297 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene GSU1475 on replicon NC_002939
Organism: Geobacter sulfurreducens PCA



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002939  GSU1475  RNA methyltransferase  100 
 
 		 255 aa  526  1e-148  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1369  RNA methyltransferase TrmH, group 1  80.41 
 
 		 248 aa  419  1e-116  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000282911  hitchhiker  0.0000077591 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2030  RNA methyltransferase  69.14 
 
 		 245 aa  362  3e-99  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.433712  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2687  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  64.08 
 
 		 245 aa  345  3e-94  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.491891  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1552  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  63.67 
 
 		 245 aa  343  2e-93  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000140105 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0645  RNA methyltransferase  64.34 
 
 		 251 aa  323  1e-87  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0451004  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1258  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  65.97 
 
 		 245 aa  318  5e-86  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00338281  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1550  RNA methyltransferase  44.96 
 
 		 244 aa  198  6e-50  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0671761  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2320  RNA methyltransferase  39.39 
 
 		 252 aa  176  3e-43  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000515226  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14690  putative methyltransferase  38.89 
 
 		 257 aa  169  3e-41  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1411  RNA methyltransferase  39.32 
 
 		 267 aa  169  4e-41  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.993978  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1296  putative methyltransferase  38.87 
 
 		 308 aa  168  6e-41  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1119  RNA methyltransferase  40.64 
 
 		 287 aa  167  1e-40  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4615  RNA methyltransferase TrmH, group 1  40.41 
 
 		 264 aa  164  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.00452302  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3506  RNA methyltransferase  38.75 
 
 		 240 aa  164  1.0000000000000001e-39  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.899672 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1736  RNA methyltransferase  38.36 
 
 		 241 aa  164  1.0000000000000001e-39  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000887935  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0812  RNA methyltransferase TrmH, group 1  39.17 
 
 		 251 aa  164  2.0000000000000002e-39  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000000476063  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1297  RNA methyltransferase  38.82 
 
 		 257 aa  164  2.0000000000000002e-39  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.69308  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1816  RNA methyltransferase  38.36 
 
 		 241 aa  163  3e-39  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00001341  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2283  RNA methyltransferase  38.36 
 
 		 241 aa  162  4.0000000000000004e-39  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000130955  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1773  RNA methyltransferase  35.98 
 
 		 254 aa  162  7e-39  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.12594  hitchhiker  0.00165952 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2261  RNA methyltransferase  37.5 
 
 		 241 aa  159  3e-38  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4339  RNA methyltransferase  38.33 
 
 		 251 aa  159  3e-38  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000160755 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3514  RNA methyltransferase  37.89 
 
 		 262 aa  160  3e-38  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2874  RNA methyltransferase  36.82 
 
 		 254 aa  159  4e-38  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.718962  hitchhiker  0.0000000232974 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1485  RNA methyltransferase  36.1 
 
 		 254 aa  159  5e-38  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0403715  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2610  RNA methyltransferase  39.66 
 
 		 247 aa  159  6e-38  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1234  RNA methyltransferase TrmH, group 1  39.26 
 
 		 254 aa  158  7e-38  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.600347  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1290  RNA methyltransferase  37.66 
 
 		 240 aa  158  8e-38  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0442169  normal  0.0143019 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2624  RNA methyltransferase  37.61 
 
 		 260 aa  157  1e-37  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2389  RNA methyltransferase  37.07 
 
 		 242 aa  157  1e-37  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.0000000450659  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5390  RNA methyltransferase TrmH, group 1  41.28 
 
 		 289 aa  158  1e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1958  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  37.07 
 
 		 242 aa  157  1e-37  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000144903  hitchhiker  0.00948062 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2505  RNA methyltransferase  37.07 
 
 		 242 aa  157  1e-37  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.000223047  normal  0.027536 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2400  RNA methyltransferase  37.07 
 
 		 242 aa  157  2e-37  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.000000262197  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2152  RNA methyltransferase  36.24 
 
 		 241 aa  156  3e-37  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0159142  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1420  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  39.18 
 
 		 257 aa  156  4e-37  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2427  RNA methyltransferase  35.59 
 
 		 240 aa  156  4e-37  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0869  RNA methyltransferase  38.66 
 
 		 279 aa  155  5.0000000000000005e-37  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.164985  normal  0.267349 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2846  RNA methyltransferase TrmH, group 1  37.85 
 
 		 274 aa  155  6e-37  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0839  RNA methyltransferase  38.72 
 
 		 251 aa  155  7e-37  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.742035  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1711  hypothetical protein  38.14 
 
 		 257 aa  154  1e-36  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2807  RNA methyltransferase  37.3 
 
 		 243 aa  154  1e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0201876  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2700  RNA methyltransferase  37.3 
 
 		 243 aa  154  1e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000906061  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2745  RNA methyltransferase  37.3 
 
 		 243 aa  154  1e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00735302  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5993  RNA methyltransferase TrmH, group 1  39.57 
 
 		 289 aa  154  1e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2084  RNA methyltransferase  39.57 
 
 		 289 aa  154  1e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00462385  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2786  RNA methyltransferase  37.3 
 
 		 243 aa  154  1e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  0.000395932  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02424  predicted methyltransferase  36.99 
 
 		 246 aa  153  2e-36  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.438411  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1136  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  36.99 
 
 		 246 aa  153  2e-36  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.631773  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02388  hypothetical protein  36.99 
 
