More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_3514 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_3514  RNA methyltransferase  100 
 
 		 262 aa  535  1e-151  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40430  RNA methyltransferase TrmH, group 1  81.25 
 
 		 258 aa  429  1e-119  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.573027  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1296  putative methyltransferase  77.73 
 
 		 308 aa  420  1e-117  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14690  putative methyltransferase  78.35 
 
 		 257 aa  421  1e-117  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0839  RNA methyltransferase  72.83 
 
 		 251 aa  383  1e-105  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.742035  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4339  RNA methyltransferase  72.44 
 
 		 251 aa  382  1e-105  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000160755 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4615  RNA methyltransferase TrmH, group 1  73.71 
 
 		 264 aa  381  1e-105  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.00452302  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0869  RNA methyltransferase  73.23 
 
 		 279 aa  382  1e-105  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.164985  normal  0.267349 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0882  RNA methyltransferase  72.83 
 
 		 251 aa  382  1e-105  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00955273 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1420  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  71.65 
 
 		 257 aa  373  1e-102  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1234  RNA methyltransferase TrmH, group 1  70.87 
 
 		 254 aa  365  1e-100  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.600347  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3506  RNA methyltransferase  55.47 
 
 		 240 aa  276  2e-73  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.899672 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1411  RNA methyltransferase  53.85 
 
 		 267 aa  274  9e-73  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.993978  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02424  predicted methyltransferase  56.22 
 
 		 246 aa  274  1.0000000000000001e-72  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.438411  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1136  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  56.22 
 
 		 246 aa  274  1.0000000000000001e-72  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.631773  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2817  RNA methyltransferase  56.22 
 
 		 245 aa  274  1.0000000000000001e-72  Escherichia coli E24377A  Bacteria  decreased coverage  0.000707701  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2685  RNA methyltransferase  56.22 
 
 		 246 aa  274  1.0000000000000001e-72  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0309108  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2907  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  56.22 
 
 		 246 aa  274  1.0000000000000001e-72  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  decreased coverage  0.000722285  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3764  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  56.22 
 
 		 245 aa  274  1.0000000000000001e-72  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000603217  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2684  RNA methyltransferase  56.22 
 
 		 246 aa  274  1.0000000000000001e-72  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  0.00000664328  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02388  hypothetical protein  56.22 
 
 		 246 aa  274  1.0000000000000001e-72  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.373948  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1145  RNA methyltransferase  56.22 
 
 		 246 aa  273  2.0000000000000002e-72  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0763368  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2786  RNA methyltransferase  55.2 
 
 		 243 aa  270  2e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  0.000395932  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2807  RNA methyltransferase  55.2 
 
 		 243 aa  270  2e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0201876  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2700  RNA methyltransferase  55.2 
 
 		 243 aa  270  2e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000906061  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2920  RNA methyltransferase  54.8 
 
 		 243 aa  268  5e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0175386  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1711  hypothetical protein  54.07 
 
 		 257 aa  268  5.9999999999999995e-71  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1711  hypothetical protein  52.92 
 
 		 257 aa  268  5.9999999999999995e-71  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2745  RNA methyltransferase  54.8 
 
 		 243 aa  268  5.9999999999999995e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00735302  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3029  RNA methyltransferase  56.67 
 
 		 244 aa  266  2e-70  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00120237  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1119  RNA methyltransferase  53.73 
 
 		 287 aa  260  2e-68  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1242  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  54.69 
 
 		 241 aa  258  7e-68  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.626014  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0437  RNA methyltransferase  53.26 
 
 		 257 aa  257  2e-67  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.293753  hitchhiker  0.0000675678 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1274  RNA methyltransferase  54.69 
 
 		 257 aa  256  2e-67  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.00000271019  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1166  RNA methyltransferase  53.26 
 
 		 257 aa  257  2e-67  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000032697  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2846  RNA methyltransferase TrmH, group 1  55.16 
 
 		 274 aa  255  4e-67  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3629  RNA methyltransferase  53.06 
 
 		 244 aa  255  5e-67  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.00284913  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2753  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  51.56 
 
 		 244 aa  254  7e-67  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0620173  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2427  RNA methyltransferase  52.24 
 
 		 240 aa  254  9e-67  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2320  RNA methyltransferase  52.23 
 
 		 252 aa  253  2.0000000000000002e-66  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000515226  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3033  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  53.04 
 
 		 241 aa  253  2.0000000000000002e-66  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0996868  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1102  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  50.97 
 
 		 249 aa  252  4.0000000000000004e-66  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0245796  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0812  RNA methyltransferase TrmH, group 1  54.15 
 
 		 251 aa  251  6e-66  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000000476063  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1773  RNA methyltransferase  51.42 
 
 		 254 aa  251  1e-65  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.12594  hitchhiker  0.00165952 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1279  RNA methyltransferase  54.69 
 
 		 240 aa  249  3e-65  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1235  RNA methyltransferase  52.02 
 
 		 241 aa  248  6e-65  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.207917  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2874  RNA methyltransferase  51.01 
 
 		 254 aa  248  8e-65  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.718962  hitchhiker  0.0000000232974 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0715  hypothetical tRNA/rRNA methyltransferase  50.81 
 
 		 242 aa  248  9e-65  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1485  RNA methyltransferase  50.6 
 
 		 254 aa  248  1e-64  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0403715  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004362  tRNA:Cm32/Um32 methyltransferase  52.82 
 
 		 239 aa  246  2e-64  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00237949  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01352  putative tRNA/rRNA methyltransferase (trmH family) protein  51.75 
 
