More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_1915 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_1915  tRNA/rRNA methyltransferase  100 
 
 		 286 aa  582  1.0000000000000001e-165  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2161  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  75.95 
 
 		 276 aa  417  1e-116  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0486585  normal  0.265451 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1950  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  75.95 
 
 		 276 aa  416  9.999999999999999e-116  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.168874  normal  0.372622 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1517  RNA methyltransferase  71.22 
 
 		 276 aa  401  1e-111  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.9954 
 
 
-
 
NC_004310  BR1196  RNA methyltransferase  67.87 
 
 		 276 aa  373  1e-102  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1158  RNA methyltransferase  67.87 
 
 		 291 aa  373  1e-102  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.357934  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1995  RNA methyltransferase  70.04 
 
 		 281 aa  369  1e-101  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.720646  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1268  RNA methyltransferase  65.27 
 
 		 262 aa  347  1e-94  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.681367  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0828  RNA methyltransferase  59.4 
 
 		 275 aa  315  8e-85  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.151565  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2581  RNA methyltransferase  54.51 
 
 		 262 aa  278  5e-74  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0271019  normal  0.93463 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1325  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  51.78 
 
 		 271 aa  242  6e-63  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.277848  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4813  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  52.77 
 
 		 248 aa  240  2e-62  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.695937  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3731  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  46.74 
 
 		 398 aa  239  5e-62  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.804508  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2632  RNA methyltransferase  51.9 
 
 		 250 aa  238  8e-62  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.192345 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4361  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  45.56 
 
 		 399 aa  234  1.0000000000000001e-60  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.989023  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5426  putative tRNA/rRNA methyltransferase  49.24 
 
 		 399 aa  233  3e-60  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.138819 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0696  RNA methyltransferase TrmH, group 1  48.13 
 
 		 279 aa  231  1e-59  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1577  RNA methyltransferase TrmH, group 1  46.51 
 
 		 410 aa  231  2e-59  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.68355  normal  0.0119734 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0394  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  49.01 
 
 		 281 aa  227  1e-58  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4570  RNA methyltransferase  46.18 
 
 		 298 aa  226  3e-58  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0223529  normal  0.0756262 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5766  RNA methyltransferase  49.79 
 
 		 261 aa  226  4e-58  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3468  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  48.35 
 
 		 245 aa  225  6e-58  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.19102  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3144  RNA methyltransferase  48.55 
 
 		 245 aa  225  8e-58  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.317738  normal  0.930486 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1738  RNA methyltransferase TrmH, group 1  47.08 
 
 		 397 aa  223  3e-57  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3522  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  47.03 
 
 		 266 aa  221  9.999999999999999e-57  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.391338  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2243  tRNA/rRNA methyltransferase  50 
 
 		 251 aa  217  2e-55  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.425244  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3341  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  47.13 
 
 		 245 aa  215  5e-55  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1624  RNA methyltransferase TrmH, group 1  45.99 
 
 		 410 aa  216  5e-55  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1513  putative tRNA/rRNA methyltransferase  46.31 
 
 		 255 aa  213  2.9999999999999995e-54  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.217497  normal  0.686219 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1295  RNA methyltransferase TrmH, group 1  45.26 
 
 		 403 aa  212  4.9999999999999996e-54  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1133  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  47.15 
 
 		 253 aa  212  5.999999999999999e-54  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.10914  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3810  hypothetical protein  47.26 
 
 		 243 aa  203  2e-51  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0410022  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1336  RNA methyltransferase TrmH, group 1  45 
 
 		 249 aa  203  3e-51  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0788  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  45.53 
 
 		 248 aa  203  3e-51  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0987211  normal  0.0803398 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3522  RNA methyltransferase  47.26 
 
 		 243 aa  202  6e-51  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0833085  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3829  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  47.26 
 
 		 243 aa  202  6e-51  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.542381  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0420  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  44.67 
 
 		 258 aa  201  9e-51  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.674451  normal  0.0345812 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3698  RNA methyltransferase  45.38 
 
 		 246 aa  201  9.999999999999999e-51  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.274562  normal  0.859655 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2433  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  43.85 
 
 		 258 aa  192  4e-48  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.127939  normal  0.10084 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1403  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  42.8 
 
 		 257 aa  190  2e-47  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1012  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  44.44 
 
 		 249 aa  184  1.0000000000000001e-45  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0645  RNA methyltransferase  35.98 
 
 		 251 aa  143  4e-33  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0451004  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1258  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  36.02 
 
 		 245 aa  133  3.9999999999999996e-30  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00338281  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4339  RNA methyltransferase  33.06 
 
 		 251 aa  132  6e-30  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000160755 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1119  RNA methyltransferase  35.45 
 
 		 287 aa  132  6e-30  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1475  RNA methyltransferase  35.15 
 
 		 255 aa  130  2.0000000000000002e-29  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1234  RNA methyltransferase TrmH, group 1  33.61 
 
 		 254 aa  129  5.0000000000000004e-29  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.600347  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2846  RNA methyltransferase TrmH, group 1  35.92 
 
 		 274 aa  129  5.0000000000000004e-29  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1711  hypothetical protein  31.62 
 
 		 257 aa  128  1.0000000000000001e-28  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0882  RNA methyltransferase  32.4 
 
