More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_1736 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008321  Shewmr4_1736  RNA methyltransferase  100 
 
 
241 aa  498  1e-140  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000887935  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1816  RNA methyltransferase  99.59 
 
 
241 aa  496  1e-139  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00001341  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2283  RNA methyltransferase  99.17 
 
 
241 aa  494  1e-139  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000130955  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2261  RNA methyltransferase  96.27 
 
 
241 aa  483  1e-135  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2152  RNA methyltransferase  90.87 
 
 
241 aa  451  1.0000000000000001e-126  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0159142  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2505  RNA methyltransferase  87.19 
 
 
242 aa  432  1e-120  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.000223047  normal  0.027536 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2389  RNA methyltransferase  87.19 
 
 
242 aa  432  1e-120  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.0000000450659  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1958  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  87.19 
 
 
242 aa  432  1e-120  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000144903  hitchhiker  0.00948062 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2427  RNA methyltransferase  88.03 
 
 
240 aa  433  1e-120  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2400  RNA methyltransferase  86.36 
 
 
242 aa  429  1e-119  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.000000262197  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1455  RNA methyltransferase TrmH, group 1  77.22 
 
 
259 aa  410  1e-114  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.000119002  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1773  RNA methyltransferase  78.49 
 
 
254 aa  405  1.0000000000000001e-112  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.12594  hitchhiker  0.00165952 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1485  RNA methyltransferase  77.6 
 
 
254 aa  401  1e-111  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0403715  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2320  RNA methyltransferase  80.08 
 
 
252 aa  397  1e-109  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000515226  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2874  RNA methyltransferase  78.31 
 
 
254 aa  394  1e-108  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.718962  hitchhiker  0.0000000232974 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1290  RNA methyltransferase  78.75 
 
 
240 aa  394  1e-108  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0442169  normal  0.0143019 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01352  putative tRNA/rRNA methyltransferase (trmH family) protein  69.49 
 
 
261 aa  337  9.999999999999999e-92  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0228097  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1322  RNA methyltransferase  63.07 
 
 
254 aa  327  9e-89  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.000628419  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1235  RNA methyltransferase  67.23 
 
 
241 aa  324  8.000000000000001e-88  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.207917  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3629  RNA methyltransferase  67.09 
 
 
244 aa  322  3e-87  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.00284913  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02424  predicted methyltransferase  67.21 
 
 
246 aa  319  3e-86  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.438411  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1136  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  67.21 
 
 
246 aa  319  3e-86  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.631773  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2684  RNA methyltransferase  67.21 
 
 
246 aa  319  3e-86  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  0.00000664328  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2817  RNA methyltransferase  67.21 
 
 
245 aa  319  3e-86  Escherichia coli E24377A  Bacteria  decreased coverage  0.000707701  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2907  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  67.21 
 
 
246 aa  319  3e-86  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  decreased coverage  0.000722285  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3764  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  67.21 
 
 
245 aa  319  3e-86  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000603217  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1145  RNA methyltransferase  67.21 
 
 
246 aa  319  3e-86  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0763368  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2685  RNA methyltransferase  67.21 
 
 
246 aa  319  3e-86  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0309108  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02388  hypothetical protein  67.21 
 
 
246 aa  319  3e-86  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.373948  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004362  tRNA:Cm32/Um32 methyltransferase  65.4 
 
 
239 aa  318  6e-86  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00237949  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2807  RNA methyltransferase  66.81 
 
 
243 aa  317  1e-85  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0201876  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2700  RNA methyltransferase  66.81 
 
 
243 aa  317  1e-85  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000906061  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2745  RNA methyltransferase  66.81 
 
 
243 aa  317  1e-85  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00735302  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2920  RNA methyltransferase  66.81 
 
 
243 aa  316  2e-85  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0175386  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2786  RNA methyltransferase  66.39 
 
 
243 aa  314  6e-85  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  0.000395932  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01053  rRNA methylase  63.71 
 
 
239 aa  314  7e-85  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1242  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  66.24 
 
 
241 aa  313  1.9999999999999998e-84  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.626014  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0437  RNA methyltransferase  64.85 
 
 
257 aa  310  9e-84  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.293753  hitchhiker  0.0000675678 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1166  RNA methyltransferase  64.85 
 
 
257 aa  310  9e-84  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000032697  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1274  RNA methyltransferase  64.85 
 
 
257 aa  310  9e-84  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.00000271019  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3033  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  65.4 
 
 
241 aa  309  2e-83  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0996868  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3029  RNA methyltransferase  65.4 
 
 
244 aa  309  2.9999999999999997e-83  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00120237  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1102  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  62.7 
 
 
249 aa  306  2.0000000000000002e-82  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0245796  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2753  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  65.96 
 
 
244 aa  303  1.0000000000000001e-81  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0620173  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0715  hypothetical tRNA/rRNA methyltransferase  62.71 
 
 
242 aa  302  4.0000000000000003e-81  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0275  RNA methyltransferase  59.26 
 
 
244 aa  282  3.0000000000000004e-75  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00988641  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1411  RNA methyltransferase  49.19 
 
 
267 aa  254  6e-67  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.993978  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1234  RNA methyltransferase TrmH, group 1  52.87 
 
 
254 aa  249  2e-65  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.600347  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1129  RNA methyltransferase  52.78 
 
 
273 aa  249  4e-65  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0279  tRNA/rRNA methyltransferase  51.84 
 
