More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dvul_0569 on replicon NC_008751
Organism: Desulfovibrio vulgaris DP4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008751  Dvul_0569  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  100 
 
 
254 aa  516  1e-146  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1155  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  71.72 
 
 
266 aa  350  1e-95  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.043355 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0974  RNA methyltransferase  60.87 
 
 
253 aa  311  9e-84  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0941  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  59.26 
 
 
250 aa  280  1e-74  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0441  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  48.57 
 
 
248 aa  264  1e-69  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0463  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  49.2 
 
 
256 aa  247  2e-64  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.74203  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2624  RNA methyltransferase  39.57 
 
 
260 aa  165  5.9999999999999996e-40  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1297  RNA methyltransferase  36.36 
 
 
257 aa  160  3e-38  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.69308  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1578  RNA methyltransferase  37.35 
 
 
263 aa  135  8e-31  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.373161  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1711  hypothetical protein  34.54 
 
 
257 aa  135  9e-31  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1635  tRNA/rRNA methyltransferase  37.35 
 
 
263 aa  134  9.999999999999999e-31  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4615  RNA methyltransferase TrmH, group 1  33.87 
 
 
264 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.00452302  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1711  hypothetical protein  33.73 
 
 
257 aa  132  6e-30  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1550  RNA methyltransferase  37.39 
 
 
244 aa  131  1.0000000000000001e-29  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0671761  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0645  RNA methyltransferase  38.4 
 
 
251 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0451004  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2400  RNA methyltransferase  34.15 
 
 
242 aa  129  3e-29  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.000000262197  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1958  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  34.15 
 
 
242 aa  130  3e-29  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000144903  hitchhiker  0.00948062 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2030  RNA methyltransferase  37.34 
 
 
245 aa  129  3e-29  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.433712  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4339  RNA methyltransferase  33.74 
 
 
251 aa  130  3e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000160755 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2389  RNA methyltransferase  34.15 
 
 
242 aa  130  3e-29  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.0000000450659  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2505  RNA methyltransferase  34.15 
 
 
242 aa  130  3e-29  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.000223047  normal  0.027536 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1234  RNA methyltransferase TrmH, group 1  35.1 
 
 
254 aa  129  5.0000000000000004e-29  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.600347  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14690  putative methyltransferase  34.27 
 
 
257 aa  129  6e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0839  RNA methyltransferase  33.47 
 
 
251 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.742035  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0827  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  37.29 
 
 
245 aa  127  1.0000000000000001e-28  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.293121 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1411  RNA methyltransferase  35.56 
 
 
267 aa  128  1.0000000000000001e-28  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.993978  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1420  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  34.27 
 
 
257 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2320  RNA methyltransferase  33.47 
 
 
252 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000515226  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1773  RNA methyltransferase  33.2 
 
 
254 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.12594  hitchhiker  0.00165952 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0869  RNA methyltransferase  33.06 
 
 
279 aa  126  3e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.164985  normal  0.267349 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1161  RNA methyltransferase TrmH, group 1  33.86 
 
 
256 aa  126  3e-28  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  hitchhiker  0.0000875813  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2687  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  36.32 
 
 
245 aa  126  3e-28  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.491891  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40430  RNA methyltransferase TrmH, group 1  33.73 
 
 
258 aa  126  4.0000000000000003e-28  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.573027  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2152  RNA methyltransferase  32.78 
 
 
241 aa  126  4.0000000000000003e-28  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0159142  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2846  RNA methyltransferase TrmH, group 1  36.03 
 
 
274 aa  126  4.0000000000000003e-28  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0882  RNA methyltransferase  33.33 
 
 
251 aa  125  6e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00955273 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1485  RNA methyltransferase  30.47 
 
 
254 aa  125  7e-28  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0403715  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1258  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  33.73 
 
 
245 aa  125  7e-28  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00338281  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1552  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  35.9 
 
 
245 aa  125  8.000000000000001e-28  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000140105 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1736  RNA methyltransferase  32.64 
 
 
241 aa  125  8.000000000000001e-28  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000887935  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1816  RNA methyltransferase  32.64 
 
 
241 aa  125  8.000000000000001e-28  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00001341  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2076  RNA methyltransferase  32.8 
 
 
260 aa  124  1e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.780076  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2283  RNA methyltransferase  32.64 
 
 
241 aa  124  1e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000130955  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1290  RNA methyltransferase  34.03 
 
 
240 aa  124  1e-27  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0442169  normal  0.0143019 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1369  RNA methyltransferase TrmH, group 1  37.13 
 
 
248 aa  124  2e-27  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000282911  hitchhiker  0.0000077591 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0812  RNA methyltransferase TrmH, group 1  35.86 
 
 
251 aa  124  2e-27  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000000476063  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1296  putative methyltransferase  33.06 
 
 
308 aa  124  2e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2261  RNA methyltransferase  33.05 
 
 
241 aa  123  3e-27  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2874  RNA methyltransferase  32.53 
 
 
254 aa  123  3e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.718962  hitchhiker  0.0000000232974 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1455  RNA methyltransferase TrmH, group 1  31.76 
 
 
259 aa  122  5e-27  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.000119002  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1119  RNA methyltransferase  34.13 
 
