More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene DvMF_1155 on replicon NC_011769
Organism: Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011769  DvMF_1155  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  100 
 
 		 266 aa  538  9.999999999999999e-153  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.043355 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0569  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  71.77 
 
 		 254 aa  355  5.999999999999999e-97  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0974  RNA methyltransferase  61.29 
 
 		 253 aa  303  2.0000000000000002e-81  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0941  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  58.06 
 
 		 250 aa  271  9e-72  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0441  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  49.19 
 
 		 248 aa  260  2e-68  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0463  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  51.02 
 
 		 256 aa  247  1e-64  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.74203  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2624  RNA methyltransferase  45.57 
 
 		 260 aa  189  2.9999999999999997e-47  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1297  RNA methyltransferase  39.58 
 
 		 257 aa  170  2e-41  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.69308  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4339  RNA methyltransferase  37.85 
 
 		 251 aa  156  4e-37  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000160755 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1234  RNA methyltransferase TrmH, group 1  40.55 
 
 		 254 aa  152  4e-36  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.600347  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2030  RNA methyltransferase  39.92 
 
 		 245 aa  152  5.9999999999999996e-36  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.433712  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1552  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  40 
 
 		 245 aa  150  2e-35  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000140105 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2687  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  39.17 
 
 		 245 aa  149  3e-35  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.491891  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0839  RNA methyltransferase  36.03 
 
 		 251 aa  149  5e-35  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.742035  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4615  RNA methyltransferase TrmH, group 1  36.36 
 
 		 264 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.00452302  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0869  RNA methyltransferase  35.63 
 
 		 279 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.164985  normal  0.267349 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1420  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  38.98 
 
 		 257 aa  146  3e-34  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0882  RNA methyltransferase  35.63 
 
 		 251 aa  146  3e-34  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00955273 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1369  RNA methyltransferase TrmH, group 1  38.96 
 
 		 248 aa  146  4.0000000000000006e-34  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000282911  hitchhiker  0.0000077591 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14690  putative methyltransferase  37.55 
 
 		 257 aa  143  2e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2076  RNA methyltransferase  34.92 
 
 		 260 aa  142  5e-33  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.780076  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1296  putative methyltransferase  36.76 
 
 		 308 aa  140  3e-32  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1411  RNA methyltransferase  34.84 
 
 		 267 aa  140  3e-32  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.993978  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1550  RNA methyltransferase  38.46 
 
 		 244 aa  139  4.999999999999999e-32  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0671761  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1161  RNA methyltransferase TrmH, group 1  37.76 
 
 		 256 aa  139  7e-32  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  hitchhiker  0.0000875813  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1475  RNA methyltransferase  37.13 
 
 		 255 aa  137  2e-31  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01352  putative tRNA/rRNA methyltransferase (trmH family) protein  34.83 
 
 		 261 aa  137  2e-31  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0228097  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2610  RNA methyltransferase  38.31 
 
 		 247 aa  136  3.0000000000000003e-31  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0827  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  39.84 
 
 		 245 aa  135  5e-31  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.293121 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5390  RNA methyltransferase TrmH, group 1  37.97 
 
 		 289 aa  135  6.0000000000000005e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3514  RNA methyltransferase  36.25 
 
 		 262 aa  135  8e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1711  hypothetical protein  33.88 
 
 		 257 aa  135  9e-31  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0645  RNA methyltransferase  36.97 
 
 		 251 aa  135  9e-31  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0451004  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1711  hypothetical protein  34.71 
 
 		 257 aa  134  9.999999999999999e-31  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0715  hypothetical tRNA/rRNA methyltransferase  35.8 
 
 		 242 aa  134  9.999999999999999e-31  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2846  RNA methyltransferase TrmH, group 1  38.82 
 
 		 274 aa  134  9.999999999999999e-31  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1455  RNA methyltransferase TrmH, group 1  33.58 
 
 		 259 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.000119002  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004362  tRNA:Cm32/Um32 methyltransferase  34.94 
 
 		 239 aa  134  1.9999999999999998e-30  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00237949  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0812  RNA methyltransferase TrmH, group 1  36.55 
 
 		 251 aa  133  3e-30  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000000476063  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2746  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  39.11 
 
 		 256 aa  132  5e-30  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.504131  normal  0.782476 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01053  rRNA methylase  35.34 
 
 		 239 aa  132  6.999999999999999e-30  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1485  RNA methyltransferase  33.46 
 
 		 254 aa  132  6.999999999999999e-30  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0403715  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40430  RNA methyltransferase TrmH, group 1  35.18 
 
 		 258 aa  131  9e-30  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.573027  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2505  RNA methyltransferase  35.08 
 
 		 242 aa  131  1.0000000000000001e-29  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.000223047  normal  0.027536 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1958  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  35.08 
 
 		 242 aa  131  1.0000000000000001e-29  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000144903  hitchhiker  0.00948062 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2389  RNA methyltransferase  35.08 
 
 		 242 aa  131  1.0000000000000001e-29  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.0000000450659  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5993  RNA methyltransferase TrmH, group 1  37.13 
 
 		 289 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1235  RNA methyltransferase  36.07 
 
 		 241 aa  131  1.0000000000000001e-29  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.207917  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2084  RNA methyltransferase  37.13 
 
 		 289 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00462385  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1578  RNA methyltransferase  36.11 
 
 		 263 aa  130  2.0000000000000002e-29  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.373161  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1258  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  37.86 
 