 
246 aa  247  1e-64  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4615  RNA methyltransferase TrmH, group 1  51.84 
 
 
264 aa  246  3e-64  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.00452302  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4339  RNA methyltransferase  51.87 
 
 
251 aa  246  3e-64  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000160755 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3514  RNA methyltransferase  51.01 
 
 
262 aa  245  4e-64  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0882  RNA methyltransferase  52.07 
 
 
251 aa  244  6e-64  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00955273 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0839  RNA methyltransferase  52.48 
 
 
251 aa  243  1.9999999999999999e-63  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.742035  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2076  RNA methyltransferase  48.95 
 
 
260 aa  241  7.999999999999999e-63  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.780076  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14690  putative methyltransferase  51.22 
 
 
257 aa  241  7.999999999999999e-63  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1420  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  51.01 
 
 
257 aa  241  1e-62  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0869  RNA methyltransferase  52.07 
 
 
279 aa  241  1e-62  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.164985  normal  0.267349 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3506  RNA methyltransferase  49.58 
 
 
240 aa  240  2e-62  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.899672 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1296  putative methyltransferase  51.63 
 
 
308 aa  238  4e-62  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40430  RNA methyltransferase TrmH, group 1  49.8 
 
 
258 aa  237  1e-61  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.573027  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1711  hypothetical protein  50.43 
 
 
257 aa  234  7e-61  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1711  hypothetical protein  50.43 
 
 
257 aa  234  1.0000000000000001e-60  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2846  RNA methyltransferase TrmH, group 1  51.23 
 
 
274 aa  234  1.0000000000000001e-60  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1119  RNA methyltransferase  48.16 
 
 
287 aa  225  4e-58  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1161  RNA methyltransferase TrmH, group 1  48.48 
 
 
256 aa  219  3.9999999999999997e-56  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  hitchhiker  0.0000875813  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1279  RNA methyltransferase  51.88 
 
 
240 aa  218  6e-56  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1646  RNA methyltransferase TrmH, group 1  47.44 
 
 
247 aa  216  2e-55  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2161  RNA methyltransferase TrmH, group 1  45.9 
 
 
246 aa  217  2e-55  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00198375  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1230  rRNA methylase, SpoU family  51.46 
 
 
240 aa  214  8e-55  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.420687  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1245  RNA methyltransferase  48.28 
 
 
260 aa  209  2e-53  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1682  RNA methyltransferase TrmH, group 1  45.38 
 
 
254 aa  206  3e-52  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0812  RNA methyltransferase TrmH, group 1  47.21 
 
 
251 aa  206  3e-52  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000000476063  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2610  RNA methyltransferase  49.79 
 
 
247 aa  205  6e-52  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1795  RNA methyltransferase  44.64 
 
 
249 aa  204  9e-52  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.313918  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0827  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  45.19 
 
 
245 aa  199  3e-50  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.293121 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2062  tRNA/rRNA methyltransferase, TrmH family, group 1  48.13 
 
 
247 aa  199  3.9999999999999996e-50  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.260682  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5993  RNA methyltransferase TrmH, group 1  45.19 
 
 
289 aa  196  2.0000000000000003e-49  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2084  RNA methyltransferase  45.19 
 
 
289 aa  196  2.0000000000000003e-49  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00462385  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1578  RNA methyltransferase  43.85 
 
 
263 aa  196  3e-49  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.373161  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1635  tRNA/rRNA methyltransferase  44.26 
 
 
263 aa  194  1e-48  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0673  RNA methyltransferase TrmH, group 1  43.39 
 
 
267 aa  193  2e-48  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  unclonable  0.0000000736147  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5390  RNA methyltransferase TrmH, group 1  42.68 
 
 
289 aa  191  7e-48  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2281  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  45.49 
 
 
245 aa  189  2.9999999999999997e-47  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0794239  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1989  RNA methyltransferase  43.28 
 
 
273 aa  188  7e-47  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.418465 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1396  RNA methyltransferase  42.02 
 
 
276 aa  187  1e-46  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.901296  hitchhiker  0.00503729 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2103  RNA methyltransferase  45.19 
 
 
289 aa  187  1e-46  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.247201 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2119  RNA methyltransferase  42.15 
 
 
273 aa  186  2e-46  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1197  RNA methyltransferase  44.35 
 
 
289 aa  183  2.0000000000000003e-45  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0280134 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1116  RNA methyltransferase TrmH, group 1  43.15 
 
 
314 aa  182  4.0000000000000006e-45  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1161  putative tRNA/rRNA methyltransferase protein  44.86 
 
 
287 aa  180  2e-44  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.539621  normal  0.325888 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0670  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  44.35 
 
 
256 aa  180  2e-44  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.373785  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0819  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  44.35 
 
 
256 aa  180  2e-44  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0412147  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2746  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  43.37 
 
 
256 aa  179  2.9999999999999997e-44  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.504131  normal  0.782476 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1079  RNA methyltransferase TrmH  42.74 
 
 
289 aa  177  1e-43  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.130635  normal  0.179328 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2517  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  39.52 
 
 
353 aa  176  4e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.127237  hitchhiker  0.00000580733 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1620  RNA methyltransferase TrmH, group 1  39.92 
 
 
278 aa  175  5e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.298646 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0615  RNA methyltransferase TrmH, group 1  42.37 
 
 
268 aa  174  9.999999999999999e-43  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000217405  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2167  RNA methyltransferase  43.1 
 
 
303 aa  172  2.9999999999999996e-42  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>