 
287 aa  122  6e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0715  hypothetical tRNA/rRNA methyltransferase  32.79 
 
 
242 aa  122  8e-27  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3514  RNA methyltransferase  34.15 
 
 
262 aa  120  3e-26  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0492  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  33.47 
 
 
253 aa  119  3.9999999999999996e-26  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1475  RNA methyltransferase  34.33 
 
 
255 aa  119  3.9999999999999996e-26  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2427  RNA methyltransferase  33.19 
 
 
240 aa  119  4.9999999999999996e-26  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2746  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  35.77 
 
 
256 aa  119  7e-26  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.504131  normal  0.782476 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1646  RNA methyltransferase TrmH, group 1  31.78 
 
 
247 aa  118  9.999999999999999e-26  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01352  putative tRNA/rRNA methyltransferase (trmH family) protein  33.19 
 
 
261 aa  117  1.9999999999999998e-25  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0228097  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004362  tRNA:Cm32/Um32 methyltransferase  32.51 
 
 
239 aa  117  1.9999999999999998e-25  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00237949  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1235  RNA methyltransferase  32.77 
 
 
241 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.207917  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1322  RNA methyltransferase  34.15 
 
 
254 aa  117  1.9999999999999998e-25  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.000628419  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2610  RNA methyltransferase  36.25 
 
 
247 aa  116  3e-25  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01053  rRNA methylase  32.92 
 
 
239 aa  117  3e-25  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5390  RNA methyltransferase TrmH, group 1  35.04 
 
 
289 aa  116  3e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5993  RNA methyltransferase TrmH, group 1  34.19 
 
 
289 aa  116  3e-25  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2084  RNA methyltransferase  34.19 
 
 
289 aa  116  3e-25  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00462385  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0615  RNA methyltransferase TrmH, group 1  34.58 
 
 
268 aa  114  2.0000000000000002e-24  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000217405  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2581  RNA methyltransferase  34.18 
 
 
262 aa  114  2.0000000000000002e-24  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0271019  normal  0.93463 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2705  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  35.29 
 
 
253 aa  113  3e-24  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.29092 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1336  RNA methyltransferase TrmH, group 1  34.44 
 
 
249 aa  113  3e-24  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0696  RNA methyltransferase TrmH, group 1  34.19 
 
 
279 aa  112  5e-24  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1325  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  42.07 
 
 
271 aa  112  6e-24  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.277848  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1843  RNA methyltransferase TrmH family, group 1  36.64 
 
 
257 aa  112  7.000000000000001e-24  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1995  RNA methyltransferase  33.05 
 
 
281 aa  110  2.0000000000000002e-23  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.720646  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2161  RNA methyltransferase TrmH, group 1  32.94 
 
 
246 aa  110  2.0000000000000002e-23  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00198375  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0279  tRNA/rRNA methyltransferase  31.12 
 
 
246 aa  110  2.0000000000000002e-23  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1682  RNA methyltransferase TrmH, group 1  32.63 
 
 
254 aa  110  3e-23  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_08981  tRNA/rRNA methyltransferase  33.47 
 
 
249 aa  110  3e-23  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.723919 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1396  RNA methyltransferase  32.62 
 
 
276 aa  109  4.0000000000000004e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.901296  hitchhiker  0.00503729 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4361  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  31.22 
 
 
399 aa  109  4.0000000000000004e-23  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.989023  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1577  RNA methyltransferase TrmH, group 1  31.91 
 
 
410 aa  109  5e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.68355  normal  0.0119734 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3698  RNA methyltransferase  31.25 
 
 
246 aa  108  6e-23  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.274562  normal  0.859655 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5426  putative tRNA/rRNA methyltransferase  35.32 
 
 
399 aa  108  1e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.138819 
 
 
-
 
NC_004310  BR1196  RNA methyltransferase  32.2 
 
 
276 aa  107  2e-22  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5766  RNA methyltransferase  37.04 
 
 
261 aa  107  2e-22  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3341  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  31.03 
 
 
245 aa  107  2e-22  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1989  RNA methyltransferase  34.18 
 
 
273 aa  106  3e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.418465 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1158  RNA methyltransferase  32.2 
 
 
291 aa  106  3e-22  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.357934  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2807  RNA methyltransferase  32.39 
 
 
243 aa  106  4e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0201876  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0275  RNA methyltransferase  31.38 
 
 
244 aa  106  4e-22  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00988641  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2103  RNA methyltransferase  34.19 
 
 
289 aa  106  4e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.247201 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2700  RNA methyltransferase  32.39 
 
 
243 aa  106  4e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000906061  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2745  RNA methyltransferase  32.39 
 
 
243 aa  105  5e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00735302  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2119  RNA methyltransferase  33.05 
 
 
273 aa  105  5e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3506  RNA methyltransferase  32.77 
 
 
240 aa  105  5e-22  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.899672 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2786  RNA methyltransferase  32.39 
 
 
243 aa  105  6e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  0.000395932  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1197  RNA methyltransferase  33.76 
 
 
289 aa  105  7e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0280134 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1407  RNA methyltransferase TrmH, group 1  32.4 
 
 
243 aa  105  9e-22  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1279  RNA methyltransferase  32.5 
 
 
240 aa  104  1e-21  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>