298 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Spro_3629 on replicon NC_009832
Organism: Serratia proteamaculans 568



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009832  Spro_3629  RNA methyltransferase  100 
 
 
244 aa  506  9.999999999999999e-143  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.00284913  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1166  RNA methyltransferase  90.12 
 
 
257 aa  452  1.0000000000000001e-126  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000032697  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1274  RNA methyltransferase  90.12 
 
 
257 aa  453  1.0000000000000001e-126  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.00000271019  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0437  RNA methyltransferase  90.12 
 
 
257 aa  452  1.0000000000000001e-126  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.293753  hitchhiker  0.0000675678 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3033  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  85.23 
 
 
241 aa  430  1e-119  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0996868  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1242  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  84.39 
 
 
241 aa  427  1e-119  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.626014  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1102  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  80.65 
 
 
249 aa  422  1e-117  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0245796  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3029  RNA methyltransferase  81.89 
 
 
244 aa  416  9.999999999999999e-116  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00120237  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2700  RNA methyltransferase  82.16 
 
 
243 aa  414  9.999999999999999e-116  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000906061  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2807  RNA methyltransferase  82.16 
 
 
243 aa  414  9.999999999999999e-116  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0201876  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2786  RNA methyltransferase  82.57 
 
 
243 aa  416  9.999999999999999e-116  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  0.000395932  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2745  RNA methyltransferase  81.74 
 
 
243 aa  412  1e-114  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00735302  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2920  RNA methyltransferase  81.74 
 
 
243 aa  412  1e-114  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0175386  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02424  predicted methyltransferase  81.33 
 
 
246 aa  410  1e-113  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.438411  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1136  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  81.33 
 
 
246 aa  410  1e-113  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.631773  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2685  RNA methyltransferase  81.33 
 
 
246 aa  410  1e-113  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0309108  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02388  hypothetical protein  81.33 
 
 
246 aa  410  1e-113  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.373948  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2907  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  81.33 
 
 
246 aa  410  1e-113  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  decreased coverage  0.000722285  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2817  RNA methyltransferase  81.33 
 
 
245 aa  410  1e-113  Escherichia coli E24377A  Bacteria  decreased coverage  0.000707701  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3764  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  81.33 
 
 
245 aa  410  1e-113  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000603217  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2684  RNA methyltransferase  81.33 
 
 
246 aa  410  1e-113  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  0.00000664328  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1145  RNA methyltransferase  81.33 
 
 
246 aa  410  1e-113  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0763368  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2753  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  78.69 
 
 
244 aa  404  1.0000000000000001e-112  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0620173  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01352  putative tRNA/rRNA methyltransferase (trmH family) protein  68.33 
 
 
261 aa  339  2e-92  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0228097  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1235  RNA methyltransferase  67.5 
 
 
241 aa  330  9e-90  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.207917  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1736  RNA methyltransferase  67.09 
 
 
241 aa  322  3e-87  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000887935  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2427  RNA methyltransferase  64.88 
 
 
240 aa  322  3e-87  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2389  RNA methyltransferase  65.82 
 
 
242 aa  321  6e-87  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.0000000450659  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2505  RNA methyltransferase  65.82 
 
 
242 aa  321  6e-87  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.000223047  normal  0.027536 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1958  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  65.82 
 
 
242 aa  321  6e-87  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000144903  hitchhiker  0.00948062 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1816  RNA methyltransferase  67.09 
 
 
241 aa  321  6e-87  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00001341  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2283  RNA methyltransferase  67.09 
 
 
241 aa  321  7e-87  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000130955  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01053  rRNA methylase  64.71 
 
 
239 aa  321  8e-87  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0715  hypothetical tRNA/rRNA methyltransferase  63.71 
 
 
242 aa  320  1.9999999999999998e-86  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2400  RNA methyltransferase  64.98 
 
 
242 aa  318  3.9999999999999996e-86  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.000000262197  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004362  tRNA:Cm32/Um32 methyltransferase  64.29 
 
 
239 aa  318  7e-86  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00237949  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2261  RNA methyltransferase  66.67 
 
 
241 aa  317  1e-85  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2152  RNA methyltransferase  65.97 
 
 
241 aa  315  6e-85  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0159142  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1455  RNA methyltransferase TrmH, group 1  61.42 
 
 
259 aa  314  7e-85  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.000119002  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1322  RNA methyltransferase  63.71 
 
 
254 aa  313  9.999999999999999e-85  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.000628419  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2320  RNA methyltransferase  62.76 
 
 
252 aa  312  2.9999999999999996e-84  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000515226  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1773  RNA methyltransferase  61.63 
 
 
254 aa  310  1e-83  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.12594  hitchhiker  0.00165952 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2874  RNA methyltransferase  61.63 
 
 
254 aa  306  3e-82  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.718962  hitchhiker  0.0000000232974 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1485  RNA methyltransferase  60.25 
 
 
254 aa  302  3.0000000000000004e-81  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0403715  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1290  RNA methyltransferase  62.03 
 
 
240 aa  302  3.0000000000000004e-81  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0442169  normal  0.0143019 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0275  RNA methyltransferase  63.29 
 
 
244 aa  294  8e-79  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00988641  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1129  RNA methyltransferase  55.47 
 
 
273 aa  283  1.0000000000000001e-75  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4615  RNA methyltransferase TrmH, group 1  54.66 
 
 
264 aa  272  3e-72  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.00452302  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4339  RNA methyltransferase  55.33 
 