 		 246 aa  153  2e-36  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.373948  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1145  RNA methyltransferase  37.14 
 
 		 246 aa  153  2e-36  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0763368  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3764  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  36.99 
 
 		 245 aa  154  2e-36  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000603217  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1711  hypothetical protein  38.14 
 
 		 257 aa  154  2e-36  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2817  RNA methyltransferase  36.99 
 
 		 245 aa  154  2e-36  Escherichia coli E24377A  Bacteria  decreased coverage  0.000707701  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2684  RNA methyltransferase  36.99 
 
 		 246 aa  153  2e-36  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  0.00000664328  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2907  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  36.99 
 
 		 246 aa  153  2e-36  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  decreased coverage  0.000722285  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2685  RNA methyltransferase  36.99 
 
 		 246 aa  153  2e-36  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0309108  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1989  RNA methyltransferase  40.6 
 
 		 273 aa  153  2e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.418465 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1235  RNA methyltransferase  35.9 
 
 		 241 aa  153  2e-36  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.207917  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3629  RNA methyltransferase  35.68 
 
 		 244 aa  153  2.9999999999999998e-36  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.00284913  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0882  RNA methyltransferase  38.3 
 
 		 251 aa  152  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00955273 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40430  RNA methyltransferase TrmH, group 1  37.25 
 
 		 258 aa  153  2.9999999999999998e-36  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.573027  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01053  rRNA methylase  37.02 
 
 		 239 aa  152  4e-36  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0827  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  39.83 
 
 		 245 aa  152  4e-36  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.293121 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2920  RNA methyltransferase  36.89 
 
 		 243 aa  152  4e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0175386  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1455  RNA methyltransferase TrmH, group 1  33.47 
 
 		 259 aa  152  5.9999999999999996e-36  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.000119002  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2119  RNA methyltransferase  40.6 
 
 		 273 aa  152  5.9999999999999996e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004362  tRNA:Cm32/Um32 methyltransferase  36.6 
 
 		 239 aa  152  7e-36  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00237949  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1242  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  35.98 
 
 		 241 aa  151  8e-36  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.626014  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1682  RNA methyltransferase TrmH, group 1  37.76 
 
 		 254 aa  150  2e-35  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3033  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  35.15 
 
 		 241 aa  150  2e-35  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0996868  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0673  RNA methyltransferase TrmH, group 1  39.17 
 
 		 267 aa  150  2e-35  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  unclonable  0.0000000736147  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2705  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  38.25 
 
 		 253 aa  150  2e-35  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.29092 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1161  RNA methyltransferase TrmH, group 1  38.05 
 
 		 256 aa  149  3e-35  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  hitchhiker  0.0000875813  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1279  RNA methyltransferase  37.34 
 
 		 240 aa  149  4e-35  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1571  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  36.36 
 
 		 258 aa  149  5e-35  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0152101  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1646  RNA methyltransferase TrmH, group 1  38.3 
 
 		 247 aa  149  6e-35  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1620  RNA methyltransferase TrmH, group 1  40.56 
 
 		 278 aa  148  6e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.298646 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1230  rRNA methylase, SpoU family  37.34 
 
 		 240 aa  148  7e-35  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.420687  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1322  RNA methyltransferase  36.05 
 
 		 254 aa  148  7e-35  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.000628419  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3029  RNA methyltransferase  36.75 
 
 		 244 aa  148  8e-35  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00120237  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01352  putative tRNA/rRNA methyltransferase (trmH family) protein  36.05 
 
 		 261 aa  147  1.0000000000000001e-34  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0228097  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1148  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  40.08 
 
 		 262 aa  147  2.0000000000000003e-34  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1843  RNA methyltransferase TrmH family, group 1  36.55 
 
 		 257 aa  146  2.0000000000000003e-34  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0279  tRNA/rRNA methyltransferase  36.13 
 
 		 246 aa  147  2.0000000000000003e-34  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2753  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  35.19 
 
 		 244 aa  146  3e-34  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0620173  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2517  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  39.76 
 
 		 353 aa  146  3e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.127237  hitchhiker  0.00000580733 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1197  RNA methyltransferase  39.57 
 
 		 289 aa  146  3e-34  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0280134 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1990  RNA methyltransferase TrmH, group 1  36.48 
 
 		 254 aa  146  3e-34  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.25576  normal  0.905028 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3875  RNA methyltransferase  37.5 
 
 		 248 aa  146  3e-34  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.250027  normal  0.0540864 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2062  tRNA/rRNA methyltransferase, TrmH family, group 1  39.41 
 
 		 247 aa  145  4.0000000000000006e-34  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.260682  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1407  RNA methyltransferase TrmH, group 1  37.61 
 
 		 243 aa  145  7.0000000000000006e-34  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1116  RNA methyltransferase TrmH, group 1  38.52 
 
 		 314 aa  145  9e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1396  RNA methyltransferase  39.57 
 
 		 276 aa  145  9e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.901296  hitchhiker  0.00503729 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0492  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  35.68 
 
 		 253 aa  144  1e-33  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2103  RNA methyltransferase  39.57 
 
 		 289 aa  144  2e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.247201 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0615  RNA methyltransferase TrmH, group 1  38.89 
 
 		 268 aa  144  2e-33  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000217405  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1166  RNA methyltransferase  34.62 
 
 		 257 aa  143  3e-33  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000032697  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0441  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  37.87 
 
 		 248 aa  143  3e-33  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>