272 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Msil_0394 on replicon NC_011666
Organism: Methylocella silvestris BL2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011666  Msil_0394  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  100 
 
 		 281 aa  566  1e-160  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1325  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  73.31 
 
 		 271 aa  380  1e-104  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.277848  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2632  RNA methyltransferase  56.6 
 
 		 250 aa  258  8e-68  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.192345 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2581  RNA methyltransferase  51.52 
 
 		 262 aa  257  1e-67  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0271019  normal  0.93463 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4361  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  50.38 
 
 		 399 aa  256  3e-67  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.989023  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3731  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  50.76 
 
 		 398 aa  256  4e-67  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.804508  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3144  RNA methyltransferase  56.17 
 
 		 245 aa  254  1.0000000000000001e-66  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.317738  normal  0.930486 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3468  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  55.74 
 
 		 245 aa  254  2.0000000000000002e-66  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.19102  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1577  RNA methyltransferase TrmH, group 1  49.24 
 
 		 410 aa  251  9.000000000000001e-66  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.68355  normal  0.0119734 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4813  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  54.17 
 
 		 248 aa  251  1e-65  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.695937  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5766  RNA methyltransferase  54.04 
 
 		 261 aa  250  2e-65  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1915  tRNA/rRNA methyltransferase  49.01 
 
 		 286 aa  248  9e-65  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3341  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  55.32 
 
 		 245 aa  247  2e-64  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4570  RNA methyltransferase  51.7 
 
 		 298 aa  244  9.999999999999999e-64  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0223529  normal  0.0756262 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2161  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  50.2 
 
 		 276 aa  242  6e-63  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0486585  normal  0.265451 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1738  RNA methyltransferase TrmH, group 1  51.89 
 
 		 397 aa  241  1e-62  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1268  RNA methyltransferase  50.6 
 
 		 262 aa  240  2e-62  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.681367  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1950  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  50.2 
 
 		 276 aa  240  2e-62  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.168874  normal  0.372622 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1517  RNA methyltransferase  49.62 
 
 		 276 aa  239  2.9999999999999997e-62  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.9954 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0696  RNA methyltransferase TrmH, group 1  51.75 
 
 		 279 aa  239  5e-62  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5426  putative tRNA/rRNA methyltransferase  48.66 
 
 		 399 aa  238  8e-62  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.138819 
 
 
-
 
NC_004310  BR1196  RNA methyltransferase  49.6 
 
 		 276 aa  231  1e-59  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1158  RNA methyltransferase  49.6 
 
 		 291 aa  231  1e-59  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.357934  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1624  RNA methyltransferase TrmH, group 1  48.66 
 
 		 410 aa  226  5.0000000000000005e-58  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1295  RNA methyltransferase TrmH, group 1  49.04 
 
 		 403 aa  224  1e-57  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1995  RNA methyltransferase  47.62 
 
 		 281 aa  219  3.9999999999999997e-56  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.720646  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1513  putative tRNA/rRNA methyltransferase  45.49 
 
 		 255 aa  204  9e-52  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.217497  normal  0.686219 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2433  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  44.83 
 
 		 258 aa  201  9.999999999999999e-51  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.127939  normal  0.10084 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1133  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  45.31 
 
 		 253 aa  201  1.9999999999999998e-50  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.10914  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3810  hypothetical protein  46.64 
 
 		 243 aa  199  5e-50  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0410022  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3829  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  46.64 
 
 		 243 aa  199  6e-50  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.542381  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3522  RNA methyltransferase  46.64 
 
 		 243 aa  199  6e-50  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0833085  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0828  RNA methyltransferase  43.87 
 
 		 275 aa  199  6e-50  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.151565  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3698  RNA methyltransferase  46.06 
 
 		 246 aa  195  6e-49  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.274562  normal  0.859655 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1403  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  44.86 
 
 		 257 aa  195  6e-49  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3522  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  44.86 
 
 		 266 aa  195  7e-49  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.391338  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1336  RNA methyltransferase TrmH, group 1  43.67 
 
 		 249 aa  193  3e-48  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2243  tRNA/rRNA methyltransferase  44.21 
 
 		 251 aa  184  2.0000000000000003e-45  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.425244  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1012  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  44.44 
 
 		 249 aa  182  4.0000000000000006e-45  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0788  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  42.97 
 
 		 248 aa  181  1e-44  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0987211  normal  0.0803398 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0420  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  42.4 
 
 		 258 aa  179  2.9999999999999997e-44  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.674451  normal  0.0345812 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0279  tRNA/rRNA methyltransferase  34.18 
 
 		 246 aa  130  3e-29  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1369  RNA methyltransferase TrmH, group 1  35.02 
 
 		 248 aa  127  3e-28  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000282911  hitchhiker  0.0000077591 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2030  RNA methyltransferase  36.67 
 
 		 245 aa  126  5e-28  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.433712  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2705  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  36.48 
 
 		 253 aa  123  3e-27  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.29092 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1258  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  36.4 
 
 		 245 aa  122  5e-27  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00338281  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1475  RNA methyltransferase  34.38 
 
 		 255 aa  121  9.999999999999999e-27  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2320  RNA methyltransferase  37.99 
 
 		 252 aa  121  9.999999999999999e-27  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000515226  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2610  RNA methyltransferase  36.97 
 
 		 247 aa  121  1.9999999999999998e-26  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1571  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  33.2 
 
 		 258 aa  120  1.9999999999999998e-26  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0152101  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0645  RNA methyltransferase  34.91 
 