 		 261 aa  246  3e-64  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0228097  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1290  RNA methyltransferase  53.04 
 
 		 240 aa  246  3e-64  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0442169  normal  0.0143019 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1646  RNA methyltransferase TrmH, group 1  52.05 
 
 		 247 aa  246  4e-64  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1455  RNA methyltransferase TrmH, group 1  50.19 
 
 		 259 aa  246  4e-64  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.000119002  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1230  rRNA methylase, SpoU family  54.29 
 
 		 240 aa  245  4.9999999999999997e-64  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.420687  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1736  RNA methyltransferase  51.01 
 
 		 241 aa  245  4.9999999999999997e-64  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000887935  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1816  RNA methyltransferase  51.01 
 
 		 241 aa  245  6.999999999999999e-64  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00001341  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01053  rRNA methylase  51.6 
 
 		 239 aa  244  9.999999999999999e-64  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2283  RNA methyltransferase  51.01 
 
 		 241 aa  244  9.999999999999999e-64  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000130955  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2261  RNA methyltransferase  50.2 
 
 		 241 aa  243  1.9999999999999999e-63  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1958  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  51.43 
 
 		 242 aa  241  7.999999999999999e-63  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000144903  hitchhiker  0.00948062 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2389  RNA methyltransferase  51.43 
 
 		 242 aa  241  7.999999999999999e-63  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.0000000450659  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2505  RNA methyltransferase  51.43 
 
 		 242 aa  241  7.999999999999999e-63  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.000223047  normal  0.027536 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2400  RNA methyltransferase  51.43 
 
 		 242 aa  241  1e-62  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.000000262197  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2152  RNA methyltransferase  50 
 
 		 241 aa  240  2e-62  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0159142  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1322  RNA methyltransferase  46.96 
 
 		 254 aa  239  2.9999999999999997e-62  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.000628419  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0673  RNA methyltransferase TrmH, group 1  52.65 
 
 		 267 aa  238  8e-62  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  unclonable  0.0000000736147  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2062  tRNA/rRNA methyltransferase, TrmH family, group 1  55.2 
 
 		 247 aa  238  8e-62  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.260682  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0827  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  53.23 
 
 		 245 aa  237  2e-61  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.293121 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1161  RNA methyltransferase TrmH, group 1  53.63 
 
 		 256 aa  233  2.0000000000000002e-60  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  hitchhiker  0.0000875813  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0615  RNA methyltransferase TrmH, group 1  50.4 
 
 		 268 aa  233  2.0000000000000002e-60  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000217405  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1682  RNA methyltransferase TrmH, group 1  52.87 
 
 		 254 aa  228  7e-59  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0275  RNA methyltransferase  49.39 
 
 		 244 aa  228  8e-59  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00988641  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0279  tRNA/rRNA methyltransferase  46.56 
 
 		 246 aa  225  6e-58  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1129  RNA methyltransferase  49.61 
 
 		 273 aa  222  6e-57  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1578  RNA methyltransferase  47.54 
 
 		 263 aa  219  3e-56  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.373161  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1635  tRNA/rRNA methyltransferase  47.54 
 
 		 263 aa  219  5e-56  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2610  RNA methyltransferase  47.49 
 
 		 247 aa  217  1e-55  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2746  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  50.2 
 
 		 256 aa  214  9e-55  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.504131  normal  0.782476 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1116  RNA methyltransferase TrmH, group 1  46.62 
 
 		 314 aa  212  3.9999999999999995e-54  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1245  RNA methyltransferase  51.64 
 
 		 260 aa  212  4.9999999999999996e-54  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5993  RNA methyltransferase TrmH, group 1  48.95 
 
 		 289 aa  211  7e-54  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2084  RNA methyltransferase  48.95 
 
 		 289 aa  211  7e-54  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00462385  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5390  RNA methyltransferase TrmH, group 1  48.54 
 
 		 289 aa  211  1e-53  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2161  RNA methyltransferase TrmH, group 1  47.56 
 
 		 246 aa  209  5e-53  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00198375  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0670  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  52.46 
 
 		 256 aa  208  6e-53  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.373785  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0819  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  52.46 
 
 		 256 aa  208  6e-53  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0412147  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2119  RNA methyltransferase  48.95 
 
 		 273 aa  208  7e-53  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1989  RNA methyltransferase  48.36 
 
 		 273 aa  208  9e-53  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.418465 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1396  RNA methyltransferase  47.26 
 
 		 276 aa  204  1e-51  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.901296  hitchhiker  0.00503729 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2281  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  48.03 
 
 		 245 aa  204  1e-51  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0794239  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1197  RNA methyltransferase  49.79 
 
 		 289 aa  202  4e-51  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0280134 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2517  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  48.97 
 
 		 353 aa  202  6e-51  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.127237  hitchhiker  0.00000580733 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2076  RNA methyltransferase  42.45 
 
 		 260 aa  201  8e-51  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.780076  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1620  RNA methyltransferase TrmH, group 1  49.17 
 
 		 278 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.298646 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2103  RNA methyltransferase  47.7 
 
 		 289 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.247201 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1079  RNA methyltransferase TrmH  44.62 
 
 		 289 aa  196  2.0000000000000003e-49  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.130635  normal  0.179328 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1161  putative tRNA/rRNA methyltransferase protein  46.59 
 
 		 287 aa  193  2e-48  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.539621  normal  0.325888 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1002  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  45.68 
 
 		 282 aa  189  4e-47  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.122177  normal  0.0864264 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1096  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  45.27 
 
 		 294 aa  188  8e-47  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.477555 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>