266 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_1513 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_1513  putative tRNA/rRNA methyltransferase  100 
 
 		 255 aa  520  1e-147  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.217497  normal  0.686219 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2433  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  72.38 
 
 		 258 aa  356  1.9999999999999998e-97  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.127939  normal  0.10084 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3829  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  71.43 
 
 		 243 aa  353  2e-96  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.542381  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3522  RNA methyltransferase  71.43 
 
 		 243 aa  353  2e-96  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0833085  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3810  hypothetical protein  71.43 
 
 		 243 aa  351  7e-96  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0410022  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1336  RNA methyltransferase TrmH, group 1  68.29 
 
 		 249 aa  345  4e-94  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3698  RNA methyltransferase  63.18 
 
 		 246 aa  294  1e-78  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.274562  normal  0.859655 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2581  RNA methyltransferase  52.89 
 
 		 262 aa  247  1e-64  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0271019  normal  0.93463 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0696  RNA methyltransferase TrmH, group 1  51.07 
 
 		 279 aa  228  5e-59  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1915  tRNA/rRNA methyltransferase  46.31 
 
 		 286 aa  213  2.9999999999999995e-54  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4570  RNA methyltransferase  45.92 
 
 		 298 aa  209  4e-53  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0223529  normal  0.0756262 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5766  RNA methyltransferase  48.61 
 
 		 261 aa  208  5e-53  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1133  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  44.36 
 
 		 253 aa  206  3e-52  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.10914  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1403  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  42.62 
 
 		 257 aa  202  5e-51  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3522  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  46.44 
 
 		 266 aa  200  9.999999999999999e-51  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.391338  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2243  tRNA/rRNA methyltransferase  46.61 
 
 		 251 aa  201  9.999999999999999e-51  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.425244  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0420  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  43.62 
 
 		 258 aa  201  9.999999999999999e-51  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.674451  normal  0.0345812 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1517  RNA methyltransferase  44.81 
 
 		 276 aa  201  9.999999999999999e-51  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.9954 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3731  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  45.65 
 
 		 398 aa  199  1.9999999999999998e-50  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.804508  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1577  RNA methyltransferase TrmH, group 1  44.78 
 
 		 410 aa  200  1.9999999999999998e-50  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.68355  normal  0.0119734 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2161  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  45.23 
 
 		 276 aa  200  1.9999999999999998e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0486585  normal  0.265451 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1325  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  47.06 
 
 		 271 aa  199  3e-50  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.277848  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4361  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  46.12 
 
 		 399 aa  199  3e-50  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.989023  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1950  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  45.23 
 
 		 276 aa  199  3e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.168874  normal  0.372622 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1268  RNA methyltransferase  45.16 
 
 		 262 aa  194  9e-49  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.681367  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5426  putative tRNA/rRNA methyltransferase  44.78 
 
 		 399 aa  192  5e-48  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.138819 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0788  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  42.68 
 
 		 248 aa  191  7e-48  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0987211  normal  0.0803398 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2632  RNA methyltransferase  43.5 
 
 		 250 aa  191  1e-47  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.192345 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1738  RNA methyltransferase TrmH, group 1  45.65 
 
 		 397 aa  191  1e-47  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4813  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  42.29 
 
 		 248 aa  191  1e-47  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.695937  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3468  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  45.23 
 
 		 245 aa  190  2e-47  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.19102  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3144  RNA methyltransferase  44.4 
 
 		 245 aa  189  5e-47  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.317738  normal  0.930486 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3341  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  44.81 
 
 		 245 aa  188  7e-47  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1012  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  42.92 
 
 		 249 aa  187  1e-46  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0394  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  45.49 
 
 		 281 aa  186  4e-46  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1295  RNA methyltransferase TrmH, group 1  46.09 
 
 		 403 aa  181  9.000000000000001e-45  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1995  RNA methyltransferase  43.16 
 
 		 281 aa  179  2.9999999999999997e-44  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.720646  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1158  RNA methyltransferase  42 
 
 		 291 aa  177  1e-43  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.357934  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1196  RNA methyltransferase  42 
 
 		 276 aa  177  1e-43  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1624  RNA methyltransferase TrmH, group 1  44.35 
 
 		 410 aa  174  9e-43  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0828  RNA methyltransferase  38.46 
 
 		 275 aa  160  2e-38  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.151565  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5993  RNA methyltransferase TrmH, group 1  34.55 
 
 		 289 aa  125  9e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2084  RNA methyltransferase  34.55 
 
 		 289 aa  125  9e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00462385  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1990  RNA methyltransferase TrmH, group 1  38.82 
 
 		 254 aa  124  1e-27  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.25576  normal  0.905028 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0441  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  33.33 
 
 		 248 aa  124  2e-27  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40430  RNA methyltransferase TrmH, group 1  34.47 
 
 		 258 aa  124  2e-27  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.573027  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0882  RNA methyltransferase  33.91 
 
 		 251 aa  122  5e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00955273 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0869  RNA methyltransferase  33.48 
 
 		 279 aa  122  7e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.164985  normal  0.267349 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0839  RNA methyltransferase  33.48 
 
 		 251 aa  121  8e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.742035  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2624  RNA methyltransferase  36.55 
 
 		 260 aa  122  8e-27  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1635  tRNA/rRNA methyltransferase  35.56 
 
