274 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_1336 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_1336  RNA methyltransferase TrmH, group 1  100 
 
 		 249 aa  513  1.0000000000000001e-145  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2433  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  69.92 
 
 		 258 aa  349  3e-95  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.127939  normal  0.10084 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1513  putative tRNA/rRNA methyltransferase  68.29 
 
 		 255 aa  345  4e-94  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.217497  normal  0.686219 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3829  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  65.56 
 
 		 243 aa  329  2e-89  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.542381  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3522  RNA methyltransferase  65.56 
 
 		 243 aa  329  2e-89  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0833085  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3810  hypothetical protein  65.56 
 
 		 243 aa  330  2e-89  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0410022  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3698  RNA methyltransferase  62.4 
 
 		 246 aa  301  5.000000000000001e-81  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.274562  normal  0.859655 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2581  RNA methyltransferase  48.51 
 
 		 262 aa  225  5.0000000000000005e-58  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0271019  normal  0.93463 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1133  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  46.91 
 
 		 253 aa  225  5.0000000000000005e-58  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.10914  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0788  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  45.53 
 
 		 248 aa  221  9.999999999999999e-57  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0987211  normal  0.0803398 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1403  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  43.33 
 
 		 257 aa  210  2e-53  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0696  RNA methyltransferase TrmH, group 1  45.49 
 
 		 279 aa  207  1e-52  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3731  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  46.81 
 
 		 398 aa  207  1e-52  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.804508  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4361  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  44.49 
 
 		 399 aa  203  2e-51  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.989023  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4570  RNA methyltransferase  44.64 
 
 		 298 aa  203  2e-51  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0223529  normal  0.0756262 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1577  RNA methyltransferase TrmH, group 1  45.96 
 
 		 410 aa  203  2e-51  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.68355  normal  0.0119734 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1915  tRNA/rRNA methyltransferase  45 
 
 		 286 aa  203  2e-51  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1517  RNA methyltransferase  44.35 
 
 		 276 aa  201  9.999999999999999e-51  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.9954 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3522  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  44.72 
 
 		 266 aa  198  7.999999999999999e-50  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.391338  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3468  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  45.87 
 
 		 245 aa  197  1.0000000000000001e-49  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.19102  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4813  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  45.53 
 
 		 248 aa  196  3e-49  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.695937  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2243  tRNA/rRNA methyltransferase  45.76 
 
 		 251 aa  195  5.000000000000001e-49  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.425244  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3144  RNA methyltransferase  45.04 
 
 		 245 aa  195  6e-49  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.317738  normal  0.930486 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2632  RNA methyltransferase  44.31 
 
 		 250 aa  195  6e-49  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.192345 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1738  RNA methyltransferase TrmH, group 1  45.53 
 
 		 397 aa  194  1e-48  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5426  putative tRNA/rRNA methyltransferase  46.52 
 
 		 399 aa  194  1e-48  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.138819 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1950  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  43.75 
 
 		 276 aa  193  2e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.168874  normal  0.372622 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2161  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  43.33 
 
 		 276 aa  193  3e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0486585  normal  0.265451 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0420  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  40.17 
 
 		 258 aa  192  5e-48  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.674451  normal  0.0345812 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1325  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  47.08 
 
 		 271 aa  191  8e-48  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.277848  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5766  RNA methyltransferase  45.34 
 
 		 261 aa  189  4e-47  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3341  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  44.68 
 
 		 245 aa  187  1e-46  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1012  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  42.34 
 
 		 249 aa  185  5e-46  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1295  RNA methyltransferase TrmH, group 1  46.96 
 
 		 403 aa  182  3e-45  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1268  RNA methyltransferase  42.74 
 
 		 262 aa  182  4.0000000000000006e-45  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.681367  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1995  RNA methyltransferase  43.16 
 
 		 281 aa  179  2.9999999999999997e-44  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.720646  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1624  RNA methyltransferase TrmH, group 1  45.73 
 
 		 410 aa  178  8e-44  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1196  RNA methyltransferase  41.88 
 
 		 276 aa  176  2e-43  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1158  RNA methyltransferase  41.88 
 
 		 291 aa  176  2e-43  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.357934  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0394  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  43.67 
 
 		 281 aa  172  2.9999999999999996e-42  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0828  RNA methyltransferase  40.6 
 
 		 275 aa  164  9e-40  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.151565  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40430  RNA methyltransferase TrmH, group 1  38.08 
 
 		 258 aa  149  3e-35  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.573027  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4339  RNA methyltransferase  38.36 
 
 		 251 aa  149  4e-35  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000160755 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3514  RNA methyltransferase  37.92 
 
 		 262 aa  145  7.0000000000000006e-34  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0869  RNA methyltransferase  36.64 
 
 		 279 aa  145  7.0000000000000006e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.164985  normal  0.267349 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0839  RNA methyltransferase  36.48 
 
 		 251 aa  145  8.000000000000001e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.742035  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4615  RNA methyltransferase TrmH, group 1  36.55 
 
 		 264 aa  143  2e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.00452302  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1234  RNA methyltransferase TrmH, group 1  38.46 
 
 		 254 aa  143  3e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.600347  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0882  RNA methyltransferase  36.21 
 
 		 251 aa  143  3e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00955273 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1420  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  37.13 
 
 		 257 aa  141  9.999999999999999e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0279  tRNA/rRNA methyltransferase  33.33 
 