 		 245 aa  130  2.0000000000000002e-29  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00338281  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2400  RNA methyltransferase  34.41 
 
 		 242 aa  130  3e-29  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.000000262197  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2320  RNA methyltransferase  35.46 
 
 		 252 aa  129  4.0000000000000003e-29  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000515226  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0615  RNA methyltransferase TrmH, group 1  35.2 
 
 		 268 aa  129  4.0000000000000003e-29  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000217405  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1322  RNA methyltransferase  35.57 
 
 		 254 aa  129  4.0000000000000003e-29  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.000628419  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1773  RNA methyltransferase  35.43 
 
 		 254 aa  129  5.0000000000000004e-29  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.12594  hitchhiker  0.00165952 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1989  RNA methyltransferase  36.82 
 
 		 273 aa  129  5.0000000000000004e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.418465 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2152  RNA methyltransferase  34.8 
 
 		 241 aa  129  6e-29  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0159142  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2119  RNA methyltransferase  36.82 
 
 		 273 aa  129  7.000000000000001e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1736  RNA methyltransferase  34.02 
 
 		 241 aa  128  8.000000000000001e-29  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000887935  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2261  RNA methyltransferase  34.02 
 
 		 241 aa  128  1.0000000000000001e-28  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1635  tRNA/rRNA methyltransferase  35.71 
 
 		 263 aa  128  1.0000000000000001e-28  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1816  RNA methyltransferase  34.02 
 
 		 241 aa  128  1.0000000000000001e-28  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00001341  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2283  RNA methyltransferase  34.02 
 
 		 241 aa  127  1.0000000000000001e-28  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000130955  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1290  RNA methyltransferase  35.39 
 
 		 240 aa  128  1.0000000000000001e-28  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0442169  normal  0.0143019 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0279  tRNA/rRNA methyltransferase  33.6 
 
 		 246 aa  127  3e-28  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2427  RNA methyltransferase  34.29 
 
 		 240 aa  125  5e-28  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1197  RNA methyltransferase  39.24 
 
 		 289 aa  125  6e-28  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0280134 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1119  RNA methyltransferase  34.8 
 
 		 287 aa  125  6e-28  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1843  RNA methyltransferase TrmH family, group 1  39.29 
 
 		 257 aa  125  6e-28  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2807  RNA methyltransferase  34.13 
 
 		 243 aa  125  8.000000000000001e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0201876  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2700  RNA methyltransferase  34.13 
 
 		 243 aa  125  8.000000000000001e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000906061  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2745  RNA methyltransferase  34.13 
 
 		 243 aa  125  1e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00735302  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2786  RNA methyltransferase  34.13 
 
 		 243 aa  124  1e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  0.000395932  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2920  RNA methyltransferase  34.13 
 
 		 243 aa  124  2e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0175386  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1396  RNA methyltransferase  36.4 
 
 		 276 aa  124  2e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.901296  hitchhiker  0.00503729 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2874  RNA methyltransferase  34.25 
 
 		 254 aa  124  2e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.718962  hitchhiker  0.0000000232974 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0492  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  34.85 
 
 		 253 aa  123  3e-27  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1682  RNA methyltransferase TrmH, group 1  35.6 
 
 		 254 aa  123  3e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1145  RNA methyltransferase  34.13 
 
 		 246 aa  123  3e-27  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0763368  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2705  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  39.36 
 
 		 253 aa  123  3e-27  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.29092 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3764  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  34.13 
 
 		 245 aa  123  3e-27  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000603217  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1990  RNA methyltransferase TrmH, group 1  37.24 
 
 		 254 aa  123  3e-27  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.25576  normal  0.905028 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3506  RNA methyltransferase  34.69 
 
 		 240 aa  123  3e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.899672 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2817  RNA methyltransferase  34.13 
 
 		 245 aa  123  3e-27  Escherichia coli E24377A  Bacteria  decreased coverage  0.000707701  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02424  predicted methyltransferase  34.13 
 
 		 246 aa  123  4e-27  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.438411  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2907  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  34.13 
 
 		 246 aa  123  4e-27  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  decreased coverage  0.000722285  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1136  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  34.13 
 
 		 246 aa  123  4e-27  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.631773  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02388  hypothetical protein  34.13 
 
 		 246 aa  123  4e-27  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.373948  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2684  RNA methyltransferase  34.13 
 
 		 246 aa  123  4e-27  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  0.00000664328  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2685  RNA methyltransferase  34.13 
 
 		 246 aa  123  4e-27  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0309108  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3029  RNA methyltransferase  35.16 
 
 		 244 aa  122  5e-27  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00120237  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1230  rRNA methylase, SpoU family  34.41 
 
 		 240 aa  122  9e-27  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.420687  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1646  RNA methyltransferase TrmH, group 1  32.67 
 
 		 247 aa  120  1.9999999999999998e-26  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2103  RNA methyltransferase  37.55 
 
 		 289 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.247201 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5426  putative tRNA/rRNA methyltransferase  35.04 
 
 		 399 aa  120  3e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.138819 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2632  RNA methyltransferase  33.88 
 
 		 250 aa  119  3.9999999999999996e-26  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.192345 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1336  RNA methyltransferase TrmH, group 1  35.15 
 
 		 249 aa  119  3.9999999999999996e-26  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0275  RNA methyltransferase  33.61 
 
 		 244 aa  119  4.9999999999999996e-26  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00988641  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1279  RNA methyltransferase  33.74 
 
 		 240 aa  119  4.9999999999999996e-26  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>