 		 251 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00955273 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0839  RNA methyltransferase  32 
 
 		 251 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.742035  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0869  RNA methyltransferase  31.03 
 
 		 279 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.164985  normal  0.267349 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1682  RNA methyltransferase TrmH, group 1  34.18 
 
 		 254 aa  127  2.0000000000000002e-28  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40430  RNA methyltransferase TrmH, group 1  33.2 
 
 		 258 aa  127  2.0000000000000002e-28  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.573027  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1711  hypothetical protein  31.2 
 
 		 257 aa  127  3e-28  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1116  RNA methyltransferase TrmH, group 1  34.71 
 
 		 314 aa  127  3e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3514  RNA methyltransferase  32.81 
 
 		 262 aa  126  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2427  RNA methyltransferase  35.04 
 
 		 240 aa  125  6e-28  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14690  putative methyltransferase  31.97 
 
 		 257 aa  125  8.000000000000001e-28  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1396  RNA methyltransferase  34.04 
 
 		 276 aa  124  1e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.901296  hitchhiker  0.00503729 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1161  RNA methyltransferase TrmH, group 1  35.52 
 
 		 256 aa  125  1e-27  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  hitchhiker  0.0000875813  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1571  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  32.41 
 
 		 258 aa  125  1e-27  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0152101  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1369  RNA methyltransferase TrmH, group 1  34.75 
 
 		 248 aa  124  2e-27  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000282911  hitchhiker  0.0000077591 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1602  RNA methyltransferase TrmH, group 1  34.04 
 
 		 245 aa  124  2e-27  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.289024  normal  0.479369 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1550  RNA methyltransferase  33.76 
 
 		 244 aa  123  3e-27  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0671761  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0615  RNA methyltransferase TrmH, group 1  35.48 
 
 		 268 aa  123  3e-27  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000217405  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1552  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  34.6 
 
 		 245 aa  123  3e-27  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000140105 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1296  putative methyltransferase  31.56 
 
 		 308 aa  123  3e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1620  RNA methyltransferase TrmH, group 1  32.17 
 
 		 278 aa  123  3e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.298646 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2261  RNA methyltransferase  34.6 
 
 		 241 aa  123  4e-27  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1420  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  33.2 
 
 		 257 aa  123  4e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2753  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  34.14 
 
 		 244 aa  123  4e-27  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0620173  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1736  RNA methyltransferase  34.6 
 
 		 241 aa  123  4e-27  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000887935  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1816  RNA methyltransferase  34.6 
 
 		 241 aa  122  5e-27  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00001341  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0974  RNA methyltransferase  34.41 
 
 		 253 aa  122  6e-27  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2283  RNA methyltransferase  34.6 
 
 		 241 aa  122  6e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000130955  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3506  RNA methyltransferase  34.89 
 
 		 240 aa  122  7e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.899672 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2517  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  32.24 
 
 		 353 aa  122  8e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.127237  hitchhiker  0.00000580733 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2687  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  33.76 
 
 		 245 aa  122  9.999999999999999e-27  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.491891  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1646  RNA methyltransferase TrmH, group 1  33.33 
 
 		 247 aa  121  9.999999999999999e-27  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5993  RNA methyltransferase TrmH, group 1  32.63 
 
 		 289 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2084  RNA methyltransferase  32.63 
 
 		 289 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00462385  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02424  predicted methyltransferase  34.68 
 
 		 246 aa  121  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.438411  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1136  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  34.68 
 
 		 246 aa  121  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.631773  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02388  hypothetical protein  34.68 
 
 		 246 aa  121  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.373948  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3764  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  34.68 
 
 		 245 aa  121  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000603217  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5390  RNA methyltransferase TrmH, group 1  33.05 
 
 		 289 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2907  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  34.68 
 
 		 246 aa  121  1.9999999999999998e-26  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  decreased coverage  0.000722285  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0279  tRNA/rRNA methyltransferase  31.82 
 
 		 246 aa  121  1.9999999999999998e-26  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2684  RNA methyltransferase  34.68 
 
 		 246 aa  121  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  0.00000664328  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2685  RNA methyltransferase  34.68 
 
 		 246 aa  121  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0309108  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1145  RNA methyltransferase  34.68 
 
 		 246 aa  121  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0763368  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2817  RNA methyltransferase  34.68 
 
 		 245 aa  121  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli E24377A  Bacteria  decreased coverage  0.000707701  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2062  tRNA/rRNA methyltransferase, TrmH family, group 1  35.39 
 
 		 247 aa  120  3e-26  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.260682  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1578  RNA methyltransferase  33.61 
 
 		 263 aa  120  3e-26  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.373161  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1485  RNA methyltransferase  33.06 
 
 		 254 aa  119  3.9999999999999996e-26  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0403715  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01352  putative tRNA/rRNA methyltransferase (trmH family) protein  32.91 
 
 		 261 aa  119  6e-26  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0228097  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2030  RNA methyltransferase  35.54 
 
 		 245 aa  119  7e-26  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.433712  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2786  RNA methyltransferase  33.74 
 
 		 243 aa  118  9e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  0.000395932  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1411  RNA methyltransferase  32.91 
 
 		 267 aa  118  9e-26  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.993978  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>