37.07 
 
 
244 aa  143  3e-33  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0671761  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1161  RNA methyltransferase TrmH, group 1  38.36 
 
 
256 aa  140  1.9999999999999998e-32  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  hitchhiker  0.0000875813  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4615  RNA methyltransferase TrmH, group 1  34.55 
 
 
264 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.00452302  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0839  RNA methyltransferase  33.74 
 
 
251 aa  139  3e-32  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.742035  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1552  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  37.97 
 
 
245 aa  139  3e-32  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000140105 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0882  RNA methyltransferase  33.74 
 
 
251 aa  138  7e-32  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00955273 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2874  RNA methyltransferase  35.55 
 
 
254 aa  138  7.999999999999999e-32  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.718962  hitchhiker  0.0000000232974 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2687  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  37.55 
 
 
245 aa  138  7.999999999999999e-32  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.491891  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0869  RNA methyltransferase  32.92 
 
 
279 aa  135  5e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.164985  normal  0.267349 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14690  putative methyltransferase  35.63 
 
 
257 aa  135  5e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1773  RNA methyltransferase  35.74 
 
 
254 aa  135  5e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.12594  hitchhiker  0.00165952 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1711  hypothetical protein  37.1 
 
 
257 aa  135  7.000000000000001e-31  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1711  hypothetical protein  37.1 
 
 
257 aa  135  8e-31  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2505  RNA methyltransferase  35.27 
 
 
242 aa  134  9.999999999999999e-31  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.000223047  normal  0.027536 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1420  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  34.96 
 
 
257 aa  134  9.999999999999999e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1958  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  35.27 
 
 
242 aa  134  9.999999999999999e-31  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000144903  hitchhiker  0.00948062 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0812  RNA methyltransferase TrmH, group 1  36.64 
 
 
251 aa  134  9.999999999999999e-31  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000000476063  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2389  RNA methyltransferase  35.27 
 
 
242 aa  134  9.999999999999999e-31  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.0000000450659  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1258  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  35.42 
 
 
245 aa  134  1.9999999999999998e-30  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00338281  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40430  RNA methyltransferase TrmH, group 1  34.55 
 
 
258 aa  133  1.9999999999999998e-30  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.573027  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1736  RNA methyltransferase  36.1 
 
 
241 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000887935  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0645  RNA methyltransferase  35.9 
 
 
251 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0451004  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1485  RNA methyltransferase  34.54 
 
 
254 aa  133  3e-30  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0403715  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1816  RNA methyltransferase  36.1 
 
 
241 aa  133  3e-30  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00001341  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1322  RNA methyltransferase  34.43 
 
 
254 aa  133  3e-30  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.000628419  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2283  RNA methyltransferase  36.1 
 
 
241 aa  132  5e-30  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000130955  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4339  RNA methyltransferase  32.64 
 
 
251 aa  132  6.999999999999999e-30  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000160755 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2261  RNA methyltransferase  36.1 
 
 
241 aa  131  7.999999999999999e-30  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2400  RNA methyltransferase  34.85 
 
 
242 aa  131  9e-30  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.000000262197  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2152  RNA methyltransferase  35.27 
 
 
241 aa  131  9e-30  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0159142  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1235  RNA methyltransferase  34.45 
 
 
241 aa  131  1.0000000000000001e-29  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.207917  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1296  putative methyltransferase  34.27 
 
 
308 aa  130  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1234  RNA methyltransferase TrmH, group 1  34.57 
 
 
254 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.600347  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1682  RNA methyltransferase TrmH, group 1  36.55 
 
 
254 aa  130  2.0000000000000002e-29  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2076  RNA methyltransferase  34.55 
 
 
260 aa  130  2.0000000000000002e-29  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.780076  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2846  RNA methyltransferase TrmH, group 1  35.83 
 
 
274 aa  130  2.0000000000000002e-29  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01352  putative tRNA/rRNA methyltransferase (trmH family) protein  34.68 
 
 
261 aa  130  3e-29  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0228097  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0827  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  34.44 
 
 
245 aa  127  2.0000000000000002e-28  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.293121 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3698  RNA methyltransferase  33.9 
 
 
246 aa  127  2.0000000000000002e-28  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.274562  normal  0.859655 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1290  RNA methyltransferase  35.66 
 
 
240 aa  126  3e-28  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0442169  normal  0.0143019 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2427  RNA methyltransferase  36.21 
 
 
240 aa  125  7e-28  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004362  tRNA:Cm32/Um32 methyltransferase  34.33 
 
 
239 aa  125  8.000000000000001e-28  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00237949  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2320  RNA methyltransferase  34.96 
 
 
252 aa  124  1e-27  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000515226  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3514  RNA methyltransferase  33.06 
 
 
262 aa  124  1e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1578  RNA methyltransferase  35.39 
 
 
263 aa  124  1e-27  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.373161  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1646  RNA methyltransferase TrmH, group 1  32.47 
 