 		 251 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0451004  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40430  RNA methyltransferase TrmH, group 1  33.33 
 
 		 258 aa  120  1.9999999999999998e-26  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.573027  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2687  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  35.02 
 
 		 245 aa  119  3.9999999999999996e-26  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.491891  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1795  RNA methyltransferase  37.97 
 
 		 249 aa  119  4.9999999999999996e-26  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.313918  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4224  TrmA family RNA methyltransferase  34.15 
 
 		 245 aa  119  4.9999999999999996e-26  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1552  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  34.6 
 
 		 245 aa  119  4.9999999999999996e-26  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000140105 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0463  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  31.78 
 
 		 256 aa  119  7.999999999999999e-26  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.74203  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2846  RNA methyltransferase TrmH, group 1  34.02 
 
 		 274 aa  118  9e-26  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1155  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  41.01 
 
 		 266 aa  118  9.999999999999999e-26  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.043355 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1161  RNA methyltransferase TrmH, group 1  36.33 
 
 		 256 aa  117  1.9999999999999998e-25  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  hitchhiker  0.0000875813  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1411  RNA methyltransferase  33.75 
 
 		 267 aa  117  1.9999999999999998e-25  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.993978  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1816  RNA methyltransferase  35.12 
 
 		 241 aa  117  3e-25  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00001341  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4339  RNA methyltransferase  33.86 
 
 		 251 aa  116  3e-25  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000160755 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2283  RNA methyltransferase  35.39 
 
 		 241 aa  116  3.9999999999999997e-25  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000130955  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0492  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  33.05 
 
 		 253 aa  115  6e-25  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2062  tRNA/rRNA methyltransferase, TrmH family, group 1  36.99 
 
 		 247 aa  115  6e-25  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.260682  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1736  RNA methyltransferase  35.12 
 
 		 241 aa  115  6e-25  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000887935  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3506  RNA methyltransferase  35.71 
 
 		 240 aa  115  6e-25  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.899672 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2261  RNA methyltransferase  35.39 
 
 		 241 aa  115  6.9999999999999995e-25  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1711  hypothetical protein  35.32 
 
 		 257 aa  115  6.9999999999999995e-25  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1711  hypothetical protein  35.32 
 
 		 257 aa  115  7.999999999999999e-25  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1602  RNA methyltransferase TrmH, group 1  37.92 
 
 		 245 aa  115  7.999999999999999e-25  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.289024  normal  0.479369 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0441  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  32.9 
 
 		 248 aa  115  8.999999999999998e-25  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3029  RNA methyltransferase  34.14 
 
 		 244 aa  114  2.0000000000000002e-24  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00120237  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1420  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  33.33 
 
 		 257 aa  113  3e-24  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0569  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  40.85 
 
 		 254 aa  113  3e-24  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0869  RNA methyltransferase  33.47 
 
 		 279 aa  113  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.164985  normal  0.267349 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2427  RNA methyltransferase  35.42 
 
 		 240 aa  113  4.0000000000000004e-24  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0882  RNA methyltransferase  33.47 
 
 		 251 aa  112  5e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00955273 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0839  RNA methyltransferase  33.47 
 
 		 251 aa  112  6e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.742035  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2076  RNA methyltransferase  33.33 
 
 		 260 aa  112  8.000000000000001e-24  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.780076  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2187  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  38.92 
 
 		 271 aa  112  1.0000000000000001e-23  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1234  RNA methyltransferase TrmH, group 1  32.94 
 
 		 254 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.600347  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004362  tRNA:Cm32/Um32 methyltransferase  34.31 
 
 		 239 aa  111  1.0000000000000001e-23  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00237949  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3629  RNA methyltransferase  34.31 
 
 		 244 aa  111  1.0000000000000001e-23  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.00284913  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3514  RNA methyltransferase  33.07 
 
 		 262 aa  111  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1578  RNA methyltransferase  33.47 
 
 		 263 aa  111  2.0000000000000002e-23  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.373161  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1550  RNA methyltransferase  33.74 
 
 		 244 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0671761  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1990  RNA methyltransferase TrmH, group 1  36.68 
 
 		 254 aa  110  2.0000000000000002e-23  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.25576  normal  0.905028 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1635  tRNA/rRNA methyltransferase  33.47 
 
 		 263 aa  110  2.0000000000000002e-23  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1116  RNA methyltransferase TrmH, group 1  37.66 
 
 		 314 aa  110  3e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1242  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  35.17 
 
 		 241 aa  110  3e-23  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.626014  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1843  RNA methyltransferase TrmH family, group 1  37.04 
 
 		 257 aa  110  3e-23  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2349  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  32.34 
 
 		 243 aa  110  3e-23  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2874  RNA methyltransferase  35.63 
 
 		 254 aa  109  4.0000000000000004e-23  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.718962  hitchhiker  0.0000000232974 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1485  RNA methyltransferase  34.14 
 
 		 254 aa  109  4.0000000000000004e-23  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0403715  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2624  RNA methyltransferase  32.31 
 
 		 260 aa  109  4.0000000000000004e-23  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2399  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  32.34 
 
 		 243 aa  110  4.0000000000000004e-23  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1773  RNA methyltransferase  34.66 
 
 		 254 aa  109  5e-23  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.12594  hitchhiker  0.00165952 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1958  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  36.36 
 
 		 242 aa  109  5e-23  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000144903  hitchhiker  0.00948062 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>