 
251 aa  270  2e-71  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000160755 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1411  RNA methyltransferase  52.65 
 
 
267 aa  269  2.9999999999999997e-71  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.993978  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0279  tRNA/rRNA methyltransferase  54.92 
 
 
246 aa  268  5e-71  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0882  RNA methyltransferase  54.58 
 
 
251 aa  266  2.9999999999999995e-70  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00955273 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0839  RNA methyltransferase  54.17 
 
 
251 aa  264  8e-70  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.742035  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0869  RNA methyltransferase  53.91 
 
 
279 aa  262  4.999999999999999e-69  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.164985  normal  0.267349 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1420  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  53.82 
 
 
257 aa  261  8e-69  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1234  RNA methyltransferase TrmH, group 1  53.72 
 
 
254 aa  260  2e-68  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.600347  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40430  RNA methyltransferase TrmH, group 1  51.19 
 
 
258 aa  257  1e-67  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.573027  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3514  RNA methyltransferase  53.06 
 
 
262 aa  255  5e-67  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1119  RNA methyltransferase  52.65 
 
 
287 aa  254  9e-67  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1711  hypothetical protein  52.97 
 
 
257 aa  251  7e-66  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1711  hypothetical protein  52.97 
 
 
257 aa  251  1e-65  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14690  putative methyltransferase  51.82 
 
 
257 aa  250  2e-65  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2076  RNA methyltransferase  51.88 
 
 
260 aa  246  2e-64  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.780076  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1296  putative methyltransferase  50.61 
 
 
308 aa  245  6e-64  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1279  RNA methyltransferase  54.73 
 
 
240 aa  241  7.999999999999999e-63  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1161  RNA methyltransferase TrmH, group 1  49.58 
 
 
256 aa  238  5e-62  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  hitchhiker  0.0000875813  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1230  rRNA methylase, SpoU family  54.32 
 
 
240 aa  237  1e-61  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.420687  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3506  RNA methyltransferase  48.55 
 
 
240 aa  237  1e-61  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.899672 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2846  RNA methyltransferase TrmH, group 1  52.23 
 
 
274 aa  235  5.0000000000000005e-61  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1646  RNA methyltransferase TrmH, group 1  49.79 
 
 
247 aa  231  6e-60  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2161  RNA methyltransferase TrmH, group 1  52.08 
 
 
246 aa  231  7.000000000000001e-60  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00198375  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0812  RNA methyltransferase TrmH, group 1  47.88 
 
 
251 aa  224  8e-58  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000000476063  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2062  tRNA/rRNA methyltransferase, TrmH family, group 1  50 
 
 
247 aa  223  2e-57  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.260682  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2610  RNA methyltransferase  50 
 
 
247 aa  215  4e-55  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0673  RNA methyltransferase TrmH, group 1  45.82 
 
 
267 aa  210  2e-53  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  unclonable  0.0000000736147  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1682  RNA methyltransferase TrmH, group 1  46.12 
 
 
254 aa  208  6e-53  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1396  RNA methyltransferase  45.76 
 
 
276 aa  205  6e-52  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.901296  hitchhiker  0.00503729 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0670  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  48.95 
 
 
256 aa  204  1e-51  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.373785  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1245  RNA methyltransferase  51.05 
 
 
260 aa  204  1e-51  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0819  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  48.95 
 
 
256 aa  204  1e-51  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0412147  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1795  RNA methyltransferase  48.32 
 
 
249 aa  202  3e-51  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.313918  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0615  RNA methyltransferase TrmH, group 1  46.72 
 
 
268 aa  200  9.999999999999999e-51  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000217405  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5993  RNA methyltransferase TrmH, group 1  45.57 
 
 
289 aa  199  3.9999999999999996e-50  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2084  RNA methyltransferase  45.57 
 
 
289 aa  199  3.9999999999999996e-50  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00462385  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5390  RNA methyltransferase TrmH, group 1  44.94 
 
 
289 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2119  RNA methyltransferase  45.76 
 
 
273 aa  196  3e-49  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1116  RNA methyltransferase TrmH, group 1  44.44 
 
 
314 aa  194  1e-48  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1989  RNA methyltransferase  45.99 
 
 
273 aa  194  1e-48  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.418465 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2746  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  45.8 
 
 
256 aa  190  1e-47  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.504131  normal  0.782476 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2103  RNA methyltransferase  45.57 
 
 
289 aa  189  2.9999999999999997e-47  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.247201 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0827  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  44.35 
 
 
245 aa  189  4e-47  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.293121 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2281  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  45.76 
 
 
245 aa  187  9e-47  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0794239  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1620  RNA methyltransferase TrmH, group 1  42.68 
 
 
278 aa  186  3e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.298646 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2517  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  41.18 
 
 
353 aa  185  5e-46  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.127237  hitchhiker  0.00000580733 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1079  RNA methyltransferase TrmH  43.23 
 
 
289 aa  184  8e-46  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.130635  normal  0.179328 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1578  RNA methyltransferase  44.3 
 
 
263 aa  184  9e-46  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.373161  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1197  RNA methyltransferase  45.15 
 
 
289 aa  184  9e-46  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0280134 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1635  tRNA/rRNA methyltransferase  44.3 
 
 
263 aa  184  1.0000000000000001e-45  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1161  putative tRNA/rRNA methyltransferase protein  43.93 
 
 
287 aa  183  2.0000000000000003e-45  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.539621  normal  0.325888 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1002  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  44.03 
 
 
282 aa  180  2e-44  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.122177  normal  0.0864264 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>