 		 246 aa  141  9.999999999999999e-33  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1711  hypothetical protein  36.29 
 
 		 257 aa  137  2e-31  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1711  hypothetical protein  36.29 
 
 		 257 aa  137  2e-31  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14690  putative methyltransferase  35.44 
 
 		 257 aa  137  2e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2119  RNA methyltransferase  35.42 
 
 		 273 aa  135  8e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1989  RNA methyltransferase  35.29 
 
 		 273 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.418465 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2320  RNA methyltransferase  36.68 
 
 		 252 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000515226  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1296  putative methyltransferase  35.02 
 
 		 308 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2517  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  33.46 
 
 		 353 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.127237  hitchhiker  0.00000580733 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1396  RNA methyltransferase  34.32 
 
 		 276 aa  133  3e-30  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.901296  hitchhiker  0.00503729 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2874  RNA methyltransferase  35.56 
 
 		 254 aa  133  3e-30  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.718962  hitchhiker  0.0000000232974 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1990  RNA methyltransferase TrmH, group 1  38.3 
 
 		 254 aa  133  3e-30  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.25576  normal  0.905028 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5993  RNA methyltransferase TrmH, group 1  35.98 
 
 		 289 aa  132  6e-30  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2084  RNA methyltransferase  35.98 
 
 		 289 aa  132  6e-30  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00462385  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5390  RNA methyltransferase TrmH, group 1  35.98 
 
 		 289 aa  131  7.999999999999999e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1682  RNA methyltransferase TrmH, group 1  33.77 
 
 		 254 aa  130  1.0000000000000001e-29  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1116  RNA methyltransferase TrmH, group 1  36.21 
 
 		 314 aa  131  1.0000000000000001e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3506  RNA methyltransferase  36.02 
 
 		 240 aa  130  2.0000000000000002e-29  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.899672 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1773  RNA methyltransferase  34.73 
 
 		 254 aa  129  4.0000000000000003e-29  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.12594  hitchhiker  0.00165952 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1620  RNA methyltransferase TrmH, group 1  34.55 
 
 		 278 aa  129  4.0000000000000003e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.298646 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0492  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  34.48 
 
 		 253 aa  128  9.000000000000001e-29  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1161  putative tRNA/rRNA methyltransferase protein  35.8 
 
 		 287 aa  127  1.0000000000000001e-28  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.539621  normal  0.325888 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2427  RNA methyltransferase  33.2 
 
 		 240 aa  127  1.0000000000000001e-28  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0812  RNA methyltransferase TrmH, group 1  34.2 
 
 		 251 aa  127  2.0000000000000002e-28  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000000476063  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0463  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  34.17 
 
 		 256 aa  126  3e-28  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.74203  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0827  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  34.58 
 
 		 245 aa  126  3e-28  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.293121 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3292  RNA methyltransferase TrmH, group 1  32.4 
 
 		 268 aa  125  5e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.911818  normal  0.434355 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3565  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  33.47 
 
 		 243 aa  125  5e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0673  RNA methyltransferase TrmH, group 1  36.61 
 
 		 267 aa  125  7e-28  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  unclonable  0.0000000736147  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0964  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  31.46 
 
 		 264 aa  125  7e-28  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.301761  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1046  RNA methyltransferase  31.46 
 
 		 264 aa  125  7e-28  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0448584 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1242  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  33.19 
 
 		 241 aa  125  9e-28  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.626014  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1290  RNA methyltransferase  34.2 
 
 		 240 aa  124  1e-27  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0442169  normal  0.0143019 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2187  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  34.39 
 
 		 271 aa  124  1e-27  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2103  RNA methyltransferase  35.98 
 
 		 289 aa  124  2e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.247201 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1161  RNA methyltransferase TrmH, group 1  35.22 
 
 		 256 aa  123  2e-27  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  hitchhiker  0.0000875813  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4224  TrmA family RNA methyltransferase  34.44 
 
 		 245 aa  123  2e-27  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1485  RNA methyltransferase  31.58 
 
 		 254 aa  123  3e-27  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0403715  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1079  RNA methyltransferase TrmH  34.5 
 
 		 289 aa  123  4e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.130635  normal  0.179328 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2624  RNA methyltransferase  34.73 
 
 		 260 aa  122  6e-27  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3029  RNA methyltransferase  33.33 
 
 		 244 aa  122  6e-27  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00120237  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2161  RNA methyltransferase TrmH, group 1  34.47 
 
 		 246 aa  122  7e-27  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00198375  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1119  RNA methyltransferase  36.07 
 
 		 287 aa  122  8e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1197  RNA methyltransferase  35.6 
 
 		 289 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0280134 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0853  RNA methyltransferase  31.95 
 
 		 250 aa  121  9.999999999999999e-27  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1958  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  33.33 
 
 		 242 aa  120  1.9999999999999998e-26  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000144903  hitchhiker  0.00948062 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2389  RNA methyltransferase  33.33 
 
 		 242 aa  120  1.9999999999999998e-26  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.0000000450659  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0985  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  31.12 
 
 		 250 aa  120  1.9999999999999998e-26  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.223489  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2152  RNA methyltransferase  34.16 
 
 		 241 aa  120  1.9999999999999998e-26  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0159142  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1411  RNA methyltransferase  33.19 
 
 		 267 aa  120  1.9999999999999998e-26  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.993978  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>