 		 263 aa  121  9.999999999999999e-27  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1578  RNA methyltransferase  35.15 
 
 		 263 aa  119  3.9999999999999996e-26  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.373161  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1711  hypothetical protein  33.33 
 
 		 257 aa  119  4.9999999999999996e-26  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1711  hypothetical protein  33.33 
 
 		 257 aa  119  6e-26  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3506  RNA methyltransferase  37.23 
 
 		 240 aa  118  7.999999999999999e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.899672 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5390  RNA methyltransferase TrmH, group 1  33.74 
 
 		 289 aa  117  9.999999999999999e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0463  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  32.91 
 
 		 256 aa  117  1.9999999999999998e-25  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.74203  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0492  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  33.61 
 
 		 253 aa  117  1.9999999999999998e-25  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1682  RNA methyltransferase TrmH, group 1  34.2 
 
 		 254 aa  116  3e-25  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2119  RNA methyltransferase  34.02 
 
 		 273 aa  116  3e-25  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3514  RNA methyltransferase  35.29 
 
 		 262 aa  116  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1155  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  35.29 
 
 		 266 aa  116  3.9999999999999997e-25  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.043355 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0853  RNA methyltransferase  33.87 
 
 		 250 aa  116  3.9999999999999997e-25  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2389  RNA methyltransferase  34.35 
 
 		 242 aa  114  1.0000000000000001e-24  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.0000000450659  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2505  RNA methyltransferase  34.35 
 
 		 242 aa  114  1.0000000000000001e-24  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.000223047  normal  0.027536 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1234  RNA methyltransferase TrmH, group 1  35.74 
 
 		 254 aa  114  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.600347  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1161  RNA methyltransferase TrmH, group 1  35.04 
 
 		 256 aa  114  1.0000000000000001e-24  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  hitchhiker  0.0000875813  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1396  RNA methyltransferase  32.63 
 
 		 276 aa  114  1.0000000000000001e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.901296  hitchhiker  0.00503729 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1958  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  34.35 
 
 		 242 aa  114  1.0000000000000001e-24  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000144903  hitchhiker  0.00948062 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2187  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  32.27 
 
 		 271 aa  115  1.0000000000000001e-24  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1989  RNA methyltransferase  34.02 
 
 		 273 aa  114  1.0000000000000001e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.418465 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1420  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  34.73 
 
 		 257 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4339  RNA methyltransferase  33.05 
 
 		 251 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000160755 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0941  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  34.71 
 
 		 250 aa  113  2.0000000000000002e-24  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2610  RNA methyltransferase  33.77 
 
 		 247 aa  113  3e-24  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1773  RNA methyltransferase  34.54 
 
 		 254 aa  113  3e-24  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.12594  hitchhiker  0.00165952 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0279  tRNA/rRNA methyltransferase  30.77 
 
 		 246 aa  113  4.0000000000000004e-24  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2427  RNA methyltransferase  32.22 
 
 		 240 aa  113  4.0000000000000004e-24  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1219  RNA methyltransferase  34.5 
 
 		 252 aa  112  4.0000000000000004e-24  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2400  RNA methyltransferase  34.35 
 
 		 242 aa  112  4.0000000000000004e-24  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.000000262197  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0964  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  33.85 
 
 		 264 aa  112  5e-24  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.301761  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1046  RNA methyltransferase  33.85 
 
 		 264 aa  112  5e-24  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0448584 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4615  RNA methyltransferase TrmH, group 1  31.36 
 
 		 264 aa  112  6e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.00452302  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0985  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  29.88 
 
 		 250 aa  112  6e-24  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.223489  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1620  RNA methyltransferase TrmH, group 1  33.98 
 
 		 278 aa  112  6e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.298646 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14690  putative methyltransferase  32.49 
 
 		 257 aa  111  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2874  RNA methyltransferase  34.03 
 
 		 254 aa  111  1.0000000000000001e-23  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.718962  hitchhiker  0.0000000232974 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3565  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  31.54 
 
 		 243 aa  111  1.0000000000000001e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1161  putative tRNA/rRNA methyltransferase protein  35.25 
 
 		 287 aa  110  2.0000000000000002e-23  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.539621  normal  0.325888 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2261  RNA methyltransferase  33.19 
 
 		 241 aa  110  2.0000000000000002e-23  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4224  TrmA family RNA methyltransferase  30.86 
 
 		 245 aa  110  2.0000000000000002e-23  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2517  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  32.39 
 
 		 353 aa  110  3e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.127237  hitchhiker  0.00000580733 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1296  putative methyltransferase  32.49 
 
 		 308 aa  110  3e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2103  RNA methyltransferase  34.15 
 
 		 289 aa  110  3e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.247201 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2152  RNA methyltransferase  32.64 
 
 		 241 aa  109  5e-23  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0159142  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1736  RNA methyltransferase  32.63 
 
 		 241 aa  108  6e-23  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000887935  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1816  RNA methyltransferase  33.19 
 
 		 241 aa  108  6e-23  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00001341  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2283  RNA methyltransferase  33.19 
 
 		 241 aa  108  6e-23  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000130955  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0827  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  35 
 
 		 245 aa  108  9.000000000000001e-23  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.293121 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0812  RNA methyltransferase TrmH, group 1  32.47 
 
 		 251 aa  108  1e-22  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000000476063  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>