 
247 aa  124  2e-27  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1513  putative tRNA/rRNA methyltransferase  33.33 
 
 
255 aa  124  2e-27  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.217497  normal  0.686219 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1635  tRNA/rRNA methyltransferase  34.98 
 
 
263 aa  122  4e-27  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1411  RNA methyltransferase  34.19 
 
 
267 aa  122  4e-27  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.993978  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0715  hypothetical tRNA/rRNA methyltransferase  33.74 
 
 
242 aa  121  8e-27  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0492  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  32.77 
 
 
253 aa  121  9e-27  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1279  RNA methyltransferase  32.22 
 
 
240 aa  119  3.9999999999999996e-26  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1455  RNA methyltransferase TrmH, group 1  32.16 
 
 
259 aa  119  4.9999999999999996e-26  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.000119002  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1230  rRNA methylase, SpoU family  32.22 
 
 
240 aa  119  4.9999999999999996e-26  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.420687  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3506  RNA methyltransferase  33.33 
 
 
240 aa  119  7e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.899672 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2746  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  36.4 
 
 
256 aa  118  7.999999999999999e-26  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.504131  normal  0.782476 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0279  tRNA/rRNA methyltransferase  32.8 
 
 
246 aa  117  9.999999999999999e-26  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1577  RNA methyltransferase TrmH, group 1  31.88 
 
 
410 aa  117  1.9999999999999998e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.68355  normal  0.0119734 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3468  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  31.47 
 
 
245 aa  117  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.19102  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01053  rRNA methylase  32.19 
 
 
239 aa  117  3e-25  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2161  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  33.06 
 
 
276 aa  116  3e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0486585  normal  0.265451 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3144  RNA methyltransferase  31.03 
 
 
245 aa  116  3e-25  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.317738  normal  0.930486 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1990  RNA methyltransferase TrmH, group 1  33.19 
 
 
254 aa  116  3e-25  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.25576  normal  0.905028 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2705  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  34.51 
 
 
253 aa  117  3e-25  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.29092 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1517  RNA methyltransferase  32.92 
 
 
276 aa  116  3.9999999999999997e-25  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.9954 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5993  RNA methyltransferase TrmH, group 1  33.19 
 
 
289 aa  115  6e-25  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2084  RNA methyltransferase  33.19 
 
 
289 aa  115  6e-25  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00462385  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3522  RNA methyltransferase  32.9 
 
 
243 aa  115  6.9999999999999995e-25  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0833085  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3829  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  32.9 
 
 
243 aa  115  6.9999999999999995e-25  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.542381  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1336  RNA methyltransferase TrmH, group 1  31.49 
 
 
249 aa  115  6.9999999999999995e-25  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5426  putative tRNA/rRNA methyltransferase  33.48 
 
 
399 aa  114  1.0000000000000001e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.138819 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2807  RNA methyltransferase  33.76 
 
 
243 aa  114  1.0000000000000001e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0201876  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2745  RNA methyltransferase  33.76 
 
 
243 aa  114  1.0000000000000001e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00735302  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2700  RNA methyltransferase  33.76 
 
 
243 aa  114  1.0000000000000001e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000906061  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2062  tRNA/rRNA methyltransferase, TrmH family, group 1  33.76 
 
 
247 aa  114  1.0000000000000001e-24  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.260682  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2281  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  34.47 
 
 
245 aa  114  2.0000000000000002e-24  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0794239  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0615  RNA methyltransferase TrmH, group 1  32.92 
 
 
268 aa  114  2.0000000000000002e-24  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000217405  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2920  RNA methyltransferase  33.76 
 
 
243 aa  114  2.0000000000000002e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0175386  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2786  RNA methyltransferase  33.76 
 
 
243 aa  114  2.0000000000000002e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  0.000395932  normal 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0071  RNA methyltransferase  31.12 
 
 
231 aa  114  2.0000000000000002e-24  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.17974  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4361  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  29.82 
 
 
399 aa  113  3e-24  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.989023  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1950  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  36.18 
 
 
276 aa  113  3e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.168874  normal  0.372622 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5390  RNA methyltransferase TrmH, group 1  32.77 
 
 
289 aa  113  3e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0275  RNA methyltransferase  30.58 
 
 
244 aa  113  3e-24  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00988641  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1136  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  33.76 
 
 
246 aa  112  4.0000000000000004e-24  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.631773  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3731  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  31.72 
 
 
398 aa  112  4.0000000000000004e-24  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.804508  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2685  RNA methyltransferase  33.76 
 
 
246 aa  112  4.0000000000000004e-24  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0309108  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3029  RNA methyltransferase  34.19 
 
 
244 aa  113  4.0000000000000004e-24  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00120237  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2684  RNA methyltransferase  33.76 
 
 
246 aa  112  4.0000000000000004e-24  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  0.00